genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50379075--50379115	21	2.0	21	85	9	57	26	0	24	48	1.51
50384173--50384202	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
50384617--50384650	17	2.0	17	100	0	68	58	11	5	23	1.55
50386942--50387255	46	6.7	46	76	10	230	27	18	30	23	1.98
50389231--50389317	18	4.7	18	67	9	50	62	2	1	34	1.16
50391237--50391279	18	2.4	17	84	7	50	58	2	0	39	1.11
50391244--50391287	20	2.2	20	84	8	54	54	4	0	40	1.21
50391242--50391331	19	4.8	18	74	6	72	51	3	0	45	1.18
50391249--50391340	45	2.0	45	81	6	105	51	3	0	45	1.17
50392936--50392982	23	2.0	24	84	8	62	57	0	0	42	0.98
50392929--50392971	18	2.3	18	80	4	50	53	0	2	44	1.13
50394759--50394809	17	2.9	17	75	13	50	60	0	0	39	0.97
50398907--50399118	40	5.3	39	83	5	264	27	28	20	23	1.99
50398907--50399118	80	2.7	80	91	0	345	27	28	20	23	1.99
50403971--50404134	42	3.8	42	75	4	141	29	17	23	30	1.97
50403976--50404134	87	1.9	84	82	4	201	29	17	23	29	1.97
50404899--50405034	43	3.2	43	95	0	236	25	25	19	29	1.98
50409146--50409182	12	3.1	12	100	0	74	32	24	8	35	1.85
50410881--50411024	9	16.0	9	68	15	66	35	2	15	46	1.58
50410918--50411024	18	5.8	18	70	14	76	35	2	15	45	1.61
50414375--50414465	40	2.3	39	76	12	103	26	25	18	29	1.98
50419844--50419984	50	2.8	50	90	2	194	29	24	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50425269--50425536	48	5.6	48	90	0	401	25	29	21	23	1.99
50434876--50434963	44	2.0	44	88	4	133	23	22	4	48	1.69
50443694--50443723	15	1.9	16	93	6	53	50	6	13	30	1.67
50443882--50443915	12	2.8	12	86	0	50	76	0	23	0	0.79
50443871--50443910	6	6.7	6	83	11	55	77	0	22	0	0.77
50444906--50445028	6	20.5	6	98	0	219	30	17	2	49	1.59
50445311--50445342	16	2.0	16	100	0	64	50	6	18	25	1.70
50448173--50448280	26	4.2	26	96	0	198	31	6	25	36	1.82
50449417--50449446	8	3.8	8	90	0	51	46	16	26	10	1.78
50449841--50449948	27	4.0	26	84	8	126	17	23	22	37	1.94
50449841--50449948	54	2.0	54	85	3	146	17	23	22	37	1.94
50455197--50455252	26	2.2	26	93	0	94	32	5	25	37	1.78
50456814--50456920	27	3.9	27	85	9	128	17	23	22	36	1.95
50456814--50456921	54	2.0	54	85	3	146	17	23	22	37	1.94
50459893--50459936	20	2.2	20	95	0	79	18	36	34	11	1.86
50464375--50464500	43	3.0	43	78	11	134	30	26	18	24	1.98
50464360--50464506	43	3.4	43	71	16	126	29	27	19	23	1.98
50467350--50467401	12	4.4	12	85	4	70	71	5	23	0	1.07
50471809--50471915	44	2.5	41	77	12	108	26	14	22	37	1.92
50477941--50477989	23	2.1	23	88	0	71	46	14	20	18	1.83
50480198--50480228	7	4.4	7	100	0	62	54	0	12	32	1.38
50481830--50481875	14	3.1	16	72	15	53	60	4	0	34	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50490871--50491135	130	2.0	130	99	0	521	26	15	15	43	1.86
50496029--50496073	22	2.0	22	91	0	72	48	15	2	33	1.57
50500626--50500675	22	2.3	22	89	0	73	50	16	2	32	1.56
50500702--50500825	44	2.7	44	83	5	149	26	14	23	35	1.93
50504044--50504140	33	2.9	33	93	0	158	27	42	9	20	1.83
50509577--50509601	12	2.1	12	100	0	50	32	0	24	44	1.54
50509651--50509724	32	2.3	31	84	6	94	52	2	20	24	1.59
50512470--50512557	46	1.9	46	90	0	140	26	14	28	30	1.95
50518337--50518439	51	2.0	51	100	0	206	33	15	13	37	1.87
50523820--50524020	39	5.1	40	77	8	180	26	20	27	25	1.99
50529034--50529107	33	2.2	33	85	0	112	13	12	33	40	1.82
50531042--50531102	30	2.0	30	96	0	113	16	11	26	45	1.81
50531566--50531604	18	2.2	19	86	9	55	10	23	46	20	1.81
50535921--50536130	39	5.4	39	94	0	348	28	29	24	18	1.98
50537144--50537180	2	18.5	2	88	0	56	54	2	0	43	1.14
50537144--50537181	14	2.7	14	95	0	67	55	2	0	42	1.14
50543239--50543359	39	3.1	39	97	0	224	19	25	32	22	1.98
50544654--50544759	52	2.0	52	100	0	212	38	11	11	38	1.77
50559501--50559583	38	2.2	38	95	2	148	30	12	25	32	1.92
50573208--50573310	46	2.2	48	87	3	147	35	15	22	26	1.94
50573220--50573322	48	2.2	46	85	3	134	34	14	21	29	1.93
50576223--50576313	45	2.0	45	93	0	155	38	24	12	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50584176--50584263	45	2.0	45	90	0	140	36	25	12	26	1.91
50588521--50588586	28	2.4	28	74	2	71	24	25	22	27	2.00
50598056--50598338	139	2.0	141	91	2	462	48	15	24	10	1.77
50607390--50607433	23	1.9	23	81	9	54	25	11	31	31	1.91
50613054--50613092	19	2.1	19	90	0	60	25	33	15	25	1.95
50622810--50623014	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
50631098--50631302	27	7.6	27	86	3	259	30	27	15	26	1.96
50642441--50642557	47	2.5	47	81	5	139	25	19	30	23	1.98
50642335--50642506	94	1.8	94	87	0	254	30	18	27	23	1.97
50642338--50642557	94	2.3	94	81	3	246	28	18	29	23	1.98
50649821--50650040	46	4.7	47	78	10	193	28	18	31	22	1.97
50656642--50656816	95	1.9	94	88	1	269	41	16	6	35	1.74
50662198--50662326	33	3.9	33	86	4	197	21	6	41	30	1.80
50669334--50669461	32	4.0	32	87	0	202	45	7	11	35	1.70
50672239--50672298	5	12.0	5	85	0	84	41	1	20	36	1.62
50674126--50674224	35	3.0	34	74	17	109	41	21	14	23	1.89
50676782--50676835	21	2.7	21	86	8	69	14	25	16	42	1.87
50677573--50677681	50	2.1	52	81	6	125	39	15	11	33	1.84
50683977--50684207	55	4.4	52	79	9	238	35	18	24	22	1.96
50683981--50684181	108	1.8	110	90	4	327	33	17	25	22	1.96
50684420--50684450	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
50688718--50688756	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50689998--50690040	22	2.0	22	85	0	59	18	4	20	55	1.60
50690334--50690521	94	2.0	94	97	0	358	22	14	24	38	1.92
50690931--50690967	20	1.9	19	89	10	58	37	8	5	48	1.56
50692269--50692396	23	5.6	23	90	0	175	17	17	21	43	1.88
50700903--50700981	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
50701100--50701671	47	12.1	47	94	1	910	29	30	8	31	1.88
50710417--50710450	17	2.0	17	94	0	59	38	0	20	41	1.53
50711713--50711742	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
50716874--50717039	27	6.1	27	80	2	163	17	22	22	36	1.94
50716874--50717039	54	3.1	54	84	1	190	17	22	22	36	1.94
50716874--50717039	81	2.0	81	81	2	190	17	22	22	36	1.94
50724906--50725071	54	3.1	54	90	1	244	17	24	22	34	1.96
50724906--50725071	27	6.2	26	84	7	197	17	24	22	34	1.96
50724906--50725071	81	2.0	81	85	4	219	17	24	22	34	1.96
50728823--50728879	25	2.3	25	84	6	71	29	21	17	31	1.96
50730566--50730612	19	2.5	19	86	6	60	48	4	10	36	1.57
50732585--50732756	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
50732578--50732753	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
50739692--50739863	93	1.8	93	94	0	308	28	29	21	20	1.98
50739685--50739860	46	3.8	46	79	12	207	29	28	21	20	1.98
50739734--50739872	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
50740939--50741068	40	3.3	40	76	9	142	26	18	23	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50743367--50743408	17	2.4	17	80	11	50	73	2	2	21	1.06
50743423--50743472	21	2.3	23	89	6	77	58	2	0	40	1.10
50743723--50743767	10	4.4	10	83	5	54	60	0	2	37	1.09
50743723--50743767	21	2.2	21	84	4	56	60	0	2	37	1.09
50745850--50745906	26	2.1	27	96	3	107	35	17	3	43	1.66
50750758--50750795	19	2.0	19	85	10	51	36	13	7	42	1.73
50754299--50754393	43	2.2	42	79	7	102	29	13	23	33	1.93
50760095--50760231	41	3.4	41	75	9	129	30	27	18	23	1.98
50767995--50768040	22	2.1	22	100	0	92	30	21	17	30	1.96
50774531--50774971	47	9.4	47	93	0	702	33	8	29	28	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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