genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.339.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112883794--112883954	42	3.7	42	81	8	171	28	25	14	31	1.95
112883864--112884000	49	2.9	48	84	4	161	30	26	13	29	1.94
112883879--112884053	47	3.7	46	80	5	163	30	25	15	28	1.96
112884069--112884186	31	3.8	31	90	0	173	25	26	20	27	1.99
112888086--112888151	31	2.1	31	100	0	132	24	6	25	43	1.77
112888689--112888727	18	2.1	19	95	4	71	58	5	10	25	1.51
112893441--112893555	6	19.2	6	100	0	230	50	16	0	33	1.46
112895431--112895468	20	1.9	20	84	10	51	50	5	7	36	1.54
112895989--112896070	37	2.2	38	79	18	93	47	1	2	48	1.22
112896038--112896110	25	2.9	25	75	18	80	60	0	0	39	0.97
112896202--112896232	15	2.1	15	93	0	53	51	19	9	19	1.74
112897077--112897119	21	2.0	21	81	0	50	39	0	4	55	1.20
112897740--112897860	60	2.0	60	98	0	233	28	22	9	39	1.86
112899326--112899362	20	1.9	20	94	5	67	59	0	0	40	0.97
112899831--112899875	18	2.5	18	92	0	72	60	35	0	4	1.17
112904784--112904878	46	2.2	41	81	9	100	28	6	2	63	1.30
112905416--112905449	16	2.1	17	88	5	52	23	11	8	55	1.63
112916826--112917057	119	1.9	119	90	1	367	33	16	18	31	1.94
112917001--112917912	83	11.0	83	93	1	1490	33	19	19	27	1.96
112920316--112920349	16	2.1	17	88	5	52	23	11	8	55	1.63
112922298--112922562	134	2.0	134	86	3	372	27	22	17	32	1.96
112924551--112924676	62	2.0	62	84	6	166	47	0	0	51	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112924619--112924650	16	2.1	15	94	5	55	53	0	0	46	1.00
112929210--112929273	18	3.4	18	72	16	67	29	4	3	62	1.31
112929211--112929286	38	2.0	38	100	0	152	31	5	5	57	1.43
112933019--112933051	17	1.9	17	93	0	57	9	0	39	51	1.34
112936805--112936843	20	1.9	19	85	10	51	56	2	0	41	1.13
112940424--112940461	20	1.9	20	88	0	58	26	18	10	44	1.82
112950232--112950286	27	2.0	27	86	6	76	29	0	1	69	0.99
112950260--112950285	11	2.4	11	100	0	52	30	0	0	69	0.89
112952629--112952653	11	2.3	11	100	0	50	40	16	0	44	1.47
112954968--112955019	26	2.0	26	96	0	95	25	15	13	46	1.82
112962045--112962238	64	3.0	64	90	0	298	30	14	13	40	1.86
112962372--112962856	177	2.7	177	83	3	602	30	16	26	27	1.96
112962686--112962779	44	2.1	45	80	5	102	28	13	26	30	1.94
112962770--112962936	89	1.9	89	86	5	239	29	15	25	28	1.96
112962815--112962988	89	2.0	89	80	6	201	28	17	24	29	1.97
112966569--112966629	30	2.0	31	83	3	79	49	14	1	34	1.54
112973211--112973236	12	2.2	12	100	0	52	34	26	15	23	1.94
112975174--112975414	130	1.9	130	83	1	322	34	20	20	25	1.97
112975465--112975781	131	2.4	132	83	3	372	34	17	18	29	1.94
112975538--112975820	131	2.1	131	86	1	377	33	16	18	31	1.93
112981626--112981672	23	2.0	23	100	0	94	29	17	12	40	1.86
112984125--112984158	16	2.1	17	94	5	61	64	5	0	29	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112991910--112991966	31	1.9	29	82	10	71	26	15	19	38	1.92
112997305--112997385	24	3.4	24	68	28	73	44	4	13	37	1.66
112997297--112997390	47	2.0	47	100	0	188	42	4	14	38	1.66
112998687--112998772	41	2.1	40	82	2	100	65	10	3	20	1.38
112999016--112999118	35	2.9	36	82	4	129	30	12	23	33	1.92
113000421--113000607	48	3.9	48	83	2	207	18	17	29	34	1.94
113000422--113000597	96	1.8	96	86	4	257	18	17	28	35	1.94
113005976--113006082	54	2.0	54	83	0	133	45	20	14	18	1.85
113014235--113014268	15	2.3	15	89	0	50	52	14	0	32	1.42
113014229--113014288	19	2.8	20	76	19	52	55	10	3	31	1.50
113014427--113014460	16	2.2	15	89	5	50	55	0	5	38	1.24
113021583--113021929	47	7.4	47	91	0	532	32	8	30	27	1.87
113021638--113021760	22	5.3	22	62	14	59	32	9	30	27	1.89
113023789--113024390	179	3.4	176	85	8	764	35	19	17	26	1.94
113023789--113024390	90	6.9	84	79	10	447	35	19	17	26	1.94
113024212--113024246	14	2.5	14	90	0	52	51	8	22	17	1.72
113023723--113024390	350	1.9	344	83	8	854	35	19	17	27	1.94
113024081--113024495	195	2.2	184	87	9	576	34	19	18	27	1.95
113024059--113024427	90	4.1	89	83	5	415	36	18	18	27	1.94
113024393--113024441	14	3.5	14	77	5	55	57	6	20	16	1.60
113024433--113024570	71	1.9	71	89	0	213	29	22	16	31	1.96
113032888--113032919	4	8.0	4	100	0	64	50	0	25	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113035437--113035512	22	3.2	24	74	9	66	52	10	7	28	1.64
113035864--113035909	21	2.1	22	96	4	85	60	10	4	23	1.47
113036042--113036084	21	2.0	21	82	8	52	62	2	6	27	1.33
113038385--113038501	38	3.1	38	92	3	193	33	18	23	23	1.97
113038385--113038531	76	1.9	76	82	8	183	31	21	24	23	1.98
113044502--113044547	23	2.2	20	84	11	56	34	6	15	43	1.72
113045921--113045960	19	2.0	20	85	4	55	72	5	0	22	1.04
113050900--113050944	21	2.2	20	84	4	54	48	22	2	26	1.62
113054523--113054607	23	3.6	23	69	10	64	58	2	9	29	1.42
113054553--113054634	33	2.3	38	83	12	102	52	0	13	34	1.41
113054619--113054660	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
113055560--113056068	206	2.5	206	95	0	901	27	22	19	30	1.98
113055886--113056251	183	2.0	183	97	0	696	27	23	18	30	1.98
113055680--113056457	389	2.0	389	95	0	1403	28	22	18	30	1.98
113056069--113056624	206	2.7	206	93	1	934	27	22	19	30	1.98
113063338--113063362	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
113069929--113070278	86	4.1	86	92	0	547	26	22	24	26	2.00
113069983--113070203	42	5.2	42	62	20	107	26	24	23	24	2.00
113070226--113070635	134	3.1	134	95	0	732	27	19	22	30	1.98
113070571--113070730	45	3.4	45	67	17	126	28	17	24	29	1.97
113070537--113070732	97	2.0	96	95	1	349	29	18	22	29	1.97
113070403--113070866	231	2.0	229	96	0	847	28	20	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113070632--113071028	134	2.9	135	94	1	688	26	20	23	28	1.99
113070997--113071836	132	6.3	132	85	2	981	27	16	26	29	1.97
113070991--113071847	44	19.4	44	75	7	610	27	15	26	29	1.96
113071892--113072057	42	4.0	42	77	10	187	36	24	18	21	1.95
113073784--113073808	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
113080375--113080724	86	4.1	86	93	0	556	26	22	24	26	2.00
113080429--113080649	42	5.2	42	61	20	107	26	25	23	24	2.00
113080672--113081081	134	3.1	134	94	0	714	28	19	22	30	1.98
113080983--113081178	97	2.0	96	94	1	340	29	17	22	29	1.97
113080849--113081312	231	2.0	229	95	0	829	28	19	22	29	1.98
113081078--113081474	134	2.9	135	94	1	688	26	20	23	28	1.99
113081145--113081378	46	5.2	46	66	9	131	25	21	23	28	1.99
113081443--113082282	132	6.3	132	85	2	981	27	16	26	29	1.97
113081437--113082293	44	19.4	44	75	7	610	27	15	26	29	1.96
113082338--113082503	42	4.0	42	79	10	196	35	24	19	21	1.96
113084228--113084252	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
113091686--113091771	23	3.7	23	69	10	66	59	2	9	29	1.41
113091717--113091798	33	2.3	38	83	12	102	52	0	13	34	1.41
113091783--113091824	19	2.3	18	87	4	57	69	2	2	26	1.13
113092205--113092257	13	4.4	13	81	18	78	5	0	54	39	1.24
113092189--113092257	35	2.0	35	91	0	111	10	0	53	36	1.35
113092213--113092259	22	2.1	22	100	0	94	4	0	59	36	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113097727--113097775	3	16.7	3	78	4	55	63	2	6	28	1.30
113097727--113097770	18	2.4	18	92	0	70	61	2	6	29	1.34
113099631--113099681	12	4.4	12	75	9	61	37	15	1	45	1.58
113099679--113099713	16	2.2	16	94	0	61	25	8	11	54	1.64
113100037--113100088	10	5.1	10	83	2	59	23	5	1	69	1.20
113106306--113106429	30	4.1	30	92	1	194	44	6	23	25	1.77
113106358--113106407	15	3.3	15	72	10	57	46	8	20	26	1.78
113109951--113110215	103	2.6	104	91	1	426	19	20	29	29	1.97
113115220--113115485	103	2.6	104	91	0	426	19	20	30	29	1.97
113118953--113119060	15	7.2	15	65	12	69	45	7	21	25	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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