genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79844773--79844899	65	2.0	65	88	0	191	30	18	22	27	1.98
79844679--79844988	155	2.0	155	89	0	476	31	15	25	27	1.96
79844834--79845142	90	3.4	90	91	0	510	32	15	25	26	1.96
79844590--79845081	245	2.0	244	91	1	806	31	15	25	27	1.96
79844534--79845138	335	1.8	333	91	1	996	31	15	26	26	1.96
79844834--79845142	45	6.9	45	65	16	156	32	15	25	26	1.96
79846059--79846084	8	3.2	8	100	0	52	0	23	65	11	1.25
79846589--79846642	25	2.2	25	93	0	90	33	0	0	66	0.92
79846672--79846842	29	5.6	29	68	22	93	33	2	0	63	1.14
79846786--79846840	7	7.6	7	82	8	65	30	0	0	69	0.89
79857365--79857398	15	2.3	15	90	5	52	35	2	2	58	1.28
79868421--79868472	19	2.7	19	85	5	61	11	15	0	73	1.11
79868441--79868477	19	1.9	19	88	0	56	8	24	0	67	1.17
79873356--79873396	21	2.0	21	90	0	64	39	2	19	39	1.65
79874396--79874435	17	2.4	17	100	0	80	27	5	40	27	1.77
79875439--79875467	13	2.2	13	100	0	58	17	13	48	20	1.81
79876108--79876262	26	6.2	26	68	14	110	20	21	18	39	1.93
79881431--79881473	8	5.4	8	86	13	54	79	0	0	20	0.74
79881431--79881476	17	2.7	19	84	15	57	78	0	0	21	0.76
79882514--79882540	14	1.9	14	100	0	54	81	0	3	14	0.82
79886345--79886515	40	4.3	40	82	3	166	30	26	19	22	1.98
79907411--79907449	14	2.5	16	88	12	55	35	2	0	61	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79907738--79907762	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
79907783--79907846	28	2.4	27	82	7	76	32	0	0	67	0.91
79910058--79910160	51	2.0	51	96	0	188	37	12	26	23	1.90
79914225--79914259	17	2.1	17	100	0	70	14	5	22	57	1.59
79914227--79914267	17	2.4	17	91	0	64	14	4	26	53	1.61
79928507--79928555	25	2.0	25	83	0	62	42	6	16	34	1.73
79929185--79929209	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
79929426--79929486	31	2.0	31	100	0	122	21	26	36	16	1.94
79929699--79929765	33	2.0	33	97	0	125	29	25	5	38	1.80
79935197--79935318	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
79935169--79935816	47	13.6	47	90	3	921	27	28	9	34	1.88
79935190--79935816	143	4.4	143	94	2	1059	27	28	9	33	1.89
79935674--79935815	49	3.1	42	86	13	130	30	27	8	33	1.86
79937258--79937377	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
79940890--79940997	37	2.9	37	94	0	189	25	32	19	23	1.97
79941138--79941283	48	3.0	48	89	0	238	31	26	6	36	1.81
79944676--79944862	58	3.3	56	86	8	240	29	29	17	24	1.97
79944679--79944837	29	5.5	29	71	12	114	28	28	18	23	1.98
79944994--79945301	43	7.2	43	93	0	517	31	31	23	13	1.93
79946996--79947103	37	2.9	37	94	0	189	25	32	19	23	1.97
79947244--79947385	46	3.0	46	89	4	230	29	26	7	35	1.85
79951379--79951520	40	3.4	42	76	4	135	30	23	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79951844--79951942	51	2.0	49	94	4	171	29	16	9	45	1.78
79961317--79961409	5	18.6	5	91	6	145	37	1	0	61	1.03
79961319--79961412	13	7.2	15	73	24	81	37	1	0	61	1.03
79962598--79962622	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
79968625--79968688	5	12.6	5	85	9	85	35	3	0	60	1.12
79968627--79968693	8	8.0	8	80	15	57	35	2	0	61	1.12
79969812--79969844	6	5.5	6	92	0	57	18	21	15	45	1.85
79971022--79971079	29	2.0	29	96	0	107	13	25	13	46	1.81
79976237--79976295	29	2.0	29	93	0	100	50	23	6	18	1.70
79980900--79980964	31	2.1	31	94	0	112	47	15	4	32	1.66
79988651--79988687	9	4.1	9	89	0	56	37	0	2	59	1.12
79990013--79990126	36	3.2	35	75	13	115	38	34	11	15	1.84
79992701--79992745	22	2.0	22	100	0	90	48	8	4	37	1.55
80002144--80002188	20	2.2	20	84	7	56	26	6	26	40	1.81
80006677--80006764	44	2.0	44	97	0	167	27	7	20	44	1.79
80008564--80008714	55	2.7	56	91	3	241	27	11	26	34	1.91
80008564--80008714	28	5.4	28	93	2	241	27	11	26	34	1.91
80008564--80008727	83	2.0	84	85	6	226	28	11	25	34	1.91
80016591--80016713	28	4.4	28	90	3	176	26	13	27	32	1.93
80016616--80016726	55	2.0	55	86	6	154	29	12	25	32	1.93
80031943--80032030	43	2.0	43	97	0	167	29	21	19	29	1.98
80041344--80041548	54	3.8	53	75	5	169	20	23	18	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80041649--80041673	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
80043168--80043352	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
80043149--80043352	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
80049687--80049772	42	2.0	42	95	0	154	27	22	8	41	1.82
80053825--80054102	50	5.5	50	76	7	226	25	18	24	31	1.98
80053871--80054053	101	1.8	101	89	0	285	27	20	22	28	1.99
80053828--80054145	150	2.1	152	80	5	340	26	18	24	30	1.98
80055288--80055344	20	2.8	20	94	0	105	33	19	12	35	1.89
80055288--80055343	11	5.5	11	75	16	66	32	19	12	35	1.89
80055391--80055438	25	1.9	25	86	0	69	27	14	22	35	1.93
80057820--80057857	16	2.2	17	86	13	51	52	13	13	21	1.73
80059125--80059159	17	2.1	17	100	0	70	65	11	5	17	1.43
80060068--80060115	23	2.0	24	92	4	80	45	4	14	35	1.64
80060128--80060180	21	2.4	21	84	12	63	37	1	9	50	1.46
80065016--80065097	41	2.0	41	100	0	164	36	17	14	31	1.90
80068106--80068290	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
80068107--80068290	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
80068159--80068323	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
80076080--80076218	32	3.8	33	80	14	127	24	21	27	26	1.99
80076080--80076218	71	1.9	72	87	7	203	24	21	27	26	1.99
80076022--80076235	40	5.7	39	81	11	193	24	22	27	25	2.00
80081729--80081777	25	2.0	25	83	0	62	42	14	6	36	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80084373--80084439	25	2.8	25	84	4	93	28	23	20	26	1.99
80085932--80085971	19	2.1	19	90	9	64	17	42	27	12	1.85
80086635--80086673	14	2.8	14	88	0	60	41	2	20	35	1.66
80087128--80087179	15	3.2	15	73	19	50	42	1	1	53	1.23
80087213--80087249	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
80087261--80087316	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
80088661--80088830	49	3.6	48	76	11	156	27	29	18	24	1.98
80088802--80088938	58	2.6	57	80	13	152	21	27	18	31	1.97
80090485--80090706	40	5.6	39	84	6	245	24	27	22	25	1.99
80090485--80090706	117	1.9	119	83	7	292	24	27	22	25	1.99
80098488--80098711	40	5.7	40	84	6	253	24	27	22	25	2.00
80098488--80098711	79	2.8	80	81	8	242	24	27	22	25	2.00
80098482--80098709	118	1.9	120	83	7	295	23	28	21	26	1.99
80100896--80100946	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
80103220--80103452	35	6.6	35	79	2	252	39	30	12	17	1.87
80103275--80103452	70	2.5	70	97	0	329	39	29	14	16	1.88
80115229--80115346	63	1.9	62	96	1	218	44	13	20	21	1.85
80115543--80115596	6	8.5	6	84	11	63	0	51	0	48	1.00
80115544--80115596	15	3.5	15	78	0	52	0	50	0	49	1.00
80121866--80121900	17	2.1	17	89	10	54	65	0	0	34	0.93
80125194--80125220	12	2.2	12	100	0	54	14	18	29	37	1.91
80138904--80138952	25	2.0	25	95	0	89	34	12	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80142478--80142655	97	1.9	94	83	8	234	30	17	28	23	1.97
80148187--80148491	46	6.6	45	85	7	382	42	13	23	20	1.88
80148197--80148491	92	3.2	92	88	0	439	42	14	23	20	1.88
80148197--80148491	138	2.1	138	91	0	473	42	14	23	20	1.88
80152411--80152461	20	2.5	21	81	9	61	37	7	13	41	1.74
80152407--80152461	21	2.7	21	80	8	69	40	7	12	40	1.71
80152683--80152727	20	2.2	20	80	7	56	62	8	8	20	1.51
80155297--80155330	6	5.5	6	86	6	50	17	20	17	44	1.87
80155554--80155604	18	2.8	19	82	8	70	31	5	11	50	1.62
80155554--80155606	17	2.9	18	80	5	63	32	5	13	49	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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