genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3097--3273	46	3.8	46	78	14	209	21	20	28	28	1.98
4789--4852	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
5067--5258	41	4.7	41	99	0	375	27	21	21	29	1.99
12481--12544	32	2.0	31	90	3	101	39	23	9	28	1.86
12759--13035	41	6.8	41	94	1	477	27	21	21	29	1.99
17586--17689	38	2.7	38	70	2	93	21	17	24	37	1.94
18611--18678	29	2.3	30	82	10	77	50	4	19	26	1.66
21071--21207	48	2.8	48	82	5	168	25	18	31	24	1.97
36384--36432	18	2.7	17	84	12	62	69	0	2	28	1.00
36384--36449	18	3.6	18	82	13	57	66	0	3	30	1.06
36778--36902	64	2.0	64	93	0	214	43	12	22	21	1.86
37824--37849	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
39316--39377	25	2.5	25	97	0	115	22	20	19	37	1.95
39326--39394	25	3.0	23	87	6	86	20	24	18	36	1.95
40069--40094	12	2.2	12	100	0	52	57	7	0	34	1.27
49081--49178	44	2.3	42	89	8	162	46	2	6	44	1.39
49091--49181	44	2.1	44	100	0	182	50	2	6	40	1.41
49284--49329	19	2.4	19	85	7	58	41	6	17	34	1.75
49449--49495	18	2.5	19	80	13	53	27	29	0	42	1.56
53018--53044	14	1.9	14	100	0	54	51	0	3	44	1.19
54996--55036	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
56413--56471	25	2.5	24	81	13	68	35	11	6	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56545--56609	21	3.2	19	72	22	51	63	3	0	33	1.10
56552--56597	24	2.0	23	86	4	65	67	4	0	28	1.10
62034--62238	94	2.2	94	94	0	365	20	30	26	22	1.99
63698--63727	15	2.0	15	100	0	60	46	13	13	26	1.80
64034--64107	22	3.4	22	94	0	121	17	22	40	18	1.91
64122--64186	30	2.2	30	82	0	76	33	21	26	18	1.96
66442--66498	18	3.3	18	71	14	66	49	19	10	21	1.78
66435--66509	33	2.3	33	97	0	141	49	17	9	24	1.75
66492--66552	31	2.0	31	87	9	90	59	9	4	26	1.50
67430--67477	19	2.5	19	96	0	87	20	22	0	56	1.43
67430--67477	9	5.0	10	85	10	73	20	22	0	56	1.43
70195--70337	20	7.2	20	65	26	74	11	26	22	39	1.87
70177--70355	39	4.6	39	94	0	295	11	26	23	37	1.89
88077--88119	21	2.0	21	95	0	77	48	13	11	25	1.77
90244--90285	20	2.1	20	95	0	75	35	11	4	47	1.61
97029--97130	51	2.0	51	100	0	204	33	29	17	19	1.95
97355--97405	25	2.0	25	96	0	93	9	13	25	50	1.72
99975--99999	7	3.6	7	100	0	50	12	88	0	0	0.53
108602--108651	23	2.2	23	82	7	57	48	12	2	38	1.52
110327--110400	33	2.2	33	97	0	139	45	6	18	28	1.75
111182--111226	23	2.0	23	100	0	90	42	13	8	35	1.75
111675--111709	15	2.3	15	90	0	52	57	0	0	42	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112594--112635	14	3.0	14	80	13	59	52	0	0	47	1.00
116112--116177	26	2.5	27	85	7	100	25	25	27	21	1.99
124891--125003	56	2.0	56	100	0	226	26	10	33	29	1.90
126930--126965	18	2.1	17	94	5	63	38	0	11	50	1.38
127097--127161	28	2.3	28	86	5	87	61	4	4	29	1.36
127575--127908	165	2.0	169	93	4	577	28	30	8	32	1.88
128281--128321	9	4.8	9	79	8	50	0	21	2	75	0.92
128657--128702	22	2.1	22	83	0	56	71	10	8	8	1.30
132804--132861	28	2.1	28	96	0	107	27	22	10	39	1.86
143787--144110	134	2.4	133	86	1	461	29	17	13	39	1.88
144229--144271	19	2.2	20	84	12	54	34	11	6	46	1.67
144398--144437	21	1.9	21	89	0	62	37	20	10	32	1.85
145388--145841	134	3.4	133	77	4	349	29	17	14	37	1.90
148866--148900	9	3.9	9	100	0	70	57	8	22	11	1.61
149158--149220	26	2.4	26	78	5	74	44	6	14	34	1.70
151566--151634	29	2.4	29	97	0	129	34	11	30	23	1.90
151695--151763	33	2.1	33	91	0	111	37	10	20	31	1.86
163839--163940	48	2.1	48	87	1	141	47	7	21	23	1.77
167524--167561	3	12.7	3	100	0	76	0	31	0	68	0.90
178605--178634	14	2.1	14	93	0	51	50	13	6	30	1.67
181441--181467	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
188680--188782	52	2.0	52	96	0	188	24	17	7	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193189--193218	13	2.3	13	94	0	51	33	6	3	56	1.42
193231--193285	21	2.7	21	82	2	67	56	0	3	40	1.17
195076--195162	26	3.4	25	74	13	79	25	17	22	34	1.96
210951--211120	84	2.0	84	97	0	322	25	27	14	32	1.95
215055--215087	16	2.1	15	94	5	57	6	3	6	84	0.84
215999--216023	3	8.3	3	100	0	50	32	0	68	0	0.90
229266--229290	7	3.6	7	100	0	50	88	0	0	12	0.53
231177--231221	21	2.0	23	87	8	67	33	22	8	35	1.85
232745--232792	21	2.3	21	85	7	62	45	4	0	50	1.21
233505--233554	26	2.0	26	84	4	66	54	0	8	38	1.30
233578--233621	18	2.5	17	81	3	52	36	0	4	59	1.18
233666--233705	19	2.1	19	90	0	62	30	2	0	67	1.04
249454--249541	44	2.0	44	100	0	176	34	22	6	36	1.81
251113--251142	7	4.3	7	100	0	60	53	0	30	16	1.44
256832--256930	51	1.9	51	81	4	119	26	13	20	40	1.89
258930--258961	9	3.6	9	95	0	55	43	21	9	25	1.82
258981--259027	6	7.5	6	86	9	67	17	0	4	78	0.90
259052--259076	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
264108--264134	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
269177--269209	10	3.4	10	83	8	50	72	0	0	27	0.85
273514--273541	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
273925--273986	28	2.2	28	88	0	88	25	3	14	56	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276040--276095	29	1.9	29	88	0	85	53	7	1	37	1.39
283237--283402	81	2.0	81	91	0	269	26	18	25	29	1.98
291539--291563	12	2.1	12	100	0	50	84	0	16	0	0.63
297533--297558	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
297759--297811	23	2.2	24	81	12	65	45	30	3	20	1.69
303353--303385	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
303671--303943	46	5.9	47	93	1	369	21	23	14	40	1.90
306085--306112	11	2.5	11	100	0	56	71	0	0	28	0.86
306086--306161	19	3.7	21	79	10	77	60	6	0	32	1.22
306358--306425	30	2.3	30	84	5	84	27	16	5	50	1.68
308535--308602	30	2.3	30	84	5	84	50	5	16	27	1.68
308790--308858	21	3.3	21	78	10	70	33	0	8	57	1.29
308810--308858	20	2.5	20	86	6	64	36	0	6	57	1.24
308848--308875	11	2.5	11	100	0	56	28	0	0	71	0.86
311018--311332	46	6.8	46	91	2	445	42	14	23	19	1.89
311618--311650	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
312713--312987	46	6.0	46	93	0	424	21	24	14	40	1.90
312665--312973	138	2.2	138	89	3	458	20	23	14	41	1.90
314832--314870	16	2.4	16	82	0	51	0	33	0	66	0.92
314899--314939	17	2.4	18	88	8	59	7	17	0	75	1.02
331865--332346	161	3.0	162	97	0	912	34	20	17	27	1.95
331865--332350	162	3.0	162	97	0	920	34	20	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335473--335499	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
335575--335609	3	11.7	3	100	0	70	65	0	34	0	0.93
337047--337264	111	2.0	111	89	0	337	36	8	14	40	1.76
376671--377036	46	8.0	46	86	0	473	41	13	22	22	1.88
376739--376814	25	3.2	25	61	14	61	42	11	25	21	1.86
377317--377349	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
378842--378879	19	2.0	20	89	5	60	31	31	13	23	1.93
386302--386339	19	2.0	20	89	5	60	47	2	0	50	1.15
388311--388369	30	2.0	30	87	9	86	40	3	0	55	1.16
396489--396674	87	2.2	86	79	4	198	41	13	8	36	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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