genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59188198--59188282	28	3.3	27	66	25	74	29	29	17	23	1.97
59188154--59188378	101	2.3	98	85	2	297	28	27	18	24	1.98
59190179--59190204	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
59190649--59190746	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
59190677--59190759	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
59198024--59198264	50	4.8	50	79	4	250	25	18	25	30	1.98
59203331--59203506	46	3.8	45	77	14	180	21	19	28	31	1.97
59203328--59203499	93	1.8	93	91	2	283	21	19	28	30	1.98
59208676--59208760	27	3.2	27	86	5	93	32	21	23	22	1.98
59216449--59216559	27	4.1	26	82	5	105	38	19	19	21	1.93
59216469--59216558	28	3.3	28	84	7	114	37	21	20	21	1.94
59222342--59222426	27	3.1	27	73	9	75	21	20	20	38	1.93
59228791--59228903	56	2.0	56	93	1	192	31	14	20	33	1.92
59233547--59233598	23	2.2	23	93	3	86	9	26	9	53	1.64
59234827--59234966	27	5.2	27	88	2	176	22	22	18	36	1.95
59238310--59238345	19	1.9	18	88	5	54	33	19	2	44	1.65
59239942--59240227	27	10.6	27	86	0	376	39	20	8	30	1.83
59239942--59240311	81	4.6	81	82	3	388	39	21	9	30	1.84
59239942--59240338	27	14.7	27	81	4	275	38	21	10	29	1.86
59239942--59240311	54	6.9	54	83	4	361	39	21	9	30	1.84
59240291--59240576	54	5.2	54	79	12	276	34	20	20	24	1.96
59240293--59240576	27	10.3	27	73	10	216	34	20	20	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59240374--59240450	38	2.0	38	87	5	111	40	19	16	23	1.91
59240347--59240477	65	2.0	65	94	2	228	36	21	19	22	1.95
59240320--59240504	91	2.0	93	92	2	311	36	21	18	23	1.95
59240412--59240576	53	3.1	52	80	4	170	33	19	20	26	1.96
59240293--59240523	118	1.9	119	92	0	383	34	20	19	24	1.96
59246327--59246364	1	38.0	1	100	0	76	100	0	0	0	0.00
59251402--59251521	27	4.4	27	84	9	145	21	23	20	35	1.96
59251402--59251521	55	2.2	55	82	10	147	21	23	20	35	1.96
59251402--59251536	27	5.0	26	78	13	112	22	23	18	34	1.96
59256451--59256478	12	2.3	12	100	0	56	7	14	32	46	1.71
59256659--59256803	40	3.7	38	79	10	132	26	24	19	29	1.98
59256853--59256899	23	2.0	22	84	12	58	31	4	6	57	1.43
59257009--59257067	7	8.3	7	81	10	75	16	0	32	50	1.46
59257019--59257085	21	3.1	22	82	6	75	19	0	32	47	1.50
59257023--59257120	7	13.7	7	74	8	63	19	0	35	44	1.51
59260257--59260346	43	2.1	43	95	0	162	34	8	14	42	1.77
59262174--59262404	43	5.4	43	79	5	216	22	18	26	32	1.97
59267544--59267683	27	5.2	27	88	2	176	22	22	18	36	1.95
59271026--59271061	19	1.9	18	88	5	54	33	19	2	44	1.65
59272661--59272947	27	10.6	27	86	0	367	40	20	8	30	1.82
59272661--59273112	81	5.6	80	78	5	381	38	21	11	29	1.87
59272661--59273031	27	13.7	27	80	4	338	39	21	8	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59273013--59273133	27	4.5	27	96	0	215	34	20	20	23	1.96
59273011--59273300	54	5.2	53	81	10	267	34	19	20	25	1.96
59273094--59273172	39	2.0	39	92	0	131	39	18	17	24	1.92
59273133--59273300	27	6.3	27	84	0	194	34	19	20	26	1.96
59273067--59273199	66	2.0	66	97	0	248	36	21	19	23	1.95
59273040--59273226	93	2.0	93	94	0	329	35	20	19	24	1.95
59273013--59273246	120	2.0	120	92	0	396	34	20	20	25	1.96
59273727--59273791	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
59274517--59274550	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
59274538--59274654	6	19.3	6	72	11	96	48	14	17	19	1.81
59274559--59274651	24	3.8	24	85	4	116	47	15	18	19	1.83
59274586--59274654	30	2.3	30	94	0	120	49	14	14	21	1.79
59274776--59274851	27	2.9	27	82	2	91	38	21	22	18	1.94
59275159--59275240	27	3.0	27	83	5	103	36	20	23	19	1.95
59275468--59275707	27	8.9	27	81	2	252	25	21	18	35	1.95
59275719--59276080	27	13.4	27	81	0	400	40	9	21	27	1.85
59275719--59276077	81	4.4	81	88	1	506	40	10	21	27	1.85
59276076--59276199	27	4.6	27	82	0	140	30	6	22	40	1.79
59276059--59276199	54	2.6	53	80	6	149	31	7	21	39	1.80
59276127--59276208	27	3.1	25	76	11	83	29	7	24	39	1.82
59277076--59277176	27	3.7	27	81	5	96	20	24	18	35	1.95
59277313--59277446	32	4.3	32	80	5	157	21	14	13	50	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59285013--59285167	43	3.6	43	96	0	274	29	33	25	11	1.91
59285013--59285188	86	2.1	84	91	2	280	29	33	24	12	1.92
59285160--59285242	37	2.2	38	86	2	123	32	27	19	20	1.97
59289792--59289819	13	2.2	13	100	0	56	17	28	32	21	1.96
59293915--59293955	17	2.4	17	83	0	55	9	43	31	14	1.78
59295543--59295574	13	2.5	13	94	0	55	53	12	28	6	1.62
59299206--59299245	21	1.9	21	89	0	62	47	0	17	35	1.48
59304713--59304918	44	4.9	42	76	10	197	25	17	26	30	1.98
59304737--59304918	85	2.1	85	97	0	346	24	18	26	31	1.97
59307788--59308012	40	5.7	40	83	7	280	25	27	21	25	2.00
59307788--59308012	79	2.8	80	87	5	305	25	27	21	25	2.00
59307788--59308012	119	1.9	120	82	8	289	25	27	21	25	2.00
59310086--59310113	12	2.3	12	100	0	56	7	14	32	46	1.71
59310295--59310440	40	3.7	38	79	9	132	26	23	19	30	1.98
59310496--59310542	23	2.0	22	84	12	58	31	4	6	57	1.43
59310654--59310712	7	8.3	7	81	10	75	16	0	32	50	1.46
59310664--59310780	21	5.5	20	73	11	72	20	0	32	47	1.51
59313912--59314001	43	2.1	43	95	0	162	34	8	14	42	1.77
59315828--59316056	85	2.7	84	79	7	239	22	18	27	31	1.97
59315828--59316057	43	5.4	43	80	4	223	22	18	26	32	1.97
59322406--59322496	26	3.6	24	86	8	73	37	21	7	32	1.82
59322406--59322510	24	4.2	26	88	7	155	37	23	6	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59340464--59340526	20	3.2	20	67	24	60	31	3	28	36	1.73
59340486--59340794	48	6.4	48	97	0	537	33	7	28	30	1.84
59340430--59340794	144	2.6	144	91	3	593	33	6	29	30	1.83
59344883--59344972	28	3.3	28	82	4	103	18	17	22	41	1.91
59344881--59344996	27	4.3	26	78	7	97	19	18	20	41	1.91
59353384--59353503	28	4.3	28	90	0	186	20	17	35	26	1.95
59353819--59354136	27	12.2	27	76	11	270	39	19	9	31	1.83
59353819--59354148	53	6.3	52	78	10	293	39	20	9	31	1.83
59353818--59354136	80	4.1	79	79	9	316	39	19	9	31	1.83
59353972--59354059	45	2.0	45	90	0	140	39	15	9	35	1.80
59353818--59354117	125	2.3	125	82	6	323	40	19	9	31	1.83
59354019--59354174	27	5.8	27	79	3	154	37	21	10	30	1.87
59357663--59357737	39	1.9	39	97	0	141	33	28	14	24	1.94
59361016--59361100	40	2.2	40	82	2	100	18	22	30	28	1.97
59363998--59364046	18	2.7	18	87	0	71	26	20	10	42	1.84
59366110--59366150	12	3.4	12	86	0	64	9	24	39	26	1.86
59371547--59371610	31	2.1	31	90	0	101	21	23	17	37	1.94
59371818--59371898	24	3.4	24	87	5	110	29	19	17	33	1.95
59371825--59371897	23	3.1	23	90	2	101	31	17	17	32	1.94
59371949--59372015	20	3.3	20	89	0	107	32	20	13	32	1.92
59380292--59380365	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
59383429--59383512	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59383381--59383556	50	3.5	49	85	1	217	25	17	27	29	1.98
59388144--59388208	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
59388140--59388208	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
59390665--59390748	28	3.2	27	65	25	72	25	16	28	29	1.97
59390617--59390792	50	3.5	49	85	1	226	25	18	26	28	1.98
59394062--59394094	17	1.9	17	88	11	50	66	18	0	15	1.25
59395464--59395498	18	1.9	18	88	0	52	48	14	2	34	1.58
59404728--59404876	39	3.8	40	90	3	214	24	27	23	24	2.00
59406110--59406154	23	1.9	24	86	4	65	6	17	2	73	1.15
59406110--59406164	23	2.4	24	82	14	64	7	20	1	70	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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