genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.210.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  210  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71266286--71266503	25	9.0	24	90	5	291	27	21	23	27	1.99
71266286--71266499	98	2.2	98	85	8	278	27	21	23	27	1.99
71266696--71266756	31	2.0	31	86	0	86	34	14	26	24	1.94
71268577--71268652	21	3.6	21	69	25	70	56	2	13	27	1.50
71268587--71268671	42	2.0	42	100	0	170	55	2	14	28	1.51
71271236--71271385	43	3.5	43	78	7	135	26	20	26	27	1.99
71271235--71271404	85	2.0	85	79	4	182	25	19	25	29	1.98
71278129--71278231	47	2.2	47	85	3	136	37	22	10	29	1.88
71278594--71278634	12	3.3	12	86	3	55	46	0	7	46	1.30
71278594--71278643	25	2.0	25	84	0	64	44	0	12	44	1.41
71280125--71280164	20	2.0	20	95	0	71	37	10	0	52	1.35
71283283--71283325	5	8.6	5	94	0	68	13	0	4	81	0.84
71288046--71288115	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
71288046--71288143	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
71296127--71296223	27	3.6	27	97	1	167	31	28	12	26	1.93
71296126--71296251	54	2.3	56	86	4	175	31	29	12	26	1.93
71296126--71296251	27	4.5	28	91	2	139	31	29	12	26	1.93
71298150--71298198	25	2.0	25	88	4	73	32	24	4	38	1.74
71301579--71301617	10	3.8	10	83	6	51	30	2	2	64	1.21
71301579--71301620	21	2.0	20	90	4	66	33	2	4	59	1.31
71305922--71305965	23	2.0	23	90	4	72	25	0	25	50	1.50
71305947--71305981	15	2.3	15	85	14	54	20	0	22	57	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71306671--71307048	126	3.0	125	88	3	532	35	17	18	28	1.94
71310968--71311006	18	2.2	18	85	0	51	46	10	2	41	1.51
71311384--71311448	25	2.6	25	85	0	85	21	21	20	36	1.95
71312858--71312902	16	2.8	16	80	12	56	22	2	4	71	1.15
71313782--71313836	7	7.4	7	78	10	56	47	0	0	52	1.00
71313788--71313873	30	2.9	30	80	19	101	43	0	0	56	0.99
71315379--71315412	13	2.6	13	90	0	50	88	2	8	0	0.62
71315379--71315407	7	4.3	7	91	8	51	89	0	10	0	0.48
71326913--71326942	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
71335831--71335859	11	2.6	11	100	0	58	51	17	0	31	1.45
71336090--71336210	43	2.9	42	82	2	152	29	25	14	30	1.94
71337817--71337874	12	4.6	12	74	8	53	29	3	1	65	1.19
71353114--71353168	28	2.0	28	88	0	83	30	9	10	49	1.69
71353971--71354193	45	5.0	45	96	0	383	22	21	29	26	1.99
71355950--71356121	93	1.8	93	92	0	290	27	28	22	21	1.99
71355943--71356118	46	3.8	46	76	12	189	28	28	21	21	1.98
71357498--71357531	16	2.0	18	88	11	54	23	20	11	44	1.84
71375522--71375553	14	2.3	14	100	0	64	46	6	12	34	1.67
71383278--71383327	25	2.0	25	84	0	64	34	32	0	34	1.58
71391347--71391564	46	4.7	46	90	2	314	39	13	23	22	1.90
71391454--71391597	46	3.2	46	84	4	132	43	15	20	20	1.87
71399024--71399128	37	2.8	37	89	0	156	25	32	19	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71399286--71399467	48	3.8	48	87	4	276	30	25	7	36	1.83
71399283--71399461	98	1.8	96	92	4	306	30	25	7	36	1.83
71399437--71399630	47	4.1	47	87	0	271	26	29	10	33	1.89
71399530--71399601	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
71407297--71407328	15	2.1	15	94	0	55	68	0	25	6	1.12
71407730--71407776	24	2.0	24	86	0	67	51	6	2	40	1.39
71408312--71408374	26	2.4	26	97	0	117	23	6	6	63	1.41
71421466--71421500	17	2.1	17	88	0	52	48	0	0	51	1.00
71421456--71421505	23	2.2	23	81	0	55	48	0	4	48	1.20
71422048--71422097	12	4.5	11	76	14	57	38	0	6	56	1.24
71422144--71422177	16	2.2	16	94	5	61	67	5	0	26	1.13
71428351--71428416	33	2.0	33	100	0	132	36	15	21	27	1.93
71437477--71437545	34	2.0	34	94	0	120	40	11	31	15	1.84
71439904--71440004	53	1.9	53	89	0	157	21	15	5	56	1.61
71440400--71440487	46	1.9	46	90	4	142	31	15	26	26	1.96
71440787--71440981	89	2.2	89	79	5	198	27	17	24	29	1.98
71440864--71441146	143	2.0	142	81	5	338	32	19	21	26	1.97
71443082--71443146	24	2.6	25	76	9	69	20	3	1	75	1.02
71443188--71443251	3	20.3	3	84	9	65	26	3	7	62	1.38
71444244--71444301	23	2.4	23	85	8	71	13	29	22	34	1.93
71446815--71446866	25	2.0	26	85	3	70	25	13	23	38	1.91
71448345--71448409	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71448351--71448421	32	2.4	29	86	9	90	40	21	5	32	1.76
71455383--71455447	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
71464221--71464260	13	3.1	13	88	0	62	30	7	22	40	1.81
71500606--71500669	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
71500613--71500669	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
71501814--71501958	37	3.9	37	88	0	209	25	31	20	22	1.98
71502075--71502482	47	8.6	47	93	2	660	30	29	7	33	1.85
71506172--71506219	24	2.0	24	84	11	64	27	33	8	31	1.86
71507934--71508073	37	3.8	37	87	1	199	25	31	18	24	1.98
71507934--71508073	75	1.9	75	90	0	226	25	31	18	24	1.98
71508189--71508589	47	8.6	47	89	6	602	29	29	7	33	1.84
71508189--71508589	93	4.3	94	91	5	602	29	29	7	33	1.84
71508237--71508589	142	2.5	140	93	4	602	30	28	7	33	1.84
71512509--71513131	40	15.8	40	88	3	870	26	26	21	25	1.99
71514395--71514539	37	3.9	37	92	0	227	25	31	20	22	1.98
71514658--71515081	47	8.6	47	85	8	560	29	29	8	33	1.86
71514658--71515081	96	4.3	94	86	8	560	29	29	8	33	1.86
71514853--71514882	14	2.1	14	93	0	51	36	23	3	36	1.71
71514806--71514929	61	2.0	61	96	0	230	31	27	7	33	1.84
71514759--71514978	108	2.0	109	96	1	406	31	27	7	33	1.85
71520454--71521050	47	12.6	47	93	2	991	33	8	28	29	1.86
71520454--71521050	143	4.2	141	94	2	991	33	8	28	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71522124--71522345	123	1.8	123	92	0	381	21	36	8	34	1.83
71524951--71524981	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
71524998--71525053	19	3.2	19	70	14	57	46	0	0	53	1.00
71525004--71525051	15	2.9	15	77	17	51	52	0	0	47	1.00
71525725--71525752	13	2.2	13	100	0	56	53	0	14	32	1.41
71527593--71527623	6	5.2	6	96	0	53	35	0	0	64	0.94
71531670--71531722	26	2.0	27	81	3	63	37	22	7	32	1.82
71534660--71534684	13	1.9	13	100	0	50	56	16	8	20	1.65
71535000--71535033	15	2.3	15	89	0	50	58	0	2	38	1.13
71537556--71538032	89	5.4	88	66	10	238	28	25	16	29	1.96
71537624--71537724	44	2.3	43	80	10	105	32	24	14	27	1.95
71537537--71538482	177	5.4	177	82	4	1069	27	25	17	29	1.97
71538152--71538420	88	3.0	87	68	14	219	28	23	17	31	1.96
71539739--71539781	22	1.9	23	90	4	70	16	2	9	72	1.21
71539755--71539791	19	2.0	20	84	10	51	21	0	8	70	1.13
71539762--71539830	11	6.1	11	73	20	54	15	2	2	78	1.00
71540547--71540584	13	2.9	13	88	0	58	0	2	18	78	0.86
71545072--71545096	13	1.9	13	100	0	50	56	16	8	20	1.65
71545413--71545446	15	2.3	15	89	0	50	58	0	2	38	1.13
71546995--71547029	12	2.9	12	86	0	52	60	0	28	11	1.32
71548768--71548798	3	10.3	3	92	0	53	61	0	3	35	1.12
71548895--71548933	20	2.1	18	86	13	53	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71548904--71548942	4	10.0	4	91	5	62	76	0	2	20	0.90
71550817--71551078	91	2.9	89	81	7	291	38	17	14	29	1.90
71550986--71551281	73	4.0	73	85	2	378	31	20	17	31	1.95
71550986--71551288	148	2.0	148	91	0	489	31	19	17	31	1.95
71553650--71553676	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
71562468--71562534	35	1.9	35	93	0	116	47	20	14	16	1.82
71565221--71565267	20	2.4	21	79	13	55	57	4	8	29	1.48
71565428--71565515	46	1.9	45	82	11	108	60	1	9	29	1.35
71565742--71565795	3	17.7	3	85	11	74	64	0	5	29	1.16
71567295--71567622	44	7.2	44	70	11	140	25	21	21	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345