genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.175.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59727515--59727909	196	2.0	196	96	0	727	33	16	27	22	1.95
59731921--59732150	40	5.8	40	89	5	315	24	21	26	26	1.99
59731921--59732176	40	6.4	39	87	7	306	25	21	26	26	2.00
59736096--59736851	206	3.7	206	89	0	1127	30	17	21	29	1.96
59744029--59744171	27	5.3	27	80	9	130	40	23	7	28	1.82
59744029--59744172	54	2.7	54	80	8	159	40	23	7	28	1.82
59744046--59744180	27	5.0	27	80	8	150	40	22	8	29	1.83
59744210--59744374	27	6.1	27	89	0	231	30	22	6	40	1.79
59744369--59744590	27	8.3	26	84	6	232	36	16	20	27	1.94
59744369--59744561	81	2.4	81	89	6	286	37	15	19	27	1.92
59744795--59744864	25	2.8	25	91	0	113	25	24	22	27	2.00
59744794--59744877	25	3.4	24	82	8	98	28	21	22	27	1.99
59744795--59744889	50	1.9	50	80	8	113	27	23	23	26	2.00
59749075--59749209	29	4.7	29	79	0	117	39	12	25	22	1.89
59749047--59749206	87	1.8	87	84	0	221	38	13	26	21	1.90
59749031--59749232	87	2.3	87	78	4	201	38	14	25	21	1.92
59752910--59752955	17	2.7	17	89	0	74	19	47	21	10	1.80
59761506--59761581	27	2.8	27	80	4	82	38	25	9	27	1.86
59761563--59762062	27	18.6	27	87	2	637	37	19	18	25	1.94
59761563--59762080	54	9.6	54	88	0	725	36	19	18	25	1.94
59762325--59762376	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
59762597--59762785	6	30.7	6	73	17	138	18	17	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59762621--59762753	19	6.8	19	72	19	112	18	18	15	48	1.82
59762597--59762660	25	2.6	25	92	0	101	17	18	17	46	1.84
59762615--59762697	37	2.2	37	89	0	130	18	19	16	45	1.85
59762658--59762715	25	2.3	25	93	0	98	18	20	13	46	1.83
59762597--59762785	62	3.1	62	89	2	283	18	17	14	48	1.81
59762683--59762764	37	2.2	37	84	0	119	18	18	13	50	1.79
59762597--59762764	19	9.1	18	72	16	76	18	18	14	48	1.82
59763797--59763885	42	2.1	42	95	0	160	40	35	7	15	1.77
59764994--59765042	25	2.0	25	87	0	71	42	0	12	44	1.41
59765317--59765399	43	1.9	43	87	0	121	51	3	24	20	1.63
59770414--59770513	28	3.6	28	75	10	105	29	18	28	25	1.98
59770389--59770512	56	2.2	56	88	0	176	28	16	29	25	1.97
59770412--59770548	56	2.4	56	80	7	145	28	17	29	24	1.97
59770621--59770689	32	2.2	32	91	0	111	37	7	23	31	1.82
59776677--59776767	28	3.2	28	76	6	103	27	16	31	24	1.96
59776677--59776792	56	2.1	56	88	0	169	28	18	29	23	1.98
59776677--59776826	56	2.7	55	80	9	153	28	18	29	24	1.98
59776869--59776967	32	3.1	32	91	0	153	37	9	24	29	1.86
59785409--59785470	30	2.1	30	84	0	79	30	24	6	38	1.80
59787095--59787140	21	2.1	21	84	4	56	34	30	0	34	1.58
59790430--59790503	29	2.6	29	84	4	87	28	16	29	25	1.97
59792041--59792264	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59792593--59792656	30	2.2	29	81	10	76	29	26	6	37	1.81
59792600--59792656	30	1.9	30	85	3	80	29	22	7	40	1.80
59796111--59796171	30	2.0	30	83	0	77	31	22	4	40	1.75
59798274--59798310	3	12.3	3	88	0	56	62	0	2	35	1.10
59799483--59799535	27	2.0	27	81	7	63	52	1	24	20	1.56
59799484--59799565	43	1.9	43	92	0	137	53	1	24	20	1.53
59801499--59801536	20	1.9	20	94	0	67	23	23	0	52	1.47
59819163--59819189	11	2.5	11	100	0	54	40	29	0	29	1.57
59824388--59824559	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
59824381--59824556	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
59829274--59829326	26	2.0	26	100	0	106	22	15	7	54	1.65
59833890--59833940	22	2.3	22	75	18	52	9	23	1	64	1.34
59833934--59833971	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
59836663--59836834	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
59836656--59836831	46	3.8	46	79	12	207	29	29	20	20	1.98
59836705--59836843	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
59838144--59838319	50	3.5	49	84	3	217	30	26	16	26	1.97
59838145--59838328	101	1.8	99	85	2	260	30	27	16	25	1.97
59839134--59839190	30	1.9	30	85	0	78	31	19	8	40	1.82
59849651--59849803	29	5.3	29	79	7	132	39	12	25	22	1.89
59849704--59849842	29	4.8	29	81	3	127	39	12	23	23	1.90
59849672--59849835	87	1.9	87	84	5	224	40	12	24	23	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59853643--59853745	44	2.4	42	82	7	118	23	20	24	32	1.98
59853638--59853752	44	2.7	42	79	11	117	26	19	25	29	1.98
59853638--59853761	42	2.9	43	77	10	128	25	19	26	28	1.99
59860831--59860933	44	2.4	43	85	6	129	23	20	28	28	1.99
59862322--59862502	40	4.6	40	79	10	201	25	27	22	24	2.00
59862324--59862502	79	2.2	80	82	9	224	25	27	22	24	2.00
59871375--59871489	44	2.7	42	81	6	124	25	19	25	30	1.98
59871375--59871498	42	2.9	43	79	5	135	25	19	26	29	1.98
59873690--59873744	17	3.2	17	81	2	65	16	45	25	12	1.83
59876055--59876317	40	6.6	40	86	3	307	26	28	20	24	1.99
59883968--59884176	79	2.6	79	87	2	303	26	28	20	24	1.99
59883968--59884229	40	6.6	40	86	3	307	26	28	20	24	1.99
59890627--59890690	25	2.9	21	75	20	67	34	14	12	39	1.83
59891624--59891664	6	6.7	6	83	5	55	46	2	17	34	1.61
59893915--59894091	40	4.4	40	84	4	234	23	22	28	26	1.99
59896776--59896804	15	1.9	15	100	0	58	55	0	6	37	1.27
59897569--59897617	25	2.0	25	87	0	71	42	0	12	44	1.41
59908710--59908892	40	4.6	39	81	9	183	25	20	28	25	1.99
59913603--59913774	93	1.8	93	92	0	290	29	28	20	22	1.98
59913596--59913771	46	3.8	46	75	12	180	30	28	19	21	1.98
59920682--59920851	91	1.9	92	94	1	306	27	29	21	21	1.99
59920675--59920848	46	3.8	46	78	13	205	28	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59920683--59920867	46	4.0	46	72	19	136	28	29	21	21	1.98
59926264--59926448	40	4.7	40	82	6	207	24	21	28	25	1.99
59926298--59926481	79	2.3	77	77	10	183	27	20	26	25	1.99
59934719--59934801	43	1.9	43	87	0	121	54	1	21	22	1.52
59940354--59940481	45	2.9	45	88	2	188	22	19	29	28	1.98
59942026--59942293	104	2.6	105	91	4	427	30	30	20	18	1.96
59942621--59942684	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
59942628--59942684	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
59952971--59953015	21	2.1	21	100	0	90	37	37	8	15	1.79
59958421--59958469	26	1.9	25	84	12	64	77	2	12	8	1.07
59958542--59958613	30	2.4	31	81	11	87	59	1	23	15	1.44
59960788--59960832	20	2.2	21	84	4	56	24	26	15	33	1.95
59960849--59960945	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
59962755--59962788	17	1.9	17	88	5	50	26	8	5	58	1.51
59965230--59965312	30	2.7	31	83	9	100	13	21	0	65	1.27
59965315--59965345	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
59965395--59965438	15	2.9	15	89	3	61	6	15	2	75	1.12
59965391--59965460	20	3.3	22	69	28	62	5	18	1	74	1.09
59966185--59966209	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
59967634--59967730	30	3.2	30	71	8	90	27	15	28	27	1.96
59967747--59967791	20	2.2	21	84	4	56	33	15	26	24	1.95
59969203--59969422	6	36.2	6	74	16	186	47	14	18	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59969182--59969422	31	8.1	29	74	16	174	47	14	18	19	1.82
59969208--59969411	79	2.5	80	88	8	288	47	14	18	20	1.83
59969287--59969441	31	4.9	31	80	11	163	47	14	17	20	1.82
59969582--59969655	27	2.8	27	87	2	96	36	20	24	18	1.95
59969814--59969873	22	2.8	21	82	5	57	35	23	21	20	1.96
59970305--59970480	27	6.6	27	88	0	246	25	22	19	32	1.97
59970481--59970603	27	4.6	27	80	4	113	28	8	20	42	1.82
59970558--59970617	27	2.2	27	90	0	93	31	6	23	38	1.81
59970498--59970872	54	6.9	54	75	3	234	33	8	20	37	1.83
59970596--59970686	27	3.4	27	89	0	128	40	7	19	31	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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