genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82867204--82867351	27	5.4	27	78	7	138	31	10	18	40	1.83
82867204--82867323	27	4.4	27	84	6	152	30	10	18	40	1.83
82867207--82867392	54	3.4	54	81	8	182	31	8	18	41	1.80
82867304--82867386	27	3.1	27	67	8	71	28	8	20	42	1.81
82870068--82870132	22	3.0	22	75	8	60	32	21	24	21	1.98
82870276--82870396	41	3.0	41	92	0	197	28	28	20	23	1.99
82870634--82870888	27	9.4	27	75	9	169	29	9	20	40	1.84
82870669--82870755	29	3.0	29	78	6	79	28	6	18	45	1.75
82870654--82870888	53	4.3	54	73	7	199	30	9	19	40	1.83
82876821--82877088	49	5.6	49	73	10	205	23	28	19	27	1.99
82876765--82877031	142	1.9	142	88	0	408	26	26	19	27	1.99
82876907--82877088	98	1.9	97	83	3	240	23	28	19	28	1.98
82910122--82910201	38	2.1	38	88	0	115	20	18	28	32	1.96
82910194--82910361	43	3.9	43	88	0	255	13	24	31	30	1.94
82912394--82912718	165	2.0	165	98	0	632	33	8	17	40	1.80
82912710--82912744	8	4.4	8	92	0	61	22	8	28	40	1.84
82921413--82921452	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
82921401--82921467	34	1.9	35	93	3	118	47	13	7	31	1.70
82921850--82921898	14	3.6	13	83	2	53	38	28	6	26	1.80
82921948--82922001	27	2.0	27	92	0	90	18	3	37	40	1.69
82922679--82922735	21	2.7	21	75	0	60	54	33	0	12	1.38
82922789--82922857	28	2.5	27	77	9	68	40	31	8	18	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82922910--82922965	27	2.0	28	86	3	78	21	7	32	39	1.80
82925143--82925174	15	2.1	15	94	0	55	46	0	0	53	1.00
82939565--82939704	48	2.9	48	91	0	208	27	18	25	29	1.98
82950415--82950692	27	10.3	27	82	4	213	41	20	8	29	1.82
82950460--82950774	27	11.6	27	77	9	123	42	18	8	30	1.80
82950595--82950716	53	2.3	53	78	7	122	46	18	6	28	1.73
82951532--82951578	22	2.1	22	92	0	76	14	19	21	44	1.86
82954233--82954463	27	8.6	27	77	4	171	39	21	9	29	1.84
82954245--82954451	107	1.9	107	80	5	240	39	21	8	30	1.84
82954254--82954554	27	11.1	27	72	9	132	39	18	9	32	1.83
82954812--82954928	41	2.9	41	96	0	207	21	21	30	26	1.98
82955341--82955387	22	2.1	22	96	0	85	19	21	17	42	1.89
82958208--82958315	55	2.0	55	81	3	128	20	24	33	22	1.97
82960922--82961045	43	2.9	43	80	11	155	31	24	18	25	1.98
82970646--82970670	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
82972574--82972624	25	2.0	25	92	0	84	49	7	15	27	1.72
82973354--82973593	50	4.8	50	83	3	279	29	19	29	22	1.98
82988497--82988534	19	2.0	19	100	0	76	52	5	21	21	1.66
82997101--82997148	23	2.1	22	84	3	60	20	4	0	75	0.97
82997400--82997427	12	2.3	12	100	0	56	42	0	0	57	0.99
82997451--82997491	15	2.7	15	79	20	50	73	0	0	26	0.84
82997445--82997495	21	2.4	22	84	15	72	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83000093--83000214	46	2.7	45	82	12	142	28	18	28	24	1.98
83015180--83015292	35	3.2	35	87	0	163	34	15	26	23	1.95
83015914--83016077	35	4.7	35	85	5	215	33	17	25	24	1.96
83020080--83020113	16	2.2	15	94	5	59	32	44	17	5	1.73
83027511--83027638	55	2.3	55	82	2	159	28	25	28	17	1.97
83044846--83044880	18	1.9	18	88	0	52	11	11	8	68	1.39
83049492--83049587	29	3.3	29	89	0	147	30	31	12	26	1.93
83051680--83051723	12	3.6	12	80	17	54	36	20	2	40	1.65
83055496--83055533	19	2.0	20	89	5	60	31	21	10	36	1.87
83056857--83056955	39	2.5	39	88	0	144	28	7	22	42	1.79
83061354--83061510	43	3.7	43	73	10	135	29	26	15	28	1.96
83061356--83061509	84	1.8	83	83	1	200	29	25	15	29	1.96
83066927--83067042	48	2.4	48	86	2	153	27	28	16	27	1.97
83069716--83069858	55	2.7	53	83	4	180	38	18	23	19	1.93
83069719--83069863	53	2.7	56	82	5	190	36	18	24	20	1.95
83070937--83071063	43	3.0	43	90	2	193	33	24	14	26	1.94
83076950--83076989	19	2.2	18	86	4	53	40	10	0	50	1.36
83078512--83078554	19	2.3	19	100	0	86	18	18	44	18	1.87
83078586--83078667	27	3.1	26	82	8	103	39	25	7	28	1.82
83078595--83078736	27	5.3	27	80	1	142	38	23	7	30	1.83
83078714--83079166	27	16.8	27	83	0	519	27	20	11	40	1.86
83079195--83079407	27	7.9	27	83	0	273	34	18	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83079187--83079407	54	4.1	54	89	0	325	34	17	19	28	1.95
83079196--83079407	81	2.6	81	86	3	309	34	18	19	27	1.95
83079635--83079716	28	3.0	28	89	5	132	20	21	21	35	1.96
83079795--83079835	20	2.0	20	86	9	57	17	12	29	41	1.85
83079852--83079910	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
83080062--83080133	27	2.7	26	85	4	90	18	23	22	36	1.95
83080251--83080367	6	19.3	6	74	11	105	19	17	14	47	1.82
83080251--83080322	30	2.4	30	97	0	135	20	16	15	47	1.83
83080284--83080365	43	1.9	43	82	5	103	17	19	15	47	1.83
83080355--83080388	18	1.9	17	88	5	50	23	11	11	52	1.70
83080380--83080444	34	2.0	32	82	14	80	20	18	29	32	1.96
83081411--83081452	19	2.3	19	84	12	52	50	14	2	33	1.56
83083363--83083406	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
83087153--83087271	38	3.1	38	81	4	141	31	23	21	23	1.99
83087115--83087271	78	2.0	78	79	11	171	32	24	20	22	1.98
83091916--83092121	53	3.8	54	75	7	168	19	25	17	37	1.93
83092876--83093099	111	2.0	112	99	0	441	30	17	14	37	1.90
83099458--83099652	54	3.6	54	74	2	167	19	24	18	37	1.94
83100735--83100779	22	2.0	22	83	8	56	37	8	17	35	1.81
83118500--83118550	25	2.0	25	84	0	66	41	11	7	39	1.71
83118704--83118790	41	2.1	41	95	0	156	42	11	5	40	1.65
83121535--83121615	43	1.9	41	85	5	108	30	27	11	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83121808--83121850	22	2.0	23	86	9	63	55	6	0	37	1.27
83132895--83132959	30	2.3	27	76	10	69	44	4	18	32	1.70
83133460--83133621	43	3.8	43	74	6	143	20	15	32	31	1.94
83136365--83136477	40	2.7	42	82	10	144	23	15	27	33	1.95
83137339--83137427	44	2.0	44	97	0	169	29	15	16	38	1.90
83138262--83138483	40	5.6	40	90	1	349	28	25	22	23	1.99
83145486--83145707	40	5.6	40	88	1	313	28	25	22	23	1.99
83149703--83149924	67	3.4	65	75	9	218	23	28	15	31	1.96
83149826--83149952	68	1.9	68	83	6	168	23	29	15	31	1.96
83153207--83153239	17	1.9	17	93	0	57	42	3	24	30	1.70
83162084--83162271	48	3.9	48	87	2	270	28	20	23	27	1.99
83166312--83166503	6	31.2	6	69	16	108	49	14	17	18	1.80
83166333--83166503	31	5.5	31	71	15	111	49	14	18	18	1.80
83166326--83166413	37	2.4	37	84	0	113	52	14	15	17	1.75
83166375--83166441	25	2.7	25	88	0	107	50	14	16	17	1.78
83166341--83166488	62	2.4	62	88	0	215	48	14	17	18	1.81
83166437--83166503	25	2.7	25	83	0	89	47	13	19	19	1.82
83167010--83167259	27	9.3	27	84	1	313	24	19	19	36	1.95
83167244--83167395	27	5.6	27	73	10	105	30	9	23	37	1.86
83167216--83167340	54	2.3	54	76	5	128	30	11	21	36	1.88
83169368--83169539	6	27.8	6	67	16	75	50	15	16	17	1.79
83169370--83169448	37	2.1	37	83	0	95	54	15	13	16	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83169410--83169476	25	2.7	25	80	0	89	49	16	17	16	1.80
83169347--83169510	62	2.7	62	82	4	181	51	16	15	17	1.77
83169435--83169517	37	2.2	37	82	0	103	45	19	18	16	1.85
83169397--83169538	62	2.3	62	88	0	203	50	16	16	17	1.79
83169478--83169539	25	2.5	25	81	0	79	46	14	17	20	1.83
83169977--83170226	27	9.3	27	85	3	324	26	20	18	35	1.95
83170211--83170341	27	4.9	27	74	9	79	31	9	22	36	1.86
83176065--83176220	38	4.1	37	83	4	161	34	26	17	21	1.96
83184191--83184350	38	4.2	38	84	2	196	31	26	21	20	1.98
83184191--83184371	76	2.4	78	82	7	219	30	25	21	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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