genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71971415--71971558	28	5.2	28	83	5	168	37	19	23	19	1.94
71990045--71990145	30	3.2	30	67	26	82	23	16	16	42	1.88
71990028--71990154	65	2.0	65	98	0	245	25	15	17	41	1.89
71994184--71994314	65	2.0	65	90	0	208	27	15	17	39	1.90
71994333--71994831	249	2.0	249	100	0	998	22	16	33	27	1.96
71997438--71997515	40	2.0	40	97	0	147	33	6	25	34	1.82
72004499--72004560	31	2.0	31	96	0	115	17	32	30	19	1.95
72004740--72004768	12	2.4	12	100	0	58	0	44	24	31	1.54
72007348--72007445	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
72007376--72007458	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
72007348--72007459	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
72009829--72009872	23	1.9	23	81	9	54	38	27	0	34	1.57
72011702--72011744	20	2.1	21	91	4	70	11	16	30	41	1.83
72014661--72014913	43	5.8	44	87	3	309	27	21	27	23	1.99
72016850--72016883	11	3.1	11	88	12	52	17	2	8	70	1.25
72017107--72017151	21	2.0	22	83	8	56	31	31	13	24	1.93
72019009--72019180	46	3.7	46	75	11	181	22	20	26	30	1.98
72019006--72019175	92	1.8	93	91	3	281	21	21	27	29	1.99
72036935--72036982	10	5.1	9	78	16	53	60	0	2	37	1.09
72036944--72036982	18	2.2	18	86	9	53	61	0	0	38	0.96
72037613--72037652	18	2.3	18	86	4	55	65	2	0	32	1.06
72037620--72037845	20	11.4	20	69	15	67	57	3	1	37	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72037731--72037800	10	7.0	10	75	15	56	51	2	1	44	1.25
72037766--72037845	10	7.8	11	74	16	57	62	1	2	33	1.16
72039344--72039388	18	2.6	18	89	10	67	13	33	28	24	1.93
72047629--72047709	10	8.2	10	74	8	58	27	1	6	65	1.24
72047659--72047705	21	2.3	20	81	3	58	23	2	4	70	1.16
72047629--72047705	19	4.0	18	69	11	55	25	1	6	66	1.24
72057694--72057749	27	2.1	27	90	6	87	19	17	41	21	1.91
72059392--72059458	30	2.2	30	86	2	89	43	13	13	29	1.82
72062071--72062140	22	3.2	21	73	15	61	70	0	2	27	1.02
72062093--72062130	15	2.6	14	91	4	58	71	0	5	23	1.07
72063833--72064234	44	9.1	43	79	7	306	28	20	17	33	1.95
72063833--72064143	131	2.4	132	81	2	374	28	21	17	33	1.95
72063842--72064234	88	4.5	88	82	2	376	29	20	17	33	1.95
72066578--72066753	46	3.8	46	78	4	192	22	20	27	29	1.99
72066575--72066745	93	1.8	93	91	0	279	22	21	27	28	1.99
72071051--72071214	48	3.6	46	77	6	131	29	18	25	27	1.98
72073753--72073877	38	3.3	37	88	2	160	27	23	15	34	1.94
72076006--72076068	31	2.1	31	88	8	94	25	4	9	60	1.47
72076255--72076304	24	2.1	23	92	3	82	28	12	32	28	1.92
72077358--72077433	38	2.0	38	94	0	134	25	23	14	36	1.93
72093316--72093359	11	4.2	11	80	8	56	59	18	22	0	1.38
72108869--72108901	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72124118--72124163	20	2.3	20	78	17	51	71	8	2	17	1.21
72127090--72127150	24	2.5	24	86	5	79	19	16	29	34	1.94
72130079--72130232	42	3.7	42	85	3	193	21	16	29	33	1.95
72130298--72130396	32	3.1	32	89	0	162	34	6	30	29	1.82
72150682--72150722	19	2.2	18	91	4	64	73	0	0	26	0.84
72150799--72150845	19	2.5	19	76	10	51	72	4	2	21	1.12
72153274--72153424	81	1.9	81	83	5	198	47	21	9	22	1.79
72155488--72155537	14	3.6	14	81	5	57	36	2	2	60	1.20
72155514--72155540	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
72155960--72156004	20	2.1	22	88	8	67	26	2	4	66	1.22
72155959--72156011	20	2.4	21	81	15	63	26	3	3	66	1.26
72156351--72156398	24	2.0	24	96	4	89	43	4	0	52	1.20
72156357--72156402	12	3.9	12	80	2	58	43	4	0	52	1.21
72157016--72157213	40	5.0	39	82	4	184	20	22	22	34	1.96
72157016--72157156	39	3.6	38	83	4	147	21	22	23	31	1.98
72157015--72157219	39	5.1	40	80	6	139	20	21	21	36	1.96
72160669--72160734	24	2.8	24	81	9	64	36	16	24	22	1.94
72160687--72160734	24	2.0	25	87	4	71	37	16	20	25	1.93
72161782--72161815	18	1.9	18	88	5	52	35	0	20	44	1.52
72162672--72162843	43	4.0	44	76	8	174	28	14	23	33	1.94
72166675--72166733	25	2.6	21	71	19	64	42	18	20	18	1.90
72167367--72167495	63	2.0	63	100	0	258	41	10	15	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72173028--72173129	37	2.8	36	83	7	127	25	18	29	26	1.98
72173099--72173214	42	2.8	42	89	5	173	29	18	25	26	1.98
72178108--72178346	47	5.1	47	95	0	415	33	12	28	25	1.92
72178138--72178256	22	5.1	22	62	28	59	32	13	29	24	1.93
72178320--72178502	46	4.0	46	93	0	276	35	9	30	24	1.87
72178120--72178438	141	2.3	138	80	8	344	33	11	29	24	1.91
72187391--72187432	22	2.0	21	85	4	57	35	0	4	59	1.19
72197947--72198078	50	2.6	51	86	3	169	23	18	28	30	1.97
72197957--72198182	50	4.5	51	78	6	156	26	17	27	28	1.98
72199555--72199722	40	4.2	40	90	3	243	25	28	23	22	1.99
72202033--72202066	11	3.1	11	100	0	68	26	0	20	52	1.46
72203313--72203411	28	3.5	29	83	6	114	30	27	15	27	1.96
72210939--72211130	40	4.8	40	91	1	296	27	28	21	22	1.99
72229609--72229670	26	2.4	26	94	0	106	24	20	24	30	1.99
72229720--72229784	20	3.2	20	95	0	112	32	18	12	36	1.88
72229720--72229775	11	5.5	11	71	16	57	30	17	14	37	1.90
72229728--72229793	5	13.6	5	70	17	50	34	19	9	36	1.84
72229728--72229793	9	6.8	10	70	17	50	34	19	9	36	1.84
72232633--72232771	37	3.8	37	95	0	224	25	31	17	24	1.97
72232890--72233525	47	13.3	47	92	2	975	29	28	8	33	1.86
72232890--72233525	96	6.6	96	93	2	1032	29	28	8	33	1.86
72241890--72241936	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72243981--72244030	23	2.2	23	92	0	82	38	38	12	12	1.80
72244361--72244402	17	2.4	18	84	11	52	47	14	0	38	1.44
72245217--72245258	18	2.3	18	100	0	84	33	16	28	21	1.95
72255963--72256109	48	3.0	48	89	1	204	25	31	17	26	1.97
72265874--72265921	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
72266033--72266130	25	3.8	26	87	2	128	27	19	23	29	1.98
72266033--72266130	52	1.9	51	87	6	144	27	19	23	29	1.98
72284236--72284459	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
72284236--72284459	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
72287693--72287812	27	4.4	27	87	5	152	31	26	12	29	1.93
72292103--72292324	40	5.6	40	85	6	283	24	22	27	25	2.00
72292103--72292324	78	2.8	80	83	8	274	24	22	27	25	2.00
72292103--72292348	118	2.1	118	80	8	270	25	21	27	24	2.00
72293805--72293837	7	4.9	7	96	3	59	15	0	0	84	0.61
72296654--72296719	35	1.9	34	96	3	123	30	22	12	34	1.91
72300023--72300086	28	2.3	28	94	0	119	32	31	12	23	1.92
72300079--72300210	29	4.6	29	90	0	185	27	29	16	26	1.97
72305918--72306154	40	5.9	40	88	3	300	24	21	24	29	1.99
72305923--72306154	120	1.9	120	86	1	331	25	21	24	28	1.99
72305929--72306187	80	3.2	80	83	5	303	25	21	25	27	1.99
72307901--72307957	28	2.0	28	93	0	96	31	29	12	26	1.92
72307953--72308084	29	4.6	29	91	0	194	28	28	15	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72310109--72310142	17	2.0	18	88	11	54	55	0	17	26	1.42
72311028--72311136	43	2.6	42	80	8	114	22	18	27	32	1.97
72318975--72319090	43	2.8	41	81	5	115	24	18	25	31	1.97
72331212--72331441	40	5.8	40	91	2	365	27	27	20	23	1.99
72336106--72337267	47	24.7	47	95	2	2025	32	8	29	29	1.86
72336271--72336393	22	5.3	22	62	11	66	30	7	30	31	1.85
72337390--72337463	37	2.0	37	89	0	112	21	18	32	27	1.97
72338661--72338967	40	7.8	40	87	5	408	24	20	28	26	1.99
72338661--72338967	79	3.9	80	86	5	408	24	20	28	26	1.99
72338661--72338967	119	2.6	120	87	4	437	24	20	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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