genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70270705--70270751	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
70273653--70273708	27	2.1	26	87	9	78	37	17	10	33	1.85
70276939--70276981	14	3.2	13	87	9	59	6	16	2	74	1.14
70279000--70279041	11	3.9	11	81	6	59	19	7	2	71	1.20
70279026--70279059	17	2.1	16	88	5	50	20	14	5	58	1.57
70280363--70280418	27	2.1	26	87	9	78	37	17	10	33	1.85
70280787--70280857	16	4.4	16	85	0	88	42	5	23	28	1.77
70281027--70281119	26	3.4	26	69	16	80	54	3	0	41	1.16
70281027--70281067	14	3.1	14	79	10	50	58	0	0	41	0.98
70281022--70281157	56	2.4	56	81	6	177	52	2	0	44	1.16
70281164--70281280	61	2.0	61	87	12	176	48	8	0	42	1.33
70283642--70283783	72	2.0	73	85	4	198	53	14	13	19	1.72
70284316--70284342	13	2.1	13	100	0	54	14	25	37	22	1.93
70286335--70286371	18	1.9	19	89	10	58	54	0	0	45	1.00
70286333--70286398	31	2.1	33	86	11	93	56	0	0	43	0.99
70286355--70286388	13	2.8	13	91	8	54	55	0	0	44	0.99
70286426--70286482	23	2.4	25	82	5	73	61	1	0	36	1.07
70286442--70286519	31	2.4	31	83	14	88	61	1	0	37	1.04
70286460--70286520	20	3.2	20	81	13	74	59	0	0	40	0.98
70286365--70286656	134	2.2	131	86	9	391	55	2	2	39	1.27
70286607--70286653	22	2.3	20	85	10	60	59	2	2	36	1.21
70287032--70287056	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70287023--70287073	23	2.2	24	82	10	61	39	0	1	58	1.09
70286958--70287072	51	2.3	49	81	11	142	38	0	3	58	1.15
70287108--70287146	13	3.1	13	89	10	55	41	2	0	56	1.13
70287127--70287208	18	4.1	20	77	20	91	46	0	0	53	1.00
70287115--70287218	42	2.4	42	90	3	154	49	0	0	50	1.00
70287149--70287217	21	3.3	21	73	15	79	53	0	0	46	1.00
70289783--70289839	30	2.0	28	82	6	69	38	1	8	50	1.44
70293114--70293144	15	2.1	15	100	0	62	51	6	12	29	1.65
70297016--70297251	43	5.5	42	73	12	171	28	24	19	27	1.99
70297064--70297251	85	2.2	85	92	0	304	30	24	19	25	1.98
70304297--70304740	47	9.4	47	90	1	649	32	10	30	26	1.90
70304585--70304706	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
70307009--70307232	40	5.7	40	84	6	237	25	21	27	25	1.99
70307009--70307230	79	2.8	79	80	10	222	25	22	27	25	2.00
70307061--70307256	80	2.5	78	82	5	225	26	20	27	26	1.99
70310117--70310226	41	2.7	42	86	10	156	22	21	29	26	1.99
70312532--70312755	40	5.7	40	84	6	253	25	21	27	25	1.99
70312532--70312753	79	2.8	80	82	8	240	25	22	27	25	2.00
70312532--70312779	79	3.1	79	81	6	227	25	21	27	25	1.99
70313131--70313393	40	6.6	40	89	0	382	25	21	26	26	2.00
70316836--70317273	47	9.3	47	90	1	655	32	10	30	26	1.90
70317124--70317245	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70332967--70333140	46	3.8	46	78	7	167	23	29	20	26	1.98
70333013--70333186	94	1.9	92	84	7	235	23	28	20	28	1.99
70335012--70335052	20	2.0	20	85	0	55	43	21	24	9	1.83
70335032--70335086	27	2.0	27	96	0	101	36	20	25	18	1.94
70338474--70338552	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
70338671--70339031	47	7.6	47	93	0	587	27	30	9	32	1.88
70347906--70347937	5	6.4	5	92	0	55	75	0	0	25	0.81
70349201--70349344	60	2.4	61	92	3	238	36	21	14	27	1.93
70352372--70352411	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
70355409--70355628	40	5.6	40	80	7	236	24	23	26	25	2.00
70362952--70362987	18	2.1	18	94	5	65	30	11	22	36	1.89
70363771--70363954	40	4.6	40	84	6	239	25	23	26	24	2.00
70363771--70363954	80	2.3	80	88	3	264	25	23	26	24	2.00
70373878--70373943	5	12.6	5	76	20	55	80	1	3	15	0.91
70373877--70373943	11	6.3	11	81	11	68	80	1	2	14	0.90
70373898--70373929	6	5.7	6	89	10	50	84	0	0	15	0.63
70373877--70373943	16	4.2	16	83	9	66	80	1	2	14	0.90
70375772--70375801	5	5.8	5	96	4	51	76	0	23	0	0.78
70386839--70387005	46	3.6	46	73	16	164	28	30	20	20	1.97
70386884--70387057	47	3.7	46	74	13	185	28	29	18	23	1.98
70386838--70387053	93	2.3	93	92	1	353	28	30	19	21	1.98
70395516--70395687	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70395509--70395684	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
70403032--70403205	46	3.8	46	78	14	205	28	29	20	20	1.98
70403039--70403209	92	1.8	93	94	1	308	28	29	21	21	1.98
70405083--70405107	13	1.9	13	100	0	50	24	28	48	0	1.52
70406970--70407221	40	6.3	40	85	2	296	26	26	23	24	2.00
70406970--70407221	80	3.2	81	87	4	336	26	26	23	24	2.00
70416626--70416902	26	10.5	26	76	7	247	34	12	25	27	1.92
70416626--70416833	77	2.7	78	81	7	251	34	12	26	27	1.92
70417453--70417536	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
70420293--70420475	26	7.1	25	83	3	150	36	10	25	27	1.89
70420292--70420541	52	4.8	52	81	3	250	36	10	24	28	1.88
70420306--70420475	78	2.2	78	86	2	234	37	10	25	26	1.88
70424595--70424647	15	3.5	15	81	0	70	49	11	1	37	1.50
70425488--70425526	19	2.1	19	95	0	69	33	5	10	51	1.58
70425491--70425534	19	2.4	19	78	17	56	34	6	9	50	1.61
70431289--70431387	29	3.5	28	72	8	83	34	17	24	24	1.96
70431300--70431378	28	2.8	28	76	5	79	34	16	24	25	1.95
70438018--70438139	57	2.2	56	83	1	145	24	18	27	29	1.98
70438118--70438198	28	2.8	28	72	10	74	25	13	27	33	1.94
70441931--70441987	28	2.0	28	100	0	114	35	19	10	35	1.86
70443291--70443409	61	2.0	61	96	0	220	28	26	20	25	1.99
70447493--70447709	26	8.3	26	86	6	269	35	11	25	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70449356--70449519	40	4.1	40	91	3	242	28	26	19	25	1.99
70449489--70449553	34	1.9	34	96	0	121	32	21	15	30	1.94
70449384--70449576	80	2.5	76	83	6	221	27	24	18	28	1.98
70452476--70452644	86	2.0	86	95	0	302	9	15	15	58	1.62
70454329--70454400	29	2.5	29	83	0	99	31	25	12	30	1.92
70462901--70462987	29	3.0	29	78	8	97	28	31	14	25	1.95
70462910--70462996	29	3.0	29	81	1	104	29	27	13	28	1.94
70467616--70467685	35	2.0	35	100	0	140	34	17	17	31	1.93
70469325--70469376	26	2.0	26	96	0	95	30	13	7	48	1.71
70475520--70475549	13	2.2	14	94	5	53	16	0	40	43	1.48
70475520--70475549	7	4.4	7	91	8	53	16	0	40	43	1.48
70482360--70482547	50	3.8	49	81	2	189	29	26	17	26	1.97
70485098--70485125	14	2.0	14	100	0	56	50	14	7	28	1.69
70485099--70485131	14	2.5	13	90	9	50	51	18	9	21	1.73
70485755--70485792	17	2.2	17	100	0	76	50	10	0	39	1.37
70485920--70485956	19	1.9	19	88	0	56	72	2	18	5	1.15
70493924--70494039	47	2.5	47	91	0	178	26	27	18	27	1.98
70501514--70501775	47	5.7	47	75	12	222	25	26	18	29	1.98
70503962--70504003	21	2.0	21	86	13	59	52	4	2	40	1.35
70505377--70505430	28	1.9	28	85	14	76	40	14	16	27	1.88
70505727--70505864	69	2.0	69	100	0	276	42	23	7	27	1.80
70509883--70509916	2	18.0	2	88	11	54	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70509884--70509916	11	3.0	11	90	0	57	51	0	0	48	1.00
70510010--70510041	7	4.6	7	100	0	64	59	0	28	12	1.34
70513458--70513489	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
70516997--70517220	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
70516997--70517220	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
70525017--70525240	40	5.7	40	86	6	296	24	22	27	25	2.00
70525017--70525240	78	2.8	80	84	8	296	24	22	27	25	2.00
70527437--70527548	43	2.6	42	83	5	136	27	15	25	31	1.95
70527794--70527852	29	2.0	29	100	0	118	37	8	16	37	1.80
70529492--70529534	17	2.5	17	82	10	52	18	27	30	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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