genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62376927--62376994	27	2.6	26	79	9	68	22	25	19	33	1.97
62378282--62378449	93	1.8	92	84	3	230	26	21	26	25	1.99
62378237--62378453	49	4.6	47	72	11	167	26	21	27	24	1.99
62378237--62378500	141	1.9	138	82	5	334	25	20	28	26	1.99
62385872--62386048	67	2.6	67	82	7	200	31	14	31	22	1.94
62393322--62393474	67	2.4	65	79	5	166	30	13	32	24	1.93
62396083--62396148	32	2.1	32	94	0	114	36	4	28	30	1.77
62396317--62396445	49	2.6	49	80	7	154	29	20	26	23	1.99
62419897--62419971	34	2.2	34	97	0	141	18	22	5	53	1.65
62433445--62433532	6	14.3	6	70	21	58	51	15	14	18	1.77
62433454--62433532	19	4.3	18	70	17	72	51	15	15	17	1.76
62433454--62433528	31	2.4	31	91	4	116	52	16	14	17	1.76
62433633--62433788	67	2.3	67	95	0	276	31	21	28	18	1.97
62433718--62433769	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
62434003--62434063	27	2.2	28	82	8	81	32	18	21	27	1.96
62434014--62434345	27	12.3	27	81	5	300	24	19	18	37	1.94
62434015--62434343	81	4.1	81	89	1	446	24	19	18	37	1.94
62434327--62434620	27	10.9	27	77	6	107	32	7	20	39	1.81
62434380--62434641	27	9.7	27	83	2	231	31	8	20	40	1.81
62434464--62434653	54	3.5	54	89	2	265	32	7	20	40	1.80
62448229--62448391	43	3.8	43	77	10	147	30	25	15	29	1.96
62459775--62460004	49	4.6	50	81	2	284	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62459778--62460000	101	2.2	98	84	2	275	26	18	26	29	1.98
62460282--62460342	28	2.2	28	78	0	68	47	6	11	34	1.66
62466300--62466377	37	2.1	36	85	2	102	26	32	16	24	1.96
62466496--62466882	47	8.1	47	92	2	607	29	30	8	31	1.87
62466496--62466882	190	2.0	190	92	2	652	29	30	8	31	1.87
62470356--62470538	40	4.6	40	88	0	251	25	27	22	24	2.00
62470513--62470654	39	3.6	39	77	12	139	22	26	23	26	2.00
62470962--62471035	29	2.6	29	84	4	96	25	31	16	27	1.96
62471017--62471163	43	3.4	43	98	1	285	26	35	14	23	1.94
62473214--62473599	47	8.1	47	92	3	614	29	31	8	31	1.87
62483301--62483337	20	1.9	18	89	10	56	48	8	5	37	1.56
62483482--62483547	20	3.3	20	82	0	87	22	24	19	33	1.97
62486316--62486626	39	8.0	39	94	0	523	23	29	25	21	1.99
62494048--62494128	27	3.0	27	85	0	99	33	19	18	28	1.96
62494111--62494182	26	2.7	26	86	4	99	40	19	9	30	1.84
62494060--62494323	27	9.8	27	75	4	142	39	18	11	31	1.86
62494165--62494425	54	4.8	54	77	8	210	40	18	9	31	1.82
62494159--62494328	81	2.1	81	81	2	207	42	18	8	30	1.80
62494111--62494370	27	9.7	26	75	9	143	41	18	9	30	1.81
62494670--62494829	41	3.9	41	93	0	248	21	23	30	24	1.99
62494976--62495166	25	7.6	25	83	0	229	17	14	27	40	1.89
62502198--62502257	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62502225--62502362	67	2.0	67	84	5	177	29	21	28	20	1.98
62502296--62502347	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
62513723--62513768	20	2.3	20	81	3	58	23	19	28	28	1.98
62521964--62522016	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
62523502--62523583	26	3.2	26	92	0	137	36	23	7	32	1.82
62530790--62530955	43	3.9	43	80	3	167	34	24	13	27	1.93
62537232--62537449	40	5.5	40	91	2	334	23	23	27	24	2.00
62539631--62540381	44	16.8	44	73	5	477	33	15	19	31	1.93
62539631--62540381	89	8.4	88	74	6	454	33	15	19	31	1.93
62539634--62540268	133	4.7	134	81	4	575	33	16	19	30	1.94
62555186--62555618	38	9.9	38	67	24	146	30	22	15	30	1.95
62555235--62555592	95	3.9	95	83	7	457	30	21	15	31	1.95
62555330--62555618	133	2.2	133	91	1	454	30	22	15	31	1.95
62557030--62557086	22	2.5	23	77	11	64	36	22	21	19	1.95
62558541--62558652	41	2.7	41	84	6	147	26	28	19	25	1.99
62574154--62574232	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
62574351--62574917	47	12.1	47	93	0	866	28	30	8	32	1.87
62596892--62596952	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
62599780--62600270	47	10.3	47	92	3	775	29	28	8	33	1.86
62599780--62600270	96	5.1	96	93	2	801	29	28	8	33	1.86
62599780--62600270	143	3.4	143	94	1	833	29	28	8	33	1.86
62600821--62600999	85	2.1	85	97	0	340	26	28	8	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62604430--62604665	49	4.7	49	76	11	235	26	19	25	28	1.99
62604544--62604622	26	3.0	26	98	0	149	26	21	26	25	1.99
62604430--62604669	100	2.4	103	80	7	235	27	19	25	28	1.99
62609153--62609491	49	6.8	49	73	9	290	25	19	25	29	1.98
62609147--62609392	100	2.5	100	89	1	368	25	19	23	31	1.98
62609366--62609444	26	3.0	26	94	0	131	26	21	26	25	1.99
62616181--62616221	22	1.9	21	85	5	55	21	24	41	12	1.87
62617296--62617558	46	5.6	47	73	15	149	24	27	18	29	1.98
62621447--62621533	42	2.1	42	100	0	174	26	9	22	41	1.84
62643578--62644018	232	1.9	232	93	0	765	22	29	24	23	1.99
62648464--62648637	29	6.1	29	87	2	201	25	14	32	27	1.94
62660893--62660919	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51
62661444--62661500	28	2.0	29	82	3	71	47	3	21	28	1.67
62662041--62662171	47	2.8	47	88	0	190	23	16	26	33	1.95
62666485--62666690	53	3.8	53	76	3	187	37	16	24	20	1.93
62677389--62677595	53	3.8	53	77	3	207	36	18	24	20	1.95
62678973--62679037	29	2.2	29	81	5	78	44	3	23	29	1.68
62679570--62679699	47	2.8	47	88	4	190	21	15	29	33	1.94
62697888--62698130	48	5.1	48	77	4	229	29	18	25	27	1.98
62697883--62698130	96	2.6	96	74	4	257	29	17	25	27	1.98
62703946--62704033	6	14.3	6	72	17	65	47	13	19	19	1.82
62703967--62704033	25	2.7	25	90	0	107	46	13	20	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62704252--62704303	27	2.0	26	88	3	77	34	23	26	15	1.94
62704552--62704710	27	5.9	27	88	1	212	24	21	19	34	1.96
62704558--62704710	81	1.9	81	90	0	243	24	22	20	33	1.97
62704714--62704861	27	5.5	27	85	0	206	41	6	20	30	1.78
62704707--62704888	54	3.4	54	85	0	238	39	7	21	32	1.80
62708200--62708263	30	2.2	29	91	2	101	34	25	15	25	1.95
62715304--62715367	30	2.2	30	88	2	94	37	25	12	25	1.91
62715311--62715367	30	1.9	30	92	0	96	36	24	12	26	1.91
62716489--62716767	48	5.9	48	70	9	155	27	20	25	27	1.99
62716488--62716767	144	2.0	140	83	5	359	27	20	25	27	1.99
62718440--62718482	19	2.3	19	88	4	61	20	27	34	16	1.94
62727030--62727083	15	3.6	14	82	5	54	11	16	12	59	1.61
62729223--62729445	48	4.5	49	88	3	297	25	17	27	29	1.98
62729216--62729453	98	2.4	100	84	4	313	24	18	28	28	1.98
62743210--62743240	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
62743207--62743246	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
62743422--62743676	55	4.8	54	78	7	229	23	24	16	35	1.95
62747142--62747270	46	2.8	46	92	2	206	29	27	21	20	1.98
62749658--62749735	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
62749648--62749735	30	3.0	29	79	12	99	56	15	17	10	1.66
62752670--62752798	46	2.8	46	90	0	186	28	27	21	22	1.99
62754669--62754841	46	3.7	46	73	13	149	28	19	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62754669--62754938	47	5.8	45	70	17	128	29	19	29	21	1.98
62754768--62754891	46	2.7	46	86	8	162	29	20	29	20	1.97
62754674--62754937	140	1.9	141	81	5	320	29	19	29	21	1.98
62757200--62757226	12	2.2	12	100	0	54	22	14	14	48	1.81
62766437--62766587	35	4.3	35	83	2	185	41	20	9	28	1.84
62774227--62774375	35	4.2	35	85	2	190	42	18	8	30	1.81
62777690--62777857	46	3.6	47	75	14	145	26	19	30	23	1.98
62784793--62784968	46	3.8	45	77	10	176	21	21	28	28	1.98
62784789--62784961	93	1.9	93	91	0	283	21	21	29	27	1.98
62812044--62812125	44	1.9	44	82	9	107	28	12	23	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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