genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87673867--87673953	36	2.5	36	88	3	133	47	18	1	33	1.56
87675982--87676153	46	3.8	45	80	11	215	21	21	27	29	1.99
87675979--87676148	92	1.8	92	96	0	313	21	21	28	28	1.99
87683074--87683249	46	3.8	46	76	12	198	21	21	28	29	1.98
87683071--87683241	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
87688931--87688981	21	2.4	21	84	12	77	31	17	50	0	1.46
87689234--87689300	31	2.2	31	86	0	89	17	5	17	58	1.59
87695687--87695747	21	2.9	22	85	9	83	42	21	4	31	1.74
87696542--87696605	26	2.6	24	85	9	76	65	3	28	3	1.23
87701038--87701159	40	3.0	40	76	9	140	19	29	17	33	1.95
87712812--87712894	43	1.9	43	90	0	130	27	31	18	22	1.97
87713530--87713634	52	2.0	52	100	0	210	37	19	13	30	1.90
87719855--87719898	3	14.3	3	90	4	70	65	0	0	34	0.93
87720338--87720391	21	2.6	21	87	0	72	42	18	7	31	1.78
87723683--87723753	16	4.4	16	89	7	108	35	8	28	28	1.86
87723925--87724049	59	2.2	57	81	12	141	50	4	1	43	1.33
87724436--87724520	43	2.0	43	90	0	134	31	24	12	30	1.93
87724512--87724575	31	2.1	31	100	0	128	42	28	6	23	1.78
87728636--87728794	68	2.3	70	86	5	214	49	4	32	13	1.61
87736013--87736053	15	2.7	15	84	0	55	29	4	19	46	1.71
87742759--87742791	9	3.5	10	88	12	52	39	0	0	60	0.97
87742761--87742802	9	5.0	8	86	13	50	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87755881--87755987	28	3.8	28	92	0	160	29	25	10	34	1.89
87759613--87759666	27	2.0	27	92	7	92	31	7	7	53	1.56
87760381--87760411	16	1.9	16	93	0	53	19	3	19	58	1.53
87763751--87763775	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
87767000--87767200	42	4.8	42	88	1	287	30	24	14	30	1.95
87769850--87769943	40	2.4	39	82	5	109	36	37	11	14	1.83
87772451--87772489	18	2.3	16	82	8	51	53	0	5	41	1.23
87773376--87773531	43	3.7	42	75	13	158	25	17	26	30	1.98
87779990--87780097	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
87784858--87784888	12	2.6	12	94	0	53	12	48	25	12	1.77
87788034--87788167	26	5.2	26	95	0	223	35	23	7	33	1.83
87803664--87803758	35	2.8	35	80	3	104	26	9	16	47	1.77
87810023--87810198	50	3.5	49	83	7	194	24	17	27	30	1.97
87815245--87815299	24	2.3	24	96	0	101	18	14	43	23	1.87
87819491--87819530	20	2.0	20	95	0	71	22	10	15	52	1.71
87824665--87824706	21	2.0	21	85	0	57	19	7	4	69	1.31
87825256--87825291	18	2.1	18	94	5	65	16	19	38	25	1.92
87832456--87832480	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
87832817--87832888	29	2.5	29	97	0	135	36	20	11	31	1.88
87834346--87834517	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
87834339--87834514	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
87839191--87839219	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87863222--87863634	47	8.7	47	94	1	693	32	8	30	28	1.88
87863753--87863905	37	4.1	37	93	0	252	21	18	33	26	1.96
87869885--87869927	10	4.1	10	85	11	59	53	0	25	20	1.46
87870032--87870075	18	2.4	18	92	7	72	59	6	13	20	1.57
87872300--87872366	31	2.2	30	84	5	82	34	10	8	46	1.70
87873220--87873279	13	4.8	12	73	17	50	75	5	0	20	0.99
87873642--87873696	20	2.8	20	83	10	60	52	9	1	36	1.44
87876085--87876128	22	2.0	22	81	0	52	59	6	0	34	1.24
87879842--87879876	18	1.9	18	94	0	61	31	11	20	37	1.88
87882524--87882617	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
87885032--87885125	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
87887544--87887637	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
87888047--87888233	96	1.9	97	87	1	277	29	25	16	28	1.96
87888973--87889009	7	5.4	7	96	3	67	75	0	0	24	0.80
87893229--87893262	17	2.0	17	100	0	68	41	17	23	17	1.90
87894253--87894286	18	1.9	18	94	5	61	58	2	11	26	1.47
87895000--87895059	10	6.0	10	84	11	79	71	1	8	18	1.19
87896744--87896795	22	2.4	22	83	0	68	25	9	30	34	1.88
87901713--87901888	46	3.8	46	80	10	205	28	29	20	21	1.98
87901764--87901907	46	3.1	45	74	21	129	28	29	20	22	1.98
87905650--87905709	31	1.9	31	93	0	102	25	21	16	36	1.94
87905920--87906039	23	5.1	23	92	2	195	30	19	20	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87906090--87906156	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
87911913--87911972	31	1.9	31	89	0	93	26	21	15	36	1.93
87913642--87913904	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
87913681--87913939	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
87921159--87921421	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
87921198--87921456	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
87922827--87922899	25	3.0	24	84	9	94	28	21	20	28	1.98
87922949--87923015	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
87933886--87933993	37	2.9	37	92	0	180	25	32	18	23	1.97
87934134--87934279	48	3.0	48	86	0	220	31	25	6	36	1.82
87938942--87938966	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
87941173--87941245	28	2.6	28	75	0	74	39	21	15	23	1.91
87941403--87941457	23	2.4	23	87	0	83	21	18	18	41	1.90
87952007--87952046	15	2.6	15	88	4	53	60	0	2	37	1.11
87952174--87952232	30	2.0	30	86	6	84	47	11	8	32	1.70
87960507--87960668	46	3.7	46	79	15	209	20	20	28	30	1.98
87960552--87960613	20	3.3	20	65	17	60	20	20	29	29	1.98
87960548--87960618	36	2.0	36	100	0	142	22	19	28	29	1.98
87960507--87960664	82	1.9	82	93	0	271	20	20	29	29	1.98
87968028--87968200	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
87968025--87968195	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
87973278--87973338	30	2.0	30	96	0	113	32	3	18	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87983726--87983988	45	5.8	45	75	8	185	19	20	16	43	1.88
87983776--87983988	90	2.4	88	83	7	243	18	20	16	44	1.87
87987495--87987538	12	3.7	12	87	0	70	31	40	15	11	1.83
87987646--87987683	18	2.1	18	90	0	58	44	34	15	5	1.69
87988597--87988742	43	3.4	42	77	10	143	30	24	18	26	1.98
87988603--87988758	86	1.8	84	83	5	206	30	24	18	26	1.98
87992138--87992309	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	21	1.98
87992131--87992306	46	3.8	46	78	14	200	30	28	19	21	1.98
87999692--87999863	93	1.8	93	92	0	290	28	30	20	20	1.97
87999693--87999860	46	3.6	45	77	10	187	29	30	20	20	1.97
88006904--88006940	18	2.1	18	89	0	56	40	32	18	8	1.80
88008713--88008795	41	2.0	41	97	0	157	49	12	13	25	1.76
88023534--88023569	15	2.4	15	95	0	63	19	25	13	41	1.88
88027866--88027902	18	2.1	18	100	0	74	56	5	10	27	1.55
88028956--88029005	21	2.3	22	79	10	57	22	22	26	30	1.99
88041469--88041497	13	2.3	13	94	5	51	24	6	0	68	1.13
88054573--88054702	45	2.9	45	90	2	192	22	21	30	26	1.99
88067039--88067129	28	3.2	28	85	0	128	19	43	17	18	1.88
88068082--88068256	47	3.7	47	77	15	173	25	29	15	29	1.96
88068090--88068303	94	2.3	93	80	6	236	26	28	15	29	1.96
88071510--88071610	50	2.0	50	94	0	175	38	31	9	19	1.85
88073417--88073471	24	2.3	24	87	6	76	49	7	1	41	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88087592--88087769	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
88087592--88087769	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
88087613--88087768	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
88091906--88091978	21	3.5	20	77	18	69	61	1	6	30	1.30
88091921--88091963	15	2.9	15	78	21	54	65	0	4	30	1.13
88093849--88094028	72	2.5	73	89	4	274	30	19	17	32	1.95
88093962--88094203	87	2.8	87	84	6	285	35	19	17	27	1.95
88094186--88094536	125	2.7	126	79	7	354	35	21	15	27	1.94
88094421--88094759	75	4.5	74	89	4	475	31	20	15	31	1.94
88094421--88094777	147	2.4	150	85	5	492	34	19	15	30	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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