genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.136.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46003378--46003426	25	2.0	25	87	0	71	34	22	14	28	1.93
46003461--46003527	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
46003577--46003686	26	4.3	26	86	4	138	29	20	21	29	1.98
46003819--46003912	42	2.2	42	90	0	143	29	13	20	36	1.91
46003934--46004043	31	3.5	31	88	0	166	31	16	23	28	1.96
46005463--46005679	56	3.9	55	82	9	248	35	24	13	26	1.92
46005467--46005678	112	1.9	111	89	0	325	35	25	12	26	1.92
46011628--46011834	56	3.7	56	86	1	272	34	23	14	27	1.94
46011628--46011839	112	1.9	111	89	2	327	34	23	14	27	1.93
46015814--46015843	8	3.6	8	95	4	51	13	0	26	60	1.34
46016150--46016212	29	2.2	29	94	5	110	25	17	23	33	1.96
46022834--46022918	40	2.2	40	84	2	109	28	31	22	17	1.97
46022988--46023095	47	2.4	45	87	9	148	27	29	10	32	1.90
46025179--46025246	34	2.0	34	97	0	127	38	30	8	22	1.84
46025681--46025721	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
46038556--46038622	28	2.3	30	92	5	111	23	20	25	29	1.99
46052126--46052254	27	4.7	28	80	9	140	27	17	31	24	1.97
46052126--46052259	55	2.4	55	87	6	191	27	17	30	24	1.97
46052305--46052432	32	4.0	31	89	2	166	38	10	24	26	1.88
46052305--46052429	64	1.9	65	90	4	200	39	10	24	25	1.87
46066629--46066741	43	2.6	42	81	10	122	30	16	23	30	1.96
46068980--46069018	6	6.5	6	90	0	60	2	15	0	82	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46074329--46074398	32	2.2	32	89	0	104	32	22	21	22	1.98
46074817--46075132	27	11.8	26	87	4	303	30	10	19	39	1.85
46077473--46077523	24	2.1	24	92	0	84	25	15	19	39	1.91
46079899--46079963	34	1.9	34	90	0	103	23	26	24	26	2.00
46095493--46095841	54	6.5	54	83	3	407	37	14	24	24	1.92
46098873--46098980	54	2.0	54	100	0	216	44	11	14	29	1.80
46110955--46111047	44	2.1	43	94	2	159	51	2	19	26	1.58
46114232--46114296	34	2.0	34	84	6	89	30	26	16	26	1.97
46114082--46114358	137	2.0	138	97	0	520	31	24	19	24	1.98
46116145--46116304	26	6.2	26	92	0	248	35	23	7	33	1.83
46116145--46116304	52	3.1	52	97	1	295	35	23	7	33	1.83
46120021--46120240	48	4.7	48	78	8	186	24	29	17	28	1.97
46120075--46120267	46	4.2	45	80	7	185	23	29	18	29	1.97
46126211--46126465	48	5.5	48	76	10	251	24	30	17	27	1.97
46126292--46126455	46	3.6	44	82	7	168	27	29	16	26	1.97
46126244--46126465	93	2.4	91	83	6	270	25	29	17	27	1.97
46130841--46130895	15	3.8	15	79	16	71	50	12	0	36	1.41
46132057--46132105	22	2.2	22	82	7	55	4	40	0	55	1.19
46132157--46132290	5	27.2	5	88	11	206	58	0	0	41	0.98
46132157--46132333	38	4.6	38	82	14	204	58	0	0	40	1.07
46132169--46132333	52	3.2	51	84	10	212	58	0	0	40	1.07
46138058--46138098	21	2.0	21	90	0	64	48	21	17	12	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46138083--46138159	21	3.7	21	71	0	73	38	20	23	16	1.92
46138062--46138159	42	2.3	42	82	0	124	40	20	22	16	1.91
46144855--46145113	40	6.5	40	86	4	285	25	25	21	27	1.99
46152876--46153100	40	5.7	39	88	5	276	26	26	21	25	2.00
46152876--46153100	119	1.9	120	83	6	296	26	26	21	25	2.00
46161973--46162059	21	4.2	21	73	2	77	39	18	24	18	1.92
46161980--46162059	41	2.0	41	89	0	124	38	18	25	17	1.92
46166268--46166451	40	4.7	40	81	6	198	24	27	22	25	2.00
46166268--46166451	79	2.3	81	83	6	216	24	27	22	25	2.00
46174829--46174908	23	3.5	21	80	14	79	20	18	22	38	1.93
46175768--46175799	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
46177331--46177469	29	4.9	29	85	2	174	25	16	30	27	1.97
46200317--46200414	52	1.9	50	83	4	124	37	12	14	35	1.83
46203709--46203954	80	3.1	79	82	9	277	22	15	19	41	1.90
46203683--46203954	27	10.1	26	77	11	228	22	16	19	41	1.90
46206352--46206522	40	4.3	40	91	2	258	21	26	23	27	1.99
46211781--46211975	40	4.9	40	91	0	311	22	26	23	27	2.00
46215162--46215219	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
46215562--46215733	46	3.7	46	82	6	186	26	19	30	23	1.98
46215650--46215873	49	4.7	47	72	10	154	28	18	29	23	1.98
46216604--46216709	55	1.9	54	92	1	176	24	21	27	26	1.99
46216609--46216736	55	2.4	55	86	2	161	24	20	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46222180--46222216	19	1.9	19	88	0	56	59	0	0	40	0.97
46222173--46222223	27	1.9	26	84	4	66	60	1	0	37	1.08
46222229--46222377	30	5.0	31	70	20	86	60	4	0	34	1.20
46222262--46222376	10	12.0	10	76	13	84	62	3	0	33	1.18
46222235--46222381	77	1.9	77	83	8	192	61	4	0	34	1.20
46222911--46222989	9	8.8	8	74	19	50	34	1	2	62	1.17
46223090--46223125	19	1.9	19	94	5	65	30	0	2	66	1.06
46222908--46223123	10	23.1	9	67	22	56	37	0	5	56	1.25
46225932--46225959	13	2.2	13	100	0	56	25	14	0	60	1.34
46228951--46228991	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
46234668--46234715	6	7.8	6	77	13	53	50	16	14	18	1.79
46234610--46234744	31	4.4	31	80	2	130	51	13	14	20	1.76
46234665--46234722	12	4.8	12	75	12	55	50	17	13	18	1.79
46234677--46234732	19	3.3	19	65	31	54	48	16	16	19	1.82
46235257--46235373	27	4.3	27	73	8	112	26	17	18	36	1.94
46235353--46235809	27	16.9	27	78	3	330	31	8	20	39	1.83
46235463--46235819	54	6.6	53	83	6	366	30	8	21	40	1.82
46235491--46235805	81	3.9	80	81	5	364	30	7	20	41	1.80
46246340--46246459	27	4.5	25	86	6	123	31	24	25	18	1.97
46246321--46246459	54	2.6	54	82	5	149	33	22	25	18	1.97
46246564--46246637	28	2.8	26	85	4	85	32	9	21	36	1.86
46246875--46246904	16	1.9	15	93	6	51	3	20	23	53	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46248079--46248188	26	4.2	26	97	0	193	35	24	6	33	1.81
46249894--46249951	22	2.6	22	97	0	107	53	6	5	34	1.50
46250097--46250181	43	1.9	45	83	4	111	32	2	2	62	1.21
46250160--46250198	19	2.1	19	90	4	62	38	0	5	56	1.22
46253949--46253994	17	2.7	18	76	10	51	39	4	21	34	1.73
46257448--46257486	15	2.5	16	87	4	53	30	5	0	64	1.15
46259413--46259603	55	3.5	54	82	2	222	21	26	17	34	1.96
46259418--46259606	53	3.5	55	83	6	226	21	24	18	34	1.96
46263161--46263312	27	5.6	27	92	3	241	31	28	13	26	1.93
46263161--46263312	55	2.8	55	93	0	259	31	28	13	26	1.93
46267930--46268075	48	3.0	48	80	4	168	27	21	23	28	1.99
46273523--46273556	16	2.1	16	88	0	50	61	5	2	29	1.34
46276146--46276285	70	2.0	70	95	0	253	37	8	16	37	1.79
46279829--46279858	16	1.9	15	93	6	51	56	20	20	3	1.56
46280107--46280171	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
46280277--46280366	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
46280289--46280377	27	3.2	28	82	4	81	23	26	17	31	1.97
46280277--46280391	55	2.1	56	82	8	137	20	24	20	34	1.96
46283645--46283676	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
46287112--46287158	15	3.2	15	81	6	51	63	14	0	21	1.30
46288306--46288339	11	2.9	12	86	8	52	70	11	0	17	1.16
46294895--46294928	16	2.0	17	88	11	52	47	5	5	41	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46296859--46296919	25	2.4	25	73	10	61	32	19	22	24	1.97
46296874--46296993	25	4.8	25	67	16	79	30	18	25	26	1.98
46300283--46300346	32	2.0	32	100	0	128	34	21	12	31	1.91
46307652--46307795	27	5.3	27	83	0	171	31	22	5	39	1.77
46307794--46307949	54	2.9	54	82	3	163	39	19	11	28	1.87
46307827--46308063	27	8.7	27	78	4	174	40	18	8	31	1.82
46307827--46307976	81	1.9	81	83	5	196	42	19	8	30	1.81
46308955--46309048	25	3.8	25	94	1	145	25	24	23	26	2.00
46308955--46309061	25	4.4	24	91	3	126	28	22	23	26	1.99
46309267--46309407	31	4.5	31	92	0	237	27	16	26	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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