genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15734064--15734110	25	2.0	25	83	8	62	55	4	12	27	1.56
15735388--15735434	25	2.0	25	83	8	62	27	12	4	55	1.56
15735694--15735958	46	6.0	46	85	8	343	21	24	15	38	1.92
15735872--15735947	38	2.0	38	100	0	152	23	26	18	31	1.97
15735704--15735958	130	1.9	132	86	8	365	21	24	14	39	1.91
15740375--15740456	25	3.4	24	72	11	78	25	3	4	65	1.29
15750014--15750164	43	3.5	43	81	6	180	32	23	15	28	1.95
15752720--15752771	22	2.4	21	78	9	59	19	7	3	69	1.29
15766647--15766715	30	2.2	32	87	10	99	14	8	4	72	1.24
15767452--15767492	21	2.0	21	90	9	66	26	12	29	31	1.92
15770137--15770174	18	2.1	18	90	0	58	50	0	0	50	1.00
15771992--15772037	22	2.0	23	91	4	76	19	0	30	50	1.48
15772155--15772204	19	2.6	18	81	12	64	36	0	16	48	1.46
15772542--15772586	7	6.1	7	80	10	54	17	0	35	46	1.49
15772542--15772586	15	3.1	14	78	9	54	17	0	35	46	1.49
15772791--15773235	126	3.5	125	89	3	667	35	17	17	29	1.93
15776663--15776813	43	3.6	40	79	11	135	27	19	24	27	1.99
15776663--15776821	85	1.9	84	81	7	196	27	19	25	27	1.99
15779210--15779251	18	2.3	18	91	0	66	42	7	28	21	1.79
15780841--15780974	48	2.8	48	84	7	166	52	5	8	33	1.56
15781108--15781160	11	4.9	11	74	4	54	39	0	16	43	1.49
15783777--15784124	116	3.0	116	95	1	610	23	16	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15788950--15789011	20	3.2	20	76	13	67	40	0	0	59	0.97
15789757--15789794	20	1.9	20	94	0	67	65	0	7	26	1.19
15797913--15797981	13	5.5	12	73	13	59	2	18	1	76	0.98
15799430--15799486	3	19.0	3	87	0	51	3	22	33	40	1.71
15799426--15799476	18	2.8	18	81	0	66	5	17	33	43	1.73
15799427--15799485	15	3.9	15	84	0	73	3	20	33	42	1.69
15800220--15800257	12	3.2	12	88	0	58	0	21	36	42	1.53
15800211--15800254	15	3.1	15	81	15	58	0	18	36	45	1.49
15803208--15803234	4	6.8	4	100	0	54	74	0	25	0	0.83
15803893--15803959	28	2.5	26	82	4	89	44	0	0	55	0.99
15803928--15803965	17	2.2	18	85	4	51	44	0	0	55	0.99
15804852--15804884	17	1.9	17	93	0	57	57	0	3	39	1.14
15812752--15812777	12	2.2	12	100	0	52	34	23	7	34	1.83
15813637--15813710	34	2.2	34	87	4	105	12	28	1	58	1.42
15821176--15821209	14	2.3	15	90	5	52	32	5	17	44	1.73
15824980--15825095	33	3.6	34	83	8	147	42	0	15	41	1.53
15825825--15825882	25	2.3	23	78	21	64	53	3	0	43	1.17
15826020--15826060	21	2.0	21	90	0	64	2	14	46	36	1.58
15826310--15826345	18	2.0	18	94	0	63	38	8	27	25	1.84
15827878--15827955	14	5.2	14	71	18	50	64	1	1	33	1.10
15829597--15829662	14	4.3	15	73	19	55	45	0	1	53	1.09
15834210--15834279	35	2.0	35	91	2	115	50	1	11	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15838114--15838224	38	2.9	38	89	5	143	20	23	27	28	1.99
15838143--15838230	38	2.3	38	96	0	158	18	21	27	32	1.96
15841401--15841439	13	3.1	13	79	20	55	35	0	0	64	0.94
15841391--15841448	25	2.3	25	88	5	82	36	1	1	60	1.17
15842177--15842202	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
15843277--15843320	17	2.6	17	82	7	54	29	0	4	65	1.12
15845146--15845212	22	3.1	21	77	12	66	35	0	0	64	0.94
15845141--15845178	13	2.9	13	81	11	51	26	0	0	73	0.83
15845144--15845199	21	2.6	22	83	5	71	35	0	0	64	0.94
15845267--15845327	32	1.9	31	83	9	79	40	4	8	45	1.55
15851469--15851523	27	2.0	27	100	0	110	41	7	18	32	1.78
15868914--15869077	42	3.7	42	85	8	195	28	27	15	29	1.96
15868984--15869167	49	3.9	48	82	7	180	30	26	14	29	1.95
15869189--15869337	31	4.8	31	84	3	192	25	26	20	28	1.99
15869189--15869337	62	2.4	62	88	2	219	25	26	20	28	1.99
15869313--15869487	50	3.5	50	89	3	282	26	22	16	34	1.95
15877440--15877630	50	3.8	50	83	2	233	24	20	26	28	1.99
15882161--15882236	11	6.4	11	78	14	71	76	2	6	14	1.10
15882162--15882236	6	12.3	6	76	18	59	77	2	6	13	1.07
15889769--15889878	54	2.0	54	96	3	204	36	11	18	33	1.87
15901930--15901959	15	2.0	15	100	0	60	20	6	13	60	1.55
15905191--15905232	22	2.0	21	85	4	57	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15909914--15909955	19	2.2	19	83	8	50	57	7	0	35	1.26
15909922--15909964	20	2.2	20	87	8	61	55	6	0	37	1.27
15911686--15912189	251	2.0	252	99	0	1001	32	16	13	37	1.87
15912337--15912383	23	2.0	23	87	0	67	38	14	10	36	1.81
15921474--15921501	12	2.3	12	100	0	56	57	14	0	28	1.38
15929094--15929198	31	3.4	31	76	7	115	52	3	2	40	1.34
15929091--15929208	61	1.9	61	92	0	200	50	3	2	43	1.32
15930848--15930890	11	3.8	11	80	17	52	30	2	2	65	1.18
15930851--15930894	23	1.9	23	90	0	70	31	2	4	61	1.28
15931514--15931540	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
15932208--15932559	3	120.7	3	69	12	146	29	6	3	61	1.36
15932250--15932287	10	3.9	10	83	16	53	36	2	0	60	1.11
15934819--15934863	21	2.1	21	100	0	90	42	0	13	44	1.43
15937653--15937820	46	3.6	46	72	13	155	22	20	27	29	1.98
15959387--15959452	18	3.6	18	76	8	69	68	0	0	31	0.90
15959398--15959447	21	2.5	19	84	12	64	66	0	0	34	0.92
15962663--15962714	23	2.3	22	80	3	59	69	9	1	19	1.26
15965400--15965595	75	2.6	75	88	4	299	31	16	15	36	1.91
15966208--15966253	13	3.5	13	90	0	74	26	2	23	47	1.63
15968304--15968474	72	2.4	71	83	4	227	54	12	7	25	1.63
15972132--15972187	24	2.3	24	93	0	103	19	10	14	55	1.68
15977184--15977208	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15983597--15983633	11	3.3	11	88	3	56	70	8	10	10	1.35
15988799--15988838	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
15988787--15988853	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
15988822--15988861	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
15998588--15998814	46	5.0	46	88	2	287	22	25	14	38	1.91
15998588--15998814	91	2.5	91	85	0	301	22	25	14	38	1.91
16002053--16002113	23	2.7	23	82	7	81	63	3	3	29	1.26
16002818--16003011	54	3.6	52	82	8	194	26	31	0	40	1.60
16002869--16003004	53	2.5	53	84	8	152	30	30	0	38	1.62
16013340--16013366	12	2.2	12	100	0	54	66	7	0	25	1.17
16019110--16019172	25	2.5	25	82	10	83	34	22	22	20	1.96
16019075--16019210	50	2.8	50	76	8	136	38	19	21	20	1.93
16019110--16019197	25	3.6	24	80	11	81	37	21	21	19	1.94
16019155--16019206	23	2.2	23	82	6	59	44	17	23	15	1.86
16027623--16027670	19	2.5	19	80	9	53	4	4	4	87	0.74
16027666--16027855	99	1.9	100	81	5	233	32	23	15	29	1.95
16028947--16029010	20	3.2	20	86	4	76	78	1	1	18	0.92
16036481--16036512	6	5.3	6	96	0	55	81	0	0	18	0.70
16043215--16043346	51	2.8	45	78	13	151	19	18	31	31	1.96
16044464--16044583	46	2.5	48	86	2	154	27	19	29	24	1.98
16051969--16052020	24	2.2	25	83	13	65	57	1	1	38	1.21
16053764--16053800	19	1.9	19	94	0	65	32	18	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16060799--16060859	29	2.1	31	84	9	83	32	13	6	47	1.68
16062908--16062933	13	2.0	13	100	0	52	53	0	7	38	1.30
16064834--16064874	19	2.2	19	95	0	73	17	12	24	46	1.82
16068322--16068348	14	1.9	14	100	0	54	51	0	29	18	1.46
16068716--16068779	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12
16068757--16068781	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
16071876--16072027	45	3.4	45	86	0	205	21	18	17	42	1.89
16071887--16072057	45	3.6	48	82	9	201	21	16	18	44	1.87
16071899--16072121	45	4.8	45	80	7	178	21	17	17	43	1.87
16072105--16072129	6	4.2	6	100	0	50	16	16	20	48	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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