genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65141191--65141567	50	7.6	51	74	8	273	30	24	17	26	1.97
65141242--65141500	101	2.6	101	91	1	414	28	24	19	27	1.99
65143006--65143180	46	3.8	45	80	13	212	29	29	20	21	1.98
65145549--65145598	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
65145560--65145607	15	3.2	15	79	5	53	56	14	16	12	1.68
65148512--65148684	46	3.8	45	79	10	208	28	28	21	21	1.99
65148520--65148689	91	1.9	92	94	1	306	27	28	21	21	1.99
65151127--65151302	46	3.8	46	77	12	198	22	19	27	29	1.98
65151123--65151293	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	29	1.98
65155171--65155304	40	3.3	42	78	11	140	26	16	29	28	1.97
65157241--65157299	24	2.4	25	80	5	75	44	15	18	22	1.87
65157297--65157354	24	2.4	24	97	0	107	32	22	27	17	1.96
65157881--65157921	21	2.0	21	90	0	64	36	19	0	43	1.51
65162412--65162548	48	2.9	48	77	2	123	25	21	21	32	1.98
65170223--65170350	48	2.7	48	87	0	166	26	25	21	25	2.00
65175020--65175133	56	2.0	56	98	0	219	27	11	11	50	1.73
65196732--65196792	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
65204052--65204257	53	3.8	54	79	1	207	19	24	17	37	1.93
65204062--65204257	55	3.6	54	79	2	205	19	23	18	37	1.94
65212708--65212770	15	4.2	15	72	8	56	50	17	15	15	1.78
65221336--65221531	53	3.6	53	75	7	171	20	23	19	36	1.95
65223139--65223450	47	6.6	45	73	11	209	26	19	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65227629--65227860	40	5.8	40	93	1	324	26	28	21	24	1.99
65233534--65233577	20	2.1	21	87	4	63	27	13	15	43	1.85
65239484--65239537	28	1.9	28	88	0	81	24	27	14	33	1.94
65239538--65239665	29	4.6	29	80	4	120	34	25	13	26	1.93
65239625--65239686	26	2.4	26	88	0	88	38	29	14	17	1.89
65243863--65243892	13	2.3	13	100	0	60	20	0	26	53	1.46
65254657--65254781	39	3.2	39	83	1	153	18	15	30	36	1.92
65261037--65261214	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
65261037--65261214	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
65261058--65261213	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
65267904--65268061	40	4.0	40	87	3	194	25	28	22	23	1.99
65270173--65270365	6	31.3	6	69	16	83	48	11	18	20	1.79
65270239--65270302	25	2.6	25	74	0	74	46	7	21	23	1.77
65270199--65270353	62	2.5	62	81	0	184	47	12	19	20	1.81
65270299--65270365	25	2.7	25	80	0	80	46	11	20	20	1.82
65270485--65270535	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
65270780--65271244	27	17.3	27	86	0	599	24	20	18	36	1.95
65270784--65271244	81	5.7	81	92	0	710	24	20	18	36	1.95
65271293--65271358	27	2.4	27	89	0	114	31	10	19	37	1.86
65272248--65272297	16	2.9	17	80	19	59	60	0	0	40	0.97
65278114--65278230	9	13.0	9	70	15	64	36	0	16	47	1.47
65278114--65278244	47	2.9	45	93	4	194	36	0	15	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65278118--65278230	18	6.9	16	70	14	79	36	0	15	47	1.46
65278131--65278244	47	2.4	47	98	0	219	36	0	14	48	1.45
65278503--65278856	104	3.4	103	92	1	575	56	3	5	34	1.41
65280194--65280269	5	15.2	5	100	0	152	40	0	19	39	1.52
65281660--65281898	123	2.0	122	88	0	361	25	28	12	33	1.92
65282142--65282175	14	2.5	14	85	4	52	44	41	0	14	1.45
65282160--65282212	21	2.5	21	84	0	61	41	35	1	20	1.64
65282127--65282203	35	2.2	35	90	2	120	44	37	2	15	1.61
65283128--65283208	41	2.0	41	83	9	103	27	14	16	41	1.87
65297845--65298023	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
65300269--65300680	47	8.6	47	91	2	653	33	8	29	28	1.86
65300269--65300680	96	4.3	96	94	1	724	33	8	29	28	1.86
65300269--65300680	143	2.9	143	90	4	670	33	8	29	28	1.86
65300799--65300943	37	3.9	37	91	0	218	23	20	31	25	1.98
65306102--65306265	42	3.9	42	79	7	188	30	14	24	30	1.95
65307658--65308104	221	2.0	222	97	1	844	42	20	6	30	1.78
65308109--65308139	16	1.9	16	93	0	53	54	16	3	25	1.56
65308803--65308827	9	2.8	9	100	0	50	24	12	0	64	1.27
65314696--65314808	43	2.7	42	74	8	111	30	14	25	30	1.95
65316829--65316882	27	2.0	27	85	0	72	22	12	33	31	1.92
65317954--65318031	39	2.0	39	94	0	138	15	29	19	35	1.92
65320499--65320531	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65324088--65324147	29	2.1	29	81	9	70	46	0	23	30	1.52
65331989--65332307	48	6.6	48	83	1	397	24	17	29	28	1.97
65336711--65336968	40	6.5	40	92	2	378	25	28	23	22	1.99
65339309--65339439	49	2.7	48	83	5	156	39	9	2	48	1.47
65339391--65339561	93	1.8	93	84	2	236	37	11	5	45	1.63
65340627--65340686	27	2.4	24	86	10	77	35	11	11	41	1.78
65349987--65350029	17	2.4	17	84	7	50	9	25	44	20	1.81
65353991--65354099	47	2.3	47	81	6	114	23	10	17	48	1.77
65360891--65360990	29	3.5	29	85	6	132	26	17	30	27	1.97
65360876--65360990	29	4.0	28	78	12	108	27	15	28	27	1.96
65370395--65370566	93	1.8	93	89	0	272	29	27	20	22	1.98
65370388--65370563	46	3.8	46	74	12	171	30	27	19	22	1.98
65370439--65370582	46	3.1	44	73	15	123	29	27	19	22	1.98
65377929--65378014	46	1.9	45	88	4	129	30	29	19	20	1.97
65384251--65384420	45	3.7	47	76	17	151	28	29	20	21	1.98
65384251--65384420	93	1.8	92	92	1	286	28	29	20	21	1.98
65392095--65392121	13	2.1	13	100	0	54	55	7	14	22	1.64
65396167--65396285	47	2.5	48	85	6	156	24	26	20	29	1.99
65403240--65403471	40	5.8	40	90	1	331	25	28	21	25	1.99
65407069--65407243	27	6.5	27	89	2	246	24	21	20	34	1.97
65407040--65407243	54	3.8	54	78	10	141	26	21	19	32	1.97
65407065--65407239	81	2.2	81	90	2	280	25	21	19	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65407233--65407463	27	8.6	27	82	7	163	28	7	20	42	1.80
65407259--65407490	27	8.6	27	84	2	270	28	7	21	43	1.79
65407419--65407572	54	2.9	54	79	5	143	34	7	22	36	1.81
65407284--65407515	81	2.9	81	83	3	218	29	6	22	41	1.78
65407454--65407577	27	4.6	27	83	0	113	39	8	19	33	1.81
65407483--65407583	27	3.7	27	86	0	130	40	7	21	29	1.82
65409013--65409047	17	2.1	17	89	10	54	37	17	5	40	1.73
65409572--65409648	26	3.0	26	80	0	91	38	27	16	16	1.91
65409936--65410003	29	2.3	29	92	0	118	23	26	29	20	1.99
65417282--65417332	26	2.0	26	84	0	66	35	15	25	23	1.94
65418818--65418875	24	2.3	26	79	5	66	13	46	1	37	1.54
65432929--65433096	40	4.2	39	81	8	196	23	20	27	28	1.99
65432929--65433105	80	2.2	80	85	6	227	23	20	27	27	1.99
65440762--65440939	40	4.5	40	89	3	236	24	29	24	22	1.99
65444283--65444459	40	4.4	40	85	4	234	23	22	27	25	2.00
65445912--65445950	19	1.9	19	85	10	51	48	17	0	33	1.48
65451996--65452065	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
65454810--65454908	25	4.0	25	76	2	92	28	19	22	30	1.98
65456818--65456858	21	2.0	21	90	0	64	46	17	4	31	1.69
65459212--65459338	47	2.7	47	80	14	147	21	18	29	29	1.97
65466410--65466595	41	4.6	41	89	3	261	24	26	24	24	2.00
65466410--65466593	81	2.3	82	84	5	257	23	26	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65474354--65474562	41	5.2	40	87	3	125	25	27	23	23	2.00
65474377--65474562	41	4.6	41	89	3	261	24	26	24	24	2.00
65474377--65474560	81	2.3	82	84	5	257	23	26	25	24	2.00
65486284--65486398	43	2.7	43	90	2	169	33	23	16	26	1.96
65493479--65493657	28	6.4	28	94	1	288	34	26	11	27	1.90
65501519--65501669	28	5.4	28	93	1	232	34	27	11	27	1.91
65503805--65503910	29	3.7	29	89	2	169	29	28	16	26	1.96
65505135--65505642	256	2.0	256	99	0	998	32	24	10	33	1.88
65510661--65510830	46	3.7	46	75	13	177	21	21	28	28	1.98
65510652--65510823	93	1.8	93	89	0	272	21	21	29	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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