genome.fa.s6.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A06
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115140250

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  200  of  345  ( 41358 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67761163--67761223	30	2.0	30	87	6	88	31	22	4	40	1.75
67766775--67766947	46	3.7	46	80	10	217	21	20	27	30	1.98
67766772--67766942	93	1.8	93	94	0	306	21	20	28	29	1.98
67770594--67770725	44	2.9	46	84	6	173	25	31	9	34	1.87
67770733--67770907	46	3.8	46	78	15	207	25	28	12	33	1.92
67796545--67796716	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
67796538--67796713	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
67804086--67804257	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
67804079--67804254	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
67805950--67806551	40	15.1	40	90	0	817	24	21	27	26	1.99
67810808--67810882	22	3.3	22	66	23	64	29	14	32	24	1.95
67810782--67811117	47	7.1	47	90	2	501	31	12	29	26	1.92
67810927--67811001	23	3.2	23	62	23	57	29	10	32	28	1.90
67810782--67811117	145	2.4	141	92	2	537	31	12	29	26	1.92
67811091--67811227	46	3.0	46	87	0	193	33	9	31	25	1.88
67812166--67812191	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
67825214--67825242	6	4.8	6	100	0	58	34	17	17	31	1.93
67825241--67825286	20	2.3	20	100	0	92	34	15	28	21	1.94
67826628--67826667	20	2.0	20	85	9	55	42	5	0	52	1.23
67838299--67838519	50	4.4	50	74	2	194	29	27	17	25	1.97
67838343--67838524	101	1.8	101	86	0	265	29	24	19	26	1.98
67838299--67838571	50	5.4	50	73	3	138	31	26	16	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67844547--67844763	105	2.1	105	85	3	294	19	23	31	25	1.98
67852556--67852682	43	3.0	43	80	8	125	32	25	17	25	1.97
67856204--67856320	42	2.7	43	81	4	128	35	23	17	23	1.95
67859788--67860009	45	5.0	45	82	9	228	34	27	16	22	1.95
67859788--67860009	90	2.5	89	84	5	256	34	27	16	22	1.95
67860558--67860588	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
67861094--67861131	14	2.7	14	88	8	51	57	21	0	21	1.40
67866198--67866404	53	3.8	53	74	3	171	39	18	22	19	1.93
67868421--67868511	30	3.0	30	93	0	164	35	8	25	30	1.86
67873399--67873503	53	2.0	53	86	0	147	35	19	25	20	1.95
67875475--67875615	43	3.3	43	83	5	160	35	26	14	24	1.93
67875490--67875637	43	3.4	46	79	14	124	36	24	14	25	1.93
67878972--67879098	28	4.3	29	81	8	150	30	30	12	25	1.93
67878989--67879097	29	3.8	28	81	12	123	31	31	11	25	1.92
67890401--67890439	20	2.0	20	85	10	53	48	12	0	38	1.42
67898969--67899279	46	6.7	47	74	16	210	24	29	18	28	1.98
67898969--67899279	94	3.3	95	77	11	227	24	29	18	28	1.98
67898967--67899282	140	2.2	139	80	9	349	23	29	18	28	1.98
67904944--67905309	47	7.7	47	74	12	261	27	18	29	24	1.98
67915925--67916088	42	3.9	42	80	4	177	28	26	17	28	1.97
67915925--67916081	85	1.9	84	84	1	215	27	26	17	28	1.98
67921998--67922081	40	2.1	40	84	0	105	30	19	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67922007--67922143	40	3.5	40	82	4	170	24	22	27	24	2.00
67926790--67926827	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
67927056--67927226	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
67927051--67927223	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
67938466--67938571	40	2.7	41	83	5	137	23	24	28	23	2.00
67944874--67945203	164	2.0	165	94	1	574	33	6	18	41	1.76
67947978--67948102	39	3.2	38	88	3	160	28	27	23	21	1.99
67955431--67955597	42	4.0	42	78	4	140	30	24	13	31	1.94
67965872--67965967	49	2.0	49	97	0	183	25	22	10	41	1.85
67966813--67967085	48	5.7	48	81	4	264	24	29	19	27	1.98
67966814--67967085	96	2.8	96	86	3	352	24	29	19	26	1.98
67974322--67974450	46	2.8	46	88	2	188	31	26	20	20	1.98
67979400--67979528	46	2.8	46	90	2	197	29	29	20	20	1.98
67985399--67985630	40	5.8	40	79	4	279	26	27	20	25	1.99
67985379--67985629	80	3.2	80	90	0	387	27	27	20	24	1.99
67985400--67985620	120	1.8	120	86	3	320	26	27	20	25	1.99
67987443--67987478	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
67990150--67990179	15	2.0	15	93	0	51	13	16	13	56	1.67
67992911--67993146	50	4.7	50	78	1	240	26	16	25	31	1.97
67992923--67993105	101	1.8	101	87	0	276	26	17	25	31	1.97
67992921--67993146	101	2.3	98	81	7	258	26	16	25	31	1.97
68004513--68004550	17	2.1	19	85	9	53	10	26	42	21	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68004984--68005046	26	2.4	26	86	0	90	22	17	19	41	1.90
68007685--68007780	26	3.7	26	85	0	111	30	21	27	20	1.98
68010130--68010305	98	1.8	97	83	6	239	22	23	22	31	1.99
68010132--68010311	49	3.7	48	74	8	150	22	24	22	31	1.99
68010230--68010402	46	3.7	46	77	6	163	23	28	19	28	1.98
68011058--68011097	20	2.0	21	85	5	55	37	20	0	42	1.52
68012462--68012618	43	3.7	43	79	5	149	23	17	26	32	1.96
68019769--68019899	49	2.7	49	83	4	158	23	27	19	29	1.99
68020425--68020500	38	2.0	38	97	0	143	50	10	9	30	1.68
68020584--68020640	28	2.0	28	93	0	96	22	22	15	38	1.92
68021988--68022020	17	1.9	17	88	11	50	39	12	0	48	1.40
68026240--68026287	24	2.0	24	100	0	96	41	29	0	29	1.56
68027909--68027939	7	4.3	7	95	4	53	83	0	0	16	0.64
68028098--68028166	13	6.4	10	78	17	52	73	4	0	21	1.00
68028111--68028145	13	2.7	13	95	0	61	65	8	0	25	1.21
68030688--68030721	17	2.0	17	94	0	59	32	26	5	35	1.81
68040736--68040847	27	4.1	28	82	4	115	17	21	21	39	1.93
68040736--68040847	54	2.1	54	83	3	136	17	21	21	39	1.93
68046237--68046286	25	2.0	25	92	0	82	32	8	32	28	1.86
68047251--68047342	27	3.4	27	86	7	125	15	23	20	40	1.91
68061328--68061408	42	1.9	42	89	0	126	37	18	20	23	1.94
68061330--68061425	42	2.3	42	83	0	120	37	20	18	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68061468--68061544	40	1.9	40	87	10	113	32	27	15	24	1.95
68064829--68064939	27	4.1	27	86	5	145	38	22	23	15	1.92
68066349--68066449	24	4.2	24	88	0	139	23	40	2	32	1.70
68072718--68072826	27	4.1	27	78	11	91	38	18	25	17	1.92
68074237--68074331	24	4.0	24	91	0	154	27	37	1	33	1.64
68078783--68078945	43	3.8	43	72	13	131	28	15	22	33	1.94
68079645--68079692	21	2.3	21	88	0	69	14	45	25	14	1.83
68080408--68080434	5	5.4	5	100	0	54	62	0	37	0	0.95
68081499--68081765	46	5.7	47	79	9	219	23	30	19	26	1.98
68081496--68081768	94	2.9	93	78	10	281	23	30	19	26	1.98
68083695--68083874	85	2.1	85	97	0	342	37	7	27	26	1.84
68086124--68086439	47	6.6	47	91	2	497	33	8	29	28	1.86
68086124--68086439	96	3.3	96	92	2	532	33	8	29	28	1.86
68086124--68086439	143	2.2	141	91	2	497	33	8	29	28	1.86
68086558--68086702	37	3.9	37	92	0	227	22	20	31	25	1.98
68088294--68088439	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
68088403--68088625	52	4.6	46	86	7	248	28	22	13	34	1.92
68088446--68088619	52	3.3	52	90	1	258	28	23	12	35	1.91
68088402--68088625	98	2.3	98	80	8	251	28	23	13	34	1.92
68092197--68092310	50	2.3	50	83	3	149	28	20	24	27	1.99
68092203--68092339	50	2.7	50	83	4	143	27	21	24	26	1.99
68095134--68095447	46	6.8	45	72	10	206	27	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68095182--68095425	89	2.7	88	80	8	226	28	18	29	24	1.98
68095182--68095487	47	6.7	46	71	13	172	27	17	29	25	1.98
68098913--68099054	50	2.8	50	93	0	230	28	28	18	25	1.98
68099512--68099675	43	3.8	43	78	7	172	32	21	15	30	1.94
68104192--68104224	13	2.5	13	95	0	57	21	33	36	9	1.85
68109760--68109849	29	3.1	29	81	10	114	32	27	10	30	1.89
68118453--68118600	52	2.9	51	89	4	219	27	14	29	29	1.95
68118461--68118621	52	3.2	52	86	5	206	28	14	29	27	1.95
68125044--68125183	49	2.8	50	76	5	149	28	15	24	31	1.96
68126699--68126731	16	2.1	16	100	0	66	12	24	6	57	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345