genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14028727--14028910	54	3.4	54	81	6	187	29	10	20	40	1.85
14028899--14028992	27	3.5	27	86	1	118	37	10	23	28	1.88
14028909--14028986	27	2.9	27	94	0	138	35	10	26	26	1.89
14028886--14029018	54	2.5	53	72	10	126	36	10	23	30	1.88
14029198--14029248	19	2.7	19	93	6	86	17	45	15	21	1.86
14036706--14036892	40	4.7	40	92	0	302	20	20	26	32	1.97
14042348--14042373	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
14043239--14043269	16	2.0	16	93	6	55	41	0	25	32	1.56
14044468--14044574	40	2.7	40	95	0	187	20	20	28	30	1.98
14048915--14049038	48	2.6	49	86	1	160	27	16	30	25	1.97
14056309--14056460	43	3.6	41	76	13	130	21	17	28	31	1.96
14060233--14060474	48	5.0	48	93	0	403	37	6	24	30	1.81
14060526--14060630	47	2.2	47	93	0	183	34	8	30	26	1.86
14065270--14065369	49	2.0	49	90	0	155	36	12	11	41	1.78
14066252--14066296	23	2.0	23	86	0	63	37	2	8	51	1.46
14067159--14067339	92	2.0	92	86	2	256	22	22	13	41	1.89
14067159--14067340	46	4.0	46	87	1	231	21	22	14	41	1.89
14070912--14071054	40	3.6	39	87	9	200	23	24	27	25	2.00
14072688--14072736	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
14072694--14072732	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
14072695--14072736	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
14072706--14072781	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14074369--14074417	25	2.0	25	87	0	71	40	10	20	28	1.85
14075655--14075839	46	4.0	46	85	2	117	21	22	14	41	1.90
14075677--14075848	46	3.7	46	91	0	254	21	23	13	41	1.89
14077983--14078052	19	3.6	20	79	9	74	58	4	1	35	1.26
14084806--14084872	29	2.3	30	80	15	77	41	0	1	56	1.08
14085091--14085134	13	3.5	12	82	11	52	65	2	0	31	1.05
14085283--14085351	36	1.9	36	93	0	120	44	4	11	39	1.61
14086927--14086956	6	4.8	6	95	4	51	30	0	0	70	0.88
14086925--14086956	12	2.5	13	90	10	57	31	0	0	68	0.90
14095136--14095259	46	2.7	46	86	6	162	31	19	26	22	1.98
14095133--14095291	46	3.4	46	81	6	151	30	19	25	23	1.98
14095319--14095445	49	2.6	49	83	2	157	29	19	26	23	1.98
14104572--14104636	21	3.2	21	70	12	73	13	26	20	40	1.89
14104554--14104654	39	2.6	39	93	0	175	13	26	22	36	1.92
14108507--14108547	19	2.2	19	95	0	73	21	12	0	65	1.25
14112809--14113033	49	4.5	49	83	3	297	28	26	19	25	1.98
14112809--14113040	100	2.3	99	85	2	313	28	27	19	25	1.99
14115580--14115618	19	2.1	19	100	0	78	48	15	10	25	1.76
14117307--14117485	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.85
14119419--14119756	47	7.1	47	90	4	496	31	12	30	25	1.92
14119566--14119640	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
14119419--14119756	147	2.4	141	91	3	532	31	12	30	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14119419--14119805	147	2.7	140	87	5	440	31	12	30	25	1.92
14119967--14120112	37	3.9	37	94	0	247	23	18	30	27	1.97
14121960--14122190	50	4.7	49	83	4	302	29	27	19	24	1.98
14121960--14122190	99	2.3	99	85	3	304	29	27	19	24	1.98
14126643--14126762	51	2.4	51	88	2	170	37	11	23	27	1.89
14127510--14127563	23	2.3	23	100	0	108	50	5	9	35	1.58
14131718--14131742	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
14134258--14134556	91	3.1	99	81	13	304	46	3	3	47	1.33
14134223--14134481	91	2.8	91	98	0	491	47	3	2	47	1.32
14134631--14134672	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14134622--14134663	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14134888--14134955	16	4.2	16	92	0	109	38	32	0	29	1.58
14138024--14138081	21	2.8	21	75	15	57	50	1	3	44	1.29
14140265--14140307	20	2.2	20	100	0	86	34	18	13	32	1.90
14141925--14142082	45	3.5	45	76	10	169	31	17	14	36	1.90
14141938--14142103	90	1.8	90	84	5	228	31	18	13	36	1.90
14146276--14146323	23	2.1	23	84	7	62	33	8	18	39	1.81
14149978--14150009	3	10.7	3	100	0	64	65	0	34	0	0.93
14150364--14150416	4	13.2	4	100	0	106	24	0	24	50	1.49
14161238--14161287	21	2.5	20	78	12	57	40	0	2	58	1.10
14164017--14164092	38	2.0	38	100	0	152	47	15	15	21	1.82
14164749--14164783	18	2.0	18	88	5	54	25	34	11	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14166552--14166754	39	5.3	39	97	1	374	22	30	24	22	1.99
14172855--14172983	39	3.3	39	95	0	231	22	29	23	24	1.99
14176691--14176734	21	2.1	21	82	0	52	34	25	2	38	1.68
14178535--14178578	18	2.4	18	88	0	61	20	25	6	47	1.74
14182590--14182656	28	2.4	29	82	5	84	43	16	0	40	1.48
14182617--14182689	34	2.2	34	85	7	96	41	13	1	43	1.53
14182668--14182717	22	2.3	22	82	3	66	38	12	4	46	1.60
14184641--14184799	39	4.1	39	93	0	255	26	20	23	29	1.99
14191311--14191417	48	2.2	49	79	5	117	18	25	20	35	1.95
14192698--14192792	43	2.2	44	86	1	129	18	29	27	24	1.98
14208647--14208758	27	4.1	28	76	10	108	15	22	21	41	1.90
14215455--14215520	33	2.0	33	90	0	105	34	40	6	18	1.75
14219318--14219363	12	3.8	12	80	8	58	26	0	13	60	1.32
14219319--14219374	25	2.2	25	96	3	103	28	0	10	60	1.30
14222470--14222494	12	2.1	12	100	0	50	44	8	16	32	1.76
14226603--14226824	46	4.8	46	80	9	245	19	19	29	31	1.97
14226649--14226817	93	1.8	93	87	2	250	19	18	30	31	1.96
14228858--14228916	19	3.2	19	73	20	61	44	0	1	54	1.10
14229582--14229659	11	7.5	11	68	23	62	52	2	1	43	1.23
14234680--14234710	15	2.1	15	100	0	62	51	32	0	16	1.44
14239763--14239834	25	2.9	25	78	0	72	30	16	25	27	1.97
14239947--14240013	26	2.6	25	83	6	73	38	16	22	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14240977--14241039	31	2.0	31	100	0	126	28	3	15	52	1.58
14241398--14241430	17	1.9	17	100	0	66	18	42	9	30	1.81
14243827--14244092	46	5.7	46	75	15	251	21	19	29	29	1.98
14243820--14244085	93	2.9	93	92	0	442	21	19	29	28	1.98
14251013--14251125	46	2.4	47	88	5	160	24	31	17	25	1.97
14257395--14257466	25	2.9	25	82	0	81	30	15	25	29	1.96
14257577--14257644	26	2.6	25	84	6	75	35	17	27	19	1.94
14260695--14260757	32	2.0	32	84	12	85	53	0	6	39	1.26
14261005--14261054	23	2.2	23	88	0	73	26	32	8	34	1.85
14261346--14261397	17	3.1	17	80	0	59	36	19	9	34	1.84
14268451--14268510	27	2.3	27	82	2	68	40	8	18	33	1.80
14271750--14271810	31	2.0	31	90	0	95	32	21	13	32	1.91
14271788--14271889	40	2.6	39	82	4	116	26	24	15	33	1.95
14271907--14272003	38	2.6	38	87	8	128	41	15	15	27	1.87
14271907--14272015	38	2.9	37	84	9	98	42	15	14	27	1.86
14278509--14278540	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
14279246--14279290	17	2.6	17	82	0	54	35	15	11	37	1.83
14280966--14281023	20	2.9	19	75	14	55	24	8	13	53	1.68
14281242--14281283	20	2.1	20	86	0	57	26	11	9	52	1.68
14281400--14281467	21	3.5	19	74	20	61	19	10	4	66	1.39
14281736--14281784	19	2.4	21	76	13	57	16	12	8	63	1.51
14281836--14281860	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14281865--14281947	20	4.2	20	73	11	82	27	18	4	49	1.67
14281912--14281945	17	2.0	17	94	0	59	26	17	2	52	1.58
14281979--14282035	21	2.8	20	79	12	53	21	3	15	59	1.51
14281983--14282041	20	2.8	21	75	14	59	18	1	16	62	1.41
14282261--14282296	18	2.0	18	88	0	54	25	16	8	50	1.73
14283554--14283622	16	4.2	16	92	3	120	24	1	37	36	1.65
14283554--14283622	33	2.1	32	94	2	120	24	1	37	36	1.65
14283603--14283693	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
14283858--14283892	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
14284099--14284133	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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