genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.131.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  131  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44344065--44344140	22	3.3	22	70	22	75	32	14	28	23	1.94
44344044--44344378	47	7.1	47	90	0	526	34	13	27	24	1.92
44344048--44344421	141	2.7	141	88	0	534	34	12	28	24	1.92
44344044--44344378	94	3.6	94	94	0	580	34	13	27	24	1.92
44352211--44352263	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
44353337--44356117	533	5.2	536	92	4	4589	37	18	11	33	1.86
44356112--44359292	541	5.9	540	91	2	5081	37	18	11	33	1.86
44359707--44359745	20	2.0	20	85	10	53	53	20	2	23	1.57
44359632--44362163	541	4.7	541	92	1	4136	37	18	11	32	1.86
44362155--44365207	541	5.7	541	92	2	5054	37	17	11	33	1.86
44365274--44365312	20	2.0	20	85	10	53	53	20	2	23	1.57
44365199--44368910	536	6.9	539	95	2	6628	36	18	11	33	1.87
44368909--44369625	362	2.0	358	90	8	1125	37	16	13	31	1.88
44369257--44370957	532	3.2	532	91	7	2741	37	18	10	33	1.85
44371002--44372664	521	3.2	519	87	10	2280	34	10	17	38	1.83
44371934--44373543	875	1.9	853	90	8	2596	32	11	17	38	1.85
44372661--44375611	514	5.7	525	88	9	4252	33	10	18	37	1.85
44372661--44375614	516	5.7	523	88	9	4237	33	10	18	37	1.85
44374743--44376493	873	2.0	866	88	7	2633	33	11	17	37	1.86
44377006--44379956	523	5.7	531	88	9	4407	33	11	17	37	1.85
44379616--44380281	355	1.9	350	90	7	1078	30	14	16	38	1.88
44379943--44382364	519	4.7	528	89	9	3616	33	11	17	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44379081--44380820	873	2.0	851	89	9	2686	32	12	17	37	1.87
44382732--44385735	513	5.9	521	88	10	4373	33	11	17	37	1.86
44385397--44386085	346	2.0	339	89	9	1046	32	13	15	38	1.87
44384891--44386591	852	2.0	843	86	11	2432	33	12	16	37	1.86
44386803--44401242	523	27.7	540	89	8	21343	36	18	11	33	1.86
44401236--44414796	542	25.7	541	90	5	21169	33	11	18	37	1.86
44415749--44415788	12	3.3	12	93	6	64	25	0	55	20	1.44
44417276--44417322	19	2.5	19	100	0	94	17	34	31	17	1.92
44423636--44423971	68	4.9	68	86	1	440	35	19	22	22	1.96
44423589--44423965	136	2.8	135	82	3	461	35	18	22	22	1.96
44423589--44423973	68	5.7	68	82	4	418	36	19	22	22	1.95
44426448--44426676	48	4.9	48	73	7	218	27	24	21	26	1.99
44428554--44428610	29	2.0	29	89	0	87	38	10	15	35	1.82
44429699--44429738	20	2.0	20	100	0	80	20	15	30	35	1.93
44432370--44432500	66	2.0	66	83	3	165	26	25	19	29	1.98
44433705--44434328	313	2.0	313	87	2	914	35	18	18	28	1.94
44441603--44441632	11	2.7	11	94	0	51	30	40	6	23	1.80
44443923--44444429	49	10.6	49	93	2	802	29	28	8	32	1.86
44447831--44448186	40	9.1	40	87	3	499	25	27	21	25	1.99
44447831--44448186	117	3.0	117	91	2	545	25	27	21	25	1.99
44447862--44448166	157	2.0	155	90	2	486	26	27	20	25	1.99
44448240--44448313	37	2.0	38	84	7	98	24	25	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44449997--44450450	47	9.6	47	90	4	680	29	29	8	33	1.87
44449997--44450450	96	4.8	96	90	4	715	29	29	8	33	1.87
44453644--44453869	27	8.3	27	77	5	150	33	9	19	37	1.84
44453626--44453842	54	4.0	53	75	7	184	31	9	19	38	1.84
44453700--44453853	81	1.9	81	79	2	175	33	9	20	37	1.84
44453794--44453953	81	2.0	81	84	0	212	40	8	20	31	1.81
44453820--44454004	27	6.9	27	86	1	228	40	8	22	29	1.82
44465601--44465712	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
44465601--44465712	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
44471367--44471406	18	2.2	18	95	0	71	60	2	10	27	1.42
44471721--44471760	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
44471750--44471790	12	3.5	12	87	12	59	70	0	0	29	0.87
44471750--44471802	20	2.6	21	80	17	58	67	0	0	32	0.91
44471755--44471798	12	3.5	12	87	9	61	70	0	0	29	0.88
44471757--44471881	13	10.9	12	67	19	56	61	0	4	33	1.20
44471811--44471844	17	2.0	17	88	11	52	64	0	8	26	1.22
44471750--44471878	11	11.4	11	66	21	52	62	0	3	33	1.19
44473379--44473461	43	1.9	43	85	2	112	25	28	16	28	1.97
44473424--44473979	206	2.7	206	92	1	916	28	23	18	30	1.97
44478658--44478784	42	3.0	42	84	6	161	29	25	14	30	1.95
44478743--44478866	47	2.7	46	84	2	158	29	26	16	28	1.97
44478892--44479317	31	13.5	31	72	11	238	26	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44479039--44479157	50	2.4	51	87	4	170	26	22	16	33	1.96
44478883--44479371	256	1.9	256	97	0	933	26	23	17	31	1.97
44479489--44479517	14	2.0	15	93	6	51	55	17	6	20	1.65
44486489--44486673	79	2.3	81	83	7	227	25	27	23	24	2.00
44486489--44486673	40	4.7	40	82	7	225	25	27	23	24	2.00
44494472--44494656	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
44494472--44494656	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
44500616--44500677	21	2.9	19	76	19	54	66	0	4	29	1.12
44501120--44501159	21	2.0	21	85	5	55	57	5	2	35	1.34
44501149--44501178	12	2.6	11	90	10	51	70	0	3	26	1.03
44501154--44501228	14	5.3	14	73	10	55	64	0	4	32	1.12
44501210--44501243	17	2.0	17	88	11	52	64	0	8	26	1.22
44507465--44507509	18	2.5	18	85	7	56	35	6	33	24	1.82
44510286--44510702	48	8.4	48	93	4	672	33	7	28	30	1.85
44510590--44510734	60	2.4	60	96	0	263	31	8	30	30	1.87
44510875--44510977	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
44511790--44511822	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
44513841--44513892	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
44514517--44514928	27	15.3	27	81	5	408	24	20	18	36	1.95
44514517--44514927	54	7.6	54	84	1	511	24	20	18	36	1.95
44514519--44514927	81	5.1	81	86	2	518	24	21	18	36	1.95
44514882--44515050	27	6.3	27	82	3	182	31	13	19	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44517159--44517248	33	2.8	33	83	5	94	24	23	23	28	1.99
44522221--44522364	46	3.1	46	71	14	125	28	29	19	22	1.98
44526387--44526419	14	2.3	15	89	5	50	39	0	0	60	0.97
44526478--44526542	34	1.9	34	90	6	105	52	6	9	32	1.58
44535754--44535783	12	2.5	12	94	0	51	26	30	33	10	1.89
44542927--44542974	10	4.6	10	87	10	60	58	4	0	37	1.18
44542932--44542975	22	2.0	22	95	0	79	59	2	0	38	1.10
44546598--44546656	30	2.0	30	83	6	75	49	13	5	32	1.64
44547742--44547777	17	2.1	17	94	0	63	25	33	13	27	1.94
44554105--44554198	42	2.2	42	92	0	152	27	23	18	30	1.97
44561537--44561721	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
44561538--44561721	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
44561538--44561744	79	2.6	79	81	8	199	25	22	27	24	2.00
44567193--44567251	25	2.4	25	78	16	68	62	0	28	8	1.24
44567801--44567844	22	2.0	22	81	0	52	56	4	0	38	1.20
44574358--44574575	46	4.7	47	77	15	222	22	21	28	27	1.99
44574358--44574580	93	2.4	93	96	0	410	22	21	28	28	1.99
44574805--44574842	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
44582375--44582412	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
44590500--44590552	23	2.3	22	78	9	61	62	7	15	15	1.53
44591506--44591530	12	2.1	12	100	0	50	56	16	0	28	1.41
44600242--44600287	22	2.1	21	84	4	56	23	8	10	56	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44608228--44608289	31	2.0	32	87	6	92	43	11	0	45	1.40
44608874--44608908	10	3.5	10	84	0	52	68	2	2	25	1.17
44608918--44608968	26	1.9	26	84	4	66	66	0	5	27	1.14
44619639--44619712	25	2.9	25	80	6	78	31	13	9	45	1.75
44622455--44622489	18	1.9	18	94	0	61	28	25	20	25	1.99
44639554--44639581	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
44647570--44647602	17	1.9	18	88	11	52	42	12	0	45	1.41
44650691--44650737	21	2.3	21	92	3	78	19	19	38	23	1.93
44651964--44652036	11	6.6	10	73	23	58	23	1	2	72	1.05
44651938--44652065	56	2.3	55	84	2	166	23	3	3	69	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345