genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2573012--2573071	22	2.9	20	72	27	54	25	6	1	66	1.25
2574635--2574705	21	3.5	21	71	7	74	46	0	1	52	1.09
2574631--2574709	40	2.0	40	100	0	158	44	0	2	53	1.14
2574643--2574726	40	2.2	39	85	8	111	50	1	2	46	1.22
2579053--2579239	45	4.2	44	65	21	111	32	19	19	28	1.97
2578920--2579376	133	3.5	133	88	4	615	30	21	19	28	1.98
2578932--2579660	135	5.5	133	85	6	567	28	22	20	28	1.98
2579359--2579685	46	7.2	45	71	11	204	27	22	21	28	1.99
2579296--2579638	44	7.7	44	69	14	200	26	23	21	27	1.99
2579272--2579696	135	3.2	135	90	2	651	27	22	21	28	1.99
2579296--2579684	90	4.3	90	73	8	290	26	23	21	28	1.99
2584973--2585031	22	2.6	23	84	10	68	55	5	5	33	1.43
2586725--2586770	23	2.0	23	100	0	92	21	21	17	39	1.93
2587014--2587062	25	1.9	26	87	4	73	51	4	6	38	1.46
2587077--2587167	46	2.0	46	89	2	139	48	15	1	35	1.52
2592124--2592983	120	7.2	119	97	0	1603	43	2	5	47	1.40
2592124--2592983	239	3.6	239	98	0	1641	43	2	5	47	1.40
2592692--2592726	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2592932--2592966	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
2593131--2593221	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
2593202--2593270	16	4.2	16	92	3	120	36	37	1	24	1.65
2593202--2593270	33	2.1	32	94	2	120	36	37	1	24	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2594426--2594458	15	2.3	15	89	5	50	24	3	0	72	0.98
2598197--2598226	15	1.9	16	93	6	53	66	0	33	0	0.92
2603700--2603763	29	2.1	32	85	8	89	67	6	7	18	1.38
2607434--2607502	19	3.6	19	66	12	52	37	0	4	57	1.18
2607441--2607505	20	3.4	19	74	18	62	38	0	3	58	1.14
2615704--2615850	73	2.0	73	93	0	249	36	10	10	42	1.74
2620194--2620340	48	3.1	48	91	0	240	18	19	29	32	1.96
2636397--2636469	36	2.0	36	91	0	119	43	9	9	36	1.70
2644515--2644552	17	2.3	17	81	4	51	71	2	15	10	1.25
2646863--2647153	95	3.0	95	81	4	345	45	10	10	33	1.74
2649968--2650139	67	2.6	66	81	7	170	32	16	28	22	1.95
2649992--2650163	67	2.7	64	77	7	195	28	16	30	25	1.96
2651261--2651286	12	2.2	12	100	0	52	38	0	11	50	1.39
2660525--2660558	5	6.8	5	96	0	50	52	5	0	41	1.25
2671009--2671056	24	2.0	24	87	0	69	14	25	14	45	1.83
2682928--2682981	24	2.2	24	80	0	63	42	0	1	55	1.10
2684826--2684868	22	1.9	23	90	4	70	51	16	2	30	1.57
2686192--2686230	7	5.6	7	93	0	69	25	41	2	30	1.69
2686187--2686232	14	3.3	14	90	0	74	23	41	8	26	1.83
2689842--2690599	307	2.5	307	86	2	1042	36	14	18	30	1.91
2694700--2694787	31	2.7	31	87	5	113	31	7	14	45	1.74
2697086--2697152	31	2.2	31	94	0	116	20	19	13	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2697653--2697692	21	1.9	21	94	0	71	30	7	12	50	1.68
2709277--2709436	26	6.2	26	93	0	275	35	23	7	33	1.83
2711249--2711338	45	2.0	45	100	0	180	31	15	15	37	1.89
2713603--2713646	19	2.4	18	92	3	70	38	2	0	59	1.10
2713959--2714128	84	2.0	84	86	0	232	44	17	15	21	1.86
2714173--2714401	114	2.0	114	100	0	458	38	9	15	36	1.81
2714586--2714622	17	2.2	17	100	0	74	21	18	21	37	1.94
2720063--2720113	22	2.2	23	83	13	61	31	5	3	58	1.40
2720078--2720124	22	2.0	22	84	8	58	34	4	4	57	1.38
2724081--2724122	11	3.8	11	84	6	50	85	0	7	7	0.73
2725206--2725334	64	2.0	65	87	1	188	29	17	15	37	1.90
2725573--2726252	133	5.1	133	87	2	961	29	21	21	27	1.98
2725573--2726252	268	2.5	268	91	1	1089	29	21	21	27	1.98
2726245--2726454	45	4.7	45	71	13	164	29	19	20	30	1.97
2726241--2726561	133	2.4	133	92	0	527	30	19	20	29	1.97
2728408--2728462	22	2.4	22	84	9	65	34	5	5	54	1.46
2742793--2742849	22	2.6	21	75	8	60	29	22	17	29	1.97
2743836--2743869	17	2.0	17	94	0	59	61	0	20	17	1.34
2745573--2745775	101	2.0	101	90	0	316	45	14	17	22	1.85
2746403--2746516	56	2.0	56	100	0	228	42	17	17	21	1.88
2750041--2750097	22	2.6	21	81	8	69	29	22	17	29	1.97
2754787--2754821	10	3.4	10	88	4	52	11	0	2	85	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2757103--2757560	231	2.0	231	92	0	774	38	15	19	27	1.91
2760280--2760304	13	1.9	13	100	0	50	16	40	8	36	1.77
2760465--2760523	3	19.7	3	80	16	61	28	1	0	69	0.98
2762107--2762146	6	6.8	6	85	2	55	17	2	2	77	0.99
2766446--2766503	30	2.0	30	86	3	82	27	22	15	34	1.94
2776475--2776597	45	2.7	45	87	5	160	21	21	20	36	1.95
2776475--2776647	45	3.8	46	80	4	147	22	20	17	39	1.92
2777208--2777330	25	4.9	25	83	0	147	27	17	21	32	1.96
2777226--2777352	50	2.5	50	80	0	155	27	17	21	33	1.95
2781961--2782086	61	2.1	60	85	5	164	25	19	28	26	1.99
2784643--2784684	22	1.9	22	85	9	59	42	14	26	16	1.86
2784643--2784719	20	3.7	19	72	10	55	41	18	27	12	1.87
2785744--2785801	19	2.7	22	84	10	68	36	8	15	39	1.78
2790695--2790769	27	2.8	28	76	17	77	36	5	2	56	1.36
2792946--2792988	23	1.9	22	85	4	59	39	4	13	41	1.66
2793220--2793249	15	1.9	16	93	6	53	6	6	26	60	1.47
2796059--2796117	22	2.6	22	86	2	82	15	18	25	40	1.90
2796133--2796367	45	5.2	45	87	2	328	19	18	20	41	1.91
2796546--2796736	18	10.6	18	76	12	160	35	12	15	37	1.85
2796534--2796816	36	7.6	36	69	14	164	36	11	14	37	1.83
2796534--2796734	72	2.8	71	80	6	226	35	11	14	37	1.84
2796600--2796816	54	4.2	53	70	16	168	36	11	14	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2796690--2796735	17	2.6	17	80	12	58	32	10	15	41	1.82
2796756--2796816	18	3.4	18	86	0	86	37	6	14	40	1.72
2801603--2801637	15	2.3	15	85	0	52	40	0	31	28	1.57
2802046--2802285	45	5.3	45	92	0	372	17	20	22	39	1.92
2802465--2802655	18	10.6	18	77	12	160	35	12	15	37	1.85
2802453--2802735	36	7.6	36	70	14	164	36	12	15	36	1.85
2802453--2802643	72	2.7	72	83	6	219	35	12	15	37	1.84
2802694--2802728	18	1.9	18	88	0	52	34	14	17	34	1.90
2804292--2804317	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
2804419--2804449	12	2.6	12	94	0	53	74	0	25	0	0.82
2805354--2805451	38	2.5	41	73	13	105	25	19	27	27	1.99
2805354--2805463	38	2.8	39	78	8	98	25	20	25	29	1.99
2805354--2805463	39	2.8	40	76	8	118	25	20	25	29	1.99
2805354--2805477	39	3.2	39	70	13	94	26	20	25	28	1.99
2807982--2808011	11	2.6	12	89	10	53	6	26	6	60	1.47
2807991--2808024	15	2.4	14	90	5	50	5	20	5	67	1.33
2809158--2809250	9	10.3	9	88	0	132	31	9	24	34	1.88
2809158--2809250	27	3.4	27	92	0	159	31	9	24	34	1.88
2819340--2819404	18	3.4	19	79	10	71	63	1	0	35	1.04
2819340--2819387	9	5.0	9	80	10	51	60	0	0	39	0.97
2824224--2824277	21	2.5	22	81	9	65	51	1	1	44	1.22
2828080--2828120	14	2.8	15	79	13	50	31	2	0	65	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2829313--2829357	19	2.3	20	88	3	65	22	15	13	48	1.79
2829435--2829477	18	2.4	18	92	0	68	44	2	2	51	1.27
2829440--2829482	18	2.6	16	79	13	50	46	0	2	51	1.13
2830436--2830488	24	2.2	24	96	0	97	33	41	0	24	1.55
2832196--2832228	9	3.7	9	91	0	57	39	12	18	30	1.87
2832196--2832230	18	1.9	18	100	0	70	40	11	17	31	1.85
2833410--2833495	41	2.1	40	82	2	100	66	8	2	23	1.30
2833478--2833546	28	2.5	27	79	6	75	62	0	7	30	1.22
2843000--2843028	15	2.0	15	93	6	51	55	6	0	37	1.27
2845342--2845388	21	2.2	21	88	0	67	40	0	0	59	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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