genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25330929--25330995	30	2.2	30	91	0	107	19	23	34	22	1.97
25345005--25345045	18	2.3	18	100	0	82	31	7	14	46	1.72
25346976--25348103	577	2.0	575	93	0	1916	38	24	9	27	1.87
25348534--25348630	43	2.3	43	78	3	106	31	23	15	28	1.95
25349170--25349226	28	2.0	29	82	3	71	29	24	1	43	1.64
25364715--25364760	24	2.0	24	95	4	85	39	26	21	13	1.90
25371247--25371317	24	3.0	24	91	0	115	36	1	38	23	1.64
25371247--25371340	48	1.9	48	83	10	120	36	4	37	22	1.74
25372725--25372836	27	4.2	26	82	11	127	16	23	22	37	1.94
25372725--25372836	54	2.1	53	85	6	145	16	23	22	37	1.94
25385477--25385709	126	1.8	126	84	1	315	37	17	17	27	1.92
25386249--25386311	21	2.9	23	73	17	64	61	0	4	33	1.17
25392377--25392470	36	2.6	35	84	3	116	30	23	12	32	1.92
25392386--25392469	18	4.7	18	86	5	107	30	22	11	34	1.90
25399064--25399089	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
25404086--25404115	14	2.1	14	93	0	51	56	26	0	16	1.40
25404384--25404531	40	3.7	40	90	2	219	34	17	27	20	1.95
25416618--25416687	31	2.3	31	92	0	113	17	31	30	21	1.96
25425866--25425904	19	2.1	19	95	0	69	43	30	7	17	1.77
25425917--25425942	13	2.0	13	100	0	52	30	7	23	38	1.83
25427995--25428026	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
25428451--25428673	48	4.6	48	86	2	279	23	16	32	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25428447--25428717	144	1.9	143	79	7	307	23	17	30	27	1.97
25435079--25435350	48	5.6	48	87	3	323	23	19	31	25	1.98
25435125--25435395	144	1.9	144	80	1	319	23	19	30	26	1.98
25435375--25435412	20	1.9	20	94	0	67	18	15	28	36	1.92
25443126--25443196	34	2.1	34	97	0	133	32	16	19	30	1.95
25463745--25463781	12	3.1	13	85	14	53	40	8	0	51	1.32
25470025--25470247	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
25477917--25478139	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
25487960--25488067	26	4.2	26	85	0	153	32	7	23	37	1.82
25489465--25489539	26	2.8	26	87	4	78	36	22	10	30	1.88
25489476--25489539	26	2.4	27	89	5	94	32	25	12	29	1.92
25489641--25489784	54	2.7	54	95	2	254	17	25	23	34	1.96
25489644--25489802	27	5.9	27	83	11	193	18	25	22	33	1.96
25489644--25489802	81	2.0	80	85	8	216	18	25	22	33	1.96
25496714--25496805	38	2.4	38	80	5	98	26	30	22	20	1.98
25496738--25496847	41	2.8	38	75	6	96	30	26	20	21	1.98
25497252--25497294	15	2.9	15	79	6	52	62	4	0	32	1.15
25498067--25498127	32	1.9	32	87	9	90	50	8	0	40	1.32
25505152--25505191	14	3.1	14	79	13	50	62	7	0	30	1.23
25506023--25506083	31	1.9	32	87	9	90	49	8	0	42	1.32
25509415--25509449	13	2.7	13	90	0	61	31	5	20	42	1.75
25515062--25515095	13	2.6	13	95	0	59	26	47	14	11	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25518792--25518828	15	2.4	16	82	13	51	51	8	10	29	1.65
25520051--25520928	327	2.7	315	84	6	1050	37	9	9	43	1.71
25529629--25529666	11	3.5	11	85	7	51	89	10	0	0	0.49
25529630--25529666	16	2.3	16	90	0	56	89	10	0	0	0.49
25529805--25529842	15	2.6	15	84	15	53	68	0	0	31	0.90
25530131--25530223	30	3.2	30	65	11	84	41	11	6	39	1.67
25530170--25530257	28	3.0	29	64	17	74	36	13	6	43	1.71
25530133--25530257	58	2.2	58	97	0	232	39	12	6	42	1.68
25532155--25532179	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
25534475--25534645	49	3.5	47	77	7	155	24	28	19	28	1.98
25542816--25542850	10	3.4	10	88	4	52	80	0	20	0	0.72
25544108--25544285	40	4.5	40	87	2	234	23	22	28	25	1.99
25552134--25552374	40	6.0	40	93	0	394	22	21	28	26	1.99
25558200--25558328	66	2.0	66	85	3	179	24	25	8	41	1.83
25576601--25576650	17	2.9	17	79	5	57	40	22	18	20	1.92
25577652--25577900	124	2.0	124	93	1	428	25	16	22	35	1.94
25578557--25578604	21	2.2	21	85	3	60	14	33	33	18	1.91
25583655--25584029	48	7.7	48	82	2	385	26	29	18	25	1.98
25583655--25584036	96	3.9	95	85	5	464	26	29	18	26	1.98
25583658--25584037	146	2.6	147	83	4	439	26	28	18	26	1.98
25597693--25597779	45	1.9	45	90	0	138	35	27	14	21	1.93
25600785--25600955	46	3.7	46	77	15	201	29	28	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25608193--25608363	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
25608188--25608360	46	3.7	46	77	13	192	28	27	20	23	1.99
25608782--25608841	30	2.0	30	87	6	86	31	25	6	36	1.82
25610126--25610222	28	3.5	28	91	0	149	29	28	14	26	1.95
25623572--25623625	26	2.1	26	92	0	90	20	35	16	27	1.94
25623598--25623723	43	2.9	43	92	0	207	26	31	19	22	1.98
25630028--25630094	26	2.5	26	76	9	64	41	1	2	53	1.25
25630774--25630821	14	3.4	14	76	2	51	41	35	0	22	1.54
25630769--25630838	28	2.5	28	85	2	86	42	34	0	22	1.54
25630774--25630852	21	3.7	22	77	14	85	41	34	0	24	1.55
25630942--25631039	49	2.0	49	97	0	187	47	9	2	40	1.47
25631268--25631375	40	2.7	40	85	7	130	31	19	22	26	1.98
25631306--25631417	40	2.8	40	79	11	115	28	17	24	29	1.97
25631501--25631592	39	2.3	40	79	1	105	23	20	19	35	1.95
25638609--25638635	7	3.9	7	100	0	54	44	0	11	44	1.39
25639510--25639562	26	2.0	26	85	3	70	22	7	3	66	1.34
25641338--25641385	24	2.0	24	91	0	78	25	33	12	29	1.92
25641547--25641701	77	2.0	77	96	0	283	28	13	24	33	1.93
25646664--25646694	15	2.1	15	93	0	53	41	6	19	32	1.77
25651459--25651544	28	3.1	28	79	0	100	22	25	11	40	1.87
25651514--25651618	27	3.9	27	84	3	131	27	24	12	35	1.91
25656656--25656707	26	2.0	25	85	14	70	40	3	25	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25657204--25657321	42	2.8	42	77	7	107	31	16	21	30	1.96
25663277--25663301	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
25668627--25668657	12	2.6	12	89	0	53	22	25	29	22	1.99
25670224--25670332	26	4.2	26	93	0	191	33	7	23	35	1.83
25671939--25672079	27	5.2	26	83	6	156	17	21	23	36	1.94
25671939--25672097	54	3.0	53	85	2	203	18	22	22	36	1.95
25675091--25675124	10	3.4	10	87	0	50	23	8	2	64	1.36
25684636--25684673	10	3.8	10	80	13	51	10	7	0	81	0.87
25684638--25684664	14	1.9	14	100	0	54	11	7	0	81	0.87
25684636--25684690	23	2.5	22	77	16	60	14	7	0	78	0.96
25686468--25686508	20	2.0	20	90	0	64	21	4	2	70	1.18
25688910--25688969	26	2.3	26	88	0	93	23	26	28	21	1.99
25692872--25693042	47	3.6	47	80	4	166	30	28	16	24	1.97
25695703--25695799	30	3.2	30	78	10	90	57	13	17	11	1.64
25695711--25695790	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
25695722--25695799	15	5.2	15	75	9	70	56	14	16	12	1.68
25698964--25699156	47	4.0	49	77	9	173	29	29	17	23	1.97
25709323--25709391	14	4.9	14	74	0	75	23	8	30	37	1.85
25709323--25709391	28	2.5	28	90	0	111	23	8	30	37	1.85
25714030--25714424	50	7.8	50	79	3	382	25	17	25	30	1.97
25714081--25714363	101	2.8	101	91	0	449	25	18	26	30	1.98
25714076--25714430	151	2.3	152	83	2	446	25	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25717659--25717699	14	2.9	14	77	0	55	21	9	31	36	1.86
25727885--25727935	25	2.0	25	100	0	102	27	27	3	41	1.73
25731447--25731475	12	2.4	12	100	0	58	93	0	6	0	0.36
25735472--25735505	11	3.1	11	86	0	50	8	17	0	73	1.08
25740853--25740941	27	3.3	26	79	3	88	33	23	14	28	1.94
25740920--25740991	26	2.7	26	80	2	81	26	25	16	31	1.96
25740877--25740983	27	4.0	26	72	14	76	28	24	17	28	1.97
25740920--25741011	27	3.4	27	78	3	87	28	26	13	32	1.93
25742451--25742611	49	3.3	49	65	20	122	62	5	6	24	1.42
25742461--25742655	97	2.0	98	91	3	322	62	6	8	23	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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