genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30075442--30075498	30	1.9	29	85	3	78	26	26	3	43	1.70
30083259--30083348	44	2.0	44	93	0	153	27	2	27	42	1.67
30091294--30091436	47	3.0	47	96	0	268	27	18	9	43	1.82
30092970--30093235	46	5.7	46	75	11	256	22	19	27	30	1.98
30093016--30093181	47	3.6	47	78	14	198	22	18	27	31	1.97
30092963--30093228	93	2.9	93	94	0	460	22	19	27	29	1.98
30096980--30097026	23	2.0	23	83	4	58	46	2	12	38	1.54
30097370--30097438	20	3.0	24	79	14	65	66	8	0	24	1.19
30097401--30097438	20	1.9	20	94	0	67	76	10	0	13	1.02
30099209--30099242	16	2.2	15	94	5	59	70	0	0	29	0.87
30099208--30099245	16	2.4	15	87	12	58	68	0	0	31	0.90
30104833--30105154	166	1.9	166	92	0	545	23	14	16	45	1.85
30115202--30115251	21	2.3	21	93	3	82	44	18	4	34	1.68
30116609--30116781	93	1.9	93	91	0	283	30	30	18	20	1.97
30116602--30116771	46	3.7	46	76	13	177	31	30	18	20	1.96
30124749--30124871	20	6.1	20	72	13	99	39	17	28	13	1.88
30128133--30128167	18	1.9	18	94	0	61	57	8	5	28	1.52
30128165--30128220	25	2.2	27	78	12	64	50	5	1	42	1.35
30128223--30128260	12	3.0	13	85	14	53	60	2	0	36	1.11
30128213--30128260	12	3.8	14	78	18	52	58	4	2	35	1.29
30131558--30131626	20	3.1	20	65	31	50	17	18	33	30	1.94
30133258--30133289	15	2.1	15	100	0	64	68	6	6	18	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30136494--30136678	38	4.9	38	79	4	187	27	22	23	26	2.00
30138393--30138444	25	2.0	25	85	10	70	36	0	15	48	1.45
30141348--30141392	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
30150009--30150134	46	2.7	46	79	4	119	23	29	18	29	1.97
30150059--30150183	47	2.7	47	77	16	125	27	28	15	28	1.96
30161142--30161203	30	2.1	30	93	0	106	25	3	12	58	1.50
30161327--30161360	12	2.9	12	95	4	61	64	0	0	35	0.94
30166629--30166671	16	2.9	15	80	19	54	41	20	0	37	1.53
30178483--30178514	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
30195530--30195579	15	3.4	15	86	2	66	60	12	18	10	1.59
30209948--30210009	19	3.0	20	77	20	65	64	0	1	33	1.03
30212100--30212216	27	4.4	25	82	9	117	35	22	24	17	1.95
30212100--30212216	54	2.2	54	86	6	157	35	22	24	17	1.95
30212315--30212390	26	2.8	27	84	4	91	34	11	18	35	1.87
30212320--30212390	28	2.7	26	84	4	88	33	9	19	36	1.85
30213834--30213917	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
30218733--30218809	28	2.8	28	87	0	118	28	25	10	35	1.89
30221149--30221193	22	2.1	21	84	12	56	80	0	17	2	0.82
30221711--30221776	25	2.6	25	70	15	64	51	1	1	45	1.19
30221794--30221832	19	2.1	18	95	4	69	66	2	0	30	1.05
30221908--30221962	19	2.8	20	75	8	69	34	5	0	60	1.20
30222682--30222728	18	2.6	18	89	0	67	51	12	6	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30222682--30222729	9	5.3	9	78	9	53	50	12	6	31	1.65
30222809--30222870	20	3.0	20	72	13	63	45	4	1	48	1.33
30223228--30223252	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
30223546--30223578	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
30226354--30226437	31	2.7	31	94	0	141	10	10	21	57	1.63
30228604--30228772	25	6.8	25	79	0	149	29	21	20	28	1.98
30228603--30228772	75	2.3	75	78	0	187	29	21	20	28	1.98
30229898--30229927	14	2.1	15	93	6	53	20	0	26	53	1.46
30231831--30231872	21	2.0	21	86	9	59	57	0	2	40	1.12
30237665--30237712	19	2.6	19	90	6	73	25	14	10	50	1.74
30240289--30240318	10	2.9	10	95	5	51	10	56	33	0	1.32
30240348--30240420	19	3.3	22	80	17	80	68	8	0	23	1.16
30246895--30247016	50	2.5	49	84	5	151	26	23	14	35	1.94
30253866--30254051	40	4.7	40	87	4	250	26	26	20	25	1.99
30259229--30259565	27	12.5	27	77	6	137	36	20	7	35	1.80
30259274--30259430	54	2.9	54	83	0	233	29	22	7	40	1.82
30259261--30259458	81	2.4	81	82	0	243	33	21	7	37	1.80
30259423--30259576	54	2.8	52	79	13	161	43	20	7	29	1.78
30259599--30259662	27	2.4	27	78	0	56	34	20	12	32	1.90
30260565--30260634	25	2.8	25	88	0	95	28	24	21	25	1.99
30260590--30260661	25	2.9	24	85	4	81	30	22	20	26	1.98
30260854--30260924	30	2.4	30	92	0	124	33	15	22	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30264241--30264426	72	2.6	74	79	10	199	30	28	18	22	1.97
30265102--30265140	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
30270420--30270464	14	3.0	15	87	6	56	57	15	15	11	1.64
30274215--30274459	72	3.4	72	81	2	210	31	27	17	24	1.97
30274344--30274483	72	1.9	72	85	5	194	34	28	14	22	1.93
30277741--30277826	37	2.3	37	74	7	86	19	13	25	40	1.89
30278810--30278994	50	3.7	50	81	4	167	20	14	27	37	1.91
30278807--30279046	25	9.6	25	68	6	101	21	15	27	36	1.93
30278876--30279086	75	2.8	75	77	0	215	21	13	27	37	1.91
30279007--30279059	25	2.1	25	92	0	88	24	20	24	30	1.99
30281177--30281444	46	5.7	47	73	14	173	25	20	30	23	1.98
30281225--30281344	50	2.5	46	82	11	129	26	18	30	24	1.98
30281226--30281444	49	4.6	49	76	14	185	25	19	30	24	1.98
30281222--30281444	47	4.7	47	74	13	190	25	20	30	23	1.98
30281222--30281444	96	2.3	95	81	11	255	25	20	30	23	1.98
30282604--30282643	21	2.0	21	85	5	55	12	32	30	25	1.92
30287442--30287805	46	7.8	46	73	15	213	26	20	29	23	1.99
30287444--30287805	143	2.6	140	83	9	400	27	20	29	23	1.99
30287444--30287805	94	3.9	91	77	14	298	27	20	29	23	1.99
30288937--30288976	21	2.0	20	85	5	53	10	35	32	22	1.87
30290680--30290900	40	5.6	40	84	3	223	24	20	28	26	1.99
30297565--30297640	38	2.0	38	100	0	152	21	28	2	47	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30297724--30297839	50	2.4	48	80	8	126	29	19	11	39	1.86
30298713--30298749	16	2.4	15	86	8	56	45	0	10	43	1.39
30299902--30299959	15	3.9	15	75	8	55	70	8	3	17	1.26
30300191--30300242	3	17.7	3	84	4	52	59	1	5	32	1.32
30300344--30300473	29	4.5	29	70	12	88	64	1	8	25	1.30
30304647--30304756	58	1.9	58	83	5	143	33	18	20	28	1.96
30306257--30306395	42	3.3	42	95	0	251	16	29	35	18	1.93
30310013--30310054	20	2.1	20	90	0	66	42	7	2	47	1.43
30315322--30315346	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
30316465--30316499	17	2.0	18	94	5	63	2	5	5	85	0.81
30326227--30326263	18	2.1	18	100	0	74	35	32	10	21	1.88
30329974--30330008	17	2.1	17	89	5	54	62	0	2	34	1.10
30338115--30338161	20	2.3	21	79	17	55	63	0	0	36	0.94
30345468--30345671	38	5.3	38	84	5	230	18	21	26	32	1.97
30347973--30348200	46	5.0	46	89	3	325	21	23	14	39	1.90
30350332--30350379	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
30350326--30350381	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
30351437--30351469	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
30351637--30351666	13	2.3	13	94	0	51	36	26	0	36	1.57
30353237--30353421	79	2.3	82	83	8	238	26	27	21	24	1.99
30353237--30353422	40	4.6	41	84	7	240	26	27	21	24	1.99
30356029--30356143	54	2.1	54	85	3	151	36	22	22	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30356029--30356143	27	4.3	26	83	5	131	36	22	22	18	1.95
30357754--30357863	26	4.2	26	94	0	175	37	23	3	35	1.73
30358227--30358454	46	5.0	47	89	2	286	21	23	14	39	1.91
30360575--30360623	21	2.5	18	73	20	53	48	4	0	46	1.20
30361660--30361894	117	2.0	113	87	4	337	31	18	16	33	1.93
30361673--30361919	117	2.2	113	85	5	325	30	19	15	34	1.93
30362282--30362323	14	3.0	14	85	0	66	42	30	2	23	1.67
30362396--30362448	15	3.5	15	81	2	61	43	37	0	18	1.51
30362601--30362724	40	3.1	40	83	2	158	18	18	18	44	1.87
30362594--30362727	41	3.3	41	84	2	171	17	18	18	44	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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