genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72974596--72974726	47	2.8	47	83	0	154	33	28	14	23	1.94
72980680--72980765	44	2.0	44	84	6	113	38	12	24	24	1.90
72980956--72981153	55	3.6	53	77	7	157	35	16	26	21	1.94
72986686--72986718	14	2.3	15	89	5	50	27	3	0	69	1.03
72992192--72992256	13	5.3	13	89	10	84	13	3	0	83	0.77
72992192--72992262	6	11.8	6	88	5	108	14	2	0	83	0.77
72992193--72992298	24	4.4	23	78	8	95	15	6	0	77	1.02
72996914--72997028	31	3.7	31	97	1	214	27	26	17	27	1.98
72997051--72997142	42	2.2	42	92	0	157	31	19	16	32	1.94
72997290--72997359	25	2.8	25	86	4	88	25	21	25	27	1.99
72998168--72998232	27	2.4	27	77	10	71	21	24	16	36	1.94
72998286--72998366	28	2.9	28	76	10	85	35	8	14	40	1.77
72998271--72998418	27	5.4	27	75	7	102	32	7	16	43	1.76
72998453--72998669	81	2.7	81	88	0	326	38	6	23	31	1.80
72998453--72998650	27	7.3	27	91	2	281	38	6	24	30	1.80
73000999--73001134	42	3.2	42	98	0	263	34	19	14	30	1.92
73002081--73002145	27	2.4	27	76	5	69	20	26	18	35	1.95
73002263--73002331	27	2.6	27	81	9	70	26	5	23	44	1.75
73002363--73002562	27	7.4	27	86	3	260	39	7	24	29	1.81
73002350--73002587	81	3.0	80	75	6	214	38	7	23	30	1.83
73004538--73004721	40	4.6	39	82	8	196	25	22	27	25	2.00
73004591--73004746	78	2.0	78	81	8	183	26	20	26	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73008211--73008326	31	3.8	31	94	1	198	28	25	16	29	1.97
73008333--73008502	41	4.1	42	96	2	308	34	18	14	32	1.91
73008333--73008502	83	2.0	83	95	2	306	34	18	14	32	1.91
73008650--73008716	25	2.8	24	90	4	100	25	25	26	22	2.00
73009628--73009760	27	4.9	27	77	7	106	34	6	15	43	1.72
73009795--73009964	27	6.3	26	85	5	196	37	7	25	28	1.84
73009792--73009989	81	2.4	81	82	3	245	36	8	25	29	1.85
73009795--73009991	54	3.7	53	81	3	189	36	8	25	29	1.85
73012223--73012306	31	2.7	31	94	1	143	28	27	16	27	1.97
73012330--73012463	42	3.2	42	93	0	232	32	20	14	32	1.93
73012611--73012680	25	2.8	25	89	4	97	24	24	27	24	2.00
73013610--73013685	29	2.7	28	77	4	73	31	7	18	42	1.79
73013774--73013960	27	6.9	27	91	1	259	40	6	23	29	1.79
73013775--73013994	81	2.7	80	82	2	262	38	7	23	30	1.82
73019986--73020203	40	5.5	40	91	2	289	24	27	24	24	2.00
73022677--73022714	17	2.2	17	100	0	76	21	10	5	63	1.46
73022711--73022741	15	2.1	15	100	0	62	19	19	12	48	1.81
73023549--73023668	46	2.6	46	95	0	213	19	22	30	28	1.98
73033183--73033300	7	15.9	7	73	15	69	81	4	11	2	0.93
73033183--73033268	1	86.0	1	71	0	64	86	4	5	3	0.80
73033183--73033300	8	14.5	8	72	14	73	81	4	11	2	0.93
73033183--73033268	15	5.9	14	77	11	93	86	4	5	3	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73034171--73034723	206	2.7	206	87	0	829	30	17	22	29	1.97
73037871--73038055	39	4.7	39	90	0	280	23	20	25	30	1.98
73039552--73039633	26	3.2	27	78	11	75	36	1	2	59	1.18
73039588--73039669	5	16.4	5	75	15	55	35	1	1	62	1.11
73039659--73039809	65	2.3	66	78	8	166	34	7	0	57	1.31
73039588--73039753	13	12.6	13	65	23	55	34	4	0	60	1.23
73039888--73039929	21	2.0	21	85	4	57	38	14	2	45	1.58
73039968--73040011	22	2.0	22	83	12	56	29	6	6	56	1.51
73051939--73052486	206	2.7	205	87	2	794	31	16	21	29	1.96
73054087--73054201	21	5.2	21	71	15	72	33	3	0	61	1.19
73054101--73054164	5	13.6	5	81	14	57	35	1	0	62	1.05
73054103--73054201	30	3.4	30	74	21	102	34	4	0	61	1.15
73054286--73054358	30	2.6	27	78	21	80	34	5	1	58	1.29
73061359--73061403	23	1.9	23	82	13	56	35	17	6	40	1.76
73080977--73081150	45	3.8	45	81	6	215	28	29	20	21	1.98
73080985--73081155	93	1.8	92	94	1	306	27	30	21	21	1.98
73083525--73083580	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
73086541--73086712	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	20	1.98
73086533--73086708	46	3.8	46	80	10	214	28	28	21	21	1.98
73109585--73109657	29	2.6	28	91	2	110	27	16	28	27	1.97
73109572--73109657	28	3.0	28	86	3	118	29	15	27	27	1.96
73113792--73113826	16	2.2	16	89	0	52	51	14	22	11	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73114068--73114167	29	3.5	29	86	1	121	27	17	29	27	1.97
73114066--73114176	58	1.9	57	85	1	150	26	17	29	27	1.97
73115182--73115229	21	2.2	22	81	3	53	20	4	20	54	1.61
73119263--73119433	93	1.8	93	92	2	290	28	28	21	22	1.99
73119261--73119430	46	3.7	46	78	12	186	28	27	21	22	1.99
73122439--73122510	34	2.1	35	82	7	85	20	25	11	43	1.85
73123916--73124046	65	2.0	65	92	0	217	41	20	13	23	1.88
73125338--73125378	20	2.0	21	85	9	57	73	0	24	2	0.96
73126655--73126721	34	1.9	35	82	8	84	20	25	10	43	1.84
73129436--73129471	13	2.6	14	91	8	56	72	0	25	2	0.98
73131447--73131574	65	2.0	65	93	3	222	41	14	15	28	1.87
73135574--73135609	19	2.0	18	89	10	56	5	27	16	50	1.68
73140225--73140282	29	2.0	29	100	0	116	37	27	10	24	1.88
73164082--73164211	66	2.0	66	89	0	197	43	8	29	18	1.79
73167679--73167759	37	2.2	37	93	0	135	24	32	19	23	1.98
73167878--73168901	47	21.6	47	93	1	1679	29	28	8	33	1.87
73167878--73168901	143	7.2	141	92	1	1679	29	28	8	33	1.87
73178601--73178684	43	2.0	43	81	13	102	29	29	16	23	1.96
73179457--73179482	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
73180582--73180802	46	4.7	47	78	11	179	22	29	18	29	1.97
73186890--73186928	21	1.9	21	89	5	62	25	20	35	17	1.95
73189226--73189501	39	7.1	39	89	0	426	21	25	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73191910--73192179	46	5.7	46	77	11	212	23	28	18	29	1.98
73191910--73192174	140	1.9	142	83	4	349	23	28	18	29	1.98
73192599--73192653	25	2.2	26	96	3	103	29	21	14	34	1.93
73197695--73197800	24	4.4	24	89	1	149	18	37	5	37	1.75
73203830--73204021	40	4.8	40	92	1	296	25	28	21	24	1.99
73218123--73218334	43	5.0	43	79	4	207	31	25	15	28	1.96
73220084--73220230	49	2.9	50	79	4	161	27	18	26	27	1.98
73234560--73234672	43	2.7	43	75	9	106	24	18	25	30	1.98
73235377--73235408	16	2.0	16	100	0	64	43	6	25	25	1.77
73246725--73246764	19	2.1	19	100	0	80	15	15	30	40	1.87
73250904--73250951	20	2.3	21	89	3	71	33	10	18	37	1.85
73252961--73253034	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
73260433--73260462	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
73261059--73261196	43	3.3	43	78	4	145	26	15	28	29	1.96
73264227--73264319	40	2.3	40	78	12	102	37	19	10	32	1.86
73271141--73271308	47	3.6	47	100	0	336	33	7	29	30	1.84
73272707--73272978	40	6.8	40	90	0	400	23	20	29	26	1.99
73277003--73277264	47	5.6	47	93	0	425	32	8	30	29	1.86
73285678--73285996	47	6.7	47	91	2	487	32	9	29	28	1.88
73286118--73286229	37	3.1	37	92	2	181	21	19	32	26	1.97
73286118--73286229	36	3.1	36	93	2	179	21	19	32	26	1.97
73287928--73288115	40	4.7	40	92	3	317	25	22	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73287928--73288148	80	2.8	80	87	6	317	26	22	26	23	2.00
73290850--73291034	40	4.6	40	81	8	232	24	28	22	24	1.99
73290814--73291034	80	2.8	79	83	8	247	25	27	22	25	2.00
73294305--73294489	40	4.6	40	80	8	214	24	28	22	24	2.00
73302885--73302992	43	2.5	42	88	2	171	28	17	25	27	1.98
73304432--73304485	20	2.7	20	88	0	81	20	35	29	14	1.93
73305864--73305934	16	4.6	16	74	10	76	52	29	5	12	1.62
73305866--73305939	37	2.0	37	86	5	105	56	25	5	12	1.56
73305864--73305941	8	10.1	8	73	13	56	53	28	5	12	1.60
73307426--73307527	29	3.6	29	82	11	120	27	15	27	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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