genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11997624--11997734	27	4.2	26	88	5	150	16	23	23	36	1.94
11997624--11997734	54	2.1	53	89	1	168	16	23	23	36	1.94
12000955--12001028	18	4.1	18	84	6	105	39	17	18	24	1.92
12001354--12001496	27	5.3	27	85	5	171	24	17	18	39	1.92
12001355--12001496	54	2.6	55	83	5	189	23	17	19	39	1.92
12004349--12004422	37	2.0	37	94	0	130	48	16	10	24	1.77
12006052--12006095	18	2.3	19	84	7	54	36	9	4	50	1.55
12007521--12007581	28	2.2	28	96	0	113	45	22	24	6	1.76
12008889--12008968	8	10.3	7	71	23	54	56	3	37	2	1.31
12008887--12008956	25	2.8	25	100	0	140	55	4	35	4	1.39
12010361--12010408	21	2.3	21	82	10	62	4	39	0	56	1.19
12014336--12014381	20	2.3	20	96	0	83	30	0	30	39	1.57
12017532--12017577	24	2.0	24	86	4	67	39	26	21	13	1.90
12020979--12021085	40	2.7	40	84	5	119	25	27	21	26	1.99
12020985--12021151	79	2.1	79	81	6	187	27	27	19	25	1.99
12021022--12021151	40	3.3	40	85	4	183	29	27	19	23	1.98
12021025--12021204	79	2.3	79	81	11	190	28	27	19	23	1.98
12022979--12023241	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
12030424--12030570	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
12030470--12030650	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
12030467--12030650	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
12033340--12033395	21	2.7	22	84	13	66	55	5	8	30	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12036063--12036096	17	2.1	16	89	10	52	55	5	2	35	1.39
12036514--12036568	21	2.8	21	83	8	62	25	10	25	38	1.88
12048471--12048514	14	3.0	14	80	6	52	47	0	6	45	1.29
12052952--12053079	45	2.9	44	90	2	195	22	21	29	26	1.99
12056887--12056911	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
12058144--12058187	23	1.9	23	85	0	61	50	27	6	15	1.70
12058886--12059055	43	4.0	42	76	6	153	32	24	17	26	1.96
12058894--12059055	86	1.9	85	83	6	211	32	23	17	27	1.97
12058936--12059069	44	3.1	41	77	8	124	30	23	18	27	1.98
12062534--12062596	27	2.3	27	86	0	81	28	20	15	34	1.94
12062575--12062915	54	6.3	54	86	4	429	30	9	21	39	1.85
12062575--12062915	81	4.2	81	84	1	427	30	9	21	39	1.85
12062575--12062915	27	12.7	27	85	3	375	30	9	21	39	1.85
12063215--12063295	28	2.9	28	84	1	108	22	33	16	28	1.95
12068006--12068308	56	5.4	56	88	2	439	35	24	12	28	1.91
12068255--12068438	43	4.3	43	83	5	230	30	23	15	29	1.96
12068255--12068438	85	2.2	86	86	3	246	30	23	15	29	1.96
12070274--12070331	27	2.1	27	87	0	80	32	15	18	32	1.93
12070932--12070973	18	2.3	19	88	8	61	21	0	14	64	1.29
12073891--12073955	22	3.0	22	77	8	69	30	21	26	21	1.98
12074098--12074219	41	3.0	41	95	0	208	26	29	22	21	1.99
12074470--12074521	27	1.9	27	84	0	68	36	15	15	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12074479--12074853	27	13.9	27	77	5	139	29	10	19	40	1.84
12074484--12074694	27	7.8	27	77	6	140	29	9	18	42	1.82
12074569--12074853	81	3.5	81	80	4	299	28	10	21	40	1.85
12074465--12074829	54	6.8	54	79	4	272	29	9	19	41	1.84
12074611--12074827	107	2.0	107	82	7	262	26	9	22	41	1.85
12074754--12074879	54	2.3	53	81	8	148	27	11	21	39	1.87
12075156--12075295	69	2.0	69	100	0	280	23	25	14	36	1.93
12080107--12080370	40	6.6	40	88	5	372	26	26	22	24	2.00
12083724--12083761	18	2.1	18	85	9	51	39	5	26	28	1.78
12092766--12092803	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
12095087--12095165	32	2.5	32	91	4	124	27	27	20	24	1.99
12095618--12095681	19	3.4	19	86	2	94	25	37	21	15	1.93
12095789--12095830	17	2.5	17	100	0	84	16	42	30	9	1.80
12096645--12096692	23	2.1	23	100	0	96	54	8	31	6	1.55
12098108--12098136	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
12099409--12099755	43	8.1	43	86	3	432	27	15	28	28	1.96
12108813--12108845	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
12115456--12115508	20	2.7	20	80	16	65	84	0	5	9	0.76
12126959--12127019	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
12134221--12134396	46	3.8	46	75	4	165	23	19	27	29	1.98
12134218--12134388	93	1.8	93	87	0	252	23	20	27	28	1.99
12140417--12140540	44	2.9	41	80	12	126	24	16	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12140465--12140576	42	2.7	41	79	5	116	26	17	24	31	1.97
12158879--12159019	39	3.6	39	83	4	135	28	29	20	21	1.98
12158923--12159046	39	3.2	39	92	0	194	28	29	20	22	1.98
12167029--12167138	39	2.8	39	95	0	193	28	30	21	20	1.98
12170384--12170612	40	5.7	40	82	6	257	24	21	27	26	2.00
12170384--12170631	79	3.1	84	79	9	241	25	21	27	25	2.00
12178429--12178653	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
12186365--12186544	35	5.1	35	78	2	182	42	19	8	29	1.81
12192492--12192579	41	2.1	41	82	0	104	31	18	23	26	1.97
12198715--12198780	34	1.9	34	100	0	132	28	18	18	34	1.94
12199487--12199634	42	3.5	42	80	2	154	25	19	26	29	1.99
12199704--12199733	15	1.9	16	93	6	53	46	0	16	36	1.47
12216264--12216350	27	3.2	27	80	6	104	18	21	21	37	1.94
12224144--12224257	27	4.3	26	81	5	129	16	22	21	39	1.92
12224144--12224257	54	2.1	53	86	1	156	16	22	21	39	1.92
12225495--12225599	27	3.9	26	79	9	113	19	23	20	37	1.94
12225495--12225601	54	2.0	53	87	5	153	18	23	19	38	1.93
12232899--12232961	31	2.0	31	93	0	108	9	14	30	46	1.76
12236303--12236386	31	2.7	31	94	1	143	28	27	16	27	1.97
12236410--12236501	42	2.2	42	92	0	157	32	21	14	31	1.93
12236649--12236718	25	2.8	25	91	0	104	25	22	25	25	2.00
12237626--12237832	27	7.6	27	77	6	159	31	7	19	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12237631--12237832	54	3.7	53	78	10	201	32	7	18	41	1.79
12237853--12237955	27	3.8	26	83	6	91	39	7	22	30	1.82
12237864--12237955	27	3.4	27	89	0	130	40	6	23	29	1.80
12249362--12249472	45	2.5	44	86	4	150	22	22	29	25	1.99
12256032--12256077	24	1.9	24	86	0	65	58	2	0	39	1.10
12260778--12260825	25	1.9	25	86	0	69	31	22	18	27	1.97
12260871--12260911	20	2.2	19	86	8	57	36	9	17	36	1.82
12260958--12261081	26	4.8	26	91	1	196	26	24	22	26	2.00
12262957--12263099	7	20.1	7	69	13	60	41	38	0	19	1.52
12263093--12263153	25	2.4	25	72	8	61	42	24	0	32	1.55
12263366--12263463	41	2.4	41	91	0	151	21	22	25	30	1.99
12263465--12263552	41	2.2	41	89	2	133	20	19	20	39	1.92
12263399--12263578	69	2.6	68	80	8	170	21	21	21	36	1.96
12263525--12263578	28	1.9	28	96	0	99	25	22	14	37	1.93
12264335--12264523	55	3.5	54	84	5	231	21	24	19	35	1.96
12264510--12264631	47	2.6	47	96	0	217	25	24	13	36	1.91
12265597--12265633	12	3.2	12	77	14	51	43	21	10	24	1.84
12265590--12265633	22	2.0	22	100	0	88	40	22	9	27	1.84
12271041--12271255	54	4.0	53	79	4	180	22	24	15	36	1.94
12271228--12271349	47	2.6	47	93	0	208	26	23	13	36	1.91
12271364--12271485	45	2.6	46	80	7	131	22	22	19	36	1.96
12272112--12272169	30	1.9	30	85	3	80	32	22	6	37	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12275492--12275556	32	2.0	32	90	0	103	50	7	21	20	1.72
12277896--12278217	173	1.9	172	87	0	473	34	13	16	34	1.89
12283521--12283659	60	2.3	59	81	8	165	28	18	26	26	1.98
12288581--12288656	37	2.1	37	100	0	152	36	21	7	34	1.82
12288589--12288648	19	3.2	19	65	21	54	35	21	8	35	1.84
12288715--12288759	10	4.4	10	80	2	54	46	20	4	28	1.69
12298043--12298070	13	2.2	13	100	0	56	28	14	28	28	1.95
12299774--12299933	43	3.7	41	78	11	126	25	18	25	30	1.98
12314636--12314673	20	1.9	20	89	10	60	28	13	7	50	1.69
12315262--12315290	15	2.0	15	93	6	51	41	6	13	37	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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