genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86914493--86914685	100	1.9	100	96	0	359	35	5	19	38	1.76
86914701--86914830	42	3.1	40	76	8	116	25	16	15	43	1.87
86914869--86915019	43	3.6	42	76	7	146	21	15	20	41	1.90
86920208--86920296	43	2.1	43	100	0	178	25	22	24	26	2.00
86921191--86921226	18	2.0	18	94	0	63	38	19	5	36	1.75
86922552--86922690	44	3.2	42	82	5	127	26	15	23	34	1.94
86922595--86922690	42	2.3	42	83	1	120	27	15	23	33	1.95
86922538--86922697	43	3.7	43	75	11	148	25	15	23	35	1.94
86925628--86925799	46	3.7	46	80	8	168	27	17	31	23	1.97
86925630--86925854	47	4.8	47	75	8	165	27	19	31	22	1.97
86925589--86925846	140	1.8	140	79	4	297	27	17	30	24	1.97
86935446--86935472	13	2.1	13	100	0	54	14	14	44	25	1.84
86945684--86945794	58	1.9	57	87	1	159	27	15	28	27	1.96
86945671--86945785	29	4.0	29	81	6	128	28	14	27	28	1.95
86948824--86948864	15	2.7	15	80	0	55	51	17	14	17	1.77
86960135--86960343	46	4.5	46	73	11	165	28	20	28	22	1.98
86960174--86960397	47	4.8	48	75	7	133	29	19	28	22	1.98
86967659--86967764	43	2.5	42	81	6	115	19	15	29	35	1.92
86977165--86977328	81	2.0	81	97	0	310	34	6	25	34	1.81
86981888--86981950	32	2.0	32	84	6	83	42	26	15	14	1.86
86982752--86983015	81	3.2	81	84	3	309	30	7	18	42	1.79
86982747--86983021	27	10.1	27	77	11	224	30	8	20	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86984769--86984807	20	1.9	20	89	5	60	38	38	2	20	1.66
86987214--86987445	27	8.6	27	80	5	247	28	6	21	43	1.78
86987214--86987445	54	4.3	54	79	6	274	28	6	21	43	1.78
86987214--86987439	81	2.8	79	85	4	301	28	6	20	43	1.77
86992252--86992303	27	1.9	27	88	0	77	32	17	19	30	1.95
86992291--86992651	27	13.4	27	85	0	463	26	20	18	34	1.96
86998487--86998751	27	9.8	27	87	2	345	26	21	18	33	1.96
87001619--87001713	27	3.5	26	88	5	127	26	17	18	36	1.94
87012693--87012722	12	2.5	12	100	0	60	53	6	16	23	1.66
87017395--87017433	13	3.1	13	88	7	62	64	0	0	35	0.94
87017394--87017433	12	3.2	12	89	6	62	62	0	0	37	0.95
87017390--87017444	25	2.2	25	74	3	58	49	0	1	49	1.11
87017655--87017689	18	1.9	18	94	0	61	48	0	8	42	1.33
87024562--87024593	15	2.1	15	94	0	55	25	25	15	34	1.95
87038837--87038941	43	2.5	42	83	7	124	23	15	27	33	1.95
87039618--87039667	23	2.2	23	82	7	57	34	8	20	38	1.82
87046195--87046344	43	3.5	43	75	9	146	28	16	24	31	1.96
87048449--87048658	39	5.4	39	77	1	197	43	20	4	32	1.71
87048449--87048657	78	2.7	77	81	1	220	43	20	4	32	1.71
87048497--87048647	77	1.9	78	87	1	223	44	19	4	31	1.71
87053528--87053692	48	3.6	47	79	8	162	27	15	26	30	1.96
87053612--87053718	42	2.5	42	95	0	187	30	12	22	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87053612--87053743	42	3.1	42	91	0	174	29	12	25	32	1.93
87053624--87053778	42	3.7	42	88	0	139	28	16	26	29	1.97
87053575--87053757	84	2.1	88	78	6	194	27	15	26	30	1.96
87061193--87061312	42	2.8	44	82	3	127	32	26	16	24	1.96
87063200--87063332	42	3.1	42	72	10	117	29	27	18	24	1.98
87063285--87063417	48	2.8	48	83	2	178	30	27	16	25	1.97
87070891--87070992	48	2.1	48	88	0	150	30	25	15	28	1.96
87085479--87085517	21	1.9	20	84	5	51	12	35	28	23	1.91
87089854--87089882	12	2.4	12	100	0	58	27	6	41	24	1.80
87096354--87096427	29	2.6	29	86	4	96	25	31	16	27	1.96
87103365--87103536	48	3.6	48	92	1	283	25	17	29	27	1.97
87103365--87103584	48	4.6	48	88	4	275	25	17	29	28	1.97
87107653--87107764	40	2.8	41	83	2	129	26	27	21	24	1.99
87110477--87110511	12	3.2	11	88	11	54	34	0	0	65	0.93
87113081--87113263	40	4.6	39	79	13	194	27	26	20	25	1.99
87113081--87113260	79	2.2	80	82	9	208	28	26	20	25	1.99
87120025--87120066	16	2.7	15	85	7	57	45	2	0	52	1.13
87125576--87125600	13	1.9	13	100	0	50	28	24	24	24	2.00
87126620--87126766	43	3.4	42	85	5	172	31	23	16	27	1.96
87133581--87133857	48	5.8	48	80	7	305	25	27	19	28	1.98
87133540--87133856	96	3.3	96	88	1	440	26	26	18	28	1.98
87133581--87133860	144	1.9	144	85	2	384	25	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87137134--87137320	43	4.3	43	86	0	221	24	16	28	31	1.96
87141575--87141626	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
87142135--87142164	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
87142316--87142375	29	2.1	29	90	0	93	41	23	11	23	1.87
87142427--87142457	14	2.2	14	100	0	62	48	38	12	0	1.42
87144191--87144247	17	3.2	18	75	9	55	45	0	0	54	0.99
87144218--87144273	19	2.9	19	82	10	53	41	0	3	55	1.17
87145830--87146131	146	2.1	146	98	0	577	44	4	8	42	1.55
87146926--87146964	14	2.7	15	84	8	53	38	15	2	43	1.60
87160550--87160586	15	2.4	16	86	8	51	29	2	5	62	1.31
87162238--87162414	27	6.6	27	83	5	196	29	28	15	27	1.96
87162259--87162413	81	1.9	81	88	5	233	29	28	15	27	1.96
87169897--87169949	27	2.0	27	85	3	72	28	11	20	39	1.87
87171236--87171290	28	2.0	28	100	0	110	41	7	14	36	1.74
87171678--87171922	45	5.5	45	86	2	291	22	22	29	25	1.99
87173705--87173803	51	1.9	51	95	0	180	28	12	36	23	1.90
87177058--87177233	46	3.8	46	77	15	182	22	19	28	30	1.98
87177054--87177225	93	1.8	93	91	0	281	22	19	28	29	1.98
87180755--87180929	46	3.8	46	77	7	210	28	26	21	23	1.99
87180760--87180930	93	1.8	93	93	0	297	28	27	21	22	1.99
87192919--87193169	40	6.3	40	85	2	310	24	25	24	25	2.00
87192919--87193169	80	3.2	80	86	3	346	24	25	24	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87198126--87198272	40	3.7	40	80	5	111	25	25	22	25	2.00
87198169--87198352	40	4.6	40	77	9	162	28	26	21	24	1.99
87198172--87198352	80	2.3	80	82	9	201	27	26	21	24	1.99
87223827--87223865	16	2.4	16	91	0	60	58	2	17	20	1.50
87223835--87223866	16	2.0	16	100	0	64	62	0	12	25	1.30
87224309--87224336	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
87226989--87227074	41	2.1	41	95	0	154	44	22	4	29	1.73
87226989--87227057	22	3.3	22	61	19	56	46	23	4	26	1.71
87227350--87227729	48	7.9	47	76	6	314	27	27	18	26	1.98
87227351--87227731	96	4.0	96	79	2	363	27	27	18	26	1.98
87227400--87227666	144	1.9	144	91	0	444	28	28	16	26	1.97
87230073--87230125	26	2.0	26	92	0	88	30	28	3	37	1.75
87231655--87231681	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
87236647--87236777	48	2.7	47	76	4	127	23	29	17	29	1.97
87236778--87236821	23	1.9	23	95	0	79	22	27	27	22	1.99
87236737--87236869	71	1.9	71	83	9	173	24	30	21	24	1.99
87236687--87236903	119	1.8	119	87	4	321	25	28	19	26	1.99
87236801--87236915	48	2.4	48	72	8	117	26	26	20	26	1.99
87239432--87239562	47	2.8	48	81	3	158	27	29	18	25	1.98
87246845--87247110	50	5.3	50	86	1	345	38	18	12	30	1.87
87247775--87247800	12	2.2	12	100	0	52	15	38	15	30	1.88
87249047--87249205	43	3.7	41	76	12	142	23	17	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87251071--87251134	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
87251366--87251467	23	4.4	23	93	1	168	29	23	20	26	1.99
87251518--87251564	20	2.3	20	92	0	76	31	17	12	38	1.87
87251601--87251648	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
87264346--87264452	55	1.9	55	96	0	196	40	19	9	30	1.83
87264767--87264890	48	2.7	46	90	5	194	22	32	17	27	1.97
87264679--87264890	47	4.6	45	78	6	194	25	31	16	26	1.96
87269914--87270009	41	2.3	41	89	3	149	31	26	20	21	1.98
87278918--87279101	40	4.6	40	79	10	207	27	27	21	24	1.99
87278918--87279102	79	2.3	81	83	7	227	27	27	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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