genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54478841--54479121	137	2.1	136	85	2	375	42	15	21	20	1.89
54479230--54479298	34	2.0	34	100	0	138	40	5	18	34	1.75
54479418--54479450	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
54480070--54480098	14	2.1	14	100	0	58	48	13	0	37	1.43
54486945--54487017	33	2.2	33	100	0	146	20	31	21	26	1.98
54491379--54491572	47	4.1	47	87	0	262	33	9	28	27	1.89
54491778--54491881	35	2.9	35	91	1	163	24	18	30	26	1.98
54493153--54493541	40	9.8	40	93	1	629	24	21	28	25	1.99
54495384--54495503	40	3.0	40	81	3	136	26	19	29	25	1.98
54503518--54503711	40	4.8	40	80	5	205	24	20	27	27	1.99
54503575--54503737	79	2.1	79	81	6	188	26	19	27	26	1.99
54508603--54508796	47	4.1	47	90	0	289	32	10	29	26	1.90
54508632--54508703	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
54508677--54508752	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
54508632--54508851	94	2.3	92	79	13	207	34	10	28	26	1.90
54508999--54509107	37	2.9	37	94	0	182	23	19	30	26	1.98
54512668--54512704	19	1.9	19	100	0	74	67	5	5	21	1.31
54513717--54513754	20	1.9	20	100	0	76	39	0	18	42	1.50
54520116--54520172	21	2.6	21	75	10	53	50	8	0	40	1.33
54525922--54526088	39	4.3	39	88	0	226	24	18	26	29	1.98
54529117--54529153	19	1.9	19	88	0	56	35	5	21	37	1.77
54529197--54529272	31	2.6	29	80	10	91	32	5	11	50	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54529215--54529278	30	2.1	31	85	2	85	31	3	10	54	1.51
54531091--54531316	50	4.5	48	77	8	202	24	16	26	31	1.96
54531087--54531274	101	1.9	101	87	2	279	25	18	26	30	1.98
54533588--54533658	36	2.0	35	81	8	81	52	2	0	45	1.15
54533688--54533781	16	6.3	15	67	18	54	46	1	0	52	1.07
54533693--54533760	13	4.8	13	70	22	57	47	1	0	51	1.09
54533696--54533790	44	2.1	44	98	1	181	43	2	0	54	1.12
54533967--54534035	29	2.4	28	74	11	68	31	11	7	49	1.66
54534286--54534346	22	2.6	23	82	10	61	44	4	6	44	1.51
54534714--54534757	20	2.2	21	92	8	74	56	4	2	36	1.32
54543991--54544163	44	3.8	45	79	13	149	24	28	20	26	1.99
54544032--54544162	48	2.8	46	82	10	140	22	29	22	25	1.99
54556079--54556254	46	3.8	46	76	12	189	22	19	28	29	1.98
54556075--54556246	93	1.8	93	92	0	290	22	20	29	28	1.98
54564106--54564421	47	6.7	46	75	11	232	23	28	19	27	1.98
54564106--54564420	141	2.2	140	82	6	350	23	28	19	27	1.98
54569950--54570008	27	2.2	27	90	0	91	28	3	13	54	1.55
54578850--54578952	40	2.6	39	92	1	161	26	27	21	25	1.99
54578857--54578952	39	2.4	39	94	1	165	26	27	21	25	2.00
54578857--54578973	39	3.1	37	87	7	123	29	28	19	22	1.98
54596152--54596188	13	2.8	13	87	0	56	13	32	32	21	1.92
54600801--54600849	23	2.1	23	96	0	89	10	16	22	51	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54615433--54615492	30	2.0	30	86	0	84	36	8	25	30	1.85
54625245--54625349	48	2.2	49	81	11	119	27	9	26	36	1.87
54626245--54626271	11	2.5	11	100	0	54	37	11	18	33	1.86
54635810--54635886	29	2.7	29	85	0	109	31	28	20	19	1.97
54652088--54652230	37	3.9	37	92	0	223	26	32	17	23	1.96
54652396--54652957	47	12.0	47	89	0	838	26	29	11	32	1.92
54652503--54652628	25	5.3	25	63	21	72	28	27	11	32	1.91
54652396--54652957	141	4.0	141	92	0	926	26	29	11	32	1.92
54652763--54652838	22	3.3	22	68	22	66	25	31	11	31	1.91
54652738--54652816	25	3.3	25	67	22	69	29	30	8	31	1.88
54656856--54656930	25	3.0	25	90	0	123	26	21	24	28	1.99
54656857--54656950	25	3.8	25	77	16	95	28	21	23	26	1.99
54659656--54659720	34	1.9	34	87	6	96	29	16	24	29	1.97
54662331--54662600	140	1.9	141	83	3	348	27	18	30	24	1.98
54662338--54662600	47	5.6	47	79	7	243	27	18	30	23	1.98
54672894--54673115	46	4.7	46	74	10	173	28	18	29	23	1.98
54672894--54673165	94	2.9	92	78	7	219	27	18	29	24	1.98
54677690--54677774	43	2.0	43	82	13	104	27	29	18	24	1.98
54679955--54679993	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
54683172--54683253	41	2.0	41	97	0	155	28	26	15	29	1.96
54685065--54685174	40	2.7	40	82	4	121	29	22	20	28	1.98
54689967--54690141	46	3.8	46	74	14	162	22	20	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54705219--54705319	40	2.5	41	95	3	172	21	19	30	27	1.98
54728150--54728370	78	2.8	79	80	6	234	26	27	21	25	1.99
54728164--54728370	40	5.2	40	83	6	251	26	27	21	24	1.99
54735381--54735592	79	2.7	79	79	10	227	26	26	21	25	2.00
54735397--54735590	40	4.8	40	82	5	232	25	27	22	24	2.00
54738457--54738552	27	3.6	27	84	0	129	32	19	5	42	1.74
54738436--54738560	54	2.3	54	81	0	160	36	21	5	36	1.77
54738436--54738579	54	2.7	54	80	0	153	36	20	6	37	1.78
54738530--54738668	53	2.6	53	80	5	120	41	20	7	30	1.81
54738544--54738765	80	2.8	81	84	3	270	42	19	8	30	1.80
54738570--54738749	54	3.4	52	82	6	216	41	21	8	28	1.83
54738570--54738765	81	2.4	80	86	2	250	41	20	8	29	1.81
54738538--54738765	54	4.2	54	78	5	201	42	19	7	30	1.80
54738754--54738834	29	2.9	27	80	8	92	41	14	7	35	1.74
54738539--54738860	27	11.9	26	76	8	180	40	18	8	31	1.81
54738893--54738980	27	3.3	27	83	3	88	34	20	25	20	1.97
54740496--54740604	47	2.3	47	93	0	191	27	28	18	25	1.98
54744260--54744578	46	6.7	49	75	13	199	27	19	29	23	1.98
54750936--54751020	42	2.0	42	84	4	109	25	12	28	32	1.93
54760986--54761222	39	6.1	39	91	0	366	23	27	26	22	1.99
54766815--54767051	39	6.1	39	92	0	393	24	29	24	21	1.99
54770011--54770105	29	3.3	29	85	1	120	29	31	13	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54773926--54774187	40	6.6	40	86	3	307	24	20	28	26	1.99
54773965--54774185	79	2.8	79	86	4	302	25	20	28	25	1.99
54773965--54774222	79	3.3	79	83	4	218	25	20	28	25	1.99
54780172--54780243	36	2.0	36	97	2	137	27	20	29	22	1.99
54781525--54781747	40	5.6	40	89	2	299	25	20	28	26	1.99
54781525--54781745	79	2.8	79	86	4	302	25	20	28	25	1.99
54781525--54781782	79	3.3	79	83	4	218	25	20	28	25	1.99
54785797--54785849	27	2.0	27	92	0	88	39	15	15	30	1.87
54792136--54792168	13	2.5	13	95	0	57	15	24	39	21	1.91
54792178--54792220	22	1.9	23	85	4	61	34	13	39	11	1.82
54797449--54797525	6	12.5	6	78	10	84	16	2	1	79	0.92
54797445--54797525	26	3.2	25	84	10	94	17	2	1	79	0.92
54797445--54797525	37	2.1	39	86	8	114	17	2	1	79	0.92
54797450--54797508	31	2.0	29	90	6	91	18	1	0	79	0.81
54801040--54801068	5	5.8	5	100	0	58	41	17	20	20	1.90
54806358--54806555	40	5.0	40	91	3	276	23	21	26	28	1.99
54815680--54815732	22	2.4	23	77	20	60	43	24	0	32	1.55
54816556--54816710	43	3.6	44	81	12	155	32	24	18	25	1.97
54836872--54836968	44	2.2	44	94	0	167	31	28	17	21	1.96
54842919--54842958	13	3.1	13	100	0	80	15	37	32	15	1.88
54854276--54854436	38	4.3	38	97	2	308	27	13	26	31	1.94
54855032--54855255	40	5.6	40	82	3	254	24	23	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54855032--54855291	79	3.3	79	81	4	274	25	22	26	25	2.00
54856904--54857269	104	3.6	104	93	2	600	19	20	30	29	1.97
54864487--54864856	104	3.6	104	94	2	622	19	20	29	30	1.97
54876077--54876280	46	4.4	45	77	13	166	27	19	29	24	1.98
54876125--54876273	46	3.2	44	84	9	172	28	18	29	22	1.98
54876075--54876292	47	4.6	48	78	10	186	27	19	29	23	1.98
54881132--54881171	21	2.0	21	95	5	73	20	20	40	20	1.92
54889941--54890003	30	2.1	31	93	3	110	34	7	28	28	1.85
54891030--54891096	25	2.7	25	85	0	98	46	10	20	22	1.81
54891221--54891277	26	2.2	26	87	6	80	36	19	24	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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