genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2944499--2944549	16	3.2	16	86	5	59	23	0	1	74	0.92
2944667--2944703	18	2.1	18	89	0	56	27	2	2	67	1.17
2944778--2944815	20	1.9	20	88	0	58	18	5	2	73	1.14
2944764--2944810	17	2.7	17	80	9	51	19	4	2	74	1.09
2947740--2947800	28	2.1	29	90	3	97	21	16	3	59	1.51
2949853--2949890	19	2.0	19	100	0	76	42	21	15	21	1.89
2950299--2950345	25	1.9	25	95	4	87	29	17	23	29	1.97
2954022--2954072	21	2.2	22	83	16	68	5	33	0	60	1.21
2954129--2954182	13	3.9	14	78	21	60	53	0	5	40	1.24
2954671--2958019	905	3.7	905	83	4	3961	36	10	20	32	1.86
2954671--2958019	452	7.4	453	82	4	3730	36	10	20	32	1.86
2957213--2957247	15	2.3	15	95	0	61	25	5	11	57	1.56
2958026--2958943	449	2.0	445	83	5	1147	36	10	20	32	1.87
2958947--2964177	454	11.6	450	85	3	6311	31	21	11	36	1.88
2960498--2964177	907	4.1	907	86	2	4887	31	21	11	36	1.89
2971399--2971460	21	2.9	21	78	9	54	51	1	3	43	1.27
2980772--2980803	7	4.6	7	100	0	64	31	0	28	40	1.57
2983776--2983814	18	2.2	18	90	4	62	53	0	0	46	1.00
2985804--2985851	23	2.1	23	84	0	60	35	2	8	54	1.42
2987432--2987702	130	2.1	131	89	2	411	51	8	8	32	1.61
2988683--2988711	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
3002206--3002255	17	2.9	17	72	16	50	38	0	2	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3002197--3002260	19	3.5	19	73	14	71	40	0	1	57	1.08
3002166--3002270	34	2.9	35	77	14	83	39	0	1	59	1.09
3004423--3004501	8	10.1	8	73	21	53	35	0	1	63	1.03
3004470--3004542	31	2.3	31	81	9	76	32	1	5	60	1.28
3006574--3006620	15	2.8	16	73	20	51	42	0	2	55	1.12
3008381--3008438	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
3008650--3008681	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
3008776--3009017	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
3008776--3009025	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
3018775--3018832	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
3019044--3019075	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
3019170--3019411	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
3019170--3019419	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
3020774--3020810	7	5.3	7	96	0	65	2	29	24	43	1.68
3031475--3031588	51	2.2	51	90	0	174	28	21	14	35	1.92
3031566--3031619	7	7.7	7	91	0	63	12	29	14	42	1.83
3033627--3033671	14	3.1	16	78	18	53	51	0	0	48	1.00
3033630--3033673	13	3.3	14	84	9	56	50	0	0	50	1.00
3033682--3033727	16	2.8	17	80	9	51	45	2	0	52	1.13
3036576--3036609	18	1.9	18	88	5	52	64	2	0	32	1.08
3052471--3052502	3	10.7	3	100	0	64	0	31	0	68	0.90
3067197--3067231	18	1.9	18	94	0	61	60	25	2	11	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3068368--3068433	30	2.1	32	86	10	93	50	9	10	30	1.68
3071203--3071277	22	3.3	22	75	10	69	60	5	5	29	1.41
3071209--3071330	25	4.9	25	70	16	74	59	4	7	28	1.46
3071696--3071734	16	2.4	16	86	0	51	43	28	5	23	1.75
3071892--3071990	30	3.3	30	92	0	171	18	6	49	26	1.70
3072747--3072788	14	3.2	13	80	12	50	66	11	4	16	1.40
3073165--3073209	17	2.6	17	96	3	81	51	8	11	28	1.68
3073810--3073841	15	2.0	17	88	11	50	62	6	0	31	1.20
3075738--3076365	72	8.5	72	87	4	817	32	20	16	30	1.95
3076388--3076524	70	1.9	71	89	4	215	28	21	16	32	1.96
3076455--3076615	86	1.9	85	88	3	243	33	21	16	28	1.95
3076536--3076898	72	4.9	73	87	5	480	31	22	16	29	1.96
3076840--3076956	58	2.0	59	89	1	182	30	24	19	24	1.98
3076902--3077205	71	4.1	72	85	9	400	32	19	16	31	1.94
3076902--3077205	152	2.1	143	85	8	407	32	19	16	31	1.94
3077121--3077364	86	2.8	86	81	8	262	36	20	14	28	1.92
3085517--3085552	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
3114098--3114141	17	2.5	19	78	17	58	36	9	9	45	1.68
3114103--3114143	17	2.4	17	87	0	64	36	7	9	46	1.65
3115487--3115525	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
3115751--3115847	23	4.3	23	89	5	162	20	20	26	31	1.97
3115751--3115840	44	2.0	44	95	0	162	20	21	26	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3122848--3122886	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
3123112--3123209	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
3123114--3123202	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
3125129--3125179	23	2.2	23	82	0	57	35	23	11	29	1.90
3135777--3135837	32	1.9	32	96	0	113	32	21	21	24	1.98
3151734--3151822	44	2.0	44	84	4	117	25	28	14	31	1.95
3151633--3152018	147	2.6	147	85	4	526	25	25	17	31	1.97
3152056--3152337	147	1.9	146	88	3	424	26	25	16	30	1.97
3151732--3152522	323	2.4	322	86	2	1138	27	25	16	30	1.97
3152502--3152598	44	2.2	44	84	1	122	29	28	18	22	1.97
3152711--3152902	64	3.0	65	84	3	264	36	14	17	31	1.89
3154048--3154104	15	3.9	14	88	6	78	8	5	7	78	1.07
3154511--3154603	5	18.4	5	97	2	177	39	0	0	60	0.97
3156197--3156282	21	3.9	23	80	10	90	15	22	25	37	1.93
3168903--3168946	23	1.9	23	81	9	54	40	9	9	40	1.68
3172248--3172280	17	1.9	17	88	11	50	54	6	6	33	1.50
3172296--3172320	13	1.9	13	100	0	50	56	4	8	32	1.47
3175134--3175309	96	1.8	96	81	3	219	46	15	15	22	1.83
3182190--3182223	16	2.1	16	94	0	59	26	23	11	38	1.89
3183175--3183338	43	3.8	43	91	0	265	28	18	30	22	1.98
3183413--3183494	31	2.6	31	82	1	92	60	19	3	15	1.49
3189353--3189480	9	13.6	9	75	9	112	30	1	21	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3189353--3189480	57	2.2	57	84	2	168	30	1	21	46	1.60
3193713--3193748	18	1.9	19	88	5	56	22	25	2	50	1.63
3194323--3194432	40	2.8	38	80	9	123	22	18	20	39	1.93
3195732--3195786	21	2.6	21	76	0	56	27	0	20	52	1.46
3196097--3196393	41	7.3	41	84	3	323	25	17	23	33	1.96
3196085--3196393	122	2.5	122	82	3	345	25	17	23	33	1.96
3201498--3201568	16	4.4	16	94	0	124	35	7	29	28	1.83
3202410--3202531	40	3.0	40	95	0	217	32	16	10	40	1.83
3217181--3217353	55	3.2	53	72	15	158	36	19	20	23	1.95
3217005--3217353	109	3.3	107	83	6	422	36	19	19	24	1.95
3219741--3219783	16	2.7	16	79	10	52	41	0	4	53	1.21
3220335--3220393	29	2.0	31	83	12	79	54	8	10	27	1.63
3222037--3222078	17	2.3	18	88	8	59	50	2	0	47	1.14
3250107--3250146	14	2.9	14	84	0	53	35	7	15	42	1.75
3250130--3250169	20	2.0	20	90	0	62	30	10	10	50	1.69
3250115--3250181	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
3250507--3250564	26	2.2	26	96	0	107	43	10	12	34	1.76
3252634--3252732	27	3.6	27	69	10	92	52	20	13	14	1.74
3253126--3253152	14	1.9	14	100	0	54	44	14	3	37	1.63
3260323--3260394	31	2.3	31	83	9	83	51	4	2	41	1.35
3261524--3261579	29	1.9	29	88	0	85	42	3	21	32	1.70
3261791--3261822	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3261917--3262157	49	4.7	50	84	5	288	26	24	29	19	1.99
3261917--3262164	50	4.8	51	84	5	288	26	24	29	20	1.99
3261917--3262165	99	2.4	103	86	7	355	26	24	28	20	1.99
3265280--3265330	26	2.0	26	92	0	84	41	9	27	21	1.84
3267473--3267617	62	2.3	62	87	1	200	31	22	12	33	1.91
3275412--3275483	33	2.3	31	84	11	110	55	9	9	25	1.62
3275421--3275485	33	2.0	33	96	0	121	55	7	10	26	1.61
3276132--3276227	3	32.7	3	70	21	53	62	0	4	33	1.14
3276007--3276151	19	7.2	19	66	32	56	62	1	4	31	1.24
3276091--3276221	22	6.0	22	66	21	62	61	0	3	33	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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