genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.281.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95926999--95927220	50	4.6	49	79	10	187	27	30	16	26	1.97
95927195--95927313	46	2.5	46	80	8	123	24	28	16	30	1.97
95927698--95927754	30	1.9	30	92	0	96	31	28	8	31	1.87
95936495--95936806	39	8.0	38	83	6	133	31	26	20	21	1.98
95936553--95936807	39	6.5	39	89	0	375	29	26	20	23	1.99
95939749--95939799	27	1.9	26	84	4	66	45	17	13	23	1.84
95942367--95942663	39	7.6	39	85	3	330	30	26	20	22	1.98
95942367--95942663	78	3.8	78	87	2	409	30	26	20	22	1.98
95942367--95942663	117	2.5	117	83	3	364	30	26	20	22	1.98
95944921--95945099	46	3.9	45	79	10	148	26	26	17	28	1.98
95965839--95965892	26	2.1	25	83	10	65	7	27	0	64	1.20
95973882--95974072	40	4.8	40	90	1	260	25	29	23	21	1.99
95977151--95977182	15	2.1	15	94	0	55	12	50	25	12	1.75
95981893--95981934	21	2.0	21	100	0	84	33	9	9	47	1.68
95984288--95984327	20	2.0	20	85	0	53	62	0	5	32	1.17
95987378--95987407	15	2.1	15	93	6	53	53	26	0	20	1.46
95988167--95988353	48	3.9	48	86	0	248	36	30	13	19	1.91
95988178--95988353	96	1.8	96	92	0	298	36	30	14	19	1.91
95994099--95994153	15	3.8	14	81	18	60	23	1	0	74	0.91
95994142--95994189	25	2.0	24	83	4	60	16	6	6	70	1.28
96005486--96005579	47	2.0	47	97	0	179	43	17	19	20	1.88
96007750--96007775	13	2.0	13	100	0	52	15	23	23	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96011734--96011858	29	4.3	29	87	1	171	29	32	14	24	1.94
96012069--96012111	16	2.7	16	88	0	68	11	18	16	53	1.72
96031213--96031319	42	2.5	43	82	7	121	24	19	25	30	1.98
96031173--96031321	43	3.5	43	76	13	146	24	18	27	29	1.98
96037874--96038037	42	3.9	42	80	4	186	27	25	15	31	1.96
96040631--96040684	22	2.3	23	75	12	58	20	7	3	68	1.30
96042423--96042548	47	2.7	47	87	2	173	21	17	29	31	1.96
96042426--96042571	47	3.1	46	73	11	127	21	16	28	34	1.95
96050050--96050176	47	2.7	47	91	0	191	21	15	29	33	1.94
96053025--96053095	33	2.2	33	92	0	115	29	4	29	36	1.76
96064312--96064541	109	2.1	109	94	1	399	19	22	30	28	1.98
96077001--96077066	17	3.9	17	68	20	50	25	3	3	68	1.19
96079486--96079533	24	2.0	24	100	0	96	41	8	16	33	1.78
96080182--96080353	43	4.0	44	79	8	203	27	14	24	33	1.94
96080193--96080351	85	1.9	86	85	9	227	26	15	25	33	1.95
96082700--96082875	48	3.7	48	84	3	239	22	16	25	36	1.94
96082697--96082882	96	1.9	96	90	4	295	22	17	24	35	1.95
96085141--96085165	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
96100634--96100731	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
96100662--96100744	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
96100634--96100745	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
96113766--96113984	79	2.7	79	82	8	257	26	27	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96113780--96113984	40	5.1	41	83	8	237	25	28	21	23	1.99
96121622--96121843	79	2.8	79	81	9	263	25	21	27	26	1.99
96121622--96121829	40	5.2	40	84	7	262	24	21	27	25	1.99
96126396--96126548	40	3.8	40	84	5	195	24	21	28	24	1.99
96126414--96126564	79	1.9	79	84	8	200	24	20	28	26	1.99
96128093--96128142	21	2.4	21	89	0	73	12	28	30	30	1.92
96128501--96128534	14	2.5	13	90	9	50	70	0	20	8	1.13
96137937--96138458	282	1.9	282	89	0	821	33	17	23	24	1.96
96141088--96141172	41	2.1	41	97	0	161	36	8	22	32	1.84
96150603--96150637	6	5.8	6	86	0	52	14	2	2	80	0.95
96159460--96159630	46	3.8	44	79	13	204	29	27	20	22	1.99
96159465--96159632	92	1.8	90	93	2	291	28	28	20	22	1.98
96171503--96171548	20	2.2	21	84	7	58	32	4	17	45	1.68
96172224--96172353	47	2.8	47	80	2	136	24	16	26	31	1.97
96173873--96173963	45	2.0	45	97	0	173	30	8	20	39	1.83
96176877--96176937	30	2.0	30	87	0	86	31	22	6	39	1.80
96181384--96181508	29	4.3	29	88	1	171	24	15	31	28	1.95
96185171--96185215	20	2.2	20	84	7	56	35	15	0	48	1.45
96188446--96188478	12	2.8	12	100	0	66	33	0	0	66	0.92
96190114--96190164	22	2.3	22	80	12	61	21	1	0	76	0.88
96193861--96194005	40	3.7	40	91	3	231	23	22	28	25	1.99
96193861--96194038	79	2.3	79	85	5	227	25	21	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96198146--96198221	40	1.9	40	88	0	116	17	13	35	34	1.88
96207865--96207899	18	1.9	18	94	0	61	14	37	20	28	1.91
96209018--96209126	37	2.9	37	94	0	182	26	32	19	22	1.97
96209333--96209526	47	4.1	47	91	0	289	27	28	10	33	1.90
96209379--96209454	22	3.3	22	65	28	59	25	31	13	30	1.93
96209448--96209527	25	3.3	25	68	16	69	32	27	6	33	1.82
96213782--96214142	47	7.7	45	76	12	284	21	29	20	28	1.98
96213782--96214139	94	3.8	94	81	8	403	21	29	20	28	1.98
96213782--96214139	141	2.6	137	80	9	384	21	29	20	28	1.98
96214484--96214540	30	1.9	30	92	0	96	28	24	14	33	1.94
96227173--96227299	43	3.0	43	77	11	136	24	18	25	32	1.97
96229185--96229254	32	2.2	32	94	0	122	40	12	1	45	1.51
96230477--96230548	20	3.6	20	88	0	99	18	29	29	23	1.97
96231542--96231599	28	2.1	28	100	0	116	36	24	10	29	1.88
96236959--96237143	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
96236940--96237143	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
96248020--96248061	22	1.9	22	85	0	57	45	14	0	40	1.45
96248697--96248797	41	2.5	41	85	3	123	25	19	17	36	1.94
96249798--96249841	21	2.2	20	84	12	54	70	4	2	22	1.17
96259935--96260016	42	2.0	42	82	4	103	29	35	21	13	1.92
96260787--96260944	42	3.7	42	85	6	194	29	25	15	29	1.96
96260787--96260944	85	1.9	84	84	6	212	29	25	15	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96270055--96270122	32	2.2	32	89	7	104	48	11	13	26	1.76
96271442--96271500	29	2.0	30	86	3	84	38	8	23	28	1.84
96275292--96275368	36	2.2	36	92	2	129	48	18	15	18	1.82
96278713--96278772	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
96284405--96284443	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
96284880--96284984	55	1.9	56	82	5	133	35	20	24	19	1.96
96284905--96284974	27	2.5	28	88	4	97	34	24	24	17	1.96
96284905--96284991	27	3.1	27	80	8	95	32	24	24	19	1.98
96285100--96285164	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
96286228--96286260	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
96292197--96292235	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
96292719--96292788	27	2.6	27	83	2	77	31	24	27	17	1.97
96294026--96294058	12	2.6	13	85	9	50	45	0	45	9	1.35
96299889--96299918	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
96300113--96300308	50	3.8	51	78	2	196	31	25	17	25	1.97
96300129--96300263	51	2.7	50	84	1	171	26	26	21	25	1.99
96300651--96300707	25	2.2	26	84	9	73	29	15	1	52	1.53
96306042--96306070	12	2.3	13	94	5	51	37	0	17	44	1.49
96307996--96308074	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
96308193--96308399	47	4.4	47	91	0	324	28	30	9	32	1.88
96313350--96313479	38	3.4	38	92	3	190	20	22	25	31	1.98
96313329--96313511	38	4.7	39	84	3	165	22	21	24	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96321370--96321524	38	4.1	37	81	11	156	24	23	21	30	1.99
96321398--96321524	38	3.4	38	85	3	177	22	22	22	32	1.98
96330523--96330560	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
96330790--96330960	93	1.8	93	91	2	281	29	28	19	21	1.98
96330785--96330957	46	3.7	47	79	10	203	30	27	19	21	1.98
96331380--96331439	30	2.0	30	83	0	75	33	23	3	40	1.71
96337640--96337689	20	2.5	20	90	0	73	28	10	4	58	1.49
96340781--96340824	21	2.0	21	86	4	61	47	4	4	43	1.44
96342302--96342672	185	2.0	185	100	0	742	30	12	25	32	1.92
96342833--96342967	51	2.7	51	78	1	155	40	5	11	42	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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