genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62380396--62382256	125	15.0	124	78	7	1668	40	15	15	28	1.88
62380396--62382256	250	7.5	249	81	7	2069	40	15	15	28	1.88
62381506--62381713	110	1.9	108	85	2	281	42	13	13	30	1.83
62384983--62385281	126	2.4	125	80	5	386	38	18	14	28	1.90
62385348--62385395	25	1.9	25	86	0	69	54	4	22	18	1.61
62387487--62387533	22	2.1	22	88	7	69	25	2	48	23	1.62
62395232--62395276	22	2.0	22	87	8	65	22	0	51	26	1.49
62398897--62399026	60	2.2	60	85	4	172	53	7	4	33	1.50
62400977--62401016	18	2.2	19	86	4	55	70	2	2	25	1.13
62400962--62401023	18	3.2	18	73	17	54	64	1	3	30	1.19
62401167--62401207	21	2.0	21	85	0	55	43	2	24	29	1.67
62401183--62401246	12	5.7	12	73	12	64	48	1	20	29	1.59
62401184--62401256	33	2.2	33	78	9	78	50	1	19	28	1.56
62401454--62401510	29	2.0	29	85	0	78	50	7	8	33	1.60
62408142--62408280	69	2.0	69	97	0	260	28	31	12	27	1.93
62409521--62409545	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
62409782--62409842	6	10.2	6	83	0	50	34	26	9	29	1.88
62420747--62420971	79	2.8	80	87	6	305	24	22	27	25	2.00
62420747--62420971	119	1.9	120	85	6	314	24	22	27	25	2.00
62420747--62420971	40	5.7	40	85	5	296	24	22	27	25	2.00
62425606--62425721	43	2.7	43	78	4	119	30	17	23	29	1.97
62427006--62427164	43	3.7	43	78	5	151	30	13	23	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62428444--62428563	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
62429690--62429872	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	24	2.00
62429691--62429874	40	4.6	40	82	9	207	24	22	28	24	2.00
62429743--62429907	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
62436327--62436446	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
62437629--62437970	171	2.0	171	100	0	684	34	12	22	29	1.92
62439909--62440225	47	6.7	47	94	0	519	32	8	30	28	1.87
62440344--62440459	37	3.1	37	91	0	178	22	19	31	25	1.98
62441380--62441564	40	4.6	39	82	6	203	24	22	28	25	1.99
62441380--62441562	79	2.3	81	83	7	223	24	22	27	25	2.00
62441417--62441597	79	2.3	78	78	12	199	27	20	27	25	1.99
62445086--62445228	43	3.3	43	80	7	157	25	16	26	30	1.97
62447360--62447393	14	2.5	14	90	4	52	52	14	5	26	1.64
62464687--62464770	42	2.0	42	90	0	132	22	23	25	28	1.99
62467782--62467846	33	1.9	34	93	3	114	27	20	23	29	1.98
62474821--62474993	46	3.8	44	76	14	172	20	20	28	30	1.98
62474818--62474988	93	1.8	93	92	2	290	20	21	29	29	1.98
62482403--62482427	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
62483880--62484119	120	2.0	121	99	0	473	30	20	12	35	1.91
62490984--62491188	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
62490985--62491188	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
62499025--62499229	27	7.6	27	86	3	259	26	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62499026--62499229	109	1.9	108	89	3	320	26	15	27	30	1.96
62501960--62502010	27	1.9	26	84	4	66	47	5	1	45	1.38
62503104--62503153	11	4.7	11	79	13	52	8	6	8	78	1.11
62503097--62503153	21	2.7	21	79	12	55	10	5	8	75	1.18
62503459--62503518	18	3.3	18	79	6	59	76	3	13	6	1.11
62505530--62505569	18	2.2	18	86	8	55	57	0	12	30	1.36
62510224--62510332	16	6.7	16	72	8	76	35	30	9	24	1.87
62510265--62510339	33	2.3	31	78	13	78	36	28	8	28	1.85
62511093--62511148	27	2.1	27	100	0	112	26	7	14	51	1.67
62512112--62512173	24	2.6	24	84	0	79	19	11	22	46	1.81
62519852--62519918	33	2.0	33	100	0	134	49	14	5	29	1.68
62523833--62523884	26	2.0	26	92	0	86	26	1	21	50	1.59
62525631--62525855	40	5.7	40	88	4	305	24	21	27	26	1.99
62525631--62525888	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
62547126--62547389	119	2.2	121	84	6	344	24	20	27	27	1.99
62547126--62547389	40	6.7	40	83	5	313	24	20	27	27	1.99
62547179--62547387	79	2.6	79	91	2	330	24	20	27	27	1.99
62554116--62554148	13	2.5	13	90	0	57	30	36	21	12	1.90
62556051--62556191	57	2.8	48	75	17	138	26	20	24	28	1.99
62560078--62560141	14	4.4	14	73	7	56	62	12	14	10	1.55
62560078--62560145	29	2.3	30	80	9	79	60	16	13	10	1.59
62566607--62566648	5	8.4	5	100	0	84	78	0	0	21	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62572595--62572763	93	1.8	91	94	2	302	28	28	20	21	1.98
62572589--62572772	46	4.0	46	73	17	150	28	29	19	22	1.98
62573180--62573239	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
62578467--62578545	37	2.1	37	86	4	106	26	32	17	22	1.96
62578668--62579194	49	11.0	49	93	2	830	29	29	9	31	1.88
62582155--62582305	39	3.9	39	84	5	182	25	27	21	25	1.99
62582168--62582344	78	2.3	77	82	6	207	23	28	22	25	1.99
62582293--62582421	37	3.4	37	82	10	136	23	27	24	24	2.00
62582725--62582803	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
62582785--62582887	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
62584749--62584827	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
62584946--62585471	49	11.1	49	95	3	879	29	29	8	32	1.87
62589748--62589918	46	3.7	46	75	13	179	28	27	21	22	1.99
62589752--62589921	93	1.8	93	92	0	286	28	27	21	22	1.99
62590342--62590401	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
62600432--62600486	27	2.0	27	89	3	83	38	10	14	36	1.81
62603788--62603888	28	3.6	28	95	1	177	34	21	23	19	1.96
62611534--62611648	27	4.3	26	82	5	122	38	21	20	20	1.94
62616001--62616078	40	2.0	40	87	5	113	26	15	26	30	1.96
62622092--62622283	40	4.8	41	88	2	239	24	21	27	26	1.99
62646648--62646806	49	3.2	49	65	15	135	30	13	11	44	1.79
62646622--62646823	101	2.0	101	99	0	395	33	11	13	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62649634--62649738	53	2.0	53	94	3	185	40	15	14	30	1.87
62654519--62654636	45	2.7	43	83	7	134	23	29	18	27	1.98
62655454--62655549	47	2.0	47	95	0	174	43	12	12	31	1.80
62657713--62657934	40	5.6	41	87	4	305	26	26	22	24	2.00
62661629--62661893	119	2.2	121	84	9	341	25	26	22	25	2.00
62661629--62661893	40	6.7	40	87	6	330	25	26	22	25	2.00
62669605--62669782	40	4.6	38	87	10	211	25	28	21	24	1.99
62687496--62687607	43	2.6	43	80	2	127	30	26	14	28	1.95
62689790--62689853	27	2.4	27	84	5	85	32	25	18	23	1.97
62689820--62689890	28	2.6	28	84	2	90	29	23	14	32	1.94
62693721--62693879	43	3.7	42	79	7	151	25	18	26	29	1.98
62695482--62695652	46	3.7	42	82	13	189	27	19	30	22	1.98
62695477--62695650	94	1.9	93	90	4	271	27	19	30	22	1.98
62716675--62716777	29	3.6	29	82	3	129	25	15	30	29	1.96
62721214--62721297	29	3.0	28	79	8	98	23	15	27	33	1.95
62721214--62721297	28	3.0	29	79	8	93	23	15	27	33	1.95
62725847--62725988	40	3.6	40	92	2	225	26	26	23	23	2.00
62730093--62730196	28	3.7	28	85	0	136	24	36	16	23	1.94
62740968--62741188	40	5.6	41	88	5	296	26	27	22	24	2.00
62749044--62749258	39	5.6	38	89	5	265	26	26	22	24	2.00
62755803--62755834	13	2.5	13	94	0	55	18	0	0	81	0.70
62755803--62755832	6	4.8	6	92	8	51	16	0	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62758232--62758402	93	1.8	93	91	2	281	30	28	18	22	1.97
62758227--62758396	46	3.7	47	77	13	190	31	27	17	22	1.97
62765771--62765936	47	3.6	47	76	14	207	29	27	18	24	1.98
62765766--62765988	93	2.4	93	96	0	419	30	26	19	23	1.98
62765818--62765985	46	3.6	46	76	13	200	30	27	19	22	1.98
62765768--62765996	47	5.0	43	71	17	160	30	27	18	23	1.98
62766417--62766493	29	2.6	30	93	6	140	27	28	5	38	1.78
62769089--62769492	45	9.0	45	98	0	781	26	20	15	37	1.93
62769602--62769633	16	2.0	16	93	0	55	50	21	12	15	1.77
62773056--62773414	45	8.0	45	98	0	691	26	20	15	37	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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