genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83504589--83504636	13	3.5	14	78	13	55	29	20	22	27	1.99
83504594--83504698	54	1.9	55	86	5	151	35	20	16	28	1.94
83504622--83504698	26	2.8	26	82	7	82	36	20	14	28	1.92
83504658--83505040	200	1.9	200	82	3	475	37	20	19	23	1.94
83507099--83507260	43	3.8	43	78	5	150	28	17	23	30	1.97
83511522--83511855	29	11.6	29	76	2	217	36	17	20	24	1.95
83511498--83511948	57	7.9	57	71	4	300	37	18	20	23	1.94
83511730--83511806	28	2.7	28	85	2	91	40	20	19	19	1.92
83511503--83511942	29	15.5	27	72	9	191	37	18	20	23	1.94
83518071--83518233	43	3.8	43	79	5	161	28	15	25	30	1.96
83518071--83518233	86	1.9	85	81	3	193	28	15	25	30	1.96
83519223--83519291	30	2.3	30	100	0	138	17	28	31	21	1.96
83519285--83519445	87	1.9	86	92	1	268	21	23	23	31	1.99
83519262--83519462	87	2.3	86	81	5	262	21	24	24	29	1.99
83524626--83524732	29	3.7	29	74	6	92	25	30	16	27	1.97
83524628--83524739	58	1.9	57	85	1	152	25	29	16	28	1.96
83532544--83532630	27	3.3	26	87	4	120	19	22	21	35	1.96
83537935--83538058	42	2.8	45	82	15	161	20	20	29	30	1.97
83540862--83540917	15	3.7	15	83	7	78	14	16	10	58	1.62
83543314--83543439	46	2.7	46	87	0	180	21	20	28	29	1.98
83548293--83548348	27	2.1	26	83	3	67	23	21	19	35	1.96
83548309--83548379	26	2.7	26	80	10	81	22	23	18	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83549003--83549099	49	2.0	49	93	0	167	44	22	13	19	1.86
83551508--83551714	67	3.2	64	77	9	204	22	28	17	32	1.96
83552425--83552485	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
83574354--83574475	47	2.6	47	84	0	154	23	15	27	33	1.95
83589475--83589659	40	4.6	39	82	7	196	23	21	28	26	1.99
83589528--83589682	79	2.0	79	81	7	181	25	20	27	27	1.99
83598269--83598351	43	1.9	43	87	0	121	31	28	19	20	1.97
83606462--83606536	34	2.2	33	86	6	98	28	22	22	26	1.99
83608599--83608650	26	2.0	26	96	0	95	61	5	3	28	1.37
83612437--83612467	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
83615211--83615236	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
83615231--83615296	32	2.1	32	100	0	132	12	30	15	42	1.83
83628028--83628243	55	4.0	54	79	6	240	36	17	25	21	1.95
83628035--83628237	108	1.9	109	86	6	295	34	18	24	22	1.96
83628475--83628505	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
83630351--83630618	46	5.7	45	74	11	166	29	17	27	24	1.98
83630351--83630526	46	3.8	47	78	7	171	28	18	28	24	1.98
83631763--83631802	21	1.9	21	84	0	53	12	42	25	20	1.86
83637384--83637487	51	2.0	51	98	0	199	36	22	25	15	1.93
83638677--83639006	48	6.8	50	77	5	196	26	26	18	29	1.98
83638676--83639006	96	3.4	94	79	5	295	26	26	18	29	1.98
83647465--83647494	11	2.7	11	94	0	51	30	0	36	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83654081--83654208	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
83654080--83654208	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
83660708--83660736	11	2.5	12	88	11	51	24	0	27	48	1.51
83661947--83662073	29	4.4	29	94	3	213	33	25	11	29	1.90
83661947--83662101	29	5.4	28	87	6	149	33	25	11	29	1.91
83661947--83662073	57	2.2	58	92	2	213	33	25	11	29	1.90
83667238--83667381	40	3.6	40	83	3	157	23	29	25	22	1.99
83669288--83669759	235	2.0	235	97	0	881	26	25	15	32	1.96
83671054--83671097	23	1.9	24	86	9	65	50	25	2	22	1.61
83671873--83672042	43	4.0	43	74	8	150	32	22	14	30	1.94
83683424--83683645	40	5.6	40	88	1	304	23	20	25	30	1.98
83685292--83685490	39	5.1	39	85	0	236	16	32	18	33	1.93
83685358--83685452	19	4.8	20	68	10	70	15	31	17	34	1.92
83687523--83687572	26	1.9	26	91	0	82	38	22	22	18	1.94
83695386--83695439	22	2.5	22	75	3	56	18	27	33	20	1.96
83696557--83696595	12	3.2	12	92	0	69	28	30	23	17	1.97
83696579--83696681	42	2.5	42	83	3	118	23	25	33	18	1.97
83702274--83702331	30	1.9	30	82	6	73	12	32	34	20	1.90
83703348--83703468	43	2.8	42	90	5	188	28	20	30	19	1.97
83703543--83703608	31	2.1	31	85	0	87	48	22	10	18	1.78
83704304--83704332	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
83709335--83709370	9	4.0	9	92	0	63	41	0	13	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83709622--83716024	105	61.4	105	82	9	7423	55	4	5	34	1.43
83710014--83710044	14	2.3	14	94	5	55	64	0	0	35	0.94
83710327--83710351	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
83710435--83710460	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
83711566--83711602	14	2.8	14	84	12	51	64	2	0	32	1.07
83712907--83712943	14	2.8	14	84	12	51	64	2	0	32	1.07
83713627--83713653	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
83714495--83714531	14	2.8	14	84	12	51	64	2	0	32	1.07
83714589--83714615	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
83715128--83715160	15	2.2	15	94	0	57	75	0	3	21	0.93
83715341--83715371	13	2.4	13	94	0	53	64	0	0	35	0.94
83715447--83715619	57	3.2	57	65	20	170	56	2	4	35	1.35
83715564--83715741	86	2.1	81	93	5	302	53	3	6	35	1.46
83715609--83715751	43	3.3	43	68	21	127	56	3	6	32	1.43
83715609--83715746	38	3.4	38	69	18	114	55	3	7	33	1.45
83715732--83715758	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
83715731--83715770	14	2.8	14	84	3	53	72	0	0	27	0.85
83710223--83716024	209	27.9	201	77	13	4024	55	4	5	34	1.43
83717770--83717796	14	1.9	14	100	0	54	55	0	29	14	1.40
83718803--83718834	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
83718889--83718942	21	2.5	22	85	5	67	53	37	0	9	1.33
83723528--83723583	22	2.5	22	79	0	58	33	23	23	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83723629--83723737	50	2.2	50	91	0	173	24	27	21	26	1.99
83723630--83723762	50	2.7	50	82	2	124	25	29	18	26	1.98
83725299--83725349	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
83725221--83725589	103	3.6	103	95	1	641	18	20	30	30	1.96
83725402--83725452	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
83732784--83733004	103	2.2	102	91	4	356	18	18	31	31	1.95
83733040--83733090	25	2.0	26	88	3	77	15	21	35	27	1.94
83734329--83734404	26	2.9	27	88	4	109	28	10	19	40	1.85
83734342--83734430	27	3.3	26	86	7	108	29	8	20	41	1.82
83746670--83746745	26	2.9	26	82	7	84	35	23	10	30	1.89
83752471--83752678	40	5.2	40	82	7	235	24	20	27	27	1.99
83752471--83752657	79	2.3	81	81	8	229	24	20	27	27	1.99
83752475--83752692	79	2.7	78	78	12	228	24	20	27	27	1.99
83760982--83761042	30	2.1	29	93	3	104	24	14	22	37	1.92
83762779--83762817	19	2.1	19	100	0	78	25	15	20	38	1.92
83779526--83779557	16	2.0	16	100	0	64	31	18	0	50	1.48
83784239--83784281	19	2.2	20	87	4	61	27	2	9	60	1.40
83785681--83785760	32	2.5	32	83	4	99	52	18	2	26	1.58
83789613--83789721	37	2.9	37	91	0	173	27	29	19	23	1.98
83789870--83789967	50	2.0	50	91	4	162	30	25	7	36	1.83
83789925--83790117	47	4.1	47	90	2	255	27	30	10	32	1.90
83790017--83790092	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83794694--83794751	23	2.6	23	86	2	82	20	29	32	17	1.95
83796846--83796924	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
83797043--83797510	47	9.7	47	91	5	704	28	29	8	33	1.86
83797043--83797481	149	3.0	149	89	6	705	28	29	8	33	1.87
83802235--83802355	48	2.6	48	75	8	117	24	31	17	26	1.97
83802281--83802405	48	2.7	44	81	15	135	22	32	18	27	1.97
83802178--83802538	94	3.8	93	77	11	321	23	28	19	27	1.98
83803383--83803460	37	2.1	37	100	0	156	32	15	15	37	1.89
83806746--83806777	16	2.0	16	100	0	64	37	6	12	43	1.68
83807427--83807477	25	2.0	25	100	0	102	60	0	15	23	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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