genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  198  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67050397--67050547	40	3.8	39	82	6	135	25	21	27	25	1.99
67056956--67056990	17	2.1	17	94	0	61	40	37	0	22	1.55
67060225--67060428	40	5.1	40	84	7	247	25	27	23	22	1.99
67068206--67068382	40	4.5	40	86	5	227	25	27	23	23	2.00
67073515--67073680	38	4.3	39	82	3	183	19	21	26	32	1.97
67077396--67077570	46	3.8	46	78	15	198	29	29	20	21	1.98
67077404--67077575	93	1.8	93	92	0	290	28	30	20	20	1.98
67080282--67080395	43	2.7	43	81	2	131	33	26	14	25	1.95
67103229--67103442	43	5.0	43	80	10	233	28	26	17	27	1.97
67115229--67115282	28	1.9	28	96	0	99	46	7	9	37	1.64
67115475--67115539	34	1.9	33	84	9	87	26	23	21	29	1.99
67118354--67118403	25	2.0	25	92	0	82	44	26	10	20	1.82
67126115--67126293	28	6.4	28	94	1	288	27	11	26	34	1.90
67128150--67128182	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
67134046--67134071	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
67143334--67143358	11	2.3	11	100	0	50	68	0	8	24	1.16
67153664--67153700	13	2.8	13	95	0	65	29	8	24	37	1.84
67187910--67188216	40	7.7	39	87	5	375	27	28	20	24	1.99
67187910--67188212	80	3.8	80	88	4	416	27	27	20	24	1.99
67187897--67188216	120	2.7	119	88	2	439	27	28	20	24	1.99
67190759--67191433	47	14.4	47	95	0	1154	28	30	8	32	1.87
67191115--67191190	22	3.3	22	64	10	62	28	31	10	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67191256--67191378	22	5.3	22	62	18	61	26	30	9	32	1.89
67198275--67198400	29	4.4	29	82	4	148	26	13	29	30	1.94
67198275--67198400	58	2.2	58	84	1	164	26	13	29	30	1.94
67202620--67202662	16	2.7	16	77	0	50	51	18	20	9	1.74
67202872--67202967	29	3.3	29	86	1	131	27	11	29	32	1.91
67205407--67205531	46	2.7	45	88	2	178	21	20	27	30	1.98
67208059--67208107	25	2.0	25	95	0	89	32	16	36	14	1.89
67212961--67213130	93	1.8	93	87	2	252	22	18	29	30	1.97
67221280--67221636	39	9.2	39	92	0	545	19	22	28	30	1.98
67227023--67227379	39	9.2	39	92	0	545	19	22	28	30	1.98
67232761--67233115	39	9.2	39	91	1	536	19	21	28	30	1.98
67232761--67233115	116	3.1	116	90	1	532	19	21	28	30	1.98
67233062--67233148	40	2.2	39	87	2	120	16	14	29	39	1.88
67234931--67235186	39	6.6	39	88	2	336	18	21	28	31	1.97
67234939--67235219	39	7.2	39	87	3	180	17	21	28	32	1.96
67241763--67241891	42	3.1	42	89	2	197	27	18	24	28	1.98
67242832--67242896	33	2.0	33	96	0	121	21	0	38	40	1.54
67248796--67248999	42	4.9	42	83	7	238	28	15	25	30	1.96
67261244--67261412	48	3.6	47	76	13	154	28	18	28	23	1.98
67264468--67264547	38	2.1	38	90	0	124	20	22	28	28	1.98
67264519--67264707	43	4.4	43	89	1	265	13	21	33	31	1.92
67266383--67266554	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67266376--67266551	46	3.8	46	78	12	198	29	28	20	21	1.98
67266384--67266570	46	4.0	45	72	18	136	29	28	20	21	1.98
67277083--67277212	41	3.2	41	87	0	179	34	16	25	23	1.95
67277158--67277214	20	2.8	21	71	10	55	29	15	29	24	1.96
67283425--67283634	46	4.5	47	80	9	157	24	27	18	29	1.98
67283475--67283641	46	3.6	45	83	8	160	24	28	17	29	1.97
67288744--67288798	29	1.9	28	85	3	74	40	14	10	34	1.81
67288843--67288891	23	2.1	23	96	0	89	38	26	10	24	1.87
67289317--67289376	6	10.0	6	100	0	120	33	0	16	50	1.46
67289376--67289449	37	2.0	37	100	0	148	35	16	18	29	1.93
67290555--67290599	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
67295147--67295191	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
67298058--67298114	3	19.0	3	88	0	60	0	22	36	40	1.55
67298067--67298113	18	2.6	18	100	0	94	0	19	38	42	1.51
67298760--67298807	19	2.6	19	83	3	62	35	4	12	47	1.60
67302095--67302142	19	2.6	19	80	3	53	39	2	10	47	1.49
67305256--67305311	28	2.0	28	100	0	112	42	14	17	25	1.87
67307167--67307236	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
67310217--67310264	18	2.7	18	100	0	96	35	14	12	37	1.84
67310692--67310928	71	3.3	72	90	3	374	23	5	15	55	1.62
67312749--67312805	19	2.9	19	89	7	80	56	0	0	43	0.99
67313006--67313031	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67314968--67315016	21	2.3	21	96	0	89	24	30	32	12	1.92
67317041--67317140	28	3.6	28	73	6	87	27	28	14	31	1.95
67319120--67319344	47	4.8	48	76	10	189	23	30	19	27	1.98
67319174--67319342	46	3.6	47	81	7	168	22	30	18	28	1.98
67323541--67323629	42	2.1	42	91	0	142	21	31	23	23	1.98
67326091--67326177	44	2.0	44	95	0	156	28	26	17	27	1.97
67327983--67328087	36	2.9	36	83	5	115	40	27	15	17	1.89
67337314--67337387	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
67345413--67345486	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
67349790--67349895	25	4.3	24	74	16	83	23	23	20	32	1.98
67349790--67349895	50	2.1	49	86	5	142	23	23	20	32	1.98
67350041--67350099	31	1.9	31	83	16	79	44	6	15	33	1.73
67351588--67351621	14	2.4	14	95	0	59	41	14	11	32	1.82
67365270--67365352	30	2.9	30	78	5	91	37	19	20	22	1.94
67365282--67365352	30	2.3	32	80	9	92	38	18	19	23	1.93
67370934--67371005	25	2.9	24	81	6	81	25	22	16	36	1.94
67371190--67371251	31	2.1	30	82	17	76	45	8	17	29	1.77
67374454--67374547	28	3.3	29	83	2	102	21	11	36	30	1.89
67379525--67379549	12	2.1	12	100	0	50	60	16	0	24	1.36
67379658--67379755	41	2.4	42	79	5	94	39	14	29	16	1.88
67386367--67386431	20	3.2	20	77	0	76	21	21	20	36	1.95
67388142--67388183	13	3.2	13	86	0	57	19	4	33	42	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67389667--67389697	14	2.2	14	94	0	53	77	0	3	19	0.90
67391585--67391617	5	6.8	5	93	6	59	78	0	0	21	0.75
67393143--67393185	22	2.0	22	86	9	61	53	6	0	39	1.28
67403249--67403287	20	2.0	20	89	0	60	38	15	23	23	1.92
67403248--67403288	11	3.9	11	78	12	50	41	14	21	21	1.89
67405125--67405296	38	4.5	38	91	0	281	34	31	19	14	1.92
67408486--67408531	19	2.3	20	96	3	85	23	10	17	47	1.79
67408846--67408886	19	2.2	19	95	4	75	65	4	12	17	1.42
67414257--67414294	19	2.0	19	94	0	67	21	13	21	44	1.85
67414461--67414662	95	2.1	95	86	4	275	30	12	27	30	1.93
67415128--67415167	21	1.9	21	94	0	71	40	20	10	30	1.85
67423623--67423790	27	6.2	27	85	2	212	36	17	20	26	1.94
67423992--67424108	27	4.3	26	87	7	144	17	21	23	36	1.94
67426203--67426359	43	3.7	43	74	5	122	31	22	18	28	1.97
67428637--67428662	12	2.2	12	100	0	52	23	38	30	7	1.83
67431503--67431669	46	3.6	46	80	4	201	19	20	30	28	1.97
67431499--67431669	93	1.8	93	93	0	297	19	21	30	28	1.97
67438365--67438588	29	8.0	28	73	11	145	24	15	23	37	1.93
67439071--67439095	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
67442596--67442770	46	3.8	46	75	9	176	22	21	26	29	1.99
67442595--67442765	93	1.8	93	89	2	272	21	21	27	29	1.99
67452343--67452626	48	5.9	48	94	0	478	34	6	27	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67452773--67452875	37	2.8	37	92	0	170	23	21	32	23	1.98
67460299--67460375	17	4.2	17	67	20	57	48	12	2	36	1.56
67460290--67460405	56	2.1	56	95	0	205	45	13	3	37	1.61
67462672--67462829	78	2.0	78	100	0	316	25	35	24	15	1.94
67463173--67463318	25	6.0	24	85	5	161	29	19	20	30	1.97
67463187--67463318	49	2.7	48	84	5	167	29	19	19	31	1.97
67463367--67463433	20	3.3	20	89	0	107	32	19	11	35	1.88
67465485--67465510	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
67466884--67467129	40	6.2	40	93	1	388	23	22	26	27	2.00
67470087--67470143	30	1.9	30	88	0	87	35	14	22	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345