genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.224.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75733371--75733435	16	4.6	16	70	26	56	76	0	7	15	0.99
75739643--75739813	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	22	1.99
75739638--75739810	46	3.7	46	79	10	217	29	27	20	22	1.99
75743139--75743443	40	7.6	40	83	5	368	26	26	22	24	2.00
75743140--75743443	81	3.8	79	83	7	337	26	26	22	24	2.00
75743178--75743443	121	2.2	121	97	0	505	27	26	22	23	2.00
75750522--75750691	93	1.8	93	93	0	295	30	27	20	22	1.98
75750516--75750688	46	3.7	46	77	13	192	30	26	20	23	1.98
75751111--75751170	30	2.0	30	86	0	84	30	25	6	38	1.81
75752465--75752497	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
75757972--75758053	43	1.9	43	94	0	146	28	30	20	20	1.98
75759488--75759578	20	4.6	20	82	5	112	7	28	21	41	1.81
75759488--75759577	40	2.2	40	88	3	128	7	28	21	42	1.80
75767493--75767554	31	2.0	31	90	0	97	27	22	16	33	1.95
75767764--75767844	24	3.4	24	93	5	137	29	20	19	29	1.97
75767894--75767960	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
75775341--75775414	34	2.2	34	97	0	139	16	10	10	62	1.55
75775353--75775435	34	2.6	33	88	9	120	19	8	10	61	1.54
75777707--75777843	40	3.4	40	84	2	168	35	24	16	24	1.94
75802385--75802519	40	3.4	40	81	4	112	36	22	16	24	1.94
75802429--75802521	40	2.3	40	92	0	150	37	21	18	22	1.94
75819887--75820111	93	2.4	94	86	6	300	30	29	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75819887--75820105	46	4.7	46	84	9	293	30	29	19	21	1.97
75825605--75825683	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
75825846--75826465	47	13.1	47	96	0	970	28	31	10	30	1.89
75841161--75841207	24	2.0	24	83	8	60	31	19	4	44	1.70
75849354--75849550	53	3.6	54	77	7	175	22	23	16	37	1.93
75849365--75849552	55	3.5	55	80	6	181	21	23	16	38	1.93
75849365--75849561	54	3.6	56	79	4	208	21	23	16	38	1.93
75849540--75849658	47	2.5	47	93	0	193	24	25	15	35	1.94
75851494--75851603	18	6.1	18	77	4	114	35	13	14	36	1.86
75851494--75851599	54	2.0	54	86	0	149	35	14	14	35	1.86
75857878--75858027	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
75857902--75858085	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.96
75870463--75870511	25	2.0	25	87	0	71	36	22	14	26	1.92
75870551--75870611	10	5.9	10	71	7	50	34	14	16	34	1.89
75870551--75870611	21	2.9	21	77	0	68	34	14	16	34	1.89
75873256--75873478	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
75993096--75993320	40	5.7	40	86	5	269	24	28	22	24	2.00
75993098--75993320	119	1.9	120	84	6	301	24	27	22	25	2.00
76000994--76001216	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
76000992--76001216	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
76003450--76003632	40	4.6	40	84	1	215	27	25	20	26	1.99
76007902--76007942	20	2.0	20	90	0	64	43	7	14	34	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76008078--76008327	121	2.1	121	93	0	428	25	30	23	20	1.98
76011587--76011668	42	2.0	42	97	0	155	35	8	21	34	1.84
76013685--76013744	29	2.1	29	100	0	120	30	16	3	50	1.62
76015672--76015732	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
76020108--76020168	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
76031233--76031414	40	4.6	40	81	6	210	24	21	28	25	1.99
76031283--76031437	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	25	1.99
76037383--76037441	29	2.0	31	80	12	70	38	20	3	37	1.69
76037863--76037901	21	1.9	20	84	5	51	51	23	2	23	1.61
76045910--76045987	41	1.9	41	83	0	102	32	21	16	29	1.96
76060554--76060601	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
76060648--76060744	20	4.8	20	94	0	149	36	12	18	32	1.88
76060795--76060891	26	3.8	26	87	1	142	23	23	24	27	2.00
76060794--76060904	26	4.4	25	80	5	116	27	21	24	27	1.99
76067697--76067769	11	7.2	11	70	17	68	34	12	20	32	1.90
76067697--76067769	20	3.7	20	94	0	128	34	12	20	32	1.90
76067819--76067916	26	3.8	26	90	1	153	26	23	22	27	1.99
76067819--76067929	26	4.4	25	84	5	125	27	21	22	27	1.99
76071909--76072084	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
76071906--76072076	93	1.8	93	94	0	306	21	21	29	27	1.98
76074723--76074985	40	6.6	40	92	0	411	25	29	20	23	1.99
76080406--76080445	15	2.7	15	88	3	55	32	25	12	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76082263--76082526	40	6.6	40	86	3	318	26	28	20	24	1.99
76086575--76086612	20	1.9	20	88	0	58	26	7	21	44	1.79
76087175--76087229	28	1.9	29	85	3	76	14	21	43	20	1.87
76096884--76096924	17	2.3	19	87	8	59	34	0	7	58	1.26
76102169--76102199	16	1.9	16	93	0	53	54	0	6	38	1.26
76103317--76103342	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
76105101--76105141	17	2.3	19	87	8	59	34	0	7	58	1.26
76120465--76120617	71	2.2	71	93	0	261	24	24	36	14	1.93
76130716--76130755	18	2.3	17	91	4	62	47	2	0	50	1.14
76130920--76130960	21	1.9	22	85	5	57	26	9	7	56	1.58
76132394--76132426	16	2.0	17	88	5	50	48	0	9	42	1.35
76135468--76135654	90	2.1	91	87	1	268	41	12	14	32	1.83
76144850--76144907	26	2.2	25	76	8	62	29	6	0	63	1.20
76157063--76157237	70	2.5	69	85	2	217	29	14	22	33	1.93
76157248--76157585	76	4.6	71	84	8	403	30	15	20	33	1.94
76177751--76177923	68	2.5	68	84	2	213	28	13	22	34	1.93
76177940--76178274	74	4.5	73	86	6	426	31	15	20	32	1.94
76178493--76178684	73	2.6	73	90	4	298	32	17	18	31	1.94
76186215--76186390	51	3.5	51	81	3	167	28	27	17	26	1.97
76186309--76186493	50	3.6	52	83	3	187	31	27	16	24	1.96
76189346--76189386	20	2.0	20	100	0	82	58	0	9	31	1.31
76194278--76194397	27	4.5	27	82	1	116	35	25	11	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76196514--76196547	17	2.0	17	88	0	50	55	8	14	20	1.65
76196585--76196658	37	2.0	37	94	0	130	48	16	13	21	1.80
76197018--76197052	18	1.9	18	88	0	52	28	34	0	37	1.58
76206588--76206637	24	2.0	26	85	14	70	52	12	6	30	1.62
76209585--76209629	22	2.0	22	100	0	90	48	4	24	22	1.68
76217240--76217684	221	2.0	221	99	0	872	40	22	8	28	1.83
76224152--76224243	16	5.7	17	77	19	81	75	2	6	16	1.11
76224186--76224243	5	11.2	5	76	20	57	77	0	5	17	0.94
76224152--76224243	31	2.8	32	83	9	116	75	2	6	16	1.11
76224167--76224241	6	12.7	6	72	13	57	77	2	5	14	1.06
76236060--76236245	42	4.5	41	83	4	196	24	15	25	34	1.95
76236089--76236251	83	2.0	83	80	4	186	25	15	25	33	1.95
76247921--76248078	44	3.7	44	73	12	123	27	17	24	30	1.97
76247926--76248078	43	3.6	42	76	6	112	28	17	24	30	1.97
76247908--76248078	43	4.0	43	66	16	111	27	16	24	31	1.96
76253905--76254035	40	3.3	40	88	2	192	23	19	27	29	1.99
76253933--76254082	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
76263865--76263904	22	1.9	20	85	10	53	32	5	27	35	1.79
76289485--76289544	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
76291757--76291828	35	2.1	35	92	5	119	40	12	16	30	1.86
76292146--76292265	42	2.9	42	73	0	123	31	25	12	30	1.92
76297316--76297438	28	4.4	28	90	2	176	33	28	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76330970--76331113	27	5.3	27	85	0	99	22	18	18	40	1.91
76330967--76331153	54	3.5	53	85	1	158	20	17	20	41	1.91
76331015--76331154	27	5.2	27	89	0	199	18	16	21	43	1.88
76337606--76337630	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
76340198--76340328	27	4.8	26	81	9	138	19	12	20	47	1.82
76340170--76340328	54	2.9	53	76	7	158	20	14	20	44	1.86
76363456--76363525	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
76363456--76363552	28	3.5	28	90	2	133	31	27	13	26	1.94
76365464--76365500	18	2.1	18	90	10	58	13	18	40	27	1.88
76365929--76365979	26	2.0	26	92	0	84	23	19	17	39	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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