genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5842302--5842345	15	2.8	16	79	6	54	20	6	2	70	1.21
5848688--5848815	45	2.6	50	73	14	122	42	17	18	21	1.89
5848697--5848805	45	2.4	45	84	0	146	41	18	18	22	1.91
5848789--5848821	6	5.5	6	92	0	57	45	15	21	18	1.85
5848787--5848821	18	1.9	18	100	0	70	42	17	22	17	1.88
5849021--5849107	40	2.2	40	85	0	111	40	18	8	33	1.80
5849646--5849708	33	1.9	33	84	9	85	55	4	0	39	1.21
5857645--5857689	19	2.4	19	80	0	63	6	2	20	71	1.20
5861347--5861430	27	3.1	27	84	3	116	16	23	33	26	1.96
5861364--5861438	27	2.8	27	78	11	82	16	25	34	24	1.95
5861494--5861543	24	2.1	24	100	0	100	50	20	18	12	1.78
5864055--5864494	39	11.4	38	76	4	292	31	18	17	32	1.94
5864128--5864494	77	4.8	76	82	5	402	31	18	17	32	1.94
5864089--5864351	116	2.3	116	81	4	298	32	18	17	32	1.94
5864126--5864494	154	2.4	152	84	4	456	31	18	17	32	1.95
5869691--5869803	42	2.7	42	86	4	149	44	19	23	13	1.85
5869733--5869800	21	3.2	21	71	8	75	50	19	19	11	1.78
5870962--5871014	16	2.9	19	72	16	58	45	18	0	35	1.50
5876073--5876157	45	1.9	44	90	0	125	27	27	22	23	1.99
5876487--5876610	43	2.9	43	90	2	189	31	33	24	11	1.90
5876591--5876754	38	4.3	38	87	3	229	28	25	23	22	1.99
5889782--5890047	99	2.7	97	76	9	268	26	18	16	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5895955--5895985	9	3.4	9	100	0	62	32	12	19	35	1.90
5896241--5896302	31	2.1	31	82	11	76	35	0	6	58	1.24
5900957--5900995	9	3.9	10	86	10	53	5	33	0	61	1.18
5900958--5900990	16	1.9	18	88	11	52	6	33	0	60	1.21
5903764--5904094	129	2.6	127	84	5	407	37	19	17	25	1.93
5905149--5905211	29	2.2	29	88	5	92	57	6	3	33	1.40
5907822--5907873	27	1.9	27	88	0	77	32	7	13	46	1.72
5912061--5912204	54	2.7	54	93	2	245	18	25	22	34	1.96
5912064--5912222	27	5.9	27	82	11	184	19	25	21	33	1.97
5912064--5912222	81	2.0	80	84	8	207	19	25	21	33	1.97
5916823--5917141	129	2.5	127	85	1	413	37	19	15	26	1.92
5918194--5918252	27	2.1	28	81	9	68	59	5	3	32	1.36
5920319--5920624	92	3.3	92	91	2	499	27	20	19	32	1.97
5920319--5920662	184	1.8	186	88	3	523	27	20	18	33	1.96
5920318--5920748	184	2.3	183	82	7	455	27	21	19	31	1.97
5936878--5936914	19	1.9	19	89	10	58	75	8	0	16	1.02
5936878--5936915	20	1.9	19	89	5	58	76	7	0	15	1.01
5937034--5937141	19	5.9	19	89	8	163	39	9	14	36	1.79
5937034--5937148	54	2.1	55	90	6	191	40	8	15	35	1.78
5937433--5937466	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
5945493--5945630	44	3.1	44	86	5	161	31	17	25	25	1.97
5945801--5946093	78	3.8	78	88	1	426	33	19	22	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5946255--5946441	78	2.4	78	90	0	293	30	19	24	25	1.98
5946411--5946578	45	3.8	45	90	3	259	29	13	30	27	1.94
5946411--5946578	89	1.9	89	91	2	275	29	13	30	27	1.94
5946943--5947032	19	4.9	19	89	8	143	40	10	14	35	1.79
5946943--5947032	36	2.5	37	91	7	141	40	10	14	35	1.79
5947042--5947069	14	2.0	14	100	0	56	28	7	14	50	1.69
5948419--5949317	313	2.9	311	86	2	1193	41	18	7	31	1.80
5952164--5952383	99	2.2	98	81	4	253	28	19	17	35	1.94
5957689--5958340	311	2.1	311	85	3	884	41	18	8	30	1.81
5961677--5961852	46	3.8	45	77	12	187	21	20	28	29	1.98
5969977--5970037	29	2.0	32	87	9	92	36	0	44	19	1.51
5972554--5972612	20	3.0	20	80	2	66	67	1	8	22	1.26
5974250--5974287	18	2.1	18	85	9	51	71	0	5	23	1.07
5977044--5977076	12	2.8	12	95	0	57	63	0	9	27	1.24
5977989--5978038	10	5.0	10	85	9	66	66	2	8	24	1.29
5977989--5978048	20	3.0	19	80	9	66	68	1	8	21	1.25
5978395--5978451	25	2.2	25	93	3	96	31	26	12	29	1.92
5984951--5985201	99	2.5	98	78	2	252	29	19	15	34	1.94
5988803--5988833	16	1.9	16	93	0	53	25	12	25	35	1.92
5992617--5992675	30	2.0	30	93	0	100	33	13	23	28	1.93
5993014--5993181	46	3.6	46	77	9	162	31	19	26	22	1.97
5996173--5996290	56	2.1	56	82	3	139	48	2	14	34	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5999360--5999427	3	22.7	3	85	5	93	60	1	35	2	1.21
6000571--6000617	16	2.9	16	87	6	60	53	0	0	46	1.00
6002677--6002846	78	2.2	78	86	0	250	37	18	10	34	1.84
6007102--6007147	23	2.0	23	95	0	83	39	19	21	19	1.93
6007259--6007305	12	3.8	12	86	10	60	34	2	23	40	1.67
6007259--6007315	12	4.6	12	73	6	51	35	3	22	38	1.72
6008151--6008204	16	3.4	16	77	10	56	20	24	1	53	1.55
6013443--6013469	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
6016019--6016066	25	1.9	25	95	0	87	35	8	6	50	1.58
6021522--6021574	18	2.9	18	77	8	54	43	13	7	35	1.72
6021543--6021585	18	2.4	19	76	11	54	44	16	4	34	1.68
6021594--6021667	18	4.1	18	71	10	60	44	13	9	32	1.76
6021610--6021661	18	2.8	19	79	5	70	50	9	7	32	1.64
6021783--6022016	53	4.2	53	82	12	288	44	23	17	15	1.87
6021825--6022008	65	3.0	64	85	9	246	45	23	15	15	1.84
6021878--6021902	12	2.1	12	100	0	50	60	24	8	8	1.52
6021783--6022008	118	1.9	118	93	0	389	43	23	17	15	1.87
6021998--6022048	24	2.1	24	100	0	102	45	25	13	15	1.83
6022705--6022741	11	3.3	11	88	7	56	32	10	0	56	1.34
6023119--6023165	18	2.6	18	87	12	69	0	31	0	68	0.90
6023721--6023757	14	2.4	16	78	17	51	51	8	0	40	1.32
6026199--6026271	36	2.1	35	94	2	128	42	21	9	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6026373--6026425	21	2.6	21	79	11	65	52	16	3	26	1.61
6028851--6028972	25	5.0	23	86	6	109	29	23	18	27	1.98
6028865--6028972	25	4.4	24	87	6	146	28	24	18	28	1.98
6029021--6029087	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
6029021--6029076	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
6031126--6031157	15	2.1	15	94	0	55	37	28	12	21	1.90
6036200--6036260	30	2.0	30	90	3	95	34	9	3	52	1.51
6054810--6054857	21	2.3	21	85	0	60	31	29	25	14	1.95
6058327--6058436	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
6060057--6060169	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
6060055--6060169	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
6062334--6062372	21	1.9	20	89	5	60	23	7	0	69	1.14
6062342--6062385	21	2.0	22	82	4	54	29	6	2	61	1.34
6066098--6066157	20	2.9	20	72	13	59	53	5	8	33	1.53
6066098--6066159	22	2.9	21	79	9	72	53	4	9	32	1.55
6066266--6066328	24	2.6	25	77	22	80	58	3	4	33	1.35
6066394--6066459	22	3.0	23	78	12	68	53	9	1	36	1.42
6066409--6066458	21	2.5	20	81	9	59	56	6	2	36	1.36
6066385--6066455	22	3.2	23	74	18	62	53	9	1	35	1.43
6066470--6066516	25	2.0	22	84	16	58	57	0	4	38	1.18
6066710--6066738	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
6068669--6068834	90	1.8	90	89	2	262	36	21	15	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6068903--6068929	14	1.9	14	100	0	54	59	7	18	14	1.58
6068909--6069064	79	2.0	79	84	2	206	32	20	19	28	1.97
6068539--6069228	165	4.1	166	80	5	682	35	19	17	28	1.94
6069062--6069097	14	2.6	14	90	0	54	52	2	16	27	1.57
6081268--6081319	23	2.2	24	83	10	63	57	7	1	32	1.38
6081321--6081374	22	2.5	21	82	11	56	55	5	5	33	1.46
6081324--6081409	25	3.6	24	76	14	88	53	5	8	32	1.54
6081447--6081520	36	2.1	36	84	5	96	58	4	5	32	1.40
6081484--6081537	23	2.5	21	78	21	58	59	3	3	33	1.33
6081477--6081546	24	2.8	25	81	8	81	61	2	2	32	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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