genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.296.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100375483--100375526	21	2.1	21	95	0	79	52	18	2	27	1.57
100384329--100384374	22	2.1	22	100	0	92	54	0	8	36	1.32
100384999--100385035	18	2.1	18	89	0	56	24	24	8	43	1.81
100385390--100385511	62	2.0	60	84	6	156	40	3	6	49	1.45
100388220--100388742	125	4.2	125	87	3	746	28	17	16	37	1.91
100388824--100388957	34	3.9	33	79	6	142	46	12	0	41	1.42
100388920--100388977	30	2.0	29	83	12	75	41	10	0	48	1.37
100396025--100396419	126	3.2	124	85	2	472	38	14	16	30	1.89
100400046--100400257	52	4.2	49	79	11	171	31	26	15	26	1.96
100400052--100400191	46	2.9	47	82	7	129	29	27	16	27	1.97
100401881--100401923	21	2.0	21	100	0	86	32	9	13	44	1.76
100407517--100407654	46	2.8	46	82	8	159	29	27	16	26	1.97
100410348--100410395	24	2.0	24	95	0	87	16	18	27	37	1.92
100413820--100414011	49	3.9	49	82	6	233	26	18	26	28	1.98
100415931--100415963	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
100422865--100422964	50	2.0	50	100	0	200	28	18	18	36	1.94
100433485--100433527	7	6.1	7	100	0	86	27	0	13	58	1.37
100434522--100434767	132	1.9	132	86	1	350	31	19	15	33	1.93
100434520--100434814	132	2.2	133	80	4	319	33	18	15	31	1.93
100436565--100436611	19	2.5	19	86	6	60	19	23	14	42	1.88
100443878--100444035	27	5.9	27	81	11	173	34	21	24	19	1.96
100443896--100444035	54	2.6	54	93	2	228	35	22	23	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100447799--100447967	48	3.6	48	76	7	184	23	26	20	29	1.99
100448618--100448656	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
100450495--100450539	16	2.8	16	86	3	54	35	40	8	15	1.79
100451014--100451049	15	2.5	14	90	4	54	44	16	11	27	1.82
100451014--100451049	7	5.0	7	86	6	54	44	16	11	27	1.82
100455228--100455274	6	8.3	6	92	2	64	17	0	2	80	0.80
100455228--100455274	18	2.8	17	90	9	71	17	0	2	80	0.80
100460055--100460218	46	3.5	46	76	11	172	22	18	28	30	1.98
100462864--100462912	25	1.9	26	88	12	75	34	18	30	16	1.93
100463464--100463547	1	84.0	1	90	0	132	95	1	1	2	0.35
100470084--100470351	104	2.6	105	93	1	450	29	30	20	18	1.97
100470677--100470740	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
100470684--100470740	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
100474119--100474236	48	2.5	48	85	2	166	26	26	19	27	1.99
100474858--100474896	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
100476446--100476573	27	4.8	27	84	0	132	35	42	13	8	1.75
100476508--100476552	13	3.4	13	78	6	54	40	42	11	6	1.67
100477167--100477200	17	1.9	18	88	5	52	38	0	14	47	1.45
100481232--100481288	22	2.5	23	77	5	62	64	14	8	12	1.48
100481510--100481554	21	2.1	21	83	0	54	22	20	24	33	1.97
100483759--100483814	28	2.0	28	96	0	103	51	7	10	30	1.63
100488552--100488607	27	2.1	27	96	0	103	33	12	14	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100491784--100491821	6	6.3	6	93	0	67	47	0	34	18	1.49
100496361--100496433	28	2.6	28	84	0	92	30	32	12	24	1.92
100496421--100496513	39	2.3	40	87	1	125	34	31	16	18	1.93
100504158--100504219	20	3.1	20	79	9	72	40	20	9	29	1.84
100504392--100504468	23	3.4	23	85	8	113	33	20	22	23	1.97
100504378--100504491	23	4.9	23	80	11	108	36	18	21	22	1.95
100504633--100504688	23	2.5	24	83	11	66	46	14	0	39	1.44
100509880--100509912	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
100513152--100513258	55	1.9	55	81	7	128	26	28	25	19	1.99
100515188--100515280	5	17.0	5	76	21	73	17	4	1	77	0.99
100515190--100515280	6	15.3	6	76	11	89	16	4	1	78	0.98
100515191--100515280	22	4.1	22	78	11	96	16	4	1	77	0.98
100518164--100518196	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
100521659--100521684	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
100523653--100523701	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
100523665--100523729	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
100523691--100523729	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
100527416--100527484	35	2.0	35	94	0	120	33	5	17	43	1.73
100529979--100530004	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
100531190--100531261	36	2.0	35	81	13	83	38	2	4	54	1.34
100533054--100533107	27	2.0	27	92	0	90	37	22	7	33	1.82
100536660--100536693	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100537461--100537547	43	2.0	43	97	0	165	32	6	21	39	1.80
100543624--100543683	27	2.2	27	84	0	75	41	35	21	1	1.63
100544176--100544228	18	2.7	21	74	17	58	30	28	24	16	1.97
100554420--100554486	34	1.9	35	90	3	109	35	10	11	41	1.76
100555830--100555899	27	2.6	27	80	8	79	50	21	2	25	1.63
100561399--100561436	20	1.9	20	94	0	67	65	5	15	13	1.43
100565059--100565157	27	3.7	27	82	2	110	32	15	22	30	1.94
100565793--100565842	21	2.5	20	73	20	59	48	0	6	46	1.27
100566018--100566052	9	3.8	9	88	3	52	80	2	17	0	0.84
100567255--100567353	18	5.6	18	75	3	85	37	13	14	35	1.84
100568576--100568638	27	2.3	26	81	5	63	36	7	30	25	1.84
100571888--100571945	6	9.5	6	74	10	55	77	0	3	18	0.91
100571903--100571947	7	6.1	7	82	17	56	77	0	2	20	0.87
100585198--100585231	14	2.6	14	90	9	54	23	5	29	41	1.78
100585557--100585685	27	4.8	27	82	0	150	31	15	23	30	1.95
100590693--100590821	36	3.7	35	79	6	127	43	16	15	24	1.86
100592509--100592598	35	2.5	35	81	1	108	46	13	15	24	1.82
100602497--100602538	22	1.9	22	95	0	75	50	14	9	26	1.73
100603213--100603313	37	2.7	37	84	0	112	29	25	15	28	1.96
100606109--100606724	48	12.8	48	88	4	907	26	28	19	25	1.99
100608020--100608052	15	2.2	15	94	0	57	42	0	0	57	0.98
100608169--100608218	21	2.4	21	83	12	59	54	2	4	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100619834--100619913	42	1.9	42	97	0	151	31	12	20	36	1.89
100625057--100625123	30	2.3	27	78	16	71	56	0	0	43	0.99
100625110--100625337	99	2.2	102	85	6	302	53	3	2	39	1.31
100625185--100625340	82	1.9	82	80	5	181	52	3	1	42	1.28
100625289--100625359	21	3.3	21	78	7	72	54	2	0	42	1.14
100625350--100625416	20	3.2	20	72	15	64	50	7	0	41	1.30
100638250--100638427	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
100638250--100638427	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
100638271--100638426	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
100642571--100642833	46	5.7	46	89	1	339	20	23	14	41	1.89
100648822--100649301	248	1.9	248	91	0	782	35	10	17	37	1.83
100649394--100649557	42	3.9	42	79	4	195	32	15	23	29	1.95
100649394--100649557	85	1.9	84	84	6	215	32	15	23	29	1.95
100654540--100654583	23	1.9	23	86	9	63	31	6	22	38	1.81
100659361--100659442	28	2.9	28	79	0	92	29	15	18	36	1.92
100663057--100663141	39	2.2	40	82	2	100	65	7	1	25	1.25
100663157--100663201	23	2.0	23	90	0	72	66	0	2	31	1.04
100663139--100663193	29	2.0	27	85	7	74	67	0	1	30	1.01
100666081--100666111	6	5.2	6	100	0	62	0	51	16	32	1.44
100686413--100686466	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
100686623--100686708	28	3.0	29	72	14	81	68	0	4	26	1.09
100686667--100686795	15	8.9	14	73	18	79	66	1	6	25	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100686667--100686794	58	2.2	59	80	8	138	66	1	6	25	1.24
100687155--100687226	35	2.1	34	87	7	101	54	9	16	19	1.70
100687717--100688030	84	3.7	84	78	10	257	20	22	22	34	1.97
100687819--100688636	84	9.7	84	86	1	1014	19	22	21	36	1.95
100695069--100695122	23	2.5	23	82	8	60	61	7	0	31	1.24
100695333--100695378	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
100695300--100695366	21	3.0	23	76	21	72	64	0	5	29	1.17
100695327--100695413	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
100695325--100695411	15	6.0	14	75	13	61	65	0	8	26	1.20
100695985--100696013	15	1.9	15	100	0	58	68	0	3	27	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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