genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58197320--58197544	40	5.6	40	85	5	294	24	26	23	25	2.00
58197320--58197544	120	1.9	120	87	0	333	24	26	23	25	2.00
58201138--58201397	27	9.7	27	86	1	335	27	15	16	40	1.89
58201138--58201397	53	4.9	54	89	0	335	27	15	16	40	1.89
58201128--58201397	80	3.4	81	87	1	357	27	15	16	39	1.90
58207604--58207736	69	1.9	70	92	1	223	33	14	16	36	1.89
58209208--58209753	47	11.6	47	95	0	966	32	8	30	28	1.87
58212648--58212880	27	8.7	27	81	0	234	27	13	16	42	1.85
58212648--58212880	81	2.9	80	83	1	270	27	13	16	42	1.85
58215337--58215390	22	2.5	22	96	0	99	25	3	29	40	1.73
58224823--58224995	46	3.7	46	77	10	190	21	19	27	30	1.98
58224820--58224990	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98
58232411--58232583	46	3.8	45	77	7	170	21	20	27	30	1.98
58232408--58232578	93	1.8	93	89	0	270	21	20	28	29	1.98
58232808--58232845	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58240523--58240655	69	1.9	70	92	1	223	33	14	16	36	1.89
58242030--58242526	47	10.6	47	95	1	863	32	8	29	29	1.86
58242030--58242526	189	2.6	188	95	1	881	32	8	29	29	1.86
58242030--58242526	236	2.1	236	96	1	912	32	8	29	29	1.86
58245421--58245653	27	8.7	27	81	0	234	27	13	16	42	1.85
58245421--58245653	81	2.9	80	83	1	270	27	13	16	42	1.85
58245923--58245967	23	1.9	24	90	4	74	22	2	51	24	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58248110--58248162	22	2.4	22	96	0	97	20	3	32	43	1.70
58250680--58250704	13	1.9	13	100	0	50	16	32	16	36	1.90
58251785--58251840	12	4.7	12	91	4	87	73	7	5	14	1.23
58251784--58251840	24	2.3	25	93	3	98	73	7	5	14	1.21
58252739--58252788	21	2.4	21	86	6	66	80	4	16	0	0.87
58252854--58252884	12	2.6	12	100	0	62	45	12	16	25	1.83
58266278--58266450	46	3.7	46	77	10	190	22	20	27	30	1.98
58266275--58266445	93	1.8	93	91	0	279	22	20	28	29	1.98
58274271--58274308	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
58281997--58282266	47	5.7	47	93	0	425	32	8	30	28	1.87
58282384--58282532	36	4.1	36	91	5	230	22	17	32	27	1.96
58284263--58284459	40	4.9	40	88	4	292	23	21	28	26	1.99
58284263--58284459	80	2.5	79	92	4	324	23	21	28	26	1.99
58284497--58284682	29	6.5	28	76	9	171	22	16	30	31	1.96
58284467--58284710	57	4.3	57	90	1	339	22	18	29	29	1.97
58284469--58284682	28	7.6	27	77	9	194	21	18	29	30	1.97
58284497--58284710	28	7.6	27	70	13	119	22	16	30	30	1.96
58285687--58285734	20	2.3	22	78	7	55	27	4	25	43	1.72
58293733--58294019	27	10.6	27	84	1	360	40	19	8	31	1.82
58293733--58294073	81	4.2	79	81	6	337	39	20	8	30	1.83
58293733--58294074	27	12.7	27	79	7	295	39	20	8	30	1.83
58293727--58294130	27	15.0	26	76	9	134	38	20	8	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58294112--58294315	27	7.6	27	86	0	282	34	21	20	24	1.96
58294684--58294748	22	3.0	22	80	8	78	20	23	23	33	1.97
58294907--58295007	27	3.8	27	84	7	125	18	23	21	35	1.96
58295167--58295263	6	15.8	6	72	16	74	20	17	14	47	1.82
58295157--58295255	31	3.2	31	88	0	135	21	18	13	47	1.82
58297655--58297831	46	3.8	49	78	16	198	29	29	19	21	1.98
58297662--58297831	93	1.8	91	93	2	295	28	29	20	21	1.98
58300010--58300088	37	2.1	37	86	4	106	26	30	17	25	1.97
58300207--58300934	47	15.4	47	94	1	1213	29	29	8	32	1.87
58307692--58307806	29	4.0	28	81	8	133	26	14	29	28	1.95
58312233--58312309	27	2.8	28	86	3	95	46	22	5	25	1.72
58312294--58312417	54	2.3	54	82	6	144	39	20	15	25	1.91
58312302--58312432	27	4.9	27	80	3	120	37	18	18	25	1.93
58313061--58313222	71	2.3	69	84	2	207	19	26	20	32	1.97
58314698--58314952	40	6.5	40	88	5	353	25	27	21	25	2.00
58314731--58314956	118	1.9	119	92	4	386	25	27	21	25	1.99
58322378--58322629	40	6.4	40	90	4	370	25	27	21	25	2.00
58322378--58322629	79	3.2	80	91	3	379	25	27	21	25	2.00
58322411--58322637	119	1.9	119	91	3	377	25	27	22	24	2.00
58324017--58324073	29	2.0	29	100	0	114	21	28	12	38	1.89
58327452--58327663	43	5.0	43	79	4	207	26	14	24	33	1.94
58331326--58331416	43	2.1	43	85	4	121	37	26	14	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58337561--58337737	27	6.6	27	84	2	203	27	15	28	29	1.96
58337561--58337737	54	3.3	55	84	4	225	27	15	28	29	1.96
58337562--58337716	81	1.9	81	88	2	231	27	15	28	29	1.96
58337558--58337737	81	2.2	81	83	2	227	27	15	27	29	1.96
58345413--58345590	27	6.6	27	83	3	196	26	14	29	29	1.95
58345413--58345590	54	3.3	55	84	4	236	26	14	29	29	1.95
58353338--58353449	43	2.6	43	85	1	136	26	20	30	22	1.98
58353382--58353476	41	2.3	43	83	7	115	29	22	28	20	1.98
58367894--58368037	49	2.9	48	84	4	189	27	20	25	26	1.99
58371040--58371104	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
58371036--58371104	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
58372394--58372431	13	2.9	13	88	0	58	28	7	21	42	1.81
58373895--58374041	49	3.0	48	83	4	195	25	19	27	27	1.99
58381176--58381239	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
58381454--58381549	23	4.1	23	91	1	147	33	18	19	28	1.96
58395933--58396021	20	4.4	20	74	5	81	10	32	23	33	1.88
58395966--58396044	40	2.0	40	82	5	97	10	31	24	34	1.88
58395992--58396044	20	2.7	19	75	18	54	9	32	24	33	1.87
58396968--58397114	72	2.0	72	98	0	285	20	7	22	49	1.73
58401468--58401750	138	2.1	137	89	2	424	39	8	6	45	1.59
58416312--58416344	16	2.1	16	100	0	66	51	24	0	24	1.48
58422114--58422174	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58425596--58425777	63	2.8	66	79	8	191	23	30	17	28	1.97
58429902--58430122	47	4.7	46	73	14	152	23	27	19	28	1.98
58435360--58435531	43	4.0	43	89	2	247	25	21	30	22	1.98
58449998--58450027	10	3.0	10	100	0	60	20	0	30	50	1.49
58451551--58451767	47	4.6	47	74	11	144	23	27	19	29	1.98
58456544--58456603	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
58456565--58456628	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
58456644--58456695	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
58470907--58470966	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
58470921--58470992	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
58476919--58477022	34	3.0	33	87	4	136	25	25	22	26	2.00
58477323--58477372	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
58477434--58477521	27	3.3	27	87	3	126	19	15	21	43	1.88
58477514--58477654	27	5.3	27	88	1	212	37	16	12	34	1.85
58477513--58477654	53	2.6	54	91	2	232	37	16	12	33	1.86
58485947--58485982	18	2.0	18	100	0	72	27	16	16	38	1.90
58493915--58494007	32	2.9	32	81	0	114	26	26	19	26	1.99
58498014--58498082	30	2.3	30	100	0	138	20	33	21	24	1.97
58502180--58502218	21	2.0	21	85	10	55	17	35	23	23	1.95
58504222--58505269	532	2.0	521	85	4	1435	29	14	22	34	1.93
58509269--58509417	44	3.5	44	75	13	139	30	28	17	24	1.97
58512938--58512989	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58512983--58513021	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
58516989--58517068	27	3.0	27	88	0	115	32	21	21	25	1.98
58517053--58517340	27	10.6	28	77	10	190	38	20	10	30	1.86
58517053--58517256	81	2.5	81	79	10	231	39	21	10	28	1.87
58517053--58517263	107	2.0	108	85	6	286	38	21	10	29	1.87
58517372--58517463	27	3.4	27	78	0	94	35	21	21	20	1.96
58517604--58517685	27	3.0	27	83	3	94	20	20	20	37	1.94
58521862--58522082	119	1.9	120	82	6	288	25	28	21	24	1.99
58521860--58522084	79	2.8	79	81	5	247	26	28	21	24	1.99
58521841--58522084	40	6.1	40	83	6	273	25	27	21	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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