genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51076816--51076857	22	1.9	22	90	9	68	23	23	9	42	1.83
51089921--51089964	19	2.3	19	92	0	70	31	0	25	43	1.55
51095511--51095598	44	2.0	44	93	0	149	34	17	11	37	1.85
51097014--51097639	312	2.0	311	95	0	1119	33	4	19	42	1.72
51098829--51098867	19	2.0	20	85	5	53	15	23	28	33	1.95
51105320--51105861	47	11.4	47	90	2	778	32	9	29	28	1.88
51105980--51106058	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
51113478--51113581	44	2.4	43	85	7	140	34	24	19	22	1.96
51125564--51125616	20	2.7	20	78	0	61	35	13	1	49	1.53
51135382--51135518	57	2.4	58	80	7	145	30	22	19	27	1.98
51138908--51139028	43	2.9	41	77	14	131	26	11	24	37	1.90
51138904--51139065	43	3.8	42	74	7	114	27	12	24	35	1.91
51148357--51148457	40	2.5	40	93	0	166	20	17	28	32	1.96
51148357--51148475	40	3.0	40	87	0	112	22	20	26	30	1.98
51159684--51159784	40	2.5	40	91	0	166	20	19	28	30	1.97
51176887--51177067	40	4.6	40	87	4	242	23	25	28	22	2.00
51176884--51177070	80	2.4	79	89	5	279	24	24	27	22	2.00
51184813--51185003	40	4.8	40	83	4	208	23	23	28	24	1.99
51184810--51185003	80	2.4	79	85	5	248	24	23	28	23	2.00
51187525--51187603	25	3.2	24	71	12	63	22	18	24	34	1.97
51195025--51195109	25	3.4	25	78	4	91	23	16	23	36	1.94
51194990--51195113	50	2.5	50	82	2	142	24	18	20	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51196714--51196882	6	27.8	6	71	17	118	48	13	17	20	1.80
51196714--51196882	79	2.2	73	90	6	257	48	13	17	20	1.80
51197000--51197065	27	2.5	26	78	4	69	39	22	21	16	1.92
51197019--51197086	27	2.5	27	85	4	84	35	23	23	17	1.95
51197346--51197486	27	5.2	27	89	0	201	25	20	19	34	1.96
51197491--51197697	27	7.3	27	72	17	159	41	7	23	27	1.81
51197495--51197697	54	3.6	54	74	16	176	41	7	23	27	1.81
51197543--51197625	38	2.2	38	82	8	98	42	9	25	22	1.84
51197517--51197650	65	2.0	66	85	4	182	41	8	24	25	1.82
51197508--51197680	92	1.9	92	85	4	242	41	7	23	27	1.81
51198166--51198202	18	2.1	18	100	0	74	16	27	32	24	1.96
51199688--51199721	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
51199709--51199916	6	34.3	6	70	14	133	49	12	16	20	1.79
51199709--51199916	30	7.1	30	78	11	216	49	12	16	20	1.79
51199730--51199916	85	2.2	85	92	0	311	49	12	17	20	1.79
51200034--51200120	27	3.3	26	85	4	111	35	25	22	16	1.94
51200380--51200574	81	2.4	81	92	0	336	25	20	20	34	1.96
51200380--51200567	27	7.0	27	91	0	304	23	20	21	34	1.97
51200570--51200830	81	3.2	81	83	4	330	38	8	23	29	1.84
51200579--51200801	27	8.3	27	83	5	272	39	7	23	29	1.82
51200579--51200801	54	4.1	54	85	2	304	39	7	23	29	1.82
51202810--51202996	6	30.8	6	73	14	143	49	12	16	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51202810--51202996	30	6.4	30	81	9	224	49	12	16	20	1.78
51202810--51202996	85	2.2	85	92	0	311	49	12	16	20	1.78
51203114--51203200	27	3.3	26	80	4	93	35	21	22	19	1.96
51203460--51203654	27	7.2	27	92	0	318	24	20	21	33	1.97
51203659--51203909	27	9.3	27	84	5	276	39	8	23	27	1.84
51203659--51203909	81	3.1	81	85	4	335	39	8	23	27	1.84
51203659--51203938	81	3.4	80	82	3	301	38	8	23	28	1.85
51213190--51213274	39	2.2	39	100	0	170	24	15	20	40	1.91
51213190--51213299	39	3.0	39	89	8	153	27	11	20	40	1.87
51214988--51215185	58	3.4	58	87	1	254	39	11	21	27	1.88
51215188--51215536	69	5.0	69	82	4	387	23	17	22	36	1.94
51218829--51219096	40	6.7	40	95	0	484	25	22	27	25	2.00
51223927--51223992	29	2.3	29	84	5	80	43	0	24	31	1.54
51225282--51225317	13	2.9	12	84	8	54	22	0	33	44	1.53
51232367--51232418	27	1.9	27	88	0	77	38	17	13	30	1.88
51233065--51233126	31	2.0	31	90	0	97	25	20	11	41	1.86
51234115--51234180	29	2.3	29	81	5	71	42	1	24	31	1.64
51237217--51237378	43	3.8	42	77	8	157	33	25	16	24	1.95
51241710--51241889	47	3.8	47	79	10	190	29	17	28	23	1.97
51241712--51241884	95	1.8	94	85	6	242	30	17	28	23	1.97
51246720--51246896	46	3.9	44	76	11	176	22	20	28	28	1.99
51246717--51246889	93	1.9	93	91	0	283	21	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51249820--51249872	15	3.6	15	76	5	63	11	18	11	58	1.62
51249818--51249879	29	2.2	29	88	2	90	9	17	16	56	1.66
51252249--51252425	46	3.9	44	74	11	149	22	20	27	29	1.98
51252246--51252418	93	1.9	93	87	0	256	22	20	27	28	1.99
51261084--51261628	27	20.3	27	82	3	494	37	20	10	31	1.86
51261554--51261645	27	3.4	27	89	3	105	36	18	16	28	1.92
51261527--51261642	54	2.1	54	81	9	130	37	18	14	29	1.91
51282744--51282847	42	2.4	44	78	9	117	34	22	14	28	1.93
51283574--51283604	12	2.6	12	100	0	62	51	25	6	16	1.68
51284169--51284383	42	5.0	43	79	6	204	33	24	17	24	1.96
51284166--51284372	85	2.4	85	80	5	222	33	24	17	24	1.96
51288857--51288926	25	2.8	25	86	0	104	24	10	25	40	1.86
51291968--51292074	53	2.0	53	96	0	196	32	20	27	19	1.97
51297727--51297860	22	5.9	22	77	15	116	22	23	19	35	1.96
51297727--51297858	45	2.9	45	85	6	178	22	22	19	34	1.96
51305406--51305572	23	7.3	23	82	8	148	25	22	15	36	1.93
51305394--51305572	22	8.0	22	77	15	113	25	21	15	36	1.93
51305454--51305578	44	2.8	44	80	8	144	25	22	15	36	1.93
51307649--51307826	79	2.2	81	83	7	222	24	21	27	26	1.99
51307649--51307828	40	4.5	40	82	9	208	24	21	27	26	1.99
51307678--51307861	79	2.3	77	80	10	201	26	20	26	26	1.99
51315740--51315924	40	4.7	40	82	7	209	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51315774--51315957	79	2.3	77	80	10	201	27	21	26	25	1.99
51320254--51320449	48	4.0	48	84	6	243	32	29	17	21	1.96
51324499--51324915	207	2.0	207	93	0	710	25	28	25	20	1.99
51325925--51326095	43	4.0	43	79	6	186	33	25	13	26	1.93
51325926--51326082	86	1.8	85	83	4	208	33	26	14	26	1.94
51328679--51328712	17	2.0	17	100	0	68	35	11	17	35	1.87
51331352--51331569	40	5.5	40	92	1	359	25	27	22	24	2.00
51335259--51335321	31	2.0	31	96	0	117	30	9	6	53	1.58
51338795--51338970	46	3.8	46	78	4	192	22	21	28	27	1.99
51338792--51338962	93	1.8	93	91	0	279	22	22	28	26	1.99
51340519--51340728	28	7.5	28	93	1	305	33	26	11	27	1.92
51345571--51345639	15	4.6	15	78	7	86	11	20	13	55	1.68
51345562--51345639	30	2.6	29	80	6	84	11	19	15	53	1.71
51348045--51348220	46	3.8	46	79	1	181	22	20	28	28	1.98
51348042--51348212	93	1.8	93	88	0	261	22	21	28	28	1.99
51353506--51353613	43	2.5	44	79	5	123	29	13	21	35	1.92
51359195--51359255	31	2.0	31	96	0	113	36	18	9	36	1.84
51373149--51373196	25	1.9	25	83	8	62	20	20	33	25	1.97
51373157--51373233	25	3.1	25	79	3	75	25	16	29	27	1.97
51385646--51385731	40	2.2	39	87	2	118	30	30	16	23	1.96
51390392--51390475	42	2.0	42	100	0	168	38	11	19	30	1.88
51391052--51391212	40	4.0	40	84	3	198	23	20	27	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51391456--51391497	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
51392983--51393090	43	2.5	44	78	4	121	31	26	14	26	1.95
51395975--51396060	40	2.2	39	85	2	109	29	29	16	25	1.97
51398808--51398865	24	2.3	25	75	18	59	22	5	8	63	1.42
51403589--51403652	26	2.4	26	89	2	92	28	14	12	45	1.81
51403542--51403698	73	2.2	72	82	4	181	28	11	14	45	1.79
51406952--51407001	6	8.5	6	74	12	50	78	2	16	4	1.00
51420190--51420324	47	2.9	45	86	4	180	30	8	13	48	1.71
51420193--51420324	46	2.8	47	85	4	178	30	8	12	48	1.71
51420195--51420339	47	3.1	47	80	4	159	31	9	11	46	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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