genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.57.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17412135--17412197	31	2.0	31	100	0	126	28	12	31	26	1.93
17423742--17423800	29	2.0	29	96	0	109	33	10	15	40	1.81
17449044--17449137	2	47.0	2	93	0	161	50	46	3	0	1.17
17451068--17451156	20	4.4	21	78	8	87	42	20	22	14	1.88
17463757--17464169	38	9.9	38	75	17	340	30	24	14	29	1.95
17463764--17464169	85	4.8	83	83	13	365	30	24	14	29	1.95
17463757--17464169	123	3.3	123	91	3	601	30	24	14	29	1.95
17464017--17464143	48	2.7	48	88	1	184	32	22	14	30	1.94
17463925--17464169	133	1.8	132	89	0	382	31	23	14	29	1.94
17479622--17479738	46	2.6	44	89	8	164	21	29	21	28	1.98
17479665--17479794	46	2.8	47	81	6	140	20	30	20	27	1.98
17484368--17484421	19	2.9	19	86	8	67	53	5	0	40	1.24
17488954--17489031	4	18.0	4	75	15	66	51	0	2	46	1.14
17488952--17489030	27	3.0	27	90	3	126	53	0	2	44	1.14
17498823--17498886	29	2.1	30	81	16	71	62	0	3	34	1.11
17499165--17499399	30	7.8	30	71	21	106	62	0	2	34	1.17
17499191--17499382	56	3.5	51	71	21	133	61	0	3	34	1.15
17499182--17499393	79	2.6	83	80	14	223	61	0	2	34	1.14
17499184--17499469	54	5.2	56	67	23	103	63	1	2	32	1.14
17501118--17501647	45	12.3	44	69	19	262	25	24	20	30	1.98
17501112--17501601	127	3.8	127	92	1	730	25	23	20	30	1.98
17501374--17501712	172	2.0	172	89	1	527	25	24	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17501144--17501712	254	2.2	251	82	9	683	25	23	20	29	1.99
17502177--17502310	65	2.1	65	98	1	261	33	16	9	40	1.81
17502706--17502748	18	2.2	20	80	8	54	4	16	0	79	0.90
17509324--17509595	3	88.0	3	67	25	101	61	0	3	33	1.19
17509331--17509594	29	9.3	28	71	15	79	62	0	3	33	1.18
17509343--17509382	19	2.2	18	90	4	62	62	2	5	30	1.29
17509329--17509596	40	6.6	39	71	21	162	62	0	3	33	1.17
17509329--17509645	28	11.0	30	69	22	91	63	1	3	32	1.18
17515079--17515255	40	4.4	40	82	4	216	24	22	27	26	2.00
17515483--17515524	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
17518816--17518840	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
17519934--17519982	19	2.7	18	81	12	55	42	2	6	48	1.39
17523144--17523176	16	2.0	17	88	5	50	27	6	18	48	1.71
17523606--17523751	53	2.8	53	85	7	206	34	12	26	26	1.92
17525666--17525749	37	2.2	37	79	8	89	20	16	28	34	1.94
17532229--17532269	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
17553884--17554051	43	3.9	43	90	0	264	13	23	32	30	1.93
17554394--17554494	43	2.3	45	77	14	113	25	23	28	21	1.99
17558265--17558453	43	4.4	43	89	1	283	13	22	33	30	1.92
17558770--17558896	45	2.9	44	80	10	136	24	22	28	24	2.00
17560464--17560514	20	2.5	20	84	12	68	72	3	1	21	1.11
17560474--17560514	21	1.9	21	95	5	73	73	4	2	19	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17561765--17561792	13	2.2	13	100	0	56	64	0	0	35	0.94
17562557--17562611	19	2.8	19	78	10	58	40	3	1	54	1.28
17563749--17563785	9	4.1	9	85	0	56	45	16	10	27	1.80
17563998--17564054	30	1.9	29	85	3	78	19	43	0	36	1.51
17564925--17565147	111	2.0	111	98	1	430	32	13	17	37	1.88
17569606--17569646	21	2.0	21	95	0	73	24	14	29	31	1.95
17569804--17569914	44	2.7	38	76	20	107	34	8	25	32	1.85
17581636--17581705	15	4.8	15	82	5	81	21	0	27	51	1.48
17581658--17581719	22	2.8	22	70	4	54	22	0	24	53	1.46
17581636--17581739	14	7.2	15	71	14	60	21	0	25	52	1.47
17581947--17582035	7	12.7	7	74	0	70	20	2	34	42	1.64
17581947--17582019	28	2.6	28	80	10	87	21	1	32	43	1.61
17582807--17582859	18	2.8	19	85	5	81	30	35	0	33	1.58
17584277--17584302	8	3.2	8	100	0	52	38	0	11	50	1.39
17589346--17589412	32	2.1	31	86	8	91	56	1	1	40	1.17
17590749--17590810	18	3.4	18	71	8	63	43	22	0	33	1.54
17598608--17598694	9	9.9	9	73	14	58	48	16	1	34	1.54
17598662--17598702	18	2.3	18	86	0	55	48	21	0	29	1.50
17602471--17602650	43	4.2	43	81	0	216	28	15	26	29	1.96
17603595--17603649	15	3.7	15	82	0	74	18	7	30	43	1.77
17619617--17619669	21	2.5	21	77	17	56	37	39	9	13	1.77
17619699--17619738	21	1.9	21	85	10	55	32	40	5	22	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17621233--17621296	22	3.0	22	77	9	69	48	1	0	50	1.10
17621216--17621306	38	2.3	40	81	9	109	51	1	2	45	1.20
17621216--17621309	39	2.4	38	82	8	111	52	1	2	44	1.20
17621247--17621320	27	2.8	25	78	13	78	55	1	0	43	1.08
17625663--17626064	201	2.0	201	100	0	804	31	16	21	30	1.96
17637971--17638125	27	5.8	27	72	3	98	26	19	13	40	1.88
17637988--17638088	52	1.9	52	84	8	132	28	16	12	41	1.86
17638569--17638729	27	6.0	27	73	5	128	29	24	11	33	1.91
17638574--17638735	54	3.0	54	82	2	209	29	25	11	33	1.91
17638573--17638727	81	1.9	81	82	0	193	30	25	10	33	1.89
17645314--17645360	17	2.7	18	77	9	53	80	2	0	17	0.80
17645897--17645923	11	2.5	11	100	0	54	44	0	0	55	0.99
17647492--17647517	12	2.2	12	100	0	52	34	15	26	23	1.94
17651582--17651748	47	3.6	47	81	10	200	25	30	17	26	1.98
17664700--17664727	9	3.1	9	100	0	56	21	10	21	46	1.81
17670563--17670602	21	2.0	21	85	5	55	30	27	32	10	1.89
17671732--17671953	50	4.8	45	73	16	152	24	28	19	27	1.98
17671783--17671957	94	1.9	94	89	2	273	24	29	19	26	1.98
17674863--17675045	79	2.3	80	83	7	221	26	27	22	24	2.00
17674861--17675045	40	4.7	40	79	9	200	26	27	22	23	1.99
17677577--17677615	19	2.1	19	90	0	60	43	23	7	25	1.80
17681071--17681130	30	2.0	30	90	0	93	28	21	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17690871--17690969	51	1.9	51	91	0	162	40	5	13	41	1.66
17690931--17691003	34	2.1	34	100	0	146	38	5	12	43	1.65
17690880--17691055	85	2.1	85	94	0	316	38	5	14	42	1.67
17690954--17691091	51	2.7	51	90	2	213	36	5	13	43	1.69
17691015--17691091	22	3.2	22	67	22	55	36	5	14	44	1.67
17692671--17692864	96	2.0	96	84	2	255	35	15	33	15	1.89
17693771--17693996	51	4.7	51	81	12	269	38	5	13	43	1.66
17693831--17693909	39	2.0	39	100	0	158	37	5	13	43	1.67
17693789--17693960	90	1.9	90	98	0	335	37	5	13	42	1.69
17714070--17714096	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
17715804--17715870	31	2.2	31	91	0	107	62	4	5	26	1.38
17715811--17715882	31	2.3	31	82	4	90	65	2	4	27	1.25
17718192--17718244	17	2.8	18	75	24	56	28	15	0	56	1.39
17718192--17718239	22	2.2	22	88	7	71	25	16	0	58	1.38
17718204--17718239	5	6.8	5	90	6	54	22	19	0	58	1.40
17718204--17718260	26	2.1	27	84	9	73	24	17	0	57	1.39
17718234--17718281	21	2.3	22	79	17	57	27	12	0	60	1.32
17718267--17718319	18	2.8	17	78	15	52	24	13	0	62	1.31
17718346--17718467	5	22.4	5	70	21	59	30	16	0	53	1.43
17718367--17718496	28	4.4	28	72	18	95	29	13	0	57	1.36
17718569--17718610	16	2.7	16	78	14	52	28	4	2	64	1.26
17718800--17718845	17	2.8	16	87	9	65	19	26	0	54	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17721662--17721738	38	2.0	38	94	0	136	33	16	24	24	1.96
17728306--17728425	39	3.1	39	92	0	177	28	20	27	24	1.99
17734759--17734800	22	1.9	22	90	9	68	38	2	23	35	1.68
17736079--17736198	39	3.1	39	93	0	195	27	19	28	25	1.98
17739267--17739613	108	3.2	106	82	8	378	34	19	18	26	1.95
17741733--17741784	26	2.0	26	100	0	104	26	7	3	61	1.41
17741739--17741794	26	2.2	26	87	6	78	26	8	5	58	1.50
17743646--17743677	16	1.9	17	93	6	57	43	9	0	46	1.35
17751620--17751652	13	2.6	13	90	4	50	57	42	0	0	0.98
17752803--17752925	3	41.7	3	75	9	110	28	6	2	62	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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