genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.228.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77360514--77360543	8	3.8	8	95	0	51	40	26	6	26	1.81
77364188--77364363	46	3.8	46	79	4	210	28	29	20	21	1.98
77365808--77365864	18	3.1	18	70	5	60	42	10	7	40	1.66
77365791--77365864	37	2.0	37	97	0	139	43	9	6	40	1.64
77368109--77368227	44	2.6	46	82	6	145	23	27	19	29	1.98
77371624--77371773	42	3.5	42	86	0	192	32	16	22	29	1.95
77372360--77372417	29	2.0	29	100	0	116	48	17	6	27	1.72
77385216--77385369	42	3.6	42	88	1	218	29	22	15	31	1.95
77391680--77391857	27	6.6	27	84	3	205	26	14	28	29	1.95
77391680--77391857	54	3.3	55	84	4	227	26	14	28	29	1.95
77399622--77399799	27	6.6	27	84	3	205	26	14	28	29	1.95
77399622--77399799	54	3.3	55	84	4	227	26	14	28	29	1.95
77409416--77409482	27	2.5	27	87	0	107	22	26	8	41	1.83
77416261--77416341	40	2.0	41	82	4	101	17	43	22	17	1.88
77430527--77430701	46	3.8	46	76	15	180	29	28	20	21	1.98
77430535--77430706	93	1.8	93	92	0	290	28	28	20	22	1.99
77430578--77430722	46	3.1	45	70	21	120	31	26	19	23	1.98
77434738--77434815	29	2.7	28	80	11	95	24	15	29	30	1.95
77434768--77435094	173	1.9	174	92	1	550	29	14	24	31	1.94
77439275--77439357	29	2.9	28	78	10	78	57	0	3	38	1.16
77439661--77439732	28	2.6	28	84	8	85	36	1	2	59	1.20
77441383--77441461	9	8.6	9	72	15	54	26	3	1	68	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77441381--77441432	15	3.6	14	76	7	50	23	1	0	75	0.91
77441391--77441470	12	6.6	12	75	12	74	30	3	1	65	1.18
77448646--77448687	21	2.0	21	95	0	75	21	28	7	42	1.79
77452378--77452535	44	3.6	42	72	13	113	36	20	22	19	1.95
77452362--77452576	88	2.5	86	82	6	261	36	20	20	21	1.95
77452674--77452930	87	2.9	87	85	1	318	36	20	21	21	1.95
77452690--77452930	44	5.5	44	71	7	170	36	19	22	20	1.95
77452946--77453215	68	4.0	68	90	0	434	24	23	23	28	1.99
77453181--77453266	41	2.1	42	91	2	138	31	17	22	29	1.96
77453642--77453701	13	4.7	13	68	4	50	15	50	15	20	1.79
77453621--77453703	38	2.2	38	100	0	166	16	50	12	20	1.77
77454116--77454195	3	26.3	3	72	20	53	30	3	1	65	1.18
77454120--77454199	18	4.4	18	74	16	67	31	3	1	63	1.20
77454115--77454195	12	6.8	12	75	12	78	29	3	1	65	1.17
77455806--77455836	12	2.5	13	94	5	55	74	6	0	19	1.03
77455870--77455915	10	4.5	10	84	12	58	76	0	2	21	0.90
77457505--77457550	21	2.2	21	100	0	92	28	4	8	58	1.47
77462018--77462120	38	2.7	38	83	0	125	17	18	29	34	1.94
77467976--77468010	17	2.0	18	88	5	54	22	8	2	65	1.34
77469571--77469618	6	8.0	6	90	0	69	16	2	4	77	1.03
77469820--77469860	22	2.0	21	86	13	59	21	0	14	63	1.30
77475974--77476002	15	2.0	15	93	6	51	34	3	41	20	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77478412--77478489	38	2.1	38	95	0	138	42	20	5	32	1.74
77484171--77484248	31	2.5	30	76	13	79	30	24	16	28	1.97
77484417--77484472	26	2.2	25	81	9	60	28	21	19	30	1.98
77484467--77484538	25	2.9	25	89	0	108	27	22	23	26	1.99
77484584--77484634	21	2.4	21	90	0	75	31	19	11	37	1.88
77489162--77489344	49	3.7	49	80	5	224	26	18	24	30	1.98
77489157--77489349	100	1.9	100	91	0	314	27	18	24	30	1.98
77498665--77498886	40	5.6	40	86	1	295	24	19	26	29	1.99
77507111--77507330	40	5.6	40	86	3	295	23	20	26	30	1.99
77511726--77511779	26	2.1	26	96	0	99	20	22	22	35	1.96
77519649--77519873	38	5.9	38	82	0	252	16	20	29	34	1.94
77521573--77521602	15	2.0	15	93	0	51	63	0	6	30	1.20
77536169--77536297	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
77536177--77536316	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
77539256--77539281	6	4.3	6	100	0	52	50	19	15	15	1.79
77541219--77541250	10	3.2	10	100	0	64	50	0	28	21	1.49
77542322--77542347	7	3.7	7	100	0	52	0	11	46	42	1.40
77543842--77543915	29	2.6	29	82	6	96	32	14	28	24	1.95
77557618--77557644	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
77559338--77559445	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
77564489--77564600	27	4.1	27	81	14	124	38	22	22	16	1.93
77564489--77564600	54	2.1	54	84	3	145	38	22	22	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77566030--77566082	24	2.2	24	89	0	79	20	43	3	32	1.70
77566656--77567142	138	3.5	137	89	1	733	47	6	7	39	1.57
77584131--77584194	31	2.1	31	84	0	83	26	21	15	35	1.94
77584409--77584481	23	3.1	23	88	3	110	30	20	19	30	1.97
77584532--77584598	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
77584532--77584587	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
77584635--77584687	25	2.2	25	86	3	72	26	18	22	32	1.97
77584716--77584993	27	10.3	27	77	9	165	32	8	19	39	1.82
77584803--77584979	27	6.6	27	84	6	175	29	7	19	43	1.78
77584736--77584979	53	4.5	54	79	8	228	31	8	18	41	1.80
77584799--77584979	80	2.3	78	80	6	193	30	7	19	42	1.79
77584981--77585101	27	4.5	27	86	0	161	43	9	21	25	1.82
77584970--77585077	54	2.0	54	90	0	171	44	8	18	28	1.79
77588471--77588514	20	2.2	21	80	12	56	43	4	15	36	1.68
77590411--77590502	27	3.4	27	87	3	114	28	22	7	41	1.81
77590534--77590632	27	3.7	27	81	0	135	40	23	8	28	1.83
77590669--77590721	27	2.0	27	88	7	81	41	13	11	33	1.80
77590774--77590865	27	3.4	27	90	3	141	31	21	26	20	1.98
77591567--77591622	11	5.5	11	75	16	57	35	8	21	33	1.85
77591556--77591622	20	3.3	20	91	4	109	35	8	20	34	1.84
77604088--77604262	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
77611604--77611779	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77611601--77611772	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
77648669--77648846	27	6.6	27	75	6	119	29	26	16	28	1.97
77648669--77648846	54	3.3	54	74	12	150	29	26	16	28	1.97
77652343--77652405	26	2.4	26	81	5	83	41	6	15	36	1.73
77667446--77667562	44	2.7	44	81	4	148	28	26	18	26	1.98
77675059--77675161	43	2.4	42	82	6	109	34	22	14	28	1.93
77675083--77675201	44	2.8	42	78	6	123	34	25	15	24	1.95
77678701--77678759	29	2.0	29	80	6	66	40	3	13	42	1.61
77682790--77683363	47	12.1	47	91	2	896	32	9	29	28	1.88
77682790--77683363	143	4.0	141	94	1	932	32	9	29	28	1.88
77682790--77683363	190	3.0	190	92	1	936	32	9	29	28	1.88
77683482--77683560	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
77685415--77685560	43	3.4	43	96	0	265	23	14	34	27	1.94
77685542--77685615	29	2.6	29	84	4	96	25	16	31	27	1.96
77685926--77686121	40	4.9	40	87	0	248	22	23	29	24	1.99
77689860--77690196	47	7.1	47	87	2	458	32	9	29	28	1.89
77689860--77690196	96	3.5	94	88	2	485	32	9	29	28	1.89
77689863--77690196	143	2.3	143	89	0	515	32	9	30	28	1.89
77690315--77690393	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
77699992--77700024	17	1.9	17	93	0	57	36	9	27	27	1.87
77702787--77702812	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
77707483--77707794	156	2.0	156	83	5	398	30	14	16	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77717076--77717251	46	3.8	45	78	4	174	22	20	27	29	1.98
77717073--77717244	93	1.8	93	89	0	272	22	20	27	28	1.99
77720078--77720179	38	2.6	38	85	7	123	29	25	20	24	1.99
77734243--77734300	29	2.0	29	100	0	116	27	6	13	51	1.66
77736967--77737125	43	3.7	44	83	4	198	28	14	24	32	1.94
77748636--77748797	43	3.8	43	77	8	161	32	25	16	25	1.96
77750974--77751097	43	2.9	42	80	7	115	25	13	25	34	1.93
77755705--77755742	20	1.9	20	89	10	60	36	7	7	47	1.62
77756931--77757330	201	2.0	201	97	0	764	27	23	24	24	2.00
77762090--77762136	24	2.0	24	86	0	67	36	19	2	42	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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