genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6969622--6969670	15	3.0	17	77	22	52	65	6	0	28	1.16
6972720--6972772	20	2.7	19	80	5	61	28	3	5	62	1.35
6972669--6972777	19	5.8	19	69	11	73	28	2	5	63	1.31
6973992--6974028	17	2.1	18	90	5	58	29	18	2	48	1.62
6975611--6975686	19	3.7	21	84	6	66	40	18	6	34	1.76
6975638--6975735	19	5.2	19	90	7	155	35	16	9	38	1.80
6975638--6975735	36	2.6	37	88	9	144	35	16	9	38	1.80
6975858--6975886	7	4.3	7	95	4	51	13	0	0	86	0.58
6976841--6977427	55	10.8	52	70	19	296	32	16	18	32	1.93
6976852--6977427	159	3.5	162	85	4	680	31	16	18	32	1.94
6977181--6977387	54	4.0	49	70	18	125	30	16	19	33	1.94
6977018--6977422	109	3.8	104	73	10	259	31	16	19	32	1.94
6980555--6980580	10	2.6	10	100	0	52	38	23	26	11	1.89
6980753--6981008	131	2.0	131	88	3	381	35	19	18	27	1.95
6982582--6982966	130	3.0	130	91	0	590	35	16	18	29	1.93
6983531--6983578	17	2.6	18	87	12	71	64	4	6	25	1.35
6983529--6983584	15	3.5	15	81	13	51	66	7	5	21	1.37
6985921--6986566	132	4.9	132	90	2	915	28	23	17	29	1.97
6998277--6998763	130	3.7	130	83	3	390	36	17	17	28	1.93
6998343--6998800	130	3.5	130	86	0	583	35	19	17	27	1.94
6999352--6999399	17	2.6	18	90	9	71	62	4	8	25	1.41
7002657--7002683	7	3.9	7	100	0	54	85	0	14	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7003201--7003250	21	2.2	23	82	10	59	58	2	14	26	1.47
7003243--7003454	27	8.3	26	64	19	81	58	1	15	25	1.45
7003312--7003368	21	2.6	23	75	13	66	57	0	15	26	1.38
7003254--7003363	49	2.3	48	81	10	118	58	1	14	25	1.47
7003221--7003461	76	3.2	75	80	8	233	58	1	14	25	1.46
7003377--7003417	17	2.5	17	80	15	50	60	0	12	26	1.31
7003553--7003620	22	3.1	22	72	8	66	66	0	8	25	1.20
7003577--7003615	18	2.2	18	90	9	62	69	0	5	25	1.09
7003608--7003684	5	14.6	5	76	10	73	62	0	19	18	1.33
7003609--7003668	16	3.8	16	76	12	61	60	0	20	20	1.37
7003608--7003684	32	2.4	32	82	4	93	62	0	19	18	1.33
7003628--7003685	16	3.6	16	84	9	73	63	0	20	15	1.30
7003983--7004084	17	5.7	17	73	23	68	66	0	7	25	1.18
7003990--7004088	19	5.2	19	76	15	89	67	0	9	23	1.18
7003989--7004066	40	1.9	42	92	5	133	67	0	7	24	1.16
7003985--7004076	16	6.3	15	74	24	74	67	0	7	25	1.17
7004002--7004076	14	5.4	14	73	26	70	69	0	8	22	1.14
7008211--7008574	45	8.1	45	84	4	376	25	26	15	32	1.95
7008514--7008935	234	1.8	234	91	2	704	24	22	18	34	1.96
7008514--7008964	78	5.8	77	85	4	609	25	21	19	33	1.97
7008997--7009158	89	1.8	89	83	7	215	26	24	19	30	1.98
7017778--7017956	47	3.8	49	80	13	205	29	27	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7017786--7017956	94	1.8	93	92	1	288	28	28	21	21	1.99
7018376--7018435	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
7023839--7023914	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
7023875--7023946	19	3.9	19	85	10	114	34	15	11	38	1.83
7024066--7024106	20	2.1	19	86	9	55	12	0	9	78	0.98
7024173--7024543	56	6.6	55	75	15	233	32	20	15	31	1.94
7024148--7024491	113	3.1	113	84	5	455	31	19	14	33	1.93
7024396--7024557	57	2.9	56	85	5	211	32	17	15	34	1.91
7025911--7026162	129	2.0	129	100	0	504	32	15	14	37	1.88
7031848--7031885	19	2.0	19	94	0	67	65	13	0	21	1.26
7038293--7038569	3	93.3	3	67	11	115	27	7	5	59	1.47
7038857--7038893	18	2.1	18	85	14	51	32	10	2	54	1.49
7039175--7039203	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
7048947--7048984	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
7061164--7062222	44	24.4	44	87	3	1522	28	17	31	22	1.96
7061159--7062222	128	8.2	129	88	3	1414	28	17	31	22	1.96
7062513--7062554	10	4.3	10	81	3	50	85	0	7	7	0.73
7063735--7063792	6	9.7	6	98	0	98	20	0	29	50	1.49
7063725--7063792	18	3.8	18	92	0	91	25	0	25	50	1.50
7063791--7063848	6	9.7	6	98	0	107	50	31	0	18	1.48
7064132--7064169	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
7068059--7068101	21	2.0	22	82	13	54	44	9	2	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7071338--7071363	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
7074261--7074306	6	7.7	6	90	9	76	2	47	0	50	1.13
7077262--7077295	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
7078608--7078669	30	2.1	30	96	0	115	27	17	11	43	1.83
7080031--7080056	10	2.6	10	100	0	52	65	0	0	34	0.93
7087778--7087806	13	2.2	13	100	0	58	13	17	13	55	1.70
7090166--7090367	38	5.3	38	85	3	271	23	21	25	29	1.99
7090166--7090341	78	2.3	76	85	3	244	23	23	23	28	1.99
7090360--7090471	43	2.6	43	89	0	179	11	24	32	32	1.91
7092050--7092153	48	2.2	48	81	6	113	30	22	29	17	1.96
7093628--7093656	13	2.2	13	100	0	58	13	17	13	55	1.70
7096016--7096217	38	5.3	38	86	2	269	22	21	25	30	1.99
7096016--7096206	78	2.5	76	85	3	247	23	22	25	29	1.99
7096210--7096300	43	2.1	43	93	0	155	10	23	31	34	1.89
7096218--7096321	43	2.4	43	86	0	136	13	25	29	31	1.94
7096243--7096332	43	2.1	43	82	0	108	15	23	31	30	1.95
7096651--7096758	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
7101617--7101791	46	3.8	46	77	13	205	29	29	20	20	1.97
7101625--7101796	93	1.8	93	92	0	290	29	30	20	20	1.97
7107768--7107939	46	3.7	46	79	13	208	30	30	19	20	1.97
7107776--7107947	93	1.8	93	89	0	272	30	30	19	19	1.96
7109866--7109895	14	2.1	14	93	0	51	40	16	13	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7114558--7114592	15	2.3	15	100	0	70	48	22	22	5	1.72
7139383--7139474	47	2.0	46	93	4	159	51	5	16	27	1.66
7140051--7140102	29	1.9	27	85	14	72	53	5	11	28	1.60
7142768--7142793	3	8.7	3	100	0	52	0	30	0	69	0.89
7147561--7147932	185	2.0	187	88	2	552	27	21	15	36	1.93
7150079--7150110	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
7154221--7154346	50	2.5	50	94	0	216	34	15	23	26	1.95
7154221--7154363	50	3.0	46	85	9	148	34	14	23	26	1.94
7154343--7154430	46	1.9	46	88	0	131	28	22	20	28	1.99
7160117--7160478	94	4.0	94	71	13	243	27	14	22	34	1.94
7168336--7168375	17	2.4	17	95	0	71	45	22	15	17	1.85
7169798--7169914	40	3.0	39	78	12	112	35	10	14	40	1.80
7171440--7171484	23	2.0	22	83	8	56	60	0	2	37	1.09
7171893--7171987	19	4.7	20	72	20	81	42	1	3	53	1.23
7173274--7173330	16	3.6	16	76	9	62	43	5	21	29	1.74
7173507--7173629	58	2.1	58	87	3	176	53	3	0	43	1.17
7173494--7173660	58	2.9	57	81	8	171	53	2	1	41	1.23
7176063--7176110	25	1.9	25	82	0	60	52	0	4	43	1.20
7177509--7177591	21	3.9	21	80	3	76	38	26	20	14	1.91
7177507--7177581	21	3.5	22	81	9	91	40	26	20	13	1.89
7179030--7179065	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
7191521--7191552	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7191834--7191944	23	4.8	22	76	14	75	30	2	5	61	1.32
7191839--7191908	26	2.9	24	77	14	65	31	4	5	58	1.41
7192185--7192239	30	2.0	28	82	13	69	56	3	0	40	1.17
7194638--7194698	25	2.4	26	86	8	81	37	29	16	16	1.91
7199809--7199853	19	2.4	19	85	7	56	28	22	8	40	1.84
7200499--7200913	39	10.8	38	77	5	291	31	15	19	33	1.93
7200497--7200929	77	5.6	77	80	3	410	32	15	18	33	1.93
7216533--7216573	11	3.7	11	81	12	57	73	17	0	9	1.09
7219101--7219605	46	11.0	46	87	2	674	27	23	9	38	1.87
7220798--7220837	20	2.0	20	95	0	71	45	22	5	27	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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