genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58883046--58883144	27	3.7	26	86	5	117	35	21	24	19	1.96
58883785--58884310	27	19.6	27	92	1	797	23	21	21	33	1.97
58884295--58884614	27	11.9	27	75	9	145	32	8	20	38	1.83
58884349--58884689	27	12.6	27	83	1	319	30	8	20	39	1.83
58886919--58887090	93	1.8	93	93	0	299	26	30	21	21	1.98
58886910--58887086	46	3.8	46	78	10	198	27	29	20	22	1.99
58886917--58887105	46	4.1	46	73	15	140	27	29	21	21	1.98
58892658--58892787	43	3.0	43	81	11	160	21	17	29	31	1.96
58895789--58895930	43	3.3	43	81	4	153	22	18	26	32	1.97
58903676--58903769	40	2.3	41	85	7	122	28	27	14	28	1.96
58911053--58911190	40	3.3	42	81	11	119	28	25	17	28	1.97
58911094--58911190	40	2.4	41	86	6	128	29	26	15	27	1.96
58919211--58919274	30	2.2	29	97	2	119	34	23	17	25	1.96
58922574--58922815	24	10.0	24	89	3	351	30	20	20	28	1.98
58930968--58931147	24	7.4	24	87	3	261	31	20	19	28	1.97
58937886--58937949	30	2.2	29	91	2	101	35	20	17	26	1.94
58941231--58941262	15	2.1	15	94	0	55	18	28	21	31	1.97
58949554--58949626	34	2.1	34	82	2	83	39	15	9	35	1.80
58956164--58956299	50	2.8	46	79	11	137	25	19	29	25	1.99
58956209--58956303	50	1.9	50	91	0	154	26	21	29	23	1.99
58963359--58963752	47	8.4	47	94	0	644	28	31	7	31	1.86
58963481--58963556	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58963359--58963752	141	2.8	141	96	0	716	28	31	7	31	1.86
58967406--58967584	47	3.8	47	83	3	198	25	29	18	26	1.98
58967504--58967632	50	2.6	50	79	8	138	26	31	17	24	1.97
58967555--58967719	46	3.5	46	78	9	140	25	30	15	28	1.95
58970489--58970582	23	4.1	23	74	17	79	40	18	18	23	1.91
58970482--58970604	45	2.6	46	78	11	126	38	17	19	24	1.93
58977404--58977498	40	2.4	40	98	0	181	29	30	20	20	1.97
58981884--58982359	47	10.1	47	94	1	785	32	9	30	28	1.88
58981884--58982305	192	2.2	189	96	2	767	32	8	29	29	1.87
58982477--58982555	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
58985144--58985218	27	2.7	28	85	6	91	28	14	30	26	1.95
58985808--58985950	27	5.3	27	89	1	189	34	10	23	30	1.89
58986049--58986140	27	3.5	26	82	4	112	44	11	19	23	1.84
58986005--58986188	53	3.5	53	83	2	190	43	11	19	25	1.85
58990907--58991034	27	4.7	27	89	3	161	42	24	9	24	1.84
58990962--58991372	27	15.3	27	83	1	432	36	18	19	26	1.94
58990962--58991371	54	7.6	54	85	1	493	36	18	19	26	1.94
58991656--58991703	20	2.4	20	82	0	69	10	18	33	37	1.85
58991720--58991778	22	2.7	22	81	0	64	22	25	22	30	1.99
58991935--58992070	27	5.0	28	75	11	115	18	22	21	37	1.94
58991935--58992068	55	2.5	53	80	4	133	18	23	20	38	1.94
58992187--58992291	6	17.3	6	73	16	74	20	15	14	50	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58992181--58992280	42	2.3	43	81	3	121	22	16	13	49	1.79
58999737--58999832	42	2.3	42	82	8	106	29	25	22	22	1.99
59003645--59003795	43	3.5	42	76	9	162	31	23	14	30	1.94
59005219--59005285	35	1.9	35	84	0	89	34	17	17	29	1.94
59007945--59008062	40	3.0	40	87	3	150	22	29	15	33	1.94
59008046--59008083	19	2.0	19	100	0	76	26	21	15	36	1.93
59011995--59012055	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
59026057--59026232	50	3.5	49	84	3	190	28	27	18	26	1.98
59026057--59026240	101	1.8	99	84	2	251	27	27	18	26	1.98
59033177--59033202	13	2.0	13	100	0	52	7	15	46	30	1.74
59040459--59040522	30	2.2	29	91	2	101	35	21	17	25	1.95
59046531--59046583	27	2.0	27	96	0	97	32	18	15	33	1.92
59048638--59048860	40	5.6	40	83	8	242	26	28	21	24	1.99
59048640--59048862	119	1.9	120	83	6	292	26	28	21	24	1.99
59048638--59048860	79	2.8	80	81	6	238	26	28	21	24	1.99
59056552--59056773	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
59056550--59056773	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
59062318--59062385	18	3.8	18	80	3	66	45	13	19	22	1.84
59062701--59062770	27	2.6	27	90	0	104	40	20	17	22	1.92
59068576--59068712	39	3.5	39	88	0	202	28	21	24	24	1.99
59072254--59072311	27	2.1	27	90	0	89	32	18	15	32	1.93
59073929--59074154	48	5.0	42	78	12	164	26	19	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59073963--59074156	48	4.0	47	84	5	230	25	19	26	28	1.99
59074126--59074195	36	1.9	37	94	2	124	27	17	28	27	1.97
59074126--59074226	36	2.8	37	82	7	118	29	15	26	27	1.96
59075718--59075939	46	4.8	45	81	10	245	29	28	21	20	1.98
59084721--59084898	40	4.5	40	89	3	245	23	22	29	24	1.99
59090334--59090553	46	4.8	45	74	10	160	23	27	19	29	1.98
59090337--59090553	94	2.3	90	85	7	267	23	28	18	29	1.98
59102209--59102259	15	3.5	14	83	5	57	60	19	5	13	1.53
59106152--59106286	54	2.5	54	90	0	198	31	25	15	27	1.96
59108473--59108627	43	3.6	42	83	4	168	21	16	27	34	1.95
59112380--59112541	44	3.7	45	90	4	244	24	16	26	32	1.96
59118738--59118801	28	2.3	28	83	5	76	20	18	35	25	1.95
59120310--59120537	40	5.7	40	90	3	361	25	27	22	25	2.00
59128432--59128659	40	5.7	40	87	3	334	26	26	21	25	2.00
59131411--59131708	40	7.5	40	92	1	449	22	24	27	25	2.00
59133954--59134341	27	14.4	27	82	3	406	37	20	10	30	1.87
59134293--59134386	27	3.5	27	84	5	109	37	17	18	27	1.92
59138515--59138612	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
59138543--59138625	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
59140807--59140925	28	4.3	28	89	1	168	21	15	33	29	1.94
59142666--59142761	29	3.4	28	82	4	111	30	28	14	27	1.95
59148566--59148604	20	1.9	21	84	5	53	33	10	23	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59149108--59149181	28	2.6	28	80	4	96	24	12	33	29	1.91
59151385--59151533	74	2.0	75	94	1	264	40	18	7	33	1.79
59165430--59165488	30	2.0	30	86	0	82	32	11	25	30	1.92
59165829--59166000	47	3.7	47	76	13	147	28	19	29	22	1.98
59165824--59166001	94	1.9	94	86	0	257	28	19	29	21	1.98
59177502--59177864	178	2.0	178	94	0	627	31	17	19	31	1.95
59181351--59181517	27	6.2	27	85	0	217	29	24	7	38	1.83
59181354--59181512	81	2.0	81	91	0	255	30	21	8	39	1.82
59181351--59181541	27	7.1	27	84	1	204	29	23	8	38	1.84
59181580--59181702	27	4.6	27	84	2	158	41	19	8	30	1.82
59181547--59181702	54	2.9	54	80	3	145	39	17	11	30	1.86
59181580--59181719	27	5.2	26	80	5	136	41	19	8	30	1.81
59181580--59181731	54	2.8	55	80	5	168	41	19	8	30	1.81
59181660--59181789	27	4.7	27	73	11	95	41	17	8	32	1.80
59181834--59181911	27	2.9	27	79	11	88	35	15	21	26	1.93
59181834--59181923	27	3.4	28	77	14	84	34	16	21	27	1.95
59182722--59182790	25	2.8	25	86	6	104	20	26	27	26	1.99
59182938--59183071	42	3.2	42	95	2	234	32	14	18	33	1.92
59183095--59183178	31	2.7	31	90	1	134	28	16	26	28	1.97
59185440--59185630	27	7.1	27	91	1	267	28	24	8	38	1.84
59185440--59185630	81	2.4	81	90	1	294	28	24	8	38	1.84
59185641--59185766	53	2.4	54	78	6	132	41	19	10	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59185669--59185754	27	3.2	26	85	4	118	39	19	10	30	1.85
59185669--59185766	27	3.7	26	83	5	115	40	20	9	29	1.83
59185747--59185839	29	3.3	27	74	14	73	46	16	5	32	1.69
59185805--59185856	27	1.9	27	85	14	72	40	11	13	34	1.81
59186720--59186766	16	2.9	16	93	6	78	34	21	12	31	1.91
59186799--59186881	25	3.4	24	83	8	96	27	22	24	25	2.00
59187016--59187149	42	3.2	42	93	0	223	32	13	20	33	1.91
59187172--59187285	31	3.7	31	94	3	196	28	17	26	27	1.98
59187172--59187285	61	1.9	60	94	1	201	28	17	26	27	1.98
59188154--59188380	49	4.6	49	83	3	301	28	27	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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