genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75908069--75908210	27	5.5	25	67	16	76	58	2	7	31	1.39
75913225--75913279	29	1.9	28	96	3	101	43	16	10	29	1.82
75915283--75915399	2	58.5	2	100	0	234	0	0	49	50	1.00
75928836--75928919	32	2.6	32	84	5	107	22	14	20	42	1.88
75930742--75930784	20	2.2	20	91	0	68	48	11	11	27	1.74
75933253--75933309	24	2.5	22	78	13	62	75	3	17	3	1.09
75933277--75933315	18	2.0	20	90	9	64	74	0	25	0	0.82
75935453--75935490	15	2.5	15	83	12	51	52	0	0	47	1.00
75935451--75935488	17	2.1	19	85	9	53	55	0	0	44	0.99
75936768--75936807	20	2.0	21	85	5	55	35	0	5	60	1.19
75940012--75940091	39	2.1	39	92	0	133	33	15	13	37	1.86
75940863--75940976	58	1.9	59	80	5	133	26	15	14	42	1.86
75942592--75942625	17	2.1	17	88	5	52	52	5	11	29	1.61
75942578--75942680	51	2.0	51	90	0	161	46	3	17	32	1.66
75949711--75949750	21	2.0	20	90	5	62	62	0	0	37	0.95
75950749--75950786	20	1.9	20	84	10	51	42	13	23	21	1.88
75952682--75953001	46	7.0	46	92	0	471	37	15	25	22	1.92
75964931--75964994	29	2.2	30	91	8	105	17	25	29	28	1.97
75964980--75965022	17	2.5	17	84	3	59	16	11	32	39	1.84
75967566--75967622	20	3.0	19	84	5	71	52	5	1	40	1.34
75967566--75967622	18	3.0	19	82	10	64	52	5	1	40	1.34
75968083--75968122	11	3.6	11	79	0	53	20	15	7	57	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75968163--75968221	30	2.0	30	86	0	82	32	1	10	55	1.43
75968653--75968728	29	2.6	29	82	12	84	40	3	7	47	1.51
75986809--75986848	20	2.0	20	85	0	53	15	15	47	22	1.82
75987645--75987684	13	3.1	13	92	0	62	17	30	35	17	1.93
75996214--75996335	55	2.2	54	78	7	122	27	31	23	17	1.97
75998329--75998438	54	2.0	54	96	0	202	33	10	6	50	1.61
76000462--76000590	46	2.8	46	90	2	188	28	27	21	21	1.99
76002875--76002930	28	2.0	28	82	10	69	62	0	8	28	1.25
76003037--76003088	19	3.2	15	78	21	52	51	3	7	36	1.49
76003459--76003570	19	5.8	19	83	9	138	34	16	12	35	1.87
76003473--76003570	36	2.6	37	83	9	126	33	17	12	36	1.87
76003512--76003551	17	2.6	15	82	17	55	32	15	12	40	1.84
76003484--76003580	19	5.3	19	85	7	85	35	15	13	36	1.87
76004386--76004493	44	2.4	44	89	3	153	26	27	15	29	1.96
76004424--76004655	44	5.3	44	73	10	170	28	25	16	28	1.97
76004473--76004748	132	2.1	132	92	0	453	27	25	17	29	1.97
76004576--76004744	88	1.9	88	81	4	200	27	24	17	29	1.98
76005643--76005671	7	4.1	7	100	0	58	13	0	0	86	0.58
76005661--76005701	21	2.0	21	90	0	64	2	17	0	80	0.82
76011986--76012041	28	2.0	28	82	10	69	62	0	8	28	1.25
76012147--76012198	19	3.2	15	78	21	52	51	3	7	36	1.49
76012583--76012677	19	5.0	19	89	7	149	35	14	10	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76012583--76012674	36	2.4	37	91	7	141	35	14	10	39	1.81
76012624--76012661	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
76015829--76017013	602	2.0	602	95	0	2118	32	17	11	38	1.86
76017582--76017756	46	3.8	47	77	10	162	28	29	20	22	1.98
76017589--76017758	93	1.8	93	87	2	252	28	28	20	22	1.98
76019864--76019978	31	3.7	31	94	1	196	26	26	16	30	1.97
76020002--76020093	42	2.2	42	88	3	132	36	21	11	29	1.89
76020249--76020361	26	4.4	26	90	1	174	28	23	21	27	1.99
76020226--76020362	52	2.7	50	88	7	199	29	22	20	27	1.99
76020413--76020507	20	4.8	20	92	5	117	32	18	9	38	1.83
76020428--76020486	11	5.7	11	71	15	54	32	18	10	38	1.84
76021322--76021429	27	3.9	27	78	13	103	30	6	19	43	1.76
76021486--76021768	27	10.4	27	76	6	167	37	8	21	32	1.84
76021566--76021687	55	2.2	54	79	4	136	31	8	22	37	1.83
76021600--76021673	28	2.7	27	89	2	112	32	8	18	40	1.80
76026892--76026994	18	5.4	18	70	13	71	37	24	24	13	1.91
76026912--76026976	21	3.2	21	78	12	91	41	21	24	12	1.87
76026894--76026994	39	2.6	39	95	0	184	38	23	24	12	1.90
76043493--76043528	18	2.0	18	100	0	72	38	0	22	38	1.54
76043889--76044105	46	4.7	46	89	1	292	40	13	24	21	1.89
76044383--76044430	17	2.9	17	96	3	89	47	4	16	31	1.65
76047278--76047337	12	4.8	13	80	13	63	18	1	3	76	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76047278--76047338	6	9.8	6	75	19	54	18	1	3	77	0.99
76047276--76047338	26	2.5	26	80	10	69	17	3	3	76	1.05
76048309--76048360	26	2.0	26	96	0	95	59	3	7	28	1.43
76052749--76052806	30	1.9	30	82	0	71	18	15	6	58	1.59
76052945--76053012	28	2.4	29	81	16	72	32	2	0	64	1.08
76052966--76053021	29	2.0	28	89	3	85	33	1	0	64	1.04
76053054--76053169	7	15.1	7	73	23	76	31	0	0	67	0.97
76053053--76053166	23	5.3	23	77	16	120	32	0	0	66	0.98
76053054--76053168	56	2.1	56	84	12	152	32	0	0	66	0.97
76053053--76053168	31	3.7	32	76	22	104	32	0	0	66	0.98
76053083--76053182	49	2.1	48	83	9	123	33	1	1	65	1.06
76065175--76065780	45	13.5	45	66	13	264	31	14	26	26	1.95
76065147--76065812	90	7.4	90	91	1	1021	30	14	27	27	1.95
76066994--76067051	30	1.9	30	85	0	80	18	13	6	60	1.55
76067211--76067267	29	2.0	29	85	0	78	31	1	0	66	1.02
76067300--76067465	7	22.1	7	71	22	92	31	1	0	66	1.04
76067301--76067464	5	34.2	5	70	25	97	32	1	0	65	1.05
76067300--76067467	76	2.2	76	84	10	220	32	1	0	66	1.04
76071921--76071988	22	3.1	22	72	17	61	57	8	2	30	1.44
76072210--76072275	24	2.5	27	73	19	66	54	6	3	36	1.41
76072359--76072419	31	1.9	32	87	9	90	60	6	0	32	1.22
76072407--76072456	23	2.2	23	82	13	59	60	0	4	36	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76072626--76072682	19	3.1	19	78	14	57	64	0	3	31	1.10
76074928--76074982	27	2.0	27	96	0	101	14	12	18	54	1.71
76077327--76077386	26	2.4	25	80	2	75	65	8	5	21	1.40
76077701--76077757	26	2.2	26	84	3	71	61	5	7	26	1.43
76079322--76079556	88	2.7	88	83	10	284	33	19	17	30	1.94
76079473--76079684	77	2.8	75	83	4	241	30	22	17	29	1.97
76079496--76081539	73	26.5	75	68	18	413	34	22	15	27	1.94
76079702--76081539	75	23.8	75	73	14	1274	34	22	15	27	1.94
76079771--76081260	626	2.4	625	94	1	2589	34	22	15	27	1.94
76080563--76080726	86	1.9	86	82	6	206	36	20	15	27	1.93
76081246--76081417	85	2.0	86	85	5	233	37	19	16	26	1.93
76082222--76082319	48	2.0	48	100	0	196	41	12	23	22	1.87
76090676--76090725	26	1.9	26	83	0	64	26	22	16	36	1.94
76092091--76092174	43	2.0	43	90	0	132	22	28	25	23	1.99
76099249--76099294	18	2.6	18	85	0	65	28	26	26	19	1.99
76112588--76112647	30	2.0	30	83	6	77	66	0	15	18	1.25
76121603--76121663	30	2.0	30	81	12	72	60	0	19	19	1.36
76122165--76122310	65	2.2	65	88	0	220	21	19	21	36	1.95
76122472--76122528	26	2.2	26	84	6	71	12	22	22	42	1.87
76125270--76125319	15	3.1	16	88	8	59	60	2	0	38	1.09
76125282--76125335	5	11.0	5	90	4	74	59	3	0	37	1.15
76129908--76129952	21	2.2	21	88	4	65	6	13	0	80	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76129907--76129952	20	2.2	22	80	11	60	6	13	0	80	0.89
76130745--76130997	3	83.0	3	70	14	110	27	5	4	62	1.37
76130781--76130845	34	1.9	34	84	6	87	24	6	7	61	1.46
76130884--76130935	23	2.3	23	86	0	68	30	7	1	59	1.36
76131217--76131257	3	13.3	3	89	5	64	31	0	0	68	0.90
76137271--76137368	51	1.9	52	85	6	137	32	19	3	44	1.66
76138799--76138890	20	4.3	20	70	17	62	59	1	6	32	1.30
76138833--76138936	39	2.7	39	74	15	99	54	2	5	36	1.39
76138775--76138887	47	2.4	47	78	14	124	57	0	7	33	1.34
76138853--76138892	17	2.2	19	91	8	66	57	2	5	35	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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