genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.133.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44962969--44963109	27	5.3	27	77	10	112	40	21	8	29	1.83
44962993--44963116	54	2.3	54	81	0	140	42	20	7	29	1.79
44963151--44963703	27	20.9	27	82	6	600	35	18	19	26	1.95
44974269--44974382	27	4.2	26	85	7	138	37	20	22	19	1.94
44974266--44974382	55	2.2	53	89	3	171	37	21	22	18	1.94
44974483--44974548	28	2.4	28	92	2	107	25	9	27	37	1.86
44983575--44983889	50	6.5	50	78	7	294	27	18	29	24	1.98
44983665--44983850	99	1.9	100	86	3	268	30	17	27	24	1.97
44985037--44985098	31	2.0	31	100	0	124	25	25	12	35	1.92
44993798--44993837	20	2.0	20	95	0	71	32	25	15	27	1.95
44995016--44995078	20	3.2	20	83	0	72	46	12	22	19	1.83
44999705--44999747	23	1.9	23	85	4	61	30	0	20	48	1.50
45003826--45003998	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
45003823--45003993	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
45011433--45011605	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
45011430--45011600	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
45015772--45015897	27	4.7	27	80	10	143	38	22	8	30	1.84
45015772--45015912	27	5.3	27	77	10	112	40	21	8	29	1.83
45015796--45015919	54	2.3	54	81	0	140	42	20	7	29	1.79
45015955--45016644	27	25.6	27	86	0	878	34	18	20	26	1.96
45017089--45017153	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
45017312--45017413	27	3.8	26	83	5	114	19	22	19	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45017561--45017629	31	2.2	31	92	0	111	18	15	15	49	1.80
45037698--45037746	23	2.1	23	88	0	71	26	14	18	40	1.89
45041747--45042136	50	7.7	51	77	6	348	31	25	16	26	1.96
45041750--45042093	151	2.3	151	84	2	442	30	25	17	26	1.97
45048751--45049087	180	1.9	180	86	2	480	33	19	7	39	1.80
45049412--45049443	16	2.0	16	93	0	55	34	12	0	53	1.39
45049657--45049943	50	5.7	50	86	2	387	29	25	17	27	1.97
45049657--45049943	151	1.9	150	87	2	423	29	25	17	27	1.97
45049649--45049939	101	2.9	100	86	2	431	29	25	18	27	1.98
45060417--45060481	34	1.9	34	96	0	121	23	27	6	43	1.77
45075354--45075383	11	2.6	11	94	5	51	53	16	0	30	1.44
45088850--45089070	40	5.7	38	86	7	259	24	22	28	24	2.00
45094840--45094971	27	4.9	27	84	0	156	25	17	18	37	1.93
45095238--45095282	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
45096577--45096745	91	1.8	92	93	1	295	28	28	20	21	1.98
45096570--45096742	46	3.8	45	75	13	183	29	28	20	21	1.98
45102083--45102128	24	2.0	23	82	4	56	28	19	10	41	1.85
45104100--45104270	46	3.8	46	75	9	190	30	29	19	20	1.97
45104196--45104281	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
45106853--45106917	28	2.3	28	89	0	103	30	7	26	35	1.84
45109326--45109959	48	13.1	48	88	5	915	35	6	26	30	1.82
45109628--45109696	33	2.1	33	100	0	138	36	8	26	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45109580--45109812	81	3.0	81	83	13	348	35	6	27	30	1.83
45109711--45109750	20	2.0	20	100	0	80	30	10	35	25	1.88
45109663--45109798	68	2.0	68	97	0	254	33	6	30	30	1.83
45110109--45110287	37	4.8	37	95	0	304	24	17	31	26	1.97
45118529--45118642	55	2.1	56	82	11	137	37	21	21	19	1.94
45118554--45118643	28	3.2	28	78	13	105	34	23	22	20	1.97
45118749--45118813	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
45129194--45129330	23	6.0	21	75	11	94	36	18	24	21	1.95
45129194--45129330	67	2.0	68	83	8	172	36	18	24	21	1.95
45136535--45136688	28	5.5	28	97	0	274	25	11	28	33	1.91
45136510--45136688	56	3.2	56	91	1	279	25	11	28	34	1.91
45144737--45144834	28	3.5	28	95	1	171	25	12	29	32	1.92
45144737--45144847	28	4.0	27	90	3	107	27	11	27	33	1.91
45150818--45150853	17	2.0	18	89	10	56	25	16	38	19	1.92
45152555--45152712	42	3.7	42	76	1	163	29	24	15	30	1.96
45156400--45156542	51	3.0	47	75	15	127	32	27	17	22	1.96
45156459--45156543	43	2.0	43	86	4	118	28	31	17	22	1.97
45164350--45164431	43	1.9	43	94	0	146	29	30	19	20	1.97
45168912--45168957	24	1.9	24	90	0	74	43	28	2	26	1.66
45169890--45170054	42	3.9	42	77	6	172	29	23	14	32	1.94
45170192--45170235	22	2.0	22	95	0	79	50	15	4	29	1.64
45172511--45172617	54	2.0	54	88	3	162	34	21	17	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45175535--45175564	15	2.0	15	100	0	60	53	13	13	20	1.72
45178420--45178519	38	2.6	38	87	3	148	27	11	30	32	1.91
45178503--45178611	48	2.3	48	88	4	159	31	15	19	33	1.93
45180754--45180841	27	3.3	26	92	4	140	17	23	22	36	1.94
45194114--45194324	27	7.8	27	86	0	287	29	23	7	39	1.81
45194114--45194324	81	2.6	81	90	0	323	29	23	7	39	1.81
45194312--45194444	27	4.9	27	92	0	176	41	23	5	30	1.76
45194114--45194352	81	3.0	81	86	2	318	30	23	7	38	1.81
45194303--45194552	27	9.3	27	82	8	174	38	21	10	29	1.87
45194317--45194497	81	2.2	81	82	4	206	40	21	7	30	1.81
45194486--45194675	27	7.0	27	86	0	263	34	20	20	24	1.96
45194905--45194951	24	2.0	24	83	8	60	29	19	23	27	1.98
45195934--45195962	14	2.0	15	93	6	51	31	0	20	48	1.50
45196713--45196745	15	2.2	15	100	0	66	21	18	12	48	1.80
45197099--45197265	42	4.0	43	78	12	193	22	18	27	31	1.97
45204436--45204486	26	2.0	26	92	7	86	35	21	13	29	1.92
45236978--45237070	29	3.2	28	80	7	89	23	33	12	30	1.92
45237008--45237070	28	2.2	29	88	2	92	26	33	12	26	1.93
45241558--45241663	28	3.8	28	82	7	108	27	35	11	25	1.90
45257336--45257367	16	2.0	16	100	0	64	43	12	6	37	1.68
45258974--45259075	40	2.5	40	96	1	186	28	30	20	20	1.98
45261937--45262130	43	4.5	43	87	3	257	34	26	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45262428--45262468	21	2.0	21	95	0	73	0	51	19	29	1.47
45268017--45268087	9	7.6	9	75	9	61	33	0	16	49	1.47
45268267--45268753	241	2.0	241	97	0	929	33	14	17	34	1.90
45272500--45272720	47	4.6	49	76	8	179	27	18	28	24	1.98
45283819--45284000	84	2.2	83	87	1	256	23	22	32	21	1.98
45293133--45293223	40	2.2	41	84	1	121	36	25	14	24	1.93
45300344--45300529	40	4.6	40	80	1	174	34	24	16	24	1.95
45300341--45300529	81	2.3	80	79	4	218	34	24	16	24	1.95
45302480--45302612	25	5.4	25	75	12	94	24	21	21	31	1.98
45302477--45302607	49	2.7	49	84	3	165	23	21	22	32	1.98
45302489--45302607	50	2.4	48	83	9	150	23	22	22	31	1.99
45305634--45305777	40	3.6	40	90	0	234	31	26	21	20	1.98
45308655--45308746	48	1.9	48	100	0	184	30	21	22	25	1.99
45308656--45308776	48	2.5	48	86	2	127	32	19	23	23	1.98
45314898--45314932	16	2.1	17	89	5	54	37	0	11	51	1.38
45321520--45321829	46	6.7	46	75	14	296	23	20	27	29	1.99
45321610--45321779	47	3.6	47	77	12	188	24	19	26	29	1.98
45321564--45321825	93	2.8	93	88	0	398	23	20	27	29	1.99
45329070--45329173	5	20.2	5	76	16	65	76	1	5	15	1.05
45329070--45329161	6	15.3	6	81	7	62	77	2	6	14	1.06
45329070--45329171	12	9.3	11	74	14	77	77	1	5	14	1.04
45329071--45329171	21	4.6	21	73	17	89	77	1	5	14	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45345223--45345314	39	2.3	39	85	5	123	23	28	22	25	2.00
45345204--45345367	40	4.1	39	76	14	149	23	27	23	25	2.00
45357746--45357977	49	4.7	49	81	3	266	29	25	18	27	1.98
45357894--45357971	26	3.1	26	62	23	67	30	26	15	26	1.96
45360739--45360781	23	1.9	22	86	13	61	41	20	0	37	1.53
45362503--45362721	49	4.4	49	82	3	267	28	27	17	26	1.98
45371599--45371842	50	4.8	50	84	1	281	25	15	27	31	1.95
45371599--45371844	100	2.4	101	86	2	343	25	15	28	31	1.95
45372042--45372071	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
45379800--45379887	43	2.1	42	84	2	113	21	11	32	34	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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