genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.331.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110762420--110762452	1	33.0	1	100	0	66	100	0	0	0	0.00
110763660--110763712	28	2.0	26	85	7	70	62	0	5	32	1.19
110763854--110763887	17	2.0	17	88	0	50	52	2	5	38	1.41
110764474--110764510	13	2.8	14	84	12	51	16	27	0	56	1.40
110766581--110766617	13	2.8	14	88	12	60	13	27	0	59	1.35
110770157--110770185	15	1.9	15	100	0	58	48	0	3	48	1.18
110771225--110771278	27	2.0	27	100	0	108	44	18	11	25	1.83
110773740--110773781	19	2.3	19	87	4	59	38	7	2	52	1.42
110776727--110776777	25	2.0	25	100	0	102	50	15	15	17	1.78
110780742--110780931	72	2.6	73	78	9	208	42	15	8	33	1.78
110786966--110787196	49	4.8	49	78	8	233	25	25	27	21	1.99
110786962--110787189	95	2.3	98	86	9	308	26	25	27	20	1.99
110790305--110790353	25	2.0	25	100	0	98	32	8	36	22	1.84
110794121--110794178	30	1.9	30	89	0	89	41	3	24	31	1.71
110794508--110794749	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
110794508--110794757	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
110807018--110807059	22	2.0	22	85	4	59	21	0	4	73	1.01
110810074--110810344	135	2.0	135	100	0	542	27	19	18	35	1.95
110816707--110816738	9	3.6	9	91	0	55	25	9	53	12	1.68
110817763--110817837	23	3.3	23	90	0	114	40	0	10	49	1.38
110817772--110817837	13	5.5	13	74	20	63	40	0	10	48	1.38
110819062--110819149	43	2.0	43	95	0	158	40	10	21	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110821051--110821100	18	2.8	18	90	0	73	12	38	8	42	1.71
110822762--110822849	41	2.2	39	82	13	99	39	1	4	54	1.28
110836438--110836477	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
110836446--110836512	34	1.9	35	87	3	100	32	8	11	46	1.72
110836461--110836500	20	2.0	20	85	0	53	30	10	10	50	1.69
110838818--110838857	19	2.1	19	95	0	71	47	7	45	0	1.31
110839138--110839174	11	2.9	13	80	19	51	62	2	8	27	1.37
110839150--110839175	11	2.4	11	100	0	52	65	0	7	26	1.20
110839133--110839180	25	1.9	25	83	8	62	66	4	6	22	1.32
110839132--110839186	25	2.2	24	75	9	58	70	3	5	20	1.22
110842665--110842743	36	2.2	36	100	0	158	24	17	18	39	1.92
110847937--110847986	4	12.5	4	82	0	64	42	26	8	24	1.82
110847937--110847986	12	4.2	12	92	0	82	42	26	8	24	1.82
110854141--110854181	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
110854207--110854238	16	2.0	16	100	0	64	25	0	6	68	1.12
110854218--110854281	30	2.1	31	85	8	87	28	4	9	57	1.50
110854405--110854438	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
110863409--110863449	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
110867621--110867852	58	4.0	58	97	1	432	34	7	13	44	1.72
110868736--110868787	26	2.0	26	88	7	79	38	3	5	51	1.44
110879623--110879726	45	2.2	48	88	10	151	19	14	45	21	1.85
110879664--110879810	78	1.9	78	92	0	249	17	14	47	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110879623--110879791	45	4.0	45	66	20	139	18	13	46	21	1.84
110884598--110884702	52	2.0	52	98	0	201	57	3	8	30	1.47
110887713--110887749	17	2.2	17	100	0	74	35	5	24	35	1.78
110901224--110901270	25	2.0	23	87	8	67	76	4	6	12	1.12
110901814--110901916	37	2.7	37	79	7	100	25	9	2	62	1.40
110901829--110901891	3	20.7	3	75	3	54	25	7	3	63	1.37
110902326--110902381	30	2.0	27	89	10	85	33	3	7	55	1.45
110914920--110914949	9	3.3	9	90	0	51	56	3	0	40	1.16
110915403--110915524	62	1.9	63	83	9	160	40	2	4	52	1.34
110916448--110916827	52	7.3	53	82	6	413	21	17	18	42	1.90
110916441--110916827	155	2.5	158	83	5	369	22	17	18	41	1.90
110919529--110919562	17	2.0	17	100	0	68	29	11	23	35	1.90
110920046--110920096	21	2.4	21	90	0	75	37	7	21	33	1.82
110920046--110920108	21	3.0	21	83	4	65	39	7	20	31	1.81
110921132--110921180	18	2.5	19	80	16	55	65	6	2	26	1.27
110926846--110926936	46	2.0	46	88	0	137	53	8	3	34	1.48
110927136--110927180	21	2.1	21	91	0	72	31	2	0	66	1.04
110928376--110928411	17	2.1	17	94	0	63	36	5	13	44	1.68
110929163--110929205	14	3.1	14	82	0	50	53	6	30	9	1.59
110934758--110934817	28	2.1	29	84	3	77	41	3	25	30	1.71
110934763--110934824	29	2.2	26	78	15	70	46	1	22	29	1.61
110935305--110935403	43	2.3	43	84	3	119	27	16	26	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110938037--110938070	13	2.6	13	95	0	59	38	0	8	52	1.33
110939576--110939716	65	2.1	67	88	2	205	34	14	1	49	1.52
110940127--110940176	21	2.4	21	86	0	64	40	14	20	26	1.90
110943516--110943578	31	2.1	31	87	3	92	23	1	12	61	1.39
110944405--110944477	33	2.2	33	87	0	101	42	13	17	26	1.87
110944712--110944774	33	1.9	33	83	0	81	39	15	19	25	1.91
110944978--110945016	17	2.4	17	82	4	53	69	2	0	28	1.02
110944921--110945021	29	3.5	29	68	9	80	63	3	1	30	1.24
110946944--110946994	22	2.2	23	83	13	61	49	5	5	39	1.51
110949408--110949484	31	2.6	29	74	11	75	20	12	9	57	1.63
110949436--110949507	31	2.3	31	80	4	83	20	11	12	55	1.67
110949888--110950234	178	1.9	179	84	4	468	44	11	12	30	1.79
110952776--110952802	10	2.7	10	100	0	54	25	0	0	74	0.83
110952858--110952891	12	2.8	12	86	0	50	38	5	35	20	1.77
110961673--110961706	11	3.1	11	91	0	50	70	14	2	11	1.27
110962445--110962499	22	2.5	23	91	5	87	43	16	7	32	1.75
110964782--110964831	26	2.0	26	84	7	68	60	2	0	38	1.09
110964817--110964875	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
110967002--110967048	24	2.0	24	86	0	67	42	17	6	34	1.74
110969345--110969599	126	2.0	127	81	2	298	36	15	12	34	1.86
110969760--110970250	3	163.3	3	66	15	90	62	4	7	26	1.40
110970006--110970058	23	2.3	23	83	6	63	58	1	5	33	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110970004--110970090	20	4.2	20	73	13	68	65	1	5	27	1.22
110970150--110970240	28	3.1	28	87	7	112	67	1	5	26	1.20
110986450--110986483	14	2.4	14	90	0	50	23	11	2	61	1.43
110986388--110986735	86	4.0	86	79	9	369	27	16	19	37	1.92
110986396--110986735	179	1.9	176	84	5	452	27	16	19	36	1.93
110986641--110986873	77	3.1	75	79	9	233	30	15	20	33	1.93
110994899--110994987	40	2.2	41	84	6	110	35	6	8	48	1.61
110995985--110996018	15	2.3	15	100	0	68	35	0	11	52	1.38
110997082--110997106	12	2.1	12	100	0	50	8	32	32	28	1.86
110998496--110998528	16	2.1	16	88	5	50	69	0	27	3	1.03
110998659--110998698	13	3.2	13	82	13	57	80	0	17	2	0.83
110999926--110999977	17	3.1	17	88	2	79	50	9	11	28	1.70
110999926--111000028	18	5.8	18	71	8	61	45	10	13	30	1.77
111000509--111000562	26	2.0	27	82	10	67	64	5	5	24	1.36
111000571--111000624	18	3.1	17	79	12	56	59	1	3	35	1.26
111000934--111000979	24	1.9	24	86	8	67	58	2	23	15	1.48
111001020--111001076	30	1.9	30	85	3	80	59	5	8	26	1.48
111006002--111006079	38	2.1	38	92	0	129	51	6	7	34	1.56
111006793--111006945	75	2.0	75	96	0	279	39	8	18	33	1.81
111011029--111011063	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
111015280--111015464	96	1.9	96	85	2	255	30	18	11	39	1.86
111022395--111022446	21	2.5	21	93	0	86	19	15	28	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111026608--111026665	8	7.1	8	74	18	57	31	1	0	67	1.01
111026624--111026666	18	2.4	18	92	3	70	30	0	0	69	0.88
111026608--111026667	9	7.2	8	78	16	52	31	1	0	66	1.01
111026608--111026665	16	3.6	16	76	19	66	31	1	0	67	1.01
111030677--111030769	44	2.1	44	93	0	159	29	3	2	65	1.20
111030722--111031122	26	15.2	26	72	11	246	27	5	4	62	1.37
111031063--111031122	25	2.3	26	94	2	104	31	8	1	58	1.38
111032396--111032432	17	2.2	17	90	0	56	59	16	10	13	1.61
111034720--111035012	3	98.3	3	73	14	173	27	6	2	62	1.34
111034708--111034758	24	2.1	24	85	0	66	33	11	0	54	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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