genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19200373--19200430	28	2.0	28	83	12	73	48	8	0	43	1.34
19203201--19203274	30	2.5	30	80	8	87	28	18	21	31	1.97
19203212--19203390	66	2.7	65	81	5	207	27	15	26	30	1.96
19215016--19215375	47	7.7	46	73	15	249	23	28	19	28	1.98
19215016--19215372	94	3.8	94	78	10	340	23	28	19	29	1.98
19218672--19218779	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
19222657--19222707	19	2.6	19	73	17	50	45	15	1	37	1.58
19227021--19227056	16	2.2	17	90	5	56	47	0	36	16	1.47
19239526--19239595	16	4.4	16	88	0	104	41	4	25	28	1.74
19239582--19239668	44	2.0	45	86	6	124	34	5	22	36	1.78
19240047--19240081	13	2.8	12	83	8	52	57	0	11	31	1.34
19240153--19240194	8	5.2	8	91	0	57	35	0	0	64	0.94
19240149--19240194	12	3.8	12	88	0	65	36	0	0	63	0.95
19247406--19247446	14	3.0	14	89	3	57	43	39	0	17	1.49
19247506--19247556	25	2.0	25	84	7	66	25	3	29	41	1.73
19251432--19251531	52	1.9	52	93	0	173	29	29	9	33	1.88
19254647--19254929	70	4.0	70	79	3	273	31	21	21	25	1.98
19254656--19254929	140	2.0	140	80	1	307	32	21	21	25	1.98
19260411--19260455	18	2.4	19	81	3	56	57	11	2	28	1.45
19260589--19261048	78	5.8	78	82	8	515	38	13	15	32	1.87
19260589--19260965	152	2.4	152	86	4	508	37	12	16	32	1.86
19263034--19263076	21	2.0	21	90	0	68	30	0	4	65	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19263066--19263135	20	3.3	20	71	20	54	35	0	5	58	1.22
19263081--19263130	20	2.5	20	81	12	59	34	0	8	58	1.28
19266227--19266258	4	8.0	4	92	0	55	78	0	21	0	0.76
19270873--19270916	15	2.8	16	86	3	63	50	2	11	36	1.51
19271151--19271179	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
19280743--19280792	6	8.2	6	84	2	55	62	0	20	18	1.34
19281872--19282930	352	3.0	352	97	0	2010	32	13	21	31	1.93
19285197--19285407	40	5.6	40	78	15	225	22	27	23	26	2.00
19285282--19285341	30	2.0	30	96	0	111	26	25	23	25	2.00
19287993--19288025	15	2.2	15	100	0	66	39	27	15	18	1.90
19289267--19289305	18	2.1	19	85	4	53	51	2	7	38	1.44
19308790--19308901	61	1.9	58	83	5	143	39	2	7	50	1.44
19314590--19314622	15	2.1	16	88	5	50	33	18	12	36	1.88
19320327--19320367	21	2.0	21	85	0	55	70	7	21	0	1.11
19323125--19323319	35	5.6	35	84	2	250	30	14	25	30	1.95
19327976--19328084	42	2.6	42	85	0	155	32	27	11	28	1.92
19331932--19331962	15	2.1	15	100	0	62	38	6	19	35	1.77
19339179--19339289	42	2.6	42	79	0	123	31	26	12	29	1.93
19342641--19342670	12	2.5	12	100	0	60	26	46	20	6	1.75
19344828--19344881	21	2.6	21	76	23	60	51	0	7	40	1.30
19345986--19346021	17	2.1	18	90	10	58	44	2	2	50	1.31
19353689--19353724	11	3.4	10	88	11	54	0	13	0	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19365621--19365650	11	2.7	11	89	0	51	66	0	6	26	1.16
19366537--19366566	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
19373370--19373405	18	2.0	18	100	0	72	44	22	5	27	1.75
19377588--19378906	442	3.0	442	93	0	2309	25	19	21	33	1.97
19380341--19380372	17	1.9	17	93	6	57	56	0	6	37	1.25
19380643--19380698	27	2.1	27	100	0	112	30	0	21	48	1.51
19389490--19389525	18	2.1	18	90	10	58	72	0	8	19	1.10
19389582--19389614	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
19392383--19392432	21	2.3	21	83	16	59	24	0	46	30	1.53
19392397--19392454	22	2.6	22	86	2	71	24	3	46	25	1.68
19392403--19392456	22	2.5	22	87	0	72	24	3	48	24	1.67
19392486--19392536	14	3.6	14	76	10	50	17	0	39	43	1.49
19393051--19393097	18	2.6	19	83	6	62	21	36	4	38	1.73
19395911--19395963	27	2.0	27	88	7	81	35	1	18	43	1.62
19399365--19399462	43	2.3	43	89	0	142	24	14	29	31	1.94
19401895--19401957	31	2.0	31	93	0	108	55	14	12	17	1.69
19407824--19407858	7	5.0	7	92	0	61	57	2	0	40	1.14
19420673--19420699	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
19421754--19421837	44	1.9	44	83	7	109	22	16	28	32	1.96
19423257--19423384	64	2.0	64	98	0	247	30	1	27	40	1.66
19423265--19423398	64	2.1	64	90	0	205	34	2	25	38	1.68
19424123--19424185	23	2.7	23	77	0	63	33	15	28	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19429609--19429732	43	2.9	43	87	1	160	21	29	21	27	1.99
19440001--19440069	30	2.3	31	92	2	113	17	30	24	27	1.97
19449381--19449405	9	2.8	9	100	0	50	88	0	12	0	0.53
19449535--19449600	32	2.1	32	97	0	123	39	1	27	31	1.66
19450024--19450059	12	3.0	12	87	0	54	2	0	13	83	0.76
19456638--19456673	14	2.5	14	90	4	54	30	2	0	66	1.06
19456693--19456738	17	2.6	17	86	10	58	28	0	2	69	1.00
19456644--19456746	18	5.5	18	70	17	75	32	0	2	64	1.15
19461973--19462015	18	2.4	18	84	7	52	25	16	4	53	1.62
19464887--19465273	176	2.2	175	86	1	542	34	18	19	27	1.96
19467353--19467415	17	3.5	17	77	14	63	34	0	1	63	1.04
19467367--19467414	17	2.5	20	83	12	66	29	0	2	68	1.01
19467353--19467422	18	3.8	18	80	10	79	34	0	1	64	1.03
19467369--19467481	26	4.1	28	72	18	69	33	3	1	61	1.24
19467374--19467472	27	3.6	28	71	16	73	34	3	2	60	1.23
19469529--19469573	14	3.1	14	80	20	56	66	0	28	4	1.11
19469529--19469568	17	2.4	17	87	8	55	65	0	30	5	1.14
19471652--19471694	20	2.2	20	86	0	59	44	23	23	9	1.82
19487521--19487575	28	1.9	28	85	3	74	23	40	20	16	1.91
19492756--19493163	206	2.0	206	85	3	563	32	18	11	38	1.86
19493893--19493952	20	3.0	20	69	9	59	13	30	21	35	1.92
19498849--19498935	41	2.2	40	97	2	165	35	13	17	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19501947--19501990	22	1.9	24	86	9	65	18	2	4	75	1.09
19504405--19504445	17	2.4	18	80	12	50	56	0	0	43	0.99
19513849--19513909	30	2.0	30	100	0	122	55	6	3	34	1.42
19520849--19520985	69	2.0	69	91	2	222	43	18	22	16	1.88
19534186--19534275	46	1.9	48	90	4	148	26	18	28	25	1.98
19534247--19534333	29	3.0	29	100	0	174	27	24	27	20	1.99
19541475--19541532	30	1.9	30	82	0	71	34	12	24	29	1.91
19541871--19541996	47	2.7	45	81	15	141	27	19	30	23	1.98
19541876--19542046	46	3.7	46	77	12	161	28	19	29	22	1.98
19541922--19542089	46	3.7	43	77	9	147	27	17	30	23	1.97
19545578--19545691	42	2.7	41	85	8	158	28	17	26	28	1.98
19557993--19558110	43	2.8	42	76	11	116	26	17	25	30	1.97
19559848--19559891	14	3.1	14	86	0	61	47	15	0	36	1.46
19562240--19562323	44	1.9	44	92	0	141	41	23	14	20	1.89
19569053--19569077	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
19569860--19569888	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
19574036--19574070	18	1.9	18	94	0	61	51	14	0	34	1.42
19574035--19574073	18	2.3	16	80	16	51	53	12	0	33	1.39
19576031--19576192	24	6.7	24	75	4	155	23	12	30	32	1.92
19576033--19576191	49	3.3	48	78	6	158	23	13	30	32	1.93
19583418--19583576	49	3.3	48	78	6	158	25	12	29	32	1.92
19583416--19583577	24	6.7	24	73	4	137	24	12	30	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19584939--19585079	27	5.2	27	81	11	173	36	24	22	17	1.95
19584957--19585079	54	2.3	54	95	0	219	34	24	24	16	1.95
19585171--19585245	28	2.8	25	80	9	78	33	10	21	34	1.88
19585483--19585519	8	4.6	8	86	0	56	5	24	18	51	1.67
19586697--19586804	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
19592051--19592209	27	5.9	27	82	11	166	34	21	23	20	1.96
19592069--19592209	54	2.6	54	89	2	194	34	22	23	19	1.96
19593833--19593940	26	4.2	26	90	0	171	35	23	7	34	1.83
19593837--19593939	52	2.0	52	98	0	197	33	23	7	34	1.84
19596795--19596824	13	2.3	13	94	0	51	73	10	10	6	1.25

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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