genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63195076--63195154	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
63197997--63198036	19	2.1	19	100	0	80	45	10	5	40	1.60
63199981--63200422	150	2.9	147	81	9	473	42	9	4	42	1.59
63200137--63200347	52	4.1	50	67	21	107	42	9	7	40	1.66
63200341--63200396	21	2.6	21	85	2	76	55	5	1	37	1.33
63199979--63200446	153	3.1	147	79	12	502	41	9	4	44	1.57
63202310--63202539	50	4.6	49	79	8	232	30	26	18	25	1.98
63204482--63204545	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
63204759--63204901	23	6.1	23	91	4	225	28	20	21	28	1.98
63204759--63204901	47	3.1	47	92	3	236	28	20	21	28	1.98
63204952--63205018	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
63204952--63205007	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
63205055--63205102	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
63206220--63206254	18	1.9	18	94	0	61	71	11	14	2	1.25
63207981--63208035	26	2.1	27	80	16	62	32	12	9	45	1.74
63212348--63212588	49	4.8	50	76	12	194	31	24	16	27	1.96
63213461--63213491	16	1.9	16	100	0	62	51	9	19	19	1.74
63213561--63213707	42	3.5	42	84	3	188	33	21	20	24	1.97
63220311--63220580	40	6.8	40	94	0	436	23	22	27	26	2.00
63222921--63223051	47	2.8	46	82	7	149	24	27	16	31	1.97
63223039--63223121	42	2.0	43	85	2	114	19	33	19	27	1.96
63224635--63224855	46	4.8	46	78	5	248	22	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63224587--63224855	139	1.9	139	93	0	457	22	20	27	28	1.99
63239110--63239135	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
63244405--63244532	26	4.8	27	86	7	181	41	20	8	29	1.82
63244405--63244532	53	2.4	53	92	2	204	41	20	8	29	1.82
63244435--63244565	27	4.9	27	85	2	97	40	17	10	31	1.84
63244405--63244548	53	2.7	53	87	4	175	41	18	9	31	1.81
63253871--63253898	14	2.0	14	100	0	56	14	21	35	28	1.92
63257169--63257215	19	2.4	20	86	13	71	72	4	21	2	1.12
63260968--63260992	13	1.9	13	100	0	50	32	16	0	52	1.44
63269321--63269545	80	2.8	81	81	9	275	25	27	22	24	2.00
63269323--63269545	119	1.9	120	82	8	285	25	26	22	25	2.00
63269321--63269545	40	5.7	40	82	10	239	25	27	22	24	2.00
63271572--63271685	28	4.1	28	75	3	86	26	29	16	27	1.97
63271899--63271941	16	2.7	16	92	0	68	9	23	20	46	1.79
63275412--63275517	29	3.7	28	76	10	108	29	14	31	25	1.94
63275404--63275512	58	1.9	57	83	5	139	29	13	31	25	1.94
63283157--63283274	29	4.2	29	77	8	127	30	13	27	27	1.94
63283161--63283272	56	2.0	58	87	3	165	30	14	28	26	1.95
63284327--63284360	18	1.9	18	88	5	52	41	20	8	29	1.82
63288268--63288321	16	3.4	16	100	0	108	57	0	5	37	1.22
63289025--63289926	450	2.0	450	94	0	1597	38	9	15	36	1.80
63297686--63297711	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63298714--63298798	28	3.0	28	86	3	116	28	14	30	27	1.95
63298721--63298798	29	2.8	28	86	3	111	25	15	32	26	1.95
63299079--63299132	27	2.1	26	82	6	65	50	22	11	16	1.77
63300018--63300052	18	1.9	18	100	0	70	42	11	17	28	1.83
63311447--63311658	104	2.0	104	94	1	372	18	19	30	31	1.96
63311577--63311728	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
63319827--63320005	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
63322067--63322607	47	11.5	47	94	0	884	32	8	29	29	1.87
63322726--63322804	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
63330043--63330084	20	2.1	20	90	0	66	59	7	14	19	1.57
63340544--63340989	145	3.0	144	80	10	503	43	8	4	42	1.56
63347824--63347884	30	2.0	30	87	0	86	29	24	6	39	1.80
63350378--63350569	40	4.8	40	87	2	287	26	26	22	25	2.00
63350349--63350569	80	2.8	80	85	4	288	26	26	21	25	2.00
63358836--63358895	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
63360020--63360158	27	5.2	27	80	1	163	30	13	23	32	1.93
63360020--63360158	54	2.6	53	85	3	181	30	13	23	32	1.93
63368460--63368649	38	4.9	38	82	2	191	30	24	22	23	1.99
63375744--63375829	40	2.2	40	83	6	104	30	29	20	19	1.97
63375899--63376148	47	5.3	47	91	2	380	27	30	9	33	1.88
63375991--63376113	22	5.3	22	65	24	74	26	31	9	31	1.89
63379447--63379535	43	2.1	43	91	4	144	31	25	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63386578--63386703	47	2.7	45	77	12	130	25	28	18	27	1.98
63396366--63396582	40	5.5	40	78	8	185	23	22	28	25	1.99
63396366--63396582	79	2.7	79	76	12	212	23	22	28	25	1.99
63396366--63396582	119	1.8	119	80	7	262	23	22	28	25	1.99
63409502--63409553	16	3.2	16	88	0	77	30	0	34	34	1.58
63409534--63409628	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
63409790--63409824	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
63409748--63409820	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
63409937--63409971	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
63409709--63409983	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.32
63409920--63410211	119	2.4	120	90	3	473	50	5	2	42	1.36
63410166--63410197	16	1.9	17	93	6	57	46	0	0	53	1.00
63410227--63410434	91	2.3	91	85	4	258	46	3	4	45	1.41
63423477--63423654	47	3.7	47	77	9	171	25	20	29	24	1.99
63424791--63424831	22	1.9	21	85	5	55	14	43	24	17	1.86
63425321--63425352	11	2.9	11	95	0	55	62	9	3	25	1.40
63426857--63426912	20	3.1	19	80	12	64	58	7	5	28	1.46
63439670--63439716	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
63440150--63440388	50	4.8	50	78	3	273	26	17	25	30	1.97
63440125--63440283	51	3.1	51	75	5	178	25	20	24	28	1.99
63440125--63440331	101	2.0	101	90	1	326	27	19	24	29	1.98
63440934--63441289	179	2.0	180	88	2	529	36	9	21	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63445067--63445199	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
63446519--63447008	47	10.6	47	95	3	886	33	7	29	29	1.86
63448415--63448836	39	10.9	40	87	5	604	20	21	30	28	1.98
63448415--63448850	80	5.6	80	87	7	591	20	20	30	28	1.98
63451128--63451260	69	1.9	70	90	1	214	32	14	16	36	1.89
63452645--63453190	47	11.6	47	96	0	984	32	8	30	29	1.86
63455597--63455721	48	2.6	48	78	6	155	30	16	22	30	1.96
63455689--63455761	38	1.9	38	91	0	119	27	12	28	31	1.93
63462216--63462313	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
63462244--63462326	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
63462216--63462327	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
63471198--63471415	40	5.5	40	90	2	316	25	27	22	23	2.00
63475377--63475451	39	1.9	39	86	0	105	26	25	16	32	1.96
63475411--63475520	54	2.0	55	85	5	152	27	20	13	38	1.91
63475494--63475614	47	2.6	47	94	0	215	26	23	14	36	1.92
63475495--63475748	142	1.8	140	81	6	316	23	24	17	34	1.96
63478121--63478160	14	2.9	14	96	0	71	20	7	20	52	1.70
63493171--63493222	22	2.4	22	87	6	70	40	3	1	53	1.30
63493392--63493426	17	2.0	18	88	5	54	60	2	5	31	1.35
63495164--63495561	199	2.0	199	96	0	733	38	15	16	29	1.89
63501802--63501856	27	2.0	27	85	0	74	21	25	1	50	1.58
63501812--63501849	18	2.1	19	85	14	53	21	26	0	52	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63502004--63502075	34	2.1	34	97	0	135	38	4	12	44	1.62
63520657--63520735	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
63528979--63529057	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
63539654--63539705	27	1.9	27	88	0	77	42	26	11	19	1.85
63543662--63543725	27	2.4	27	89	0	101	14	21	39	25	1.91
63543763--63543913	27	5.6	25	72	12	95	39	23	9	28	1.85
63543755--63543929	54	3.3	54	76	5	158	39	22	9	29	1.85
63543784--63543917	27	5.0	26	76	10	117	38	22	9	29	1.86
63543842--63543984	27	5.3	26	77	9	81	38	20	7	33	1.81
63543909--63544443	27	19.8	27	86	1	633	31	20	7	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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