genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83808546--83808588	20	2.2	20	95	0	77	46	11	16	25	1.80
83815630--83815882	55	4.8	52	76	11	221	35	17	24	22	1.95
83815636--83815834	108	1.8	110	86	4	296	34	17	25	22	1.96
83815946--83815990	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
83819213--83819289	38	2.0	38	100	0	154	37	7	18	36	1.80
83824261--83824337	38	2.0	38	92	0	127	29	23	24	22	1.99
83826454--83826505	20	2.6	20	100	0	104	11	32	36	19	1.87
83831843--83832028	48	3.9	48	86	5	241	26	17	25	30	1.97
83835074--83835117	21	2.0	22	83	12	56	43	2	11	43	1.53
83840140--83840194	28	2.0	28	92	0	92	47	29	5	18	1.71
83843393--83843427	9	3.9	9	100	0	70	45	22	20	11	1.82
83843393--83843433	18	2.3	18	91	0	64	43	24	17	14	1.86
83843641--83843755	57	2.0	58	96	1	214	37	8	18	35	1.82
83849266--83849312	24	2.0	24	82	0	58	34	25	12	27	1.92
83849356--83849414	20	3.0	20	92	0	91	35	15	20	28	1.93
83849465--83849634	24	7.0	24	88	4	243	30	20	22	26	1.99
83849465--83849614	50	3.0	50	90	3	241	31	20	22	26	1.98
83849464--83849634	74	2.3	72	89	5	245	29	20	23	26	1.99
83856178--83856244	20	3.3	20	91	0	107	34	13	20	31	1.92
83856292--83856339	24	2.0	24	95	0	87	31	25	18	25	1.98
83860324--83860382	20	3.0	20	92	0	91	35	15	20	28	1.93
83860433--83860600	24	7.0	24	87	7	234	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83860433--83860580	49	3.0	50	88	6	232	31	19	21	27	1.97
83860433--83860600	73	2.3	71	89	5	248	30	20	22	26	1.98
83867095--83867161	20	3.3	20	91	0	107	34	13	20	31	1.92
83867209--83867384	24	7.2	24	87	2	226	32	21	19	27	1.97
83867210--83867384	48	3.6	48	88	1	251	32	20	19	27	1.97
83873928--83873994	20	3.3	20	91	0	107	34	13	20	31	1.92
83874042--83874212	24	7.0	24	87	4	218	29	21	21	27	1.98
83874043--83874192	50	3.0	50	90	3	241	31	20	20	28	1.97
83874042--83874212	74	2.3	72	88	5	236	29	21	21	27	1.98
83881248--83881893	47	13.6	47	94	1	1094	29	29	8	32	1.87
83883386--83883410	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
83902200--83902331	43	3.1	43	77	6	108	31	26	12	30	1.92
83910770--83910850	40	2.0	40	97	0	153	11	29	24	34	1.90
83925835--83925988	47	3.3	47	93	0	272	29	29	7	33	1.84
83927838--83927862	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
83930230--83930470	47	5.1	47	90	0	356	34	10	28	26	1.90
83930277--83930355	25	3.3	25	67	22	78	34	10	26	29	1.89
83930302--83930379	22	3.4	22	68	22	70	34	12	28	24	1.92
83930230--83930518	94	3.1	94	85	3	359	34	10	28	27	1.89
83930440--83930626	48	3.8	48	89	8	304	35	6	26	31	1.83
83930441--83930626	100	1.9	96	92	6	311	35	6	26	30	1.83
83930772--83930879	37	2.9	37	91	0	162	25	17	29	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83932235--83932343	43	2.6	42	84	5	148	29	22	15	32	1.95
83937699--83937746	19	2.3	20	79	17	53	25	18	18	37	1.94
83939524--83939566	14	2.9	15	75	3	52	39	9	2	48	1.48
83941343--83941836	3	164.7	3	68	13	207	58	2	7	30	1.40
83941367--83941424	20	2.9	20	84	5	64	58	6	6	27	1.50
83941470--83941836	41	8.9	41	69	16	141	58	2	7	31	1.38
83942424--83942448	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
83942574--83942607	18	1.9	17	88	5	50	8	20	23	47	1.78
83963055--83963094	19	2.1	19	100	0	80	42	0	20	37	1.52
83963675--83963881	53	3.8	53	77	11	215	34	16	25	22	1.95
83963683--83963889	108	1.9	108	86	5	294	34	16	25	22	1.95
83964120--83964150	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
83965579--83965611	13	2.5	13	95	5	57	15	51	12	21	1.75
83968841--83968996	27	5.7	27	80	6	163	28	27	17	26	1.98
83968841--83968996	82	1.9	81	85	3	215	28	27	17	26	1.98
83976925--83977080	27	5.7	27	80	4	161	28	28	16	26	1.97
83976905--83977081	54	3.3	55	79	10	195	28	28	15	26	1.96
83976925--83977080	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
83982656--83982759	55	1.9	55	84	7	140	36	16	24	23	1.94
83986875--83987048	46	3.8	45	78	13	192	29	28	19	22	1.98
83986881--83987052	93	1.8	93	91	0	281	29	27	19	23	1.98
83992464--83992648	40	4.6	40	86	0	244	23	26	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84001928--84002278	180	2.0	180	95	0	639	40	9	14	35	1.79
84004008--84004064	28	2.0	28	93	0	96	21	10	31	36	1.87
84006410--84006445	9	3.9	9	88	3	54	22	0	19	58	1.40
84006410--84006456	20	2.4	19	89	3	67	21	0	21	57	1.41
84007356--84007394	20	2.0	20	100	0	78	28	10	5	56	1.54
84008120--84008170	24	2.1	24	85	0	66	35	17	11	35	1.87
84008146--84008200	28	2.0	28	89	7	85	30	20	12	36	1.90
84009747--84009873	63	2.0	63	93	0	218	34	21	6	37	1.79
84023186--84023407	40	5.6	40	92	1	358	22	27	22	27	1.99
84031265--84031486	40	5.6	40	85	3	279	23	26	22	27	2.00
84040597--84040802	23	8.7	24	77	14	189	28	21	23	26	1.99
84040612--84040802	49	4.0	46	80	12	217	29	21	24	25	1.99
84040597--84040802	72	2.9	72	84	7	274	28	21	23	26	1.99
84061918--84061949	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
84071953--84072094	40	3.6	40	94	0	241	25	28	24	21	1.99
84074543--84074588	6	7.5	6	85	2	56	19	2	0	78	0.86
84074543--84074572	13	2.3	13	94	0	51	16	0	0	83	0.65
84079795--84079823	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
84082321--84082354	12	3.0	12	91	8	54	35	0	26	38	1.57
84083307--84083360	27	2.0	27	96	0	99	31	18	3	46	1.67
84084618--84084723	48	2.2	48	88	3	151	33	32	12	21	1.90
84084590--84084723	24	5.6	24	75	7	121	34	31	11	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84091801--84091915	24	4.9	24	70	12	85	34	30	13	21	1.91
84092343--84092373	14	2.2	14	94	0	53	58	16	0	25	1.38
84098249--84098472	40	5.6	40	82	6	249	25	24	26	23	2.00
84098249--84098508	80	3.3	79	81	6	285	25	24	26	23	2.00
84098249--84098508	120	2.2	119	82	6	314	25	24	26	23	2.00
84106428--84106652	40	5.6	40	83	5	258	25	24	27	23	2.00
84106428--84106688	80	3.3	80	83	3	312	25	24	26	23	2.00
84106428--84106688	120	2.2	120	83	6	325	25	24	26	23	2.00
84112216--84112386	93	1.8	93	92	2	290	29	28	20	21	1.98
84112211--84112383	46	3.7	47	80	10	212	30	27	20	21	1.98
84119700--84119849	46	3.3	45	79	10	178	28	29	20	22	1.98
84119829--84119868	19	2.1	19	100	0	80	30	27	20	22	1.98
84124610--84124736	46	2.7	46	91	1	200	30	26	21	21	1.98
84124612--84124755	46	3.1	45	82	7	130	29	27	20	21	1.98
84136265--84136380	46	2.5	45	85	12	148	31	27	19	20	1.97
84146625--84146750	46	2.7	46	92	0	207	21	21	26	30	1.98
84146971--84147008	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
84149021--84149175	42	3.7	42	92	1	249	21	34	26	17	1.96
84154245--84154410	47	3.6	46	79	8	160	23	19	24	33	1.97
84154280--84154409	45	2.8	45	83	4	145	23	21	21	33	1.98
84157346--84157410	15	4.4	15	75	9	62	12	15	12	60	1.60
84157344--84157410	30	2.3	30	79	10	75	11	14	14	58	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84160201--84160292	47	2.0	45	80	4	103	22	19	25	32	1.97
84160217--84160331	45	2.5	45	82	2	131	20	20	25	33	1.97
84163267--84163305	15	2.6	15	79	0	51	10	15	17	56	1.66
84174540--84174690	72	2.1	73	88	1	223	23	16	25	34	1.95
84174547--84174727	72	2.5	72	80	2	211	24	17	25	33	1.96
84196006--84196229	40	5.6	39	85	5	240	24	21	27	25	1.99
84196006--84196229	79	2.8	79	82	9	251	24	21	27	25	1.99
84196013--84196262	79	3.2	78	78	11	242	26	20	26	26	1.99
84200603--84200735	46	2.9	46	88	1	194	32	26	21	20	1.97
84207458--84207491	17	2.0	17	100	0	68	64	5	11	17	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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