genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78915876--78915997	54	2.3	54	83	0	145	27	22	15	34	1.94
78915877--78916021	27	5.4	26	74	12	96	28	21	14	35	1.93
78916551--78916636	43	2.0	43	93	0	145	37	24	18	19	1.94
78922215--78922298	41	2.0	41	90	0	132	38	8	10	42	1.70
78923133--78923160	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
78923492--78923534	17	2.5	17	84	3	50	25	2	20	51	1.60
78929435--78929556	43	2.8	44	80	3	122	26	15	25	32	1.95
78932318--78932473	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
78932317--78932470	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
78932318--78932473	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
78932310--78932494	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
78932310--78932494	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
78934782--78935184	47	8.7	46	74	10	263	22	28	20	28	1.99
78934782--78935181	94	4.3	91	74	9	344	22	28	20	29	1.98
78934733--78935181	187	2.4	186	89	1	677	22	27	20	29	1.98
78943293--78943371	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
78943490--78943646	47	3.3	47	89	0	233	27	31	9	31	1.89
78946091--78946405	47	6.7	46	74	10	210	21	28	19	30	1.97
78946053--78946405	47	7.5	46	73	11	195	21	28	19	30	1.98
78946063--78946399	187	1.8	185	88	2	514	21	28	18	30	1.97
78955720--78955958	49	4.8	49	82	3	307	29	26	18	25	1.98
78955734--78955959	100	2.3	98	89	2	335	29	26	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78959575--78959612	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
78962068--78962252	91	2.0	93	96	2	347	52	9	15	22	1.71
78968187--78968224	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
78972736--78973806	56	19.1	56	88	0	1496	26	14	23	34	1.94
78973767--78973849	43	1.9	43	85	0	112	28	14	21	34	1.93
78973765--78973859	43	2.2	42	79	5	109	27	14	23	34	1.94
78973711--78973932	99	2.2	99	80	10	233	29	15	21	32	1.95
78974200--78974232	18	1.9	17	88	11	50	39	3	15	42	1.62
78978496--78978530	17	1.9	19	88	11	56	5	28	45	20	1.73
78979181--78979228	22	2.2	22	88	0	69	12	29	25	33	1.92
78982612--78982666	22	2.5	22	87	0	83	20	32	20	27	1.97
78982807--78982859	27	2.0	27	85	7	72	18	26	24	30	1.98
78985729--78986293	56	9.8	56	80	6	590	27	12	24	35	1.92
78985891--78986034	73	2.0	73	88	2	218	27	11	23	37	1.89
78985847--78986090	129	1.9	129	89	0	380	27	12	24	36	1.91
78985779--78986292	185	2.9	185	83	4	567	27	12	24	34	1.92
78987484--78987587	50	2.1	50	98	0	199	37	9	13	39	1.77
78988714--78988907	40	4.9	40	81	1	228	42	15	26	14	1.87
78988684--78988907	80	2.8	79	82	2	243	41	16	27	14	1.87
78988834--78988967	20	6.8	20	68	16	64	38	17	28	14	1.90
78988774--78988927	79	1.9	80	81	6	188	42	16	27	13	1.85
78988902--78988983	40	2.0	40	85	0	110	36	19	29	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78988834--78988967	60	2.3	59	82	1	151	38	17	28	14	1.90
78991457--78991506	20	2.6	20	73	17	52	48	16	2	34	1.57
78994560--78994619	30	2.0	30	87	6	86	36	8	26	28	1.85
78995269--78995512	49	4.9	50	81	2	258	25	18	25	29	1.98
78997084--78997158	26	2.8	26	84	8	71	37	21	10	30	1.87
78997108--78997159	26	2.0	26	92	0	86	36	21	13	28	1.91
78997263--78997374	27	4.2	26	80	7	125	16	22	23	37	1.94
78997263--78997374	54	2.1	54	86	3	154	16	22	23	37	1.94
78998434--78998550	41	2.8	43	84	6	152	36	26	17	19	1.94
79001114--79001242	27	4.8	27	82	1	143	29	14	14	41	1.86
79001114--79001263	27	5.6	27	82	4	142	28	12	16	42	1.84
79001114--79001271	81	2.0	81	84	2	210	28	14	15	41	1.86
79001611--79001652	18	2.3	18	87	0	57	21	21	14	42	1.88
79016851--79017089	49	4.8	49	79	3	262	29	26	18	25	1.98
79016856--79017089	100	2.4	99	82	4	274	29	26	17	25	1.98
79017316--79017369	27	2.0	27	85	0	72	38	12	7	40	1.72
79033025--79033092	20	3.4	20	81	0	73	36	20	5	36	1.77
79033260--79033316	23	2.5	23	88	2	89	33	17	22	26	1.96
79034905--79034967	29	2.1	30	97	2	119	33	9	19	38	1.84
79038339--79038523	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
79038306--79038521	79	2.7	78	81	10	226	25	27	21	25	1.99
79044453--79044559	42	2.5	42	77	3	99	42	19	19	17	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79047318--79047406	28	3.2	27	84	7	108	21	24	21	32	1.98
79054108--79054140	8	4.1	8	92	0	57	54	24	21	0	1.45
79054527--79054616	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
79054527--79054641	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
79056533--79056570	18	2.1	19	85	5	51	71	13	2	13	1.26
79062377--79062403	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
79064566--79064590	13	1.9	13	100	0	50	16	32	28	24	1.96
79065699--79065813	40	2.9	40	84	3	126	24	31	22	21	1.98
79065723--79065813	40	2.3	40	92	3	148	27	29	21	20	1.98
79072364--79072469	40	2.7	40	85	1	151	26	27	23	22	2.00
79079348--79079522	94	1.9	94	86	4	257	24	28	18	29	1.98
79079301--79079524	50	4.8	47	76	16	189	24	27	18	29	1.98
79079632--79079699	33	2.3	28	73	23	75	44	17	5	32	1.73
79079643--79079709	33	2.0	33	100	0	134	47	17	2	31	1.63
79086226--79086509	139	2.0	139	100	0	568	26	20	10	42	1.83
79087211--79087435	40	5.6	40	82	2	272	24	27	23	25	2.00
79087175--79087435	80	3.3	80	82	3	294	24	26	23	25	2.00
79087175--79087435	120	2.2	120	82	6	307	24	26	23	25	2.00
79094201--79094424	99	2.3	99	81	3	254	25	17	26	29	1.98
79094201--79094437	50	4.8	50	79	3	246	25	18	26	29	1.98
79097351--79097386	16	2.2	16	90	0	54	38	0	0	61	0.96
79097342--79097399	18	3.3	18	78	9	57	34	1	0	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79098161--79098224	19	3.6	18	72	14	60	59	1	1	37	1.16
79098175--79098220	9	4.9	9	84	7	56	58	2	2	36	1.22
79098142--79098224	26	3.1	27	74	19	75	62	1	1	34	1.11
79098964--79099013	7	6.1	8	76	21	50	32	0	0	68	0.90
79098944--79099018	26	2.8	26	85	2	105	41	0	0	58	0.98
79104563--79104588	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
79105515--79105600	44	2.0	43	95	2	154	33	4	12	48	1.62
79105662--79105707	24	1.9	24	82	8	58	52	2	2	43	1.25
79114980--79115074	32	2.9	32	74	13	86	27	25	21	26	1.99
79121880--79121983	54	1.9	54	100	0	208	25	17	12	44	1.84
79124469--79124566	47	2.1	47	90	0	151	31	10	30	27	1.90
79124540--79124676	46	3.0	46	87	0	193	35	8	30	25	1.86
79134940--79134987	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
79135024--79135068	20	2.2	20	88	0	63	35	11	22	31	1.89
79135119--79135289	24	7.0	24	90	4	236	29	22	21	27	1.99
79135120--79135269	50	3.1	49	93	3	257	30	21	20	28	1.98
79135119--79135289	74	2.3	72	90	5	254	29	22	21	27	1.99
79141676--79141723	21	2.3	21	96	0	87	18	25	4	52	1.63
79143086--79143142	11	5.5	11	72	16	50	35	10	21	33	1.87
79143077--79143142	20	3.3	20	86	0	96	33	10	22	33	1.89
79143192--79143323	24	5.4	24	86	4	165	33	19	18	28	1.96
79143192--79143323	50	2.7	49	88	4	187	33	19	18	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79146437--79146484	19	2.3	22	83	16	59	18	4	27	50	1.65
79147761--79147790	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
79148393--79148425	4	8.2	4	100	0	66	24	0	24	51	1.48
79151341--79151389	4	11.8	4	89	6	71	75	0	2	22	0.90
79157806--79157835	15	2.0	15	100	0	60	40	13	0	46	1.43
79174294--79174333	20	2.0	20	85	9	55	30	22	5	42	1.75
79186543--79186584	22	2.0	22	90	4	68	11	40	26	21	1.88
79193208--79193305	39	2.4	42	83	6	121	27	45	7	19	1.76
79209994--79210018	12	2.1	12	100	0	50	24	40	20	16	1.91
79215464--79215671	27	7.6	28	81	10	127	32	11	16	39	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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