genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89655133--89655342	40	5.2	40	87	2	305	23	20	29	26	1.99
89655133--89655362	120	1.9	119	95	0	415	23	20	29	27	1.99
89663329--89663523	40	4.9	40	91	3	313	24	21	29	25	1.99
89663329--89663543	119	1.8	119	91	2	360	24	20	28	26	1.99
89666402--89666617	74	2.8	76	83	5	249	25	21	27	24	1.99
89666402--89666651	39	6.5	38	78	10	224	26	21	28	23	1.99
89674295--89674517	39	5.7	38	79	13	204	25	21	28	25	1.99
89674295--89674517	78	2.8	78	82	6	254	25	21	28	25	1.99
89674375--89674550	78	2.3	79	83	4	205	25	21	28	23	1.99
89680647--89680857	43	4.9	44	79	9	175	29	26	17	27	1.97
89680699--89680866	86	2.0	86	86	4	241	27	28	16	27	1.97
89680698--89680890	43	4.5	44	81	6	216	29	26	17	27	1.97
89680654--89680882	86	2.7	86	80	5	232	30	27	16	25	1.97
89683023--89683153	38	3.4	37	76	9	102	28	28	21	22	1.99
89683286--89683330	18	2.7	16	83	16	56	31	17	0	51	1.46
89684174--89684199	11	2.4	11	100	0	52	0	26	0	73	0.84
89684233--89684276	20	2.1	21	87	4	63	6	11	6	75	1.20
89684975--89684999	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
89688271--89688518	40	6.3	39	86	3	282	25	28	23	23	2.00
89688294--89688518	79	2.8	78	84	4	281	25	28	23	23	1.99
89702925--89702973	22	2.2	22	96	0	89	36	8	16	38	1.78
89702931--89702975	13	3.8	13	75	22	53	40	8	15	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89703618--89703677	31	2.0	30	90	9	95	66	3	3	26	1.23
89704323--89704377	22	2.4	22	84	6	65	40	5	23	30	1.77
89705239--89705297	26	2.4	25	88	8	93	37	18	20	23	1.94
89706050--89706082	17	1.9	17	93	0	57	36	9	9	45	1.68
89709068--89709342	24	11.4	25	73	14	215	36	25	11	27	1.90
89709040--89709342	48	6.3	48	77	8	303	35	24	11	27	1.90
89709039--89709341	96	3.2	96	94	0	516	35	25	11	27	1.90
89709769--89709800	16	2.0	16	93	0	55	56	15	0	28	1.40
89715571--89715746	46	3.8	45	77	13	187	21	18	28	30	1.97
89718078--89718296	37	5.9	37	95	0	375	25	31	18	24	1.97
89718507--89718675	47	3.6	47	92	0	268	25	30	11	33	1.91
89721582--89721791	40	5.3	40	92	0	314	23	20	29	26	1.99
89725628--89725799	79	2.2	78	83	5	211	26	21	27	24	1.99
89725575--89725797	40	5.6	39	79	7	207	26	21	27	24	1.99
89725655--89725832	79	2.2	80	82	3	200	25	22	28	23	1.99
89730893--89731076	67	2.8	64	76	8	185	30	17	29	22	1.97
89733749--89733923	46	3.8	45	79	13	203	21	20	28	29	1.98
89733746--89733916	93	1.8	93	92	0	288	21	21	28	29	1.98
89734376--89734483	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
89735953--89736005	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
89741098--89741184	26	3.3	26	95	0	147	36	22	4	35	1.75
89745370--89745624	48	5.3	48	77	12	299	36	24	11	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89745372--89745673	96	3.1	96	93	0	505	37	24	11	26	1.90
89745370--89745674	48	6.4	48	76	8	280	37	24	11	26	1.90
89745371--89745674	24	12.7	24	71	10	221	37	24	11	26	1.90
89746101--89746132	16	2.0	16	93	0	55	56	15	0	28	1.40
89752417--89752491	25	2.9	25	78	4	78	25	12	44	18	1.84
89752647--89752784	40	3.4	40	79	3	143	15	22	17	44	1.87
89759120--89759190	29	2.4	29	84	9	83	32	4	4	59	1.36
89761096--89761138	22	2.0	22	90	0	68	20	6	9	62	1.48
89762853--89762920	34	2.0	34	100	0	136	20	17	26	35	1.95
89765881--89766129	48	5.4	48	70	11	166	28	20	26	24	1.99
89773903--89773981	28	2.8	28	86	0	113	31	26	10	31	1.89
89774013--89774097	40	2.1	40	86	4	118	32	30	16	20	1.94
89774857--89774889	9	3.7	9	88	12	50	30	24	0	45	1.53
89780425--89780701	48	5.8	48	77	9	253	27	20	25	26	1.99
89780425--89780659	94	2.5	96	84	6	284	26	20	25	27	1.99
89788096--89788221	49	2.6	49	83	2	155	23	26	20	29	1.99
89789953--89790126	49	3.6	49	82	8	196	24	30	18	26	1.98
89789956--89790131	99	1.8	96	85	6	246	24	31	18	26	1.97
89793691--89793956	48	5.6	48	73	7	202	27	18	25	28	1.98
89796746--89796829	40	2.1	40	84	4	107	33	26	16	23	1.96
89801178--89801243	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
89801195--89801292	19	5.2	19	90	7	155	35	16	9	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89801195--89801292	36	2.6	37	88	9	144	35	16	9	38	1.80
89803051--89803084	14	2.4	14	90	0	50	52	11	11	23	1.70
89804984--89805013	15	2.0	15	93	0	51	16	13	0	70	1.18
89810461--89810524	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
89810718--89810838	24	5.0	24	88	8	165	28	21	19	30	1.97
89810884--89810934	20	2.5	20	93	0	84	31	21	11	35	1.90
89810971--89811018	25	2.0	24	83	4	60	25	18	25	31	1.98
89812177--89812253	27	2.9	27	77	11	77	23	20	19	36	1.95
89812292--89812509	27	8.0	27	78	4	204	33	9	17	39	1.82
89812302--89812508	81	2.5	81	81	6	231	31	8	18	41	1.80
89812302--89812550	27	9.1	27	78	5	187	32	8	19	39	1.81
89812501--89812618	55	2.2	55	85	1	157	43	10	17	28	1.82
89812501--89812636	27	5.0	27	81	1	155	44	10	18	27	1.82
89812501--89812635	55	2.5	55	82	3	148	44	9	18	27	1.81
89812631--89812708	27	2.9	27	98	0	147	38	3	29	28	1.75
89812703--89812792	27	3.3	26	83	6	108	32	11	16	40	1.84
89812703--89812807	27	3.9	27	78	9	90	34	10	16	39	1.83
89813588--89813673	42	2.0	42	100	0	172	34	18	11	34	1.87
89814812--89814855	22	1.9	22	86	9	61	59	18	4	18	1.55
89816525--89816567	3	14.3	3	85	0	59	30	2	4	62	1.28
89817656--89817681	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
89818857--89819008	78	2.0	77	93	1	259	25	18	12	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89819379--89819535	45	3.4	45	83	4	190	40	8	3	47	1.52
89823320--89823370	24	2.1	24	96	0	93	49	13	23	13	1.78
89823467--89823503	19	1.9	19	94	0	65	32	10	32	24	1.90
89823580--89823699	29	4.2	28	79	8	127	29	15	29	26	1.96
89823585--89823697	58	2.0	57	85	5	156	29	15	30	25	1.95
89825572--89825602	15	2.1	15	93	0	53	22	29	19	29	1.98
89858490--89858551	31	2.0	31	90	0	97	24	17	22	35	1.95
89861248--89861348	20	5.1	20	73	2	78	37	17	29	14	1.90
89861247--89861449	40	5.1	40	79	4	205	35	16	29	18	1.93
89861248--89861449	80	2.5	80	78	4	237	35	16	29	18	1.93
89861248--89861387	20	7.0	20	69	9	65	36	16	29	17	1.92
89865414--89865488	28	2.6	29	81	10	73	41	1	1	56	1.16
89865436--89865484	22	2.3	22	86	6	66	38	0	0	61	0.96
89865475--89865507	16	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
89870101--89870159	29	2.0	29	90	6	93	30	23	13	32	1.93
89884948--89884975	14	2.0	14	100	0	56	57	0	7	35	1.26
89886706--89886768	33	1.9	32	90	3	99	31	6	14	47	1.69
89891234--89891418	40	4.6	40	87	1	226	22	17	26	34	1.96
89892057--89892170	56	2.0	56	93	0	192	24	7	26	42	1.80
89898225--89898366	40	3.5	40	95	0	248	22	19	25	32	1.98
89899681--89899724	22	2.0	21	82	13	52	18	18	36	27	1.94
89901204--89901244	17	2.3	18	83	8	57	14	19	51	14	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89902472--89902545	25	3.0	25	80	7	71	37	9	17	35	1.82
89902569--89902601	17	1.9	17	93	0	57	42	15	21	21	1.89
89912600--89912710	27	4.1	27	81	5	127	37	20	24	17	1.93
89912600--89912710	54	2.1	53	84	1	141	37	20	24	17	1.93
89914112--89914165	25	2.2	25	93	0	90	18	35	7	38	1.79
89919884--89920471	47	12.6	47	93	3	967	33	8	29	29	1.86
89920590--89920697	37	2.9	37	91	0	162	23	19	31	25	1.98
89921961--89922192	40	5.8	40	91	0	374	25	21	26	25	2.00
89925946--89926533	47	12.6	47	93	3	967	33	8	29	29	1.87
89926652--89926759	37	2.9	37	92	0	171	23	20	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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