genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  206  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69883257--69883300	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
69885638--69885794	49	3.2	49	80	5	190	24	19	26	30	1.98
69897335--69897398	27	2.4	27	84	7	78	17	23	23	35	1.95
69900055--69900159	53	2.0	53	94	3	185	30	15	20	34	1.93
69900718--69900754	12	3.2	12	85	14	60	35	8	16	40	1.78
69909822--69909881	21	3.0	21	80	9	72	10	26	0	63	1.26
69912176--69912238	27	2.3	29	81	10	71	49	12	9	28	1.72
69919197--69919266	35	2.0	35	83	8	90	22	8	14	54	1.67
69919263--69919393	50	2.6	49	75	10	140	38	13	11	36	1.81
69923281--69923338	23	2.5	23	97	0	107	18	20	20	39	1.92
69923480--69923542	33	1.9	33	86	0	90	23	22	26	26	2.00
69928094--69928170	35	2.2	35	97	0	145	45	0	18	36	1.49
69928406--69928492	28	3.1	28	91	0	129	34	9	27	28	1.88
69928415--69928512	28	3.5	28	87	2	126	35	10	25	28	1.89
69940159--69940238	25	3.3	24	84	7	108	30	28	18	22	1.98
69940159--69940250	25	3.8	25	82	8	102	30	27	18	23	1.98
69945308--69945384	37	2.1	36	85	7	102	15	11	5	67	1.38
69947328--69947406	39	2.0	39	100	0	158	46	17	5	30	1.70
69953329--69953425	34	2.8	32	75	13	86	21	13	10	54	1.68
69954564--69954595	14	2.2	15	94	5	57	25	0	18	56	1.42
69962689--69962865	27	6.5	27	84	2	194	25	14	28	30	1.95
69962689--69962844	82	1.9	81	89	3	242	26	14	28	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69962685--69962865	82	2.2	81	84	2	238	26	14	28	30	1.95
69964339--69964597	40	6.6	40	81	6	305	26	19	27	26	1.99
69968325--69968767	47	9.4	47	90	1	649	26	30	10	32	1.90
69988770--69988841	26	2.8	25	81	12	83	34	8	23	33	1.85
69988762--69988830	25	2.7	24	82	10	84	37	5	24	31	1.79
69993140--69993269	39	3.3	40	89	4	176	26	27	20	26	1.99
69993174--69993304	39	3.5	38	86	6	144	22	29	21	26	1.99
69997736--69997821	43	2.0	43	82	8	104	26	19	26	26	1.99
70014746--70014853	26	4.2	26	92	0	180	31	8	24	36	1.85
70017785--70017887	51	2.0	51	86	0	143	33	17	7	41	1.78
70019296--70019520	40	5.6	40	81	11	223	24	26	22	26	2.00
70019296--70019521	80	2.8	79	81	10	271	25	26	22	26	2.00
70019296--70019521	120	1.9	120	82	9	291	25	26	22	26	2.00
70030465--70030532	33	2.1	33	100	0	136	27	20	8	42	1.82
70035526--70035578	24	2.2	24	80	6	63	35	1	45	16	1.59
70036673--70036721	19	2.5	19	87	9	64	20	20	36	22	1.95
70037125--70037198	27	2.8	26	85	2	94	18	22	22	35	1.96
70040426--70040608	63	2.8	65	80	9	198	22	30	17	30	1.97
70040426--70040677	67	3.8	65	77	10	212	23	28	17	30	1.97
70053222--70053446	80	2.8	79	81	9	269	26	22	25	25	2.00
70053223--70053446	40	5.6	39	82	10	210	26	22	25	25	2.00
70053275--70053469	79	2.5	79	82	9	202	28	21	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70072315--70072377	32	2.0	32	100	0	126	34	3	22	39	1.70
70075235--70075284	25	2.0	25	84	3	66	38	2	4	56	1.30
70077350--70077387	19	2.1	19	85	5	51	31	2	10	55	1.48
70077684--70077727	23	2.0	22	86	13	63	34	2	0	63	1.07
70079349--70079406	29	2.0	30	86	3	82	22	1	12	63	1.37
70080596--70080631	19	1.9	19	88	5	56	66	0	0	33	0.92
70080733--70080784	23	2.3	23	80	6	61	32	3	0	63	1.12
70080789--70080839	25	2.0	25	100	0	102	31	11	19	37	1.88
70081659--70081765	54	2.0	54	88	3	162	43	13	23	19	1.86
70081694--70081895	102	1.9	105	89	5	311	37	11	24	26	1.90
70081653--70081872	51	4.3	50	73	17	186	40	12	24	23	1.88
70082346--70082370	11	2.3	11	100	0	50	0	8	16	76	1.02
70083635--70083670	18	2.0	18	100	0	72	38	11	16	33	1.84
70088635--70088690	28	2.0	28	100	0	112	32	14	14	39	1.86
70094899--70095072	46	3.8	45	82	3	159	33	21	16	28	1.95
70094899--70095074	92	1.9	92	81	2	210	33	22	16	27	1.95
70094926--70095089	46	3.6	45	77	6	141	34	21	18	25	1.96
70097271--70097335	27	2.4	27	86	0	94	40	6	26	27	1.80
70101739--70101774	18	2.0	18	100	0	72	33	5	22	38	1.77
70104641--70104691	20	2.5	20	84	6	59	25	0	11	62	1.29
70111971--70112087	42	2.8	42	92	1	200	34	7	12	45	1.71
70114763--70114802	20	2.0	20	85	9	55	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70117149--70117208	32	2.0	28	100	0	84	50	10	10	30	1.69
70117605--70117699	20	4.7	21	80	7	99	18	23	23	34	1.96
70119152--70119234	43	1.9	43	92	0	139	22	20	28	27	1.99
70122641--70122714	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
70125106--70125198	28	3.3	28	92	0	141	33	11	25	29	1.91
70125106--70125213	28	3.9	28	88	0	135	34	12	24	29	1.91
70125385--70125532	41	3.6	40	76	7	145	27	19	29	23	1.98
70125385--70125532	40	3.6	41	76	5	147	27	19	29	23	1.98
70128430--70128480	20	2.5	20	80	0	57	11	21	25	41	1.87
70131072--70131144	26	2.8	25	80	15	85	34	19	10	35	1.87
70136753--70136892	48	2.9	48	82	2	183	20	16	32	31	1.94
70156761--70156787	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
70157234--70157331	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
70157262--70157344	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
70165040--70165066	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
70165541--70165567	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
70164630--70165640	501	2.0	501	99	0	1986	32	11	22	33	1.91
70166016--70166113	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
70166044--70166126	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
70172172--70172256	41	2.1	41	97	2	163	35	22	11	30	1.90
70174397--70174520	43	2.9	44	73	4	119	29	16	22	30	1.96
70179960--70180200	43	5.6	43	95	0	419	31	32	24	11	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70180198--70180300	38	2.7	38	86	0	134	29	24	23	23	1.99
70194434--70194472	16	2.5	15	83	8	51	43	0	2	53	1.14
70201317--70201504	43	4.2	46	70	13	149	29	23	18	27	1.98
70201366--70201533	90	1.9	89	81	6	205	31	24	17	26	1.97
70203535--70203637	36	2.9	35	76	5	107	28	22	23	26	1.99
70205546--70205622	40	1.9	40	100	0	154	36	15	9	38	1.79
70210115--70210157	12	3.6	12	87	0	59	13	20	0	65	1.27
70210251--70210307	13	3.9	14	80	17	55	5	19	5	70	1.26
70211135--70211181	16	2.8	17	90	6	69	19	10	4	65	1.39
70211135--70211192	17	3.5	17	88	6	75	15	12	3	68	1.32
70221947--70222214	47	5.7	46	73	12	163	28	20	28	22	1.98
70221947--70222207	94	2.8	91	77	9	244	29	19	28	22	1.98
70222902--70222926	13	1.9	13	100	0	50	28	24	32	16	1.96
70225273--70225380	37	2.9	37	91	0	180	26	29	21	22	1.99
70225499--70225908	47	8.6	47	93	1	685	29	29	8	32	1.86
70229462--70229606	57	2.5	58	78	4	141	33	22	16	28	1.95
70231591--70231627	19	1.9	19	88	0	56	29	5	8	56	1.51
70231909--70231953	21	2.1	22	83	4	56	46	11	8	33	1.70
70234971--70235104	32	4.1	32	84	6	144	32	11	20	35	1.88
70234971--70235104	65	2.1	65	81	5	155	32	11	20	35	1.88
70240187--70240282	27	3.4	28	89	2	131	27	12	28	32	1.93
70240215--70240297	27	3.0	27	85	5	87	30	10	25	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70240187--70240298	28	4.0	27	82	6	89	28	11	25	33	1.91
70245001--70245026	13	2.0	13	100	0	52	30	0	7	61	1.24
70246447--70246488	21	2.0	21	95	0	75	19	14	26	40	1.89
70246411--70246528	61	1.9	61	96	0	218	21	18	26	33	1.96
70246468--70246628	40	4.1	40	87	2	236	22	21	26	28	1.99
70256613--70256837	40	5.7	40	83	5	260	25	28	21	25	1.99
70256615--70256837	119	1.9	120	83	6	292	25	27	21	25	1.99
70259977--70260151	87	2.0	87	100	0	350	46	20	6	26	1.76
70265965--70265998	17	1.9	18	88	5	52	26	0	2	70	1.01
70266178--70266334	83	1.9	83	81	3	192	37	7	8	46	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345