genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.203.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68827369--68827410	9	4.7	9	85	11	59	30	19	0	50	1.48
68828460--68828510	15	3.4	15	81	13	61	13	11	11	62	1.54
68828995--68829122	49	2.6	49	91	0	202	25	19	25	28	1.99
68833764--68833798	17	2.1	17	89	5	54	42	0	0	57	0.99
68834454--68834510	25	2.3	24	82	11	71	31	3	0	64	1.10
68836713--68836834	43	2.8	44	72	4	124	35	22	16	26	1.95
68837692--68838007	27	11.7	27	80	6	241	40	20	9	29	1.84
68837834--68837976	55	2.6	54	84	1	169	42	19	9	27	1.83
68838955--68839285	27	12.3	27	78	10	216	42	19	7	29	1.78
68838982--68839316	54	6.2	54	77	12	267	41	19	8	30	1.81
68838955--68839314	81	4.5	78	78	10	257	41	19	7	30	1.80
68839557--68839636	41	2.0	41	87	0	115	22	22	27	27	1.99
68847942--68848050	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
68848200--68848346	50	3.0	50	89	1	224	30	24	7	37	1.83
68848328--68848496	47	3.6	47	94	0	275	26	30	11	31	1.92
68848305--68848496	94	2.1	94	89	3	291	26	30	11	31	1.91
68856337--68856412	39	1.9	39	91	0	125	30	10	11	47	1.74
68858229--68858278	24	2.0	25	81	11	59	8	36	2	54	1.42
68860799--68860945	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
68860805--68861023	79	2.8	80	79	8	193	26	27	21	24	1.99
68860845--68861023	40	4.5	39	81	10	186	27	27	21	23	1.99
68860845--68861023	78	2.3	80	83	11	210	27	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68868635--68868781	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
68868641--68868859	79	2.8	80	79	8	193	26	27	21	24	1.99
68868681--68868859	40	4.5	39	81	10	186	27	27	21	23	1.99
68868681--68868859	78	2.3	80	83	11	210	27	27	21	23	1.99
68871599--68871653	25	2.2	24	80	3	65	30	23	23	21	1.99
68876551--68876602	26	2.0	26	100	0	104	19	38	15	26	1.91
68877461--68877512	18	2.9	17	88	8	77	42	11	21	25	1.86
68879937--68879999	24	2.5	26	85	12	78	28	20	14	36	1.92
68880848--68880899	18	2.9	18	80	2	61	42	15	19	23	1.89
68883365--68883421	30	1.9	30	96	0	105	17	26	24	31	1.97
68890572--68890651	27	3.0	27	81	7	90	38	23	22	15	1.92
68893827--68894050	40	5.6	40	85	7	287	24	22	28	25	1.99
68893826--68894083	119	2.2	119	82	6	301	25	21	27	25	1.99
68901920--68902140	40	5.6	41	81	9	223	23	21	27	27	1.99
68905426--68905641	39	5.6	39	75	17	191	26	28	20	23	1.99
68922836--68922900	25	2.3	26	82	15	69	43	21	18	16	1.88
68937775--68937959	40	4.7	40	84	6	225	25	28	22	23	1.99
68937775--68937959	79	2.3	80	81	8	207	25	28	22	23	1.99
68939088--68939207	56	2.1	56	100	0	240	22	24	9	44	1.82
68940331--68940356	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
68942146--68942192	20	2.3	20	100	0	94	38	14	4	42	1.66
68958062--68958638	47	12.3	47	90	0	911	28	31	8	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68970099--68970350	46	5.5	44	75	11	181	25	30	18	25	1.98
68970139--68970308	90	1.8	93	86	9	251	24	31	18	24	1.98
68970138--68970350	94	2.3	90	82	7	243	24	31	18	25	1.98
68988240--68988351	27	4.1	27	82	7	129	15	24	22	38	1.92
68988240--68988351	54	2.1	54	86	3	154	15	24	22	38	1.92
68993891--68993923	16	2.1	16	94	0	57	21	51	3	24	1.62
68995340--68995527	49	3.8	49	82	2	250	28	24	18	28	1.98
68995340--68995530	100	1.9	100	93	0	328	28	24	18	28	1.98
68995781--68995834	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
69000409--69000537	49	2.6	49	80	2	152	24	27	18	29	1.98
69000414--69000672	142	1.9	141	80	9	316	25	25	18	30	1.98
69004657--69004776	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
69005915--69006097	40	4.6	39	82	9	201	24	21	28	25	1.99
69005966--69006130	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	25	1.99
69010773--69010838	33	2.0	33	100	0	132	54	30	3	12	1.52
69013861--69014043	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
69013862--69014045	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
69013914--69014078	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
69020523--69020701	85	2.1	85	97	0	340	38	8	26	26	1.85
69021868--69022050	79	2.3	81	84	7	232	24	22	27	25	2.00
69021869--69022052	40	4.6	40	83	9	216	23	22	28	25	2.00
69021921--69022085	79	2.1	79	84	6	210	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69029484--69029527	22	2.0	22	100	0	88	31	27	9	31	1.88
69029569--69029630	30	2.1	30	90	0	97	37	20	14	27	1.92
69035204--69035329	44	2.7	48	83	10	163	24	32	17	25	1.97
69035105--69035329	92	2.4	95	81	6	253	25	31	17	25	1.97
69041787--69041815	14	2.1	14	100	0	58	27	13	6	51	1.66
69042057--69042083	13	2.1	13	100	0	54	29	0	40	29	1.57
69042545--69042623	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
69042742--69043466	47	15.5	47	95	0	1211	29	29	8	32	1.87
69051382--69051407	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
69051898--69051958	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
69063455--69063767	46	6.6	48	76	14	237	23	29	19	27	1.98
69063503--69063775	94	2.9	93	79	9	281	24	30	18	27	1.98
69063455--69063767	140	2.2	143	82	8	354	23	29	19	27	1.98
69066732--69066793	29	2.1	29	90	0	97	17	17	9	54	1.69
69066905--69066957	26	2.0	26	100	0	106	33	15	11	39	1.83
69066985--69067039	14	3.9	14	76	6	58	50	0	3	45	1.19
69072437--69072545	30	3.6	30	80	7	89	42	7	11	39	1.68
69072414--69072532	30	3.9	30	78	3	121	44	6	10	38	1.65
69072723--69072788	24	2.8	23	71	15	62	54	1	3	40	1.25
69077199--69077423	49	4.5	49	86	2	288	29	28	16	24	1.97
69077242--69077423	99	1.8	101	90	2	296	30	28	15	25	1.96
69084474--69084604	47	2.8	48	87	5	185	22	16	27	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69084471--69084623	47	3.2	49	74	21	155	22	16	26	34	1.95
69084856--69084999	72	2.0	72	95	0	261	31	10	10	47	1.71
69089508--69089714	53	3.8	54	77	1	209	21	23	17	36	1.95
69096601--69096648	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
69096692--69096730	20	2.0	20	94	0	69	38	12	20	28	1.89
69096781--69096997	24	9.1	24	92	0	321	28	19	22	29	1.98
69099215--69099342	46	2.8	46	92	0	220	21	22	26	28	1.99
69106681--69106728	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
69106772--69106810	20	2.0	20	100	0	78	35	12	20	30	1.90
69106861--69107101	24	10.1	24	91	2	380	28	20	22	28	1.99
69109711--69109917	53	3.8	54	76	4	193	20	22	18	38	1.94
69119496--69120856	401	3.4	401	96	1	2527	42	15	11	30	1.83
69123598--69123644	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
69124491--69132599	400	20.3	400	95	1	14774	42	14	11	30	1.82
69124491--69132599	796	10.2	800	96	1	14774	42	14	11	30	1.82
69127508--69127542	15	2.2	16	90	5	54	65	5	5	22	1.36
69129102--69129137	16	2.2	16	90	0	54	63	8	5	22	1.43
69134812--69134841	15	2.0	15	93	0	51	3	13	33	50	1.58
69145493--69145638	25	6.0	24	90	5	206	27	22	21	28	1.99
69145493--69145638	49	3.0	48	88	6	206	27	22	21	28	1.99
69145687--69145753	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
69146114--69146138	10	2.5	10	100	0	50	8	52	32	8	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69153620--69153717	25	3.9	26	86	6	141	28	21	20	29	1.98
69153621--69153717	51	1.9	49	89	4	149	27	21	20	29	1.98
69153766--69153832	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
69153766--69153821	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
69153869--69153916	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
69156695--69156977	50	5.6	50	78	2	271	24	15	25	33	1.95
69161521--69161580	27	2.2	27	81	0	66	23	21	21	33	1.97
69167257--69167438	97	1.9	97	90	0	292	24	18	27	30	1.98
69167206--69167488	147	1.9	148	90	1	451	24	17	26	31	1.97
69167204--69167480	50	5.6	50	79	6	285	24	16	27	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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