genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12842098--12842317	43	5.2	43	86	3	221	31	24	19	25	1.98
12842152--12842328	43	4.1	43	88	1	239	28	22	19	29	1.98
12843297--12843334	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
12848890--12848929	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
12850994--12851245	133	1.9	133	97	0	477	51	17	10	20	1.75
12853833--12853881	11	4.3	11	78	17	55	38	2	0	59	1.09
12853870--12853901	15	2.1	15	94	0	55	31	9	0	59	1.29
12854761--12854800	14	2.9	14	88	0	53	47	22	0	30	1.52
12854962--12855303	41	8.4	41	87	2	467	20	22	22	34	1.97
12854961--12855303	162	2.1	163	90	2	530	20	22	22	34	1.97
12871577--12871756	49	3.6	49	81	6	218	30	26	17	26	1.98
12871568--12871754	100	1.9	101	89	1	295	31	25	17	26	1.97
12876758--12876886	50	2.6	49	88	1	186	29	28	17	24	1.97
12879177--12879206	14	2.1	14	93	0	51	33	33	23	10	1.88
12881971--12882298	43	7.6	43	85	2	444	25	17	28	29	1.97
12884164--12884201	17	2.2	17	100	0	76	34	5	28	31	1.80
12889042--12889170	50	2.6	49	88	1	186	29	28	17	24	1.97
12891464--12891493	14	2.1	14	93	0	51	33	33	23	10	1.88
12894258--12894585	43	7.6	43	85	2	444	25	17	28	29	1.97
12896447--12896484	17	2.2	17	100	0	76	34	5	28	31	1.80
12903903--12903938	12	3.0	12	87	0	54	27	0	41	30	1.56
12907752--12907806	28	1.9	29	88	3	85	18	45	21	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12909919--12910109	66	2.9	66	90	2	285	21	29	16	32	1.95
12912080--12912203	46	2.7	45	87	9	164	24	29	19	26	1.98
12912199--12912242	22	2.0	22	90	0	70	20	38	11	29	1.87
12926033--12926218	39	4.8	39	80	4	153	29	28	20	21	1.98
12926065--12926228	78	2.1	78	80	3	179	28	28	20	22	1.99
12926103--12926228	39	3.2	39	89	0	180	28	28	19	23	1.98
12928751--12928948	27	7.4	26	83	3	200	38	17	18	25	1.92
12928751--12928951	54	3.8	53	85	2	267	38	16	18	25	1.92
12928751--12928944	81	2.4	79	82	5	237	39	17	19	24	1.92
12928911--12928988	41	1.9	41	89	0	120	38	16	20	24	1.93
12929648--12929789	71	2.1	67	86	5	194	19	26	21	32	1.97
12929757--12929815	27	2.2	26	84	3	73	22	23	18	35	1.96
12936563--12936838	27	10.4	27	79	3	256	35	17	20	26	1.94
12936644--12936685	22	1.9	22	90	0	66	42	21	16	19	1.89
12936649--12936692	22	2.0	22	86	0	61	40	22	15	20	1.90
12936561--12936773	103	2.1	104	88	3	315	36	16	19	27	1.94
12936563--12936797	130	1.8	130	87	1	355	37	17	19	26	1.93
12936839--12936892	27	2.0	26	86	10	74	24	20	18	37	1.94
12941761--12941808	25	1.9	25	82	0	60	31	20	20	27	1.98
12941844--12941910	20	3.3	20	95	4	118	35	10	19	34	1.86
12941855--12941910	11	5.5	11	75	16	66	35	10	19	33	1.87
12941960--12942083	26	4.8	26	87	1	169	27	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12942660--12942694	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
12947959--12948108	48	3.1	48	75	3	149	27	23	21	28	1.99
12949218--12949318	52	1.9	52	100	0	202	34	14	10	39	1.82
12951527--12951621	40	2.4	38	82	6	109	28	25	16	29	1.97
12955108--12955300	40	4.8	40	88	1	273	23	22	30	24	1.99
12959971--12960117	40	3.7	40	87	0	206	23	19	29	27	1.98
12960270--12960376	53	2.0	53	100	0	214	43	5	14	35	1.69
12965598--12965715	43	2.8	42	72	8	105	33	23	16	26	1.95
12979795--12979915	43	2.8	43	72	3	111	30	24	16	28	1.97
12980404--12980458	28	1.9	29	88	3	85	30	21	1	45	1.62
12991528--12991587	27	2.3	27	85	8	79	35	20	21	23	1.96
12992326--12992474	27	5.6	27	86	2	185	26	20	17	36	1.94
12992324--12992474	54	2.8	54	90	1	223	26	19	17	35	1.95
13029117--13029154	19	2.0	19	85	10	51	68	0	10	21	1.19
13032197--13032251	25	2.2	26	83	9	69	32	3	10	52	1.54
13043497--13043529	15	2.1	16	88	5	50	57	24	3	15	1.52
13044083--13044230	43	3.5	41	78	9	145	29	27	17	25	1.98
13044111--13044231	43	2.8	44	85	5	149	30	28	17	23	1.97
13044109--13044231	42	2.9	41	84	6	147	30	29	17	23	1.97
13046148--13046212	22	3.3	22	61	34	56	40	18	12	29	1.87
13046140--13046213	37	2.0	37	100	0	148	43	18	10	27	1.83
13052490--13052524	18	1.9	18	88	11	54	0	28	8	62	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13056971--13057015	10	4.3	10	88	8	54	33	0	4	62	1.15
13056962--13057005	22	2.0	22	86	0	61	40	0	4	54	1.21
13056987--13057024	20	1.9	20	88	0	58	34	2	7	55	1.43
13056987--13057017	10	3.1	10	100	0	62	32	0	9	58	1.31
13074307--13074594	47	6.1	47	89	0	423	32	11	28	27	1.91
13074334--13074409	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
13074425--13074501	22	3.4	22	68	16	66	33	12	25	27	1.93
13074306--13074594	141	2.0	141	93	0	497	32	11	28	27	1.91
13074329--13074636	94	3.2	93	85	4	377	33	11	27	26	1.91
13074807--13074907	37	2.7	37	90	0	166	24	19	29	25	1.99
13081478--13081549	33	2.2	33	87	0	108	29	26	20	23	1.99
13081517--13081582	28	2.4	28	79	2	71	28	24	22	24	1.99
13086889--13087273	47	8.2	47	95	0	664	25	28	11	34	1.91
13086896--13087018	22	5.3	22	63	30	60	24	28	12	34	1.91
13089490--13089641	40	3.8	40	95	0	268	24	30	22	22	1.99
13097651--13097818	40	4.2	40	93	0	284	25	29	22	22	1.99
13104598--13104724	45	2.9	45	82	8	138	23	27	23	25	2.00
13105083--13105214	38	3.4	38	83	4	174	31	25	20	23	1.98
13119805--13119856	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
13121226--13121351	46	2.7	46	90	2	191	21	20	26	30	1.98
13123703--13123735	7	4.6	7	96	3	57	39	0	0	60	0.97
13124993--13125089	40	2.4	40	82	5	115	30	13	25	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13125504--13125632	57	2.3	58	84	2	163	27	29	19	24	1.98
13125789--13126048	43	6.1	43	96	0	486	30	34	25	10	1.89
13125797--13126048	128	2.0	128	99	0	495	30	34	25	10	1.89
13127402--13127534	46	2.9	47	80	5	162	29	30	20	19	1.97
13131467--13131507	13	3.0	14	75	17	50	70	0	7	21	1.11
13133024--13133084	30	2.0	30	83	0	77	39	4	22	32	1.76
13133376--13133411	18	1.9	19	88	5	56	41	0	16	41	1.48
13133744--13133894	68	2.3	64	82	7	169	29	15	27	27	1.96
13133893--13134081	51	3.8	48	80	7	202	25	16	26	31	1.97
13133884--13134084	99	2.0	99	84	1	258	24	16	26	31	1.97
13147332--13147358	14	1.9	14	100	0	54	22	7	0	70	1.12
13147794--13147826	17	1.9	17	93	0	57	21	9	15	54	1.68
13170257--13170404	43	3.4	43	74	9	149	27	14	25	33	1.94
13203109--13203288	50	3.6	50	90	0	254	30	27	17	25	1.97
13203109--13203334	50	4.5	50	85	2	249	29	26	17	25	1.98
13206850--13206964	29	4.0	29	83	6	128	27	28	15	27	1.96
13209138--13209205	33	2.1	33	94	0	118	26	23	16	33	1.95
13211396--13211457	29	2.2	29	88	2	90	29	29	14	27	1.95
13211396--13211481	28	3.0	28	80	6	93	29	27	13	29	1.95
13216600--13216755	43	3.6	44	80	3	140	26	13	24	35	1.93
13224465--13224591	45	2.9	45	80	8	129	23	26	23	25	2.00
13224994--13225163	38	4.4	38	87	2	241	31	24	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13224994--13225163	78	2.2	76	86	3	241	31	24	21	23	1.98
13251978--13252048	23	3.0	24	77	8	83	23	19	16	39	1.92
13251968--13252044	23	3.3	22	82	7	82	25	20	16	36	1.94
13252184--13252224	20	2.0	20	95	0	73	36	7	19	36	1.80
13255884--13256011	45	2.8	46	92	2	213	29	29	21	19	1.97
13255892--13256030	45	3.0	45	86	6	131	28	29	20	20	1.98
13263377--13263549	46	3.7	46	77	13	201	29	30	19	20	1.97
13263384--13263555	93	1.8	93	93	0	299	29	29	20	20	1.98
13263426--13263564	47	3.0	46	71	16	117	30	28	17	22	1.97
13274502--13274719	44	4.8	45	82	10	266	29	28	21	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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